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Rotor综合征患儿4例的临床特征及遗传学分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨4例Rotor综合征患儿 SLCO1B1/ SLCO1B3基因的变异特点,为临床诊疗和遗传咨询提供依据。 方法:以2019年1月至2022年1月湖南省儿童医院肝病科收治的4例患儿作为研究对象,对其进行家系全外显子组测序分析,并用凝胶电泳法对长散布元件-1(LINE-1)插入变异进行验证。结果:4例患儿均表现为皮肤及巩膜黄染。基因检测提示其 SLCO1B1基因存在3处变异,分别为c.1738C>T(p.R580*)、c.757C>T(p.R253*)以及c.1622A>C(p.Q541P); SLCO1B3基因存在2处变异,分别为c.481+22insLINE-1及c.1747+1G>A。3例患儿携带 SLCO1B1/ SLCO1B3基因纯合变异,1例携带复合杂合变异。Sanger测序证实了上述变异的存在,凝胶电泳实验证实4例患儿均携带 SLCO1B3基因第6内含子约6 kb的LINE-1插入变异。 结论:4例Rotor综合征患儿均由 SLCO1B1/ SLCO1B3基因的变异所致。 SLCO1B3基因LINE-1插入变异可能是中国Rotor患者中常见的变异类型。
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编辑人员丨1周前
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草酸钙结晶肾损伤小鼠肾脏转录组学和蛋白组学联合分析
编辑人员丨1周前
目的:了解草酸钙结晶肾损伤过程中肾组织基因及蛋白的动态变化,探讨草酸钙结晶肾损伤的可能机制。方法:采用10只8周龄雄性C57BL/6J小鼠,适应性饲养1周,按随机数字表法将其分为对照组和草酸钙结晶肾损伤组(模型组),应用乙醛酸(50%,9 mmol/L)腹腔注射(100 mg·kg -1·d -1,持续5 d)建立草酸钙结晶肾损伤小鼠模型,对照组小鼠予等体积0.9%氯化钠溶液腹腔注射。使用HE染色、PAS染色、Masson染色及Von Kossa染色观察模型组小鼠是否造模成功。对小鼠肾组织进行转录组学和蛋白组学测序,根据差异基因和差异蛋白结果筛选与草酸钙结晶肾损伤有关的基因和蛋白并进行基因本体(gene ontology,GO)及京都基因和基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析。采用主成分分析图、热图及火山图进行肾组织转录组学和蛋白组学分析。采用韦恩图分析差异基因和差异蛋白的重叠内容。 结果:模型组小鼠肾脏HE染色、PAS染色结果显示肾组织形态结构异常,Masson染色结果显示肾组织存在纤维化,Von Kossa染色结果显示皮髓交界处大量钙盐沉积,血肌酐、血尿素氮等肾损伤标志物显著升高,提示草酸钙结晶肾损伤小鼠模型构建成功。转录组学分析结果显示,相比对照组,模型组共存在2 815个显著差异基因,其中2 004个基因上调,811个基因下调;蛋白组学分析结果显示,模型组共存在1 197个差异蛋白,其中353个蛋白上调,844个蛋白下调。共有338个差异基因与差异蛋白相对应,其中324个差异基因与差异蛋白趋势一致。在表达上调及下调对应的差异基因和差异蛋白中均选取表达差异较大的5个差异分子,分别为血清淀粉样蛋白A1(SAA1)、微小染色体维持蛋白4(MCM4)、精氨酸酶2(ARG2)、S100钙结合蛋白A6(S100A6)、白细胞分化抗原14(CD14)、葡萄糖-6-磷酸酶催化亚基(G6PC)、溶质转运家族22成员6(SLC22A6)、溶质载体有机阴离子转运蛋白家族成员1A1(SLCO1A1)、磷酸烯醇丙酮酸羧激酶1(PEPCK1)和吲哚胺N-甲基转移酶(INMT)。GO分析表明2个组学相关的差异分子富集的共同通路主要涉及线粒体功能、多种能量代谢通路及免疫失调;而KEGG富集分析显示2个组学相关的差异分子主要的富集通路包括转运体异常、线粒体功能障碍、神经退行性病变、氨基酸代谢通路异常、氧化磷酸化等能量代谢通路异常等。结论:草酸钙结晶肾损伤小鼠肾脏基因和蛋白层面均发生明显变化。线粒体功能障碍、多种能量代谢通路异常及免疫失调可能作为重要机制参与草酸钙结晶肾损伤的发病。
