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MassARRAY基因分型技术在新生儿遗传代谢病诊断中的应用
编辑人员丨3天前
目的:探讨MassARRAY基因分型技术应用于新生儿遗传代谢病诊断的准确性、时效性及可行性。方法:回顾性研究。收集2016年12月至2020年1月在浙江省新生儿筛查中心应用串联质谱筛查的疑似阳性患儿7 922例,采用MassARRAY技术进行27种遗传代谢病的常见变异位点检测,通过Sanger或二代测序验证并进一步寻找潜在变异。结果:共1 408份样本送检MassARRAY,307例确诊为遗传代谢病患儿,其中高苯丙氨酸血症检出率最高,其次为原发性肉碱缺乏症、短链酰基辅酶A脱氢酶缺乏症和甲基丙二酸血症。经Sanger测序验证100%(307/307)符合。287例检测为携带者,49.1%(141/287)经Sanger测序确认为携带者,以 SLC22A5、 MCCC1基因为主。50.8%(146/287)还检测到另一个等位基因变异,以 PAH、 PTS和 ACADS基因为主。814例未发现变异,对其中158例复查后串联质谱特征性指标持续阳性、尿有机酸及其他生化检测等异常的样本进行二代测序,38%(60/158)检测到2个等位基因变异。最终确诊513例遗传代谢病患者,MassARRAY的总检出率为59.8%(307/513)。 结论:MassARRAY技术可作为新生儿遗传代谢病的早期分子筛查方法,在高苯丙氨酸血症、原发性肉碱缺乏症等热点变异集中的疾病中检出率较高,后期需不断优化新的疾病基因和变异位点从而进一步提升其潜在应用价值。
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编辑人员丨3天前
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大连市842例新生儿听力及耳聋基因联合筛查结果分析
编辑人员丨3天前
目的:通过分析大连地区新生儿听力及耳聋基因联合筛查结果,为防控遗传性耳聋提供参考依据。方法:回顾性纳入2022年1月1日—5月30日在大连市妇女儿童医疗中心(集团)出生的新生儿842例,使用自动脑干诱发电位方法进行听力筛查,同时采集新生儿脐血,使用高通量测序法检测常见遗传性耳聋4个基因[GJB2、GJB3、SLC26A4(PDS)、药物性耳聋相关线粒体基因(MT-RNRI)(12SrRNA)]20个突变位点。结果:842例新生儿中通过听力筛查840例(99.8%);通过听力筛查而未通过耳聋基因筛查36例(4.3%);两者都通过804例(95.5%);两者都未通过2例(0.24%)。检出耳聋基因突变38例,总携带率为4.51%(38/842),其中GJB2、GJB3、SLC26A4(PDS)、MT-RNRI(12SrRNA)杂合突变携带率分别为1.90%、0.24%、1.30%和0.95%,GJB2/GJB3复合杂合突变携带率为0.12%。结论:新生儿听力及耳聋基因联合筛查可以降低听力筛查漏检率,大连地区新生儿耳聋基因携带率为4.51%,以GJB2携带率最高,SLC26A4(PDS)携带率次之。
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编辑人员丨3天前
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基于蛋白质组学的噪声性隐性听力损失机制研究
编辑人员丨3天前
目的:通过蛋白质组学对噪声性隐性听力损失机制进行初步探索。方法:于2022年10月,按照单纯随机抽样的方法将64只SPF级雄性C57BL/6J小鼠分为对照组和噪声暴露组,每组32只。噪声暴露组在声压级100 dB、2 000~16 000 Hz宽频噪声下暴露2 h,构建小鼠隐性听力损失模型。采用听性脑干反应(ABR)测试小鼠噪声暴露后第7天的听力阈值变化情况,免疫荧光观察基底膜毛细胞损伤情况,4D-Label-free定量蛋白组学鉴定并分析各组小鼠内耳差异表达蛋白质,并用蛋白印迹(Western blotting)法进行验证,采用方差分析和 t检验对结果进行统计分析。 结果:噪声暴露后第7天,短声(click)、8 000 Hz声刺激时两组小鼠听力阈值差异均无统计学意义( P>0.05),16 000 Hz声刺激时噪声暴露组小鼠听力阈值明显高于对照组( P<0.05);共聚焦免疫荧光显示噪声暴露组小鼠耳蜗组织基底膜毛细胞排列整齐,但中回和底回突触前膜C末端结合蛋白2抗体(CtBP2)相对表达均明显少于对照组( P<0.05)。GO富集分析显示,差异表达蛋白功能主要集中在膜电位调节、配体门控通道活性、配体门控离子通道活性等。KEGG通路富集分析发现,差异表达蛋白明显富集的通路包括磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路、NOD样受体信号通路、钙信号通路等。Western blotting结果显示,噪声暴露组小鼠肌醇1,4,5-三磷酸受体3型(Itpr3)表达量升高,溶脂载体家族38成员2(2Slc38a2)表达量降低( P<0.05)。 结论:在构建的小鼠噪声性隐性听力损失模型中,通过蛋白质组学分析、筛选并验证差异表达蛋白Itpr3和Slc38a2,初步证实以Itpr3和Slc38a2为代表的谷氨酸能突触相关通路可能参与了隐性听力损失的发生。
