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肾上腺皮质癌肿瘤微环境相关基因预后模型的建立与验证
编辑人员丨3天前
目的:对利用生物信息学方法筛选的肾上腺皮质癌(ACC)肿瘤微环境(TME)相关基因构建的预后模型进行验证,为ACC的诊疗提供临床指导和相关生物标志物。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中收集79例ACC患者的转录组数据和临床病理数据。采用ESTIMATE算法计算免疫评分、基质评分(二者即反映TME)和ESTIMATE评分,应用VennDiagram包对免疫评分及基质评分高、低评分组(以中位值进行分组)间差异表达基因进行选择,采用基因本体(GO)数据库和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库对选择的基因进行功能富集分析,探索基因潜在功能与通路。采用单因素Cox回归、lasso回归和多因素Cox回归分析筛选与ACC TME相关的基因,并建立ACC患者预后的风险评分(RS)模型,用受试者工作特征(ROC)曲线评价构建的模型预测ACC患者预后的价值。以基因表达综合(GEO)数据库的数据集GSE33371和GSE19750作为外部验证集,对建立的预后模型进行验证。从TCGA数据库中提取79例ACC患者资料,将临床病理因素与所构建预后模型的RS纳入Cox回归分析,获得ACC患者预后影响因素。结果:根据免疫评分和基质评分,用VennDiagram包筛选得到1 205个二者交集的差异表达基因,其中上调833个,下调372个。对差异表达基因进行各回归分析筛选后,最终构建成功包含9个TME相关基因(GREB1、POU4F1、HIC1、HOXC9、CACNB2、RAB27B、ZIC2、C3、CYP2D6)的ACC预后模型,即RS=GREB1×0.223 6+POU4F1×0.671 7+HIC1×0.167 5+HOXC9×0.211 3+CACNB2×0.156 0+RAB27B×0.956 5+ZIC2×0.582 7+C3×(-0.003 1)+CYP2D6×0.819 3。该模型在TCGA数据库中预测79例ACC患者1、3、5年总生存的ROC曲线下面积(AUC)分别为0.876、0.919、0.917,在GEO验证集中预测45例ACC患者1、3、5年总生存的AUC分别为0.689、0.704、0.708,表明模型对ACC患者生存具有较高的预测准确性。对TCGA数据库中79例ACC患者资料进行Cox回归分析显示,TME相关基因预后模型RS是ACC患者预后的独立影响因素( HR=1.011,95% CI 1.005~1.016, P<0.01)。 结论:构建的ACC TME相关基因预后模型可用于预测ACC患者的预后。模型中包含的9个基因有可能作为研究ACC发病机制和免疫治疗的新靶点,值得进一步研究。
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编辑人员丨3天前
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多囊卵巢综合征小鼠卵母细胞miR-320-3p低表达对胚胎发育潜能的影响
编辑人员丨3天前
目的:探究多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome,PCOS)小鼠卵母细胞中miR-320-3p低表达对胚胎发育潜能的影响,并初步探讨相关分子机制。方法:脱氢表雄酮皮下注射法构建40只PCOS小鼠模型,40只对照组小鼠注射等量油剂。通过发情周期变化和卵巢组织苏木素-伊红染色,评估模型构建效果,超数排卵获取模型鼠的M II期卵母细胞,胞质内注射miR-320-3p模拟物(miR-320-3p mimics)或阴性对照物(negative control,NC),分为对照+NC组、PCOS+NC组、PCOS+miR-320-3p mimics组。①通过qRT-PCR方法检测三组小鼠M Ⅱ期卵母细胞中miR-320-3p的表达;②三组M Ⅱ期卵母细胞行卵胞质内单精子注射,收集双原核(two pronuclei,2PN)受精卵进行体外培养,于受精后48 h、84 h记录4-细胞期胚胎和囊胚的数量。