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编辑人员丨1周前
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基于ADME相关基因标记构建和验证子宫内膜癌预后风险评分模型
编辑人员丨2024/7/6
目的 基于控制药物吸收、分布、代谢和排泄(ADME)过程的ADME基因,构建子宫内膜癌(UCEC)预后模型,为预测UCEC的预后及肿瘤治疗提供参考.方法 从TCGA数据库和ICGC数据库中收集UCEC患者的基因表达谱以及临床数据.使用单因素Cox回归分析确定与UCEC预后相关的ADME基因,使用最小绝对收缩与选择算子(LAS-SO)回归筛选出最佳预后基因并构建风险评分模型.采用Kaplan-Meier生存分析和受试者工作特征曲线(ROC)评估其预测能力,以R软件筛选差异表达基因并进行功能富集分析.结果 筛选出9个ADME基因(DHRS7B、CYP46A1、SL-CO4C1、NR1I2、SLC16A1、SLCO3A1、ARSA、ABCC5、MGST2)用于构建UCEC预后风险评分模型.生存分析显示,低风险评分组患者的生存时间明显长于高风险评分组患者(训练集:P<0.001;验证集P=0.032).训练集ROC曲线显示1、3和5年的曲线下面积分别为0.792、0.724和0.712,验证集分别为0.651、0.620和0.677,提示该预后风险评分模型对UCEC患者的生存状态具有良好的预测能力.单因素和多因素Cox回归分析显示,风险评分可作为UCEC潜在的独立预后因素(HR=1.77,P=0.035).高风险评分组和低风险评分组在miRNA介导的基因沉默、调控血管内皮细胞增殖与新生血管生成和萌芽血管生成的生物学过程中存在差异.结论 该研究筛选出的9个ADME基因所构建的预后风险评分模型可用于评估UCEC患者的预后.
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编辑人员丨2024/7/6
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血脂异常患者ApoE和SLCO1B1基因多态性与阿托伐他汀调脂治疗后血脂和肝功能的相关性
编辑人员丨2024/4/13
目的 研究血脂异常患者载脂蛋白(ApoE)、有机阴离子转运蛋白家族成员 1B1(SLCO1B1)基因多态性与阿托伐他汀调脂治疗后血脂、肝功能的相关性.方法 选取 2020 年 1 月—2023 年9 月就诊于沧州市人民医院的 128 例高脂血症患者,阿托伐他汀治疗至少 4 周,检测ApoE、SLCO1B1基因和血脂、肝功能指标,分析其因型与调脂疗效、肝功能指标关系.结果 阿托伐他汀治疗后,ApoE基因表型E2 组三酰甘油(TG)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)水平均较治疗前改善,E3组总胆固醇(TC)、HDL-C、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)水平均较治疗前改善,E4 组HDL-C水平均较治疗前改善,差异有统计学意义(P<0.05).治疗后,ApoE基因表型各组丙氨酸转氨酶(ALT)差异无统计学意义,仅E3 组谷氨酰转移酶(GGT)差异有统计学意义(P<0.05).阿托伐他汀治疗后,SLCO1B1基因表型Ⅰ型的TC、TG、HDL-C、LDL-C均较治疗前改善,Ⅱ型HDL-C较治疗前改善,差异有统计学意义(P<0.05).治疗后,SLCO1B1基因表型各组ALT、GGT差异无统计学意义.结论 临床使用阿托伐他汀时,可检测ApoE、SLCO1B1基因多态性评估降脂疗效,实现阿托伐他汀个体化用药.