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编辑人员丨3天前
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糖尿病性认知功能障碍大鼠脑白质差异蛋白质组学分析
编辑人员丨3天前
目的:分析糖尿病性认知功能障碍(DACD)大鼠脑白质差异蛋白质组学。方法:20只SD大鼠分为对照组(10只)和2型糖尿病(T2DM)组(10只),对照组喂养标准饲料,T2DM组利用高脂高糖饮食联合腹腔注射链脲霉素建立T2DM模型。利用Morris水迷宫检测大鼠认知功能,使用弥散张量成像技术评价大鼠脑白质病变(WML)程度。通过蛋白质非标记定量技术(Label-free)进行脑白质差异蛋白质组学分析,对筛选出的差异蛋白质进行生物信息学分析,最后选取一些差异蛋白质进行Western blot验证。组间差异的比较采用独立样本 t检验或Wilcoxon检验。 结果:共筛选到38种差异蛋白质:24个蛋白表达上调(差异倍数>2.0且 P<0.05),14个蛋白表达下调(差异倍数<-2.0且 P<0.05)。差异蛋白质主要分布在细胞膜、细胞质、外泌体等,主要参与神经系统发育、负向调控神经细胞的凋亡以及化学突触传递等生物学过程。差异蛋白质主要富集在4个信号通路上,且以脑源性神经营养因子、一氧化氮合酶1、神经调节素(GAP43)、囊泡谷氨酸转运蛋白1(SLC17A7)、动力蛋白1、代谢型谷氨酸受体5和氨基酸转运蛋白等蛋白为核心骨架,形成蛋白相互作用信息网络。 结论:差异蛋白质同时参与认知功能障碍及WML相关的多条信号通路,GAP43和SLC17A7可能是WML发病机制的关键靶点。
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编辑人员丨3天前
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转录组学联合蛋白质组学分析表皮生长因子样结构域9影响肝癌细胞增殖、侵袭和迁移的信号通路
编辑人员丨3天前
目的:通过转录组学联合蛋白质组学的研究方法,分析表皮生长因子样结构域9(EGFL9)影响肝癌细胞增殖、侵袭和迁移的信号通路。方法:采用RNA干扰技术构建EGFL9基因敲减的Huh-7肝癌细胞系,选取对照组(NC组)和实验组(KD组),每组3个样本,进行转录组学和蛋白质组学分析,筛选出差异基因和差异蛋白质后,对其进行表达关联分析、聚类分析,利用基因本体论(GO)和京都基因和基因组数据库(KEGG)分别进行基因功能和通路的注释富集分析。结果:基于组学分析发现,KD组与NC组比较,有8 335个差异基因,其中上调4 207个,下调4 128个;有298个差异蛋白质,其中上调188个,下调110个。基于两组学联合分析发现,213个共有差异表达基因,其中在转录水平和翻译水平差异表达程度明显的前3名共有差异表达基因为:转铁蛋白受体2(TFR2)、膜联蛋白A1(ANXA1)、溶质载体家族38成员2(LC38A2);共有差异表达基因显著富集的信号通路为:细胞周期信号通路、氨基酸的生物合成通路、p53信号通路和糖酵解/糖异生信号通路。结论:EGFL9可能通过调控TFR2、ANXA1、LC38A2等基因的表达参与肝癌细胞的细胞功能调控,并可能通过调控细胞周期等分子信号通路发挥作用。
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编辑人员丨3天前
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二甲双胍治疗系统性红斑狼疮疗效与SLC47A1基因多态性的相关性研究
编辑人员丨3天前