③三组囊胚分别进行滋养外胚层分子标志物CDX2染色和脱氧核糖核苷酸末端转移酶介导缺口末端标记法细胞凋亡检测,统计各组总细胞数、滋养外胚层(trophectoderm,TE)细胞数、内细胞团(inner cell mass,ICM)细胞数和凋亡细胞数;④通过qRT-PCR方法检测三组4-细胞胚胎中miR-320-3p的靶基因( Ulk1、 Pbx3、 Kdm5b、 Satb2)及发育相关基因( Pou5f1、 Myc、 Klf4、 Ago2、 Dppa3、 Wdr5)的表达变化。 结果:①qRT-PCR显示,与对照+NC组相比,PCOS+NC组小鼠卵母细胞中miR-320-3p表达相对下调,差异具有统计学意义( P=0.009);PCOS+miR-320-3p mimics组中miR-320-3p表达量显著多于PCOS+NC组( P=0.002);对照+NC组与PCOS+miR-320-3p mimics组组间差异无统计学意义( P=0.146)。②对照+NC组、PCOS+NC组、PCOS+miR-320-3p mimics组的4-细胞率组间差异均无统计意义(均 P>0.05);三组囊胚形成率分别是75.89%(85/112)、59.22%(61/103)、72.64%(77/106),与对照+NC组相比,PCOS+NC组囊胚率显著降低( P=0.009);与PCOS+NC组相比,PCOS+miR-320-3p mimics组囊胚率显著升高( P=0.041)。③对照+NC组、PCOS+NC组、PCOS+miR-320-3p mimics组囊胚的总细胞数分别是85.81±9.26、67.29±7.07、82.71±8.40,TE细胞数分别是69.19±7.01、52.38±6.34、65.38±8.30,ICM细胞数分别是17.62±3.60、14.90±2.39、17.29±3.90,凋亡细胞数分别是8.64±2.80、11.73±2.07、9.55±2.81,凋亡率分别是9.64%±2.78%、16.68%±2.81%、11.18%±2.61%。对照+NC组囊胚的总细胞数、TE及ICM细胞数均显著多于PCOS+NC组( P<0.001、 P<0.001、 P=0.011),凋亡细胞数、凋亡率均显著低于PCOS+NC组(均 P<0.001);PCOS+miR-320-3p mimics组总细胞数、TE及ICM细胞数也均显著多于PCOS+NC组( P<0.001、 P<0.001、 P=0.025),凋亡细胞数、凋亡率均显著低于PCOS+NC组( P=0.007、 P<0.001)。对照+NC组与PCOS+miR-320-3p mimics组组间囊胚的总细胞数、TE及ICM细胞、凋亡细胞数、凋亡率差异均无统计学意义(均 P>0.05),三组TE/ICM的比值组间差异无统计学意义( P>0.05)。④与对照+NC组相比, Ulk1、 Pbx3、 Myc、 Dppa3在PCOS+NC组4-细胞胚胎中相对表达下调( P=0.012、 P=0.002、 P<0.001、 P=0.001), Kdm5b、 Satb2相对表达上调( P<0.001、 P<0.001);与PCOS+miR-320-3p mimics组相比, Ulk1、 Pbx3、 Myc、 Dppa3在PCOS+NC组4-细胞胚胎中相对表达下调( P=0.005、 P=0.001、 P=0.001、 P=0.004), Kdm5b、 Satb2相对表达上调( P<0.001、 P=0.001),对照+NC组与PCOS+miR-320-3p mimics组组间差异均无统计学意义(均 P>0.05);与对照+NC组相比, Wdr5在PCOS+NC组和PCOS+miR-320-3p mimics组中相对表达均上调( P=0.001、 P=0.003),PCOS+NC组与PCOS+miR-320-3p mimics组中差异无统计学意义( P>0.05)。 Pou5f1、 Klf4、 Ago2在三组间差异均无统计学意义(均 P>0.05)。 结论:PCOS小鼠卵母细胞中miR-320-3p低表达影响胚胎植入前的囊胚形成率和囊胚质量,PCOS卵母细胞中补偿miR-320-3p能够改善胚胎发育潜能,提高胚胎质量。
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编辑人员丨3天前
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5次跨膜蛋白及POU3同源盒基因3相关长链非编码RNA在乳腺癌中的表达及其与细胞体外增殖和侵袭能力的关系
编辑人员丨3天前