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编辑人员丨2024/4/13
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长链非编码RNA SLCO4A1-AS1靶向微小RNA-615-5p对食管癌细胞增殖、凋亡和炎症因子表达的影响
编辑人员丨2024/3/30
目的 探讨长链非编码RNA(LncRNA)溶质载体有机阴离子转运蛋白家族成员4A1反义RNA1(SLCO4A1-AS1)靶向微小RNA-615-5p(miR-615-5p)对食管癌细胞增殖、凋亡和炎症因子表达的影响.方法 运用实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)分析 LncRNA SLCO4A1-AS1 和 miR-615-5p 在食管癌组织、细胞系中表达情况.将 si-NC、si-LncRNA SLCO4A1-AS1、miR-NC、miR-615-5p 模拟物、pcDNA、pcDNA-LncRNA SLCO4A1-AS1、si-LncRNA SLCO4A1-AS1+anti-miR-NC、si-LncRNA SLCO4A1-AS1+anti-miR-615-5p分别转染Eca109细胞.CCK-8和流式细胞术用于检测细胞活力和凋亡率;平板克隆实验用于检测细胞增殖;酶联免疫吸附法(ELISA)试剂盒检测培养液中白细胞介素-6(IL-6)和肿瘤坏死因子-α(TNF-α)水平.采用双荧光素酶报告基因法确定LncRNA SLCO4A1-AS1与miR-615-5p的关系.结果 食管癌组织、细胞系中 LncRNA SLCO4A1-AS1表达上调,miR-615-5p表达下调.抑制LncRNA SLCO4A1-AS1表达后,细胞活力、细胞克隆形成数量以及培养液中IL-6和TNF-α水平降低,miR-615-5p表达量、细胞凋亡率升高,差异有统计学意义(P<0.05).与miR-NC组比较,miR-615-5p组Eca109细胞中miR-615-5p表达量、Cleaved-caspase-3蛋白水平、凋亡率升高,细胞活力、细胞克隆形成数量、培养液中IL-6和TNF-α水平降低,差异有统计学意义(P<0.05).与 si-LncRNA SLCO4A1-AS1+anti-miR-NC 比较,si-LncRNA SLCO4A1-AS1+anti-miR-615-5p组Eca109细胞中miR-615-5p表达量、Cleaved-caspase-3蛋白水平、凋亡率降低,细胞活力、细胞克隆形成数量、培养液中 IL-6和TNF-α水平升高,差异有统计学意义(P<0.05).结论 LncRNA SLCO4A1-AS1能够促进食管癌的发生和发展.抑制LncRNA SLCO4A1-AS1能够减少食管癌细胞的增殖,降低炎症因子的表达,诱导癌细胞凋亡.
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编辑人员丨2024/3/30
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急性脑梗死患者CYP2C19、MTHFR、SLCO1B1和APOE基因检测结果分析
编辑人员丨2024/2/3
目的 探讨急性脑梗死患者CYP2C19、MTHFR、SLCO1B1和APOE基因多态性分布,为个体化药物治疗提供理论依据.方法 选取2020-2022年该院收治的急性脑梗死患者400例作为研究对象,采用PCR-荧光探针方法对急性脑梗死患者CYP2C19、MTHFR、SLCO1B1和APOE基因多态性进行检测,分析基因多态性分布的情况.结果 在急性脑梗死患者中,CYP2C19基因表型中EM型占比为44.25%,PM型占比为9.75%;MTHFR基因C677T位点 突变型(CT型+TT型)占比为78.50%,CC型占比为21.50%;SL-CO1B1基因型中的78.75%为Ⅰ类野生表型,1.50%为Ⅲ类纯合突变型;APOE基因表型中E2型和E3型占比为84.25%,E4型占比为15.75%.结论 对400例急性脑梗死患者CYP2C19、MTHFR、SLCO1B1和APOE基因多态性的分布进行了分析,对指导急性脑梗死患者人群个体化用药提供数据支持,对实现安全用药具有重要意义.
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编辑人员丨2024/2/3
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沉默LncRNA SLCO4 A1-AS1通过靶向miR-876-3p抑制宫颈癌细胞增殖、迁移和侵袭
编辑人员丨2023/8/5