目的:探索二甲双胍治疗SLE疗效及安全性与SLC47A1 rs2289669位点基因多态性的相关性。方法:盲态纳入二甲双胍治疗SLE的多中心、随机、双盲、安慰剂对照临床研究中完成试验并自愿捐献外周静脉血样本的受试者,检测SLC47A1基因多态性位点突变情况。分析记录随访12个月内二甲双胍组和安慰剂组受试者SLE疾病活动情况及不良事件发生情况,分析疗效/安全性和不同基因型的相关性。分别使用 t检验、 χ2检验对计量资料和计数资料进行统计分析。 结果:2016年5月24日至2017年12月13日,共盲态纳入二甲双胍组受试者31例,安慰剂组35例。纳入的受试者基线期临床表现(SELENA)-SLEDAI及治疗方案差异无统计学意义。经检测,受试者SLC47A1 rs2289669基因分型(AA型、GA型、GG型)在二甲双胍组与安慰剂组分布频率差异无统计学意义。二甲双胍组中,出现疾病复发的受试者较未复发的受试者具有更低频率的A等位基因[25%(4/16)与61%(28/46), χ2=6.116, P=0.019 8];AA型患者疾病复发率低于GG型[0(0/8)与57%(4/7), χ2=6.234, P=0.012 5]。二甲双胍组受试者感染发生率较安慰剂组更低[38%(12/31)与69%(24/35), χ2=5.913, P=0.015 0],但二甲双胍组中不同基因型受试者感染发生率差异无统计学意义,AA型受试者较GG型受试者呈现感染发生率降低的趋势[38%(3/8)与72%(5/7), χ2=1.727, P=0.188 8]。 结论:二甲双胍具有良好安全性,可能降低SLE疾病复发风险。二甲双胍治疗SLE的疗效与SLC47A1基因多态性具有相关性,AA基因型患者使用二甲双胍较GG型及GA型可在降低疾病复发率方面得到更优获益。
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编辑人员丨3天前
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内蒙古呼和浩特地区汉族和蒙古族耳聋患者基因突变特征分析
编辑人员丨1周前
目的 分析中国内蒙古呼和浩特地区蒙古族和汉族非综合征型耳聋(NSHL)患者的基因突变频率,为建立地域性的耳聋基因突变图谱的绘制提供参考.方法 采用高通量测序技术,对本地区87例汉族和38例蒙古族NSHL患者进行18基因100位点的检测,统计并分析本地区耳聋基因突变谱和频率.结果 本研究125例患者中有62例被检出至少一个突变等位基因,包括31例GJB2(24.8%)突变、26例SLC26A4(20.8%)突变、3例GJB3(2.4%)突变和2例MT-CO1(1.6%)突变.其中汉族患者的基因突变频率为56.32%(49/87),而蒙古族患者的基因突变频率为34.21%(13/38).GJB2基因突变位点占所有等位基因的25.29%(55/250),其中汉族患者GJB2基因致病突变位点占所有等位基因的26.44%(46/174),而蒙古族患者GJB2基因致病突变位点占所有等位基因位点的11.84%(9/76).汉族和蒙古族患者的耳聋基因位点突变频率存在显著差异.其中GJB2基因和GJB2c.235delC在两个民族之间差异明显.结论 本地区NSHL患者最常发生GJB2 c.235delC和SLC26A4 c.919-2A>G突变.汉族患者GJB2基因的突变频率明显高于蒙古族患者,且两组患者的GJB2和SLC26A4基因的突变谱也有所不同.
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编辑人员丨1周前
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增强子RNA FGB在结直肠癌肝转移中的作用
编辑人员丨2024/6/22
目的 研究增强子RNA(eRNAs)在结直肠癌肝转移中的调控作用,并进一步明确eRNA FGB在结直肠癌肝转移中的作用.方法 从美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库下载获得105 例原发性结直肠癌GSE178120 和 283 例结直肠癌肝转移GSE15921 组织的基因表达图谱,采用WGCNA分析、lasso回归分析、多重Cox回归分析、Pearson相关性分析结合生存分析,明确结直肠癌肝转移的核心eRNA基因.采用CCK8法、克隆形成和transwell法研究eRNA(FGB)基因对细胞增殖、迁移和侵袭性的影响.结果 生物信息学分析筛选出2个具有重要预后意义的eRNA(FGB和SLC38A4)(P<0.05),同时FGB(P=0.004 23)对比SLC38A4(P=0.014 78)的统计学意义更为显著.体外细胞实验结果,明确FGB的过表达可以抑制结直肠细胞系的增殖和克隆形成能力,同时抑制结直肠癌细胞的转移.结论 eRNA在结直肠癌肝转移的调控机制中发挥重要作用,FGB参与了结直肠癌肝转移的分子机制调控,这为结直肠癌肝转移的早期诊断和治疗提供了新的研究策略.