目的:探讨5次跨膜蛋白(CD133)及POU3同源盒基因3相关长链非编码RNA(PANTR1)在乳腺癌中的表达特征及其与细胞体外增殖和侵袭能力的关系。方法:将首都医科大学附属北京妇产医院乳腺科从2019年2月~2021年2月收治的50例乳腺癌患者纳入研究,分别采集乳腺癌组织以及癌旁正常组织,采用反转录聚合酶链反应(PCR)检测不同组织中CD133及PANTR1表达情况。此外,取MCF-7细胞分作对照组、CD133过表达组、PANTR1过表达组、CD133抑制组、PANTR1抑制组。分别予以Lipofectamine 2000转染,CD133过表达组予以Lipofectamine 2000以及CD133序列,PANTR1过表达组予以Lipofectamine 2000以及PANTR1序列,CD133抑制组予以Lipofectamine 2000以及si-CD133序列,PANTR1抑制组予以Lipofectamine 2000以及si-PANTR1序列。分析各组细胞增殖和侵袭能力的差异,Pum1及E2F3蛋白表达水平。组间比较采用 t检验。 结果:乳腺癌组织CD133及PANTR1 mRNA相对表达量高于癌旁正常组织(0.021±0.001比0.006±0.001、0.016±0.002比0.005±0.001, t=75.000、74.785, P<0.01)。转染24、48、72 h时CD133过表达组细胞增殖倍数高于对照组(3.05±0.26、5.40±0.48、10.74±1.27比2.17±0.25、4.38±0.42、6.97±0.84, t=4.226、2.783、4.298, P<0.05),且转染24 h侵袭细胞数高于对照组(75.29±7.19比54.01±6.27, t=3.865, P<0.05);转染24、48、72 h时PANTR1过表达组细胞增殖倍数高于对照组(3.11±0.28、5.45±0.51、10.05±1.24比2.17±0.25、4.38±0.42、6.97±0.84, t=4.372、3.003、3.570, P<0.05),且转染24 h侵袭细胞数高于对照组(76.03±7.26比54.01±6.27, t=3.977, P<0.01)。CD133过表达组细胞中Pum1及E2F3蛋白表达量均高于对照组(4.52±0.75、3.38±0.56比1.00±0.04、1.00±0.03, t=8.118、7.351, P<0.05);PANTR1过表达组细胞中Pum1及E2F3蛋白表达量均高于对照组(4.55±0.76、3.41±0.59比1.00±0.04、1.00±0.03, t=8.079、7.066, P<0.01);而CD133抑制组细胞中Pum1及E2F3蛋白表达量均低于对照组(0.45±0.02、0.37±0.03比1.00±0.04、1.00±0.03, t=21.301、25.720, P<0.01);PANTR1抑制组细胞中Pum1及E2F3蛋白表达量均低于对照组(0.47±0.03、0.38±0.02比1.00±0.04、1.00±0.03, t=18.360、29.784, P<0.01)。 结论:CD133及PANTR1在乳腺癌中均存在明显高表达,且可增强细胞体外增殖和侵袭能力,值得临床重点关注。
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编辑人员丨3天前
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一个 POU3F4基因完全缺失变异所致X连锁耳聋2型家系的基因诊断和产前诊断
编辑人员丨3天前
目的:探讨1个双耳极重度感音神经性聋患儿的致病基因变异类型,明确可能的遗传学病因,并对该家系进行产前诊断。方法:应用高通量测序方法对先证者进行415个遗传性耳聋相关基因的序列检测,使用多重连接探针扩增(multiplex ligation-dependent probe amplification,MLPA)方法对测序结果进行验证并对先证者父母和胎儿进行检测。结果:先证者DNA中检测到与X染色体连锁耳聋2型(deafness X-linked 2,DFNX2)相关的 POU3F4基因完全缺失变异,按照美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南进行致病性评级,该变异为致病性变异(PVS1+PM2+PP4),先证者母亲和胎儿均为 POU3F4基因杂合缺失变异携带者,先证者父亲 POU3F4基因拷贝数正常。 结论:POU3F4基因缺失变异是一个基因功能丢失变异,可能为该家系耳聋发生的遗传学病因,可用于指导家系进行产前诊断,胎儿产后听力正常,与产前诊断结果一致。