目的 探讨长链非编码RNA(LnCRNA)溶质载体有机阴离子转运蛋白家族成员4A1反义RNA1(SLCO4A1-AS1)调控miR-876-3p对宫颈癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响.方法 qRT-聚合酶链反应(PCR)检测正常宫颈细胞株Ect1/E6E7和4种宫颈癌细胞株(SiHa、HeLa、C33a、Caski)中miR-876-3p和SLCO4A1-AS1的表达水平.以HeLa细胞为研究对象,分别构建沉默SLCO4A1-AS1或过表达miR-876-3p的HeLa细胞株,四甲基偶氮唑蓝(MTT)检测细胞增殖活力,Transwell实验检测细胞的迁移和侵袭能力,Western印迹检测增殖相关蛋白和迁移侵袭相关蛋白的表达.双荧光素酶报告基因实验和qRT-PCR验证SLCO4A1-AS1和miR-876-3p的靶向关系.结果 与NC组和si-con组比较,si-SLCO4A1-AS1组HeLa细胞SL-CO4A1-AS1的表达水平显著下降(P<0.05),表明沉默SLCO4A1-AS1的宫颈癌细胞株构建成功.与NC组和si-con组比较,si-SLCO4A1-AS1组HeLa细胞p21蛋白表达水平显著升高,细胞周期素(Cyclin)D1蛋白表达水平显著降低,细胞增殖活力显著降低(均P<0.05).与NC组和si-con组比较,si-SLCO4A1-AS1组HeLa细胞MMP-2和MMP-9蛋白的表达均显著降低,迁移和侵袭细胞数目均显著较少(P<0.05).生物信息学分析发现,SLCO4A1-AS1和miR-876-3p存在部分连续特异性互补的核苷酸序列.miR-876-3p组SLCO4A1-AS1-WT水平显著低于miR-con组(P<0.001).si-con组HeLa细胞miR-876-3p的表达水平(1.00±0.09)显著低于si-SLCO4A1-AS1组(4.36±0.44,P<0.05);pcDNA组HeLa细胞miR-876-3p的表达水平(0.96±0.08)显著高于pcDNA-SLC04A1-AS1组(0.53±0.05,P<0.05).与NC组和miR-con组比较,miR-876-3p组HeLa细胞miR-876-3p的表达水平显著升高(P<0.05),表明过表达miR-876-3p的宫颈癌细胞株构建成功.与NC组和miR-con组比较,miR-876-3p组HeLa细胞p21蛋白的表达水平显著升高,CyclinD1、MMP-9、MMP-2蛋白的表达水平显著下降,细胞增殖活力显著降低,迁移和侵袭数目显著减少(均P<0.05).与si-con组比较,si-SLCO4A1-AS1组HeLa细胞miR-876-3p和p21表达显著升高,Cy-clinD1、MMP-9、MMP-2蛋白表达水平显著下降,细胞增殖活力显著降低,迁移和侵袭数目显著减少(均P<0.05);与si-SL-CO4A1-AS1+anti-miR-con组比较,si-SLCO4A1-AS1+anti-miR-876-3p组HeLa细胞miR-876-3p和p21表达显著降低,CyclinD1、MMP-9、MMP-2蛋白表达水平显著升高,细胞增殖活力显著升高,迁移和侵袭数目显著增加(P<0.05).结论 沉默SLCO4A1-AS1通过靶向上调miR-876-3p抑制宫颈癌细胞的增殖、迁移和侵袭.
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编辑人员丨2023/8/5
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依托咪酯通过调控lncRNA SLCO4A1-AS1表达影响宫颈癌HeLa细胞增殖、迁移、侵袭及糖酵解的机制研究
编辑人员丨2023/8/5
目的:探究依托咪酯对宫颈癌HeLa细胞增殖、迁移、侵袭及糖酵解的影响和可能机制.方法:体外培养HeLa细胞,经不同剂量(0、0.2、0.4、0.8μg·ml-1)依托咪酯干预后,细胞计数试剂盒-8(CCK-8)实验、克隆形成实验、Transwell实验分别测定细胞增殖抑制率、克隆形成数、迁移细胞数和侵袭细胞数,试剂盒测定葡萄糖消耗量和乳酸产生量,蛋白质印迹实验测定M2型丙酮酸激酶(PKM2)、己糖激酶2(HK2)蛋白表达量,实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)法测定细胞中SLC04A1-AS1表达量.同时以正常宫颈细胞株Ect1/E6E7为对照,RT-qPCR法测定宫颈癌HeLa细胞中SLC04A1-AS1表达量.转染SLC04A1-AS1小干扰RNA至HeLa细胞或用0.8 μg·ml-1依托咪酯干预转染SLC04A1-AS1过表达载体的HeLa细胞后,上述相同方法测定细胞增殖抑制率、克隆形成数、迁移细胞数和侵袭细胞数、葡萄糖消耗量、乳酸产生量及PKM2、HK2蛋白表达量.结果:依托咪酯增加HeLa细胞增殖抑制率,降低细胞克隆形成数、迁移细胞数和侵袭细胞数、葡萄糖消耗量、乳酸产生量及PKM2、HK2蛋白表达量,同时降低细胞中SLC04A1-AS1表达量.宫颈癌HeLa细胞中SLC04A1-AS1表达量较Ect1/E6E7细胞升高.干扰SLC04A1-AS1增加HeLa细胞增殖抑制率,降低细胞克隆形成数、迁移细胞数和侵袭细胞数、葡萄糖消耗量、乳酸产生量及PKM2、HK2蛋白表达量.上调SLC04A1-AS1逆转依托咪酯对HeLa细胞增殖、迁移、侵袭及糖酵解的影响.结论:依托咪酯可抑制宫颈癌HeLa细胞增殖、迁移、侵袭及糖酵解,其作用机制可能与下调细胞中SLC04A1-AS1表达有关.
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编辑人员丨2023/8/5