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编辑人员丨2024/6/22
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氨基酸转运蛋白SLC38A2促进NK细胞对肿瘤细胞的杀伤作用
编辑人员丨2024/4/13
目的:探讨溶质载体家族 38 成员 2(solute carrier family 38 member 2,SLC38A2)对自然杀伤(natural killer,NK)细胞肿瘤杀伤活性的影响.方法:采用实时荧光定量PCR法检测谷氨酰胺缺失NK细胞和节食小鼠脾脏中谷氨酰胺相关氨基酸转运蛋白(SLC38A2、SLC1A5、SLC7A5、SLC7A1和SLC1A4)mRNA的表达情况.通过慢病毒感染的方法将携带有SLC38A2基因重组慢病毒载体转入NK-92MI细胞使SLC38A2过表达.在SLC38A2过表达或谷氨酰胺浓度提高后,利用乳酸脱氢酶释放实验检测NK-92MI细胞对胰腺癌细胞PANC-1和肝癌细胞HUH-7的杀伤活性,并通过FCM法(FITC-Annexin V/7-AAD染色)检测NK-92MI细胞对PANC-1和HUH-7细胞凋亡的影响.最后,通过FCM法进一步检测NK-92MI细胞中杀伤效应分子干扰素-γ(interferon-γ,IFN-γ)和肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)的表达水平以及脱颗粒标志分子CD107a的表达水平.结果:在缺失谷氨酰胺的培养条件下以及节食小鼠模型中获得的NK-92MI细胞中氨基酸转运蛋白SLC38A2 mRNA的表达显著增高(P<0.001和P<0.01)o成功构建SLC38A2过表达的NK-92MI细胞;SLC38A2过表达或谷氨酰胺处理均可以明显提升NK-92MI细胞对胰腺癌PANC-1和肝癌HUH-7细胞的杀伤能力(P均<0.05),同时对肿瘤细胞的凋亡具有明显的促进作用(P均<0.01).流式细胞分析结果显示,过表达SLC38A2的NK-92MI细胞在杀伤肿瘤细胞的过程中,细胞内IFN-γ和TNF-α的含量均显著增加(P均<0.001),细胞膜表面CD 107a的表达水平显著提高(P<0.001).结论:氨基酸转运蛋白SLC38A2能显著增强NK细胞对肿瘤细胞的杀伤活性.
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编辑人员丨2024/4/13
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脂肪酸氧化抑制剂Etomoxir增强神经胶质瘤放射治疗敏感性的实验研究
编辑人员丨2023/8/6
目的 初步研究神经胶质瘤的放射治疗(放疗)抵抗效应中脂肪酸代谢变化,以期为提高放疗效果提供理论依据.方法 用60 Gy剂量照射体外培养胶质瘤细胞GBM1、GBM2和GBM3,分析比较存活下来的放疗抗性细胞(Treatment-resistant glioblastoma clones,TRGC)和未经放疗处理的肿瘤细胞(treatment-sensitive glioblastoma clones,TSGC)之间AMPK、Akt和NAD+等能量代谢差异,并用基因芯片差异分析系统比较两者之间代谢调节基因的表达变化,根据脂肪酸代谢相关基因表达差异,选用脂肪酸氧化抑制剂Etomoxir抑制GBM1、GBM2和GBM3脂肪酸代谢后的放疗效果.结果 经过60Gy剂量照射后的GBM1、GBM2和GBM3分别在照射结束后的第181、66和233天形成放疗抗性克隆TRGC,与TSGC细胞克隆相比,生成的活化AMPK、Akt和NAD+明显增多,脂肪酸代谢调节基因TXNIP、EGR1、ALDH3A2、PLD3、SLC38A1和OSBPL8等基因明显增高.与单独用4 Gy剂量放疗处理的TRGC克隆只有极少数细胞凋亡相比,用脂肪酸氧化抑制剂Etomoxir抑制脂肪酸代谢后再用4Gy低剂量放疗处理的TRGC出现大量细胞凋亡,即使培养4周后形成的新克隆小且稀疏.结论 脂肪酸氧化代谢与胶质瘤细胞的放疗抵抗有关,抑制脂肪酸氧化代谢后明显增加胶质瘤细胞的放射治疗效果.
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编辑人员丨2023/8/6