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编辑人员丨3天前
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肺神经内分泌肿瘤病理诊断和分子病理进展
编辑人员丨3天前
2021版WHO肺肿瘤分类中肺神经内分泌肿瘤的病理分型和诊断标准较之前无显著变化。但近年来的分子病理研究表明,肺小细胞癌和大细胞神经内分泌癌均是具有神经内分泌特征的高度异质性肿瘤,可以通过基因组或转录组的关键特征进行分子分型,对肿瘤亚型诊断以及指导患者治疗有重要参考价值。此外,“肺神经内分泌瘤G3”和“组织学转化”等新兴概念如何从病理角度进行解读以及INSM1和POU2F3等新型神经内分泌标志物应用等也需要了解和认知。本文结合2021版WHO分类和新近相关分子病理进展,对肺神经内分泌肿瘤诊断变化和分子分型进行评述。
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编辑人员丨3天前
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一例 POU1F1基因变异导致的联合垂体激素缺乏患儿临床和遗传学分析
编辑人员丨3天前
目的:对1例联合垂体激素缺乏患儿 POU1F1基因进行变异分析,明确其遗传学病因。 方法:分析1例以反复低血糖就诊的联合垂体激素缺乏患儿的临床资料及基因检测结果。结果:患儿临床表现为2月龄起反复发作的低血糖、严重的纳差便秘、严重的生长发育迟缓,并且存在生长激素、促甲状腺激素和泌乳素3种垂体激素缺乏。高通量测序检测显示患儿 POU1F1基因存在c.767-769del (p. Glu256del)杂合变异。 结论:POU1F1基因变异是患儿的致病原因。低血糖在 POU1F1基因缺陷病例中很少见,对于合并多种垂体激素缺乏的患儿,应进行基因检测明确病因。
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编辑人员丨3天前
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POU3F3对垂体瘤细胞增殖和周期的影响及其作用机制
编辑人员丨3天前
目的:探讨POU3F3对垂体瘤细胞增殖和周期的影响及其作用机制。方法:选取2016年6月到2019年12月驻马店市中心医院手术切除的150例垂体瘤和癌旁组织作为研究对象,采用荧光定量聚合酶链反应(PCR)分析POU3F3和微小RNA(miRNA,miR)-127-5p表达水平;采用短发卡RNA(shRNA)和过表达技术在RC-4BC垂体瘤细胞中分别敲降POU3F3和过表达miR-127-5p,采用Lipo2000过表达采用细胞计数试剂盒(CCK-8)和流式细胞术分析POU3F3和miR-127-5p对细胞增殖和周期的影响;采用生物信息学和双荧光素酶报告基因分析POU3F3和miR-127-5p及其靶基因关系;采用蛋白质印迹法(Western blot)分析POU3F3和miR-127-5p对靶基因表达的影响。组间比较采用 t检验。 结果:与癌旁组织中POU3F3表达水平(1.10±0.19)比较,垂体腺癌组织中POU3F3表达水平(2.84±0.22)显著增加,差异有统计学意义。与癌旁组织中miR-127-5p表达水平(1.04±0.15)比较,垂体腺癌组织中miR-127-5p表达水平(0.34±0.11)显著下调,差异有统计学意义。与对照shRNA组细胞G 0/G 1期、S期和G 2/M期[(37.54±3.45)%、(39.10±3.90)%和(20.58±2.87)%]比较,POU3F3 shRNA组细胞G 0/G 1期比例(64.33±6.24)%显著增加,而S期和G 2/M期比例[(20.14±3.01)%和(14.33±2.88)%]显著下调,差异有统计学意义。与对照mimic组细胞G 0/G 1期、S期和G 2/M期[(35.66±4.02)%、(40.89±4.61)%和(25.33±2.19)%]比较,miR-127-5p minic组细胞G 0/G 1期比例显著增加[(59.48±6.14)%],而S期和G 2/M期比例[(24.23±2.71)%和(17.59±1.99)%]显著下调,差异有统计学意义。miR-127-5p与POU3F3存在碱基配对,FOXD1是miR-127-5p靶基因。与对照shRNA组和对照mimic组细胞FOXD1蛋白表达水平(1.16±0.21、0.97±0.14)比较,POU3F3 shRNA组和miR-127-5p mimic组细胞FOXD1蛋白表达水平(0.22±0.15、0.32±0.12)显著下降,差异有统计学意义。 结论:POU3F3通过miR-127-5p/ FOXD1调控垂体腺癌细胞增殖和周期。
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编辑人员丨3天前
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LncRNA-POU3F3在甲状腺癌组织中的表达情况及对预后的预测价值
编辑人员丨3天前
目的:探讨长链非编码RNA-POU3F3(LncRNA-POU3F3)在甲状腺癌组织中的表达情况及对患者预后的影响。方法:采用病例-对照研究,收集2013年5月至2015年8月在郑州人民医院手术的118例甲状腺癌患者的癌组织和癌旁组织,另选取同时期100例甲状腺良性肿瘤患者的甲状腺良性肿瘤组织作为对照。采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法检测甲状腺组织中LncRNA-POU3F3的表达情况,使用受试者工作特征曲线(ROC曲线)评价LncRNA-POU3F3对甲状腺癌的诊断价值,并分析LncRNA-POU3F3表达与患者临床病理特征及预后的相关性。结果:qRT-PCR结果显示,与癌旁组织(3.18 ± 0.69)、甲状腺良性肿瘤组织(3.05 ± 0.66)比较,LncRNA-POU3F3在甲状腺癌组织表达水平(4.02 ± 0.76)较高( P均< 0.05)。LncRNA-POU3F3表达诊断甲状腺癌ROC曲线下面积为0.886[95%置信区间(95% CI):0.821 ~ 0.943, P < 0.05],敏感度为83.7%,特异度为85.2%,诊断阈值为3.45;临床分期为Ⅲ ~ Ⅳ期、肿瘤直径≥1 cm、多发癌灶及伴有淋巴结转移的甲状腺癌组织中LncRNA-POU3F3高表达(≥3.45)比例均较高( P均< 0.05);Kaplan-Meier法分析结果显示,随访5年后,纳入的118例甲状腺癌患者存活53例,其中LncRNA-POU3F3低表达者( < 3.45)5年生存率为77.42%(24/31),LncRNA-POU3F3高表达者(≥3.45)5年生存率为33.33%(29/87),两组5年生存率比较差异有统计学意义(χ 2 = 17.955, P < 0.05);多因素logistic回归分析显示,临床分期、肿瘤直径、癌灶数量、淋巴结转移和LncRNA-POU3F3表达均与甲状腺癌患者生存期相关( P均< 0.05)。 结论:LncRNA-POU3F3在甲状腺癌组织中呈高表达,其表达水平与甲状腺癌患者临床病理特征及预后密切相关,可作为预测甲状腺癌患者预后的重要指标。
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编辑人员丨3天前
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Delta样蛋白1在垂体腺瘤细胞株中的表达及生物学功能研究
编辑人员丨3天前
目的:探讨Delta样蛋白1(DLK1)在垂体腺瘤细胞株中的表达水平及生物学功能。方法:体外培养垂体腺瘤GH3、MMQ和ATT20细胞,分为实验组和对照组,实验组细胞分别给予抗DLK1抗体1 μg/ml和5 μg/ml,对照组细胞给予等体积的二甲基亚砜,共培养24、48及72 h。采用蛋白质免疫印迹实验检测各个细胞株DLK1的水平和谱系来源,细胞增殖实验检测细胞的活力,酶联免疫吸附(ELISA)法检测细胞的分泌能力[GH3细胞:GH和胰岛素样生长因子(IGF-1),MMQ细胞:催乳素(PRL),ATT2细胞:促肾上腺皮质激素(ACTH)],细胞免疫荧光实验和蛋白质免疫印迹实验检测抗DLK1抗体对GH3细胞表达PIT1蛋白水平的影响。结果:蛋白质免疫印迹实验结果证实,GH3和MMQ细胞为POU结构域转录因子1(POU1F1)谱系细胞,DLK1表达水平高;ATT20细胞为T盒转录因子19(TBX19)谱系细胞,DLK1表达水平低。与抗DLK1抗体共培养48 h,仅GH3细胞5 μg/ml实验组的细胞活力高于对照组( P=0.017);共培养72 h,GH3细胞1 μg/ml、5 μg/ml实验组(均 P<0.05)及MMQ细胞5 μg/ml实验组( P=0.041)的细胞活力高于对照组;ATT20细胞的实验组与对照组所有时间点的细胞活力差异均无统计学意义(均 P>0.05)。与抗DLK1抗体培养24、48、72 h,GH3细胞对照组培养上清中GH含量分别为(8.8±0.6)、(10.4±0.8)及(13.2±0.9)ng/ml,5 μg/ml实验组分别为(6.7±0.7)、(6.1±0.4)及(4.7±0.4)ng/ml,各时间点两组比较差异均有统计学意义(均 P<0.001);GH3细胞对照组3个时间点培养上清中IGF-1的含量分别为(12.5±0.7)、(14.6±1.0)及(15.9±1.1)ng/ml,5 μg/ml实验组分别为(10.9±0.7)、(11.8±0.8)及(8.3±0.7)ng/ml,48 h和72 h时间点两组的差异均有统计学意义(均 P<0.05);与对照组相比,ATT20细胞5 μg/ml实验组各时间点分泌ACTH的量及MMQ细胞分泌PRL的量差异均无统计学意义(均 P>0.05)。细胞免疫荧光实验和蛋白质免疫印迹实验均显示,与抗DLK1抗体共培养24 h,GH3细胞5 μg/ml实验组的DLK1和PIT1蛋白水平均明显低于对照组(均 P<0.01)。 结论:DLK1在POU1F1谱系垂体腺瘤细胞株高表达,在TBX19谱系垂体腺瘤细胞株低表达。抗DLK1抗体抑制POU1F1谱系GH3细胞分泌GH和IGF-1,促进GH3细胞增殖,POU1F1可能是DLK1的下游靶点分子。
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编辑人员丨3天前
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长链非编码RNA POU3F3在黑色素瘤中的表达及其与转移的关系
编辑人员丨3天前
目的:探讨长链非编码RNA(lncRNA) POU3F3在黑色素瘤中的表达变化,以及lncRNA POU3F3与黑色素瘤转移的关系。方法:选取来郑州大学第一附属医院2022年1月至2023年5月收治并接受手术治疗的47例患者的临床样本作为研究对象,采用荧光定量聚合酶链反应(PCR)技术分析黑色素瘤和癌旁组织lncRNA POU3F3的表达水平,并采用免疫组织化学分析肿瘤组织和癌旁组织中黏着斑激酶(FAK)、β-连环蛋白(β-catenin)、N-钙黏蛋白(N-Cadherin)和锌指转录因子Snail蛋白的表达水平。相关性分析lncRNA POU3F3和转移相关蛋白水平的关系。采用Transwell分析lncRNA POU3F3敲降对细胞迁移和侵袭的影响。组间计量数据比较采用 t检验。相关性分析采用皮尔森分析。 结果:癌旁组织中lncRNA POU3F3表达水平(1.23±0.18)明显低于黑色素瘤组织表达水平(2.31±0.19),差异有统计学意义( t=27.890, P<0.05)。癌旁组织中FAK和β-catenin表达水平(58.98±11.11、73.38±12.26)明显低于黑色素瘤组织(96.28±11.74、129.60±14.61),差异有统计学意义( t=16.660、20.200, P<0.05)。癌旁组织中N-Cadherin和Snail表达水平(45.83±13.49、55.47±7.35)明显低于黑色素瘤组织(82.17±21.99、93.47±11.70),差异有统计学意义( t=8.846、18.860, P<0.05)。lncRNA POU3F3表达水平与FAK、β-catenin、N-Cadherin和Snail表达水平呈正相关(r=0.587、0.671、0.814、0.344, P<0.05)。lncRNA POU3F3敲降细胞迁移和侵袭数量[(45.75±9.19)、(36.13±8.76)个]明显低于对照组细胞[(92.50±5.04)、(66.13±9.51)个],差异有统计学意义( t=12.610,6.564, P<0.05)。 结论:lncRNA POU3F3在黑色素瘤组织中表达显著上调,并与肿瘤组织中转移相关蛋白FAK、β-catenin、N-Cadherin和Snail表达呈正相关。敲降lncRNA POU3F3可显著抑制黑色素瘤细胞的转移特性。
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编辑人员丨3天前