目的 对2023年淮安市一起食物中毒事件分离的副溶血性弧菌进行全基因组测序和耐药性分析,为副溶血性弧菌引起的食源性疾病的防控和临床治疗提供参考.方法 采用Illumina测序平台进行全基因组测序,通过全基因组单核苷酸多态性(wg-SNP)和多位点序列分型(MLST)分析进行溯源,在线数据库鉴定菌株携带的毒力和耐药基因,采用微量肉汤稀释法进行药敏实验.结果 共分离到12株副溶血性弧菌,3株来自病例、9株来自留样食品.其中2株食物分离株与3株病例分离株wg-SNP差异数为0～2bp,都属于ST3型,判断为同一克隆;其余7株食物分离株与病例分离株wg-SNP差异数为11 341～37 173 bp,判定为不同克隆.从病例和食品中分离的ST3型副溶血性弧菌都携带外毒素基因tdh和tlh,其余菌株仅携带tlh.本事件分离的副溶血性弧菌都携带blaCARB型耐药基因,且对头孢唑啉耐药率较高.结论 通过全基因组测序分析,本起事件由携带tdh毒力基因的ST3型副溶血性弧菌污染食品引发,显示全基因组测序技术在中毒事件快速溯源中有较好的应用前景.该菌株对头孢唑啉耐药,可为临床治疗抗生素选用提供依据.

目的:探讨中国汉族人群中白细胞介素2受体α（IL2RA）基因单核苷酸多态性（SNP）的分布特征及其与经典1型糖尿病（T1DM）的关系。方法:收集2008年1月至2014年12月于南京医科大学第一附属医院和南京医科大学附属儿童医院就诊的T1DM患者和健康对照者。记录患者的血清C肽、锌转运体8抗体（ZnT8A）、谷氨酸脱羧酶抗体（GADA）、蛋白酪氨酸磷酸酶抗体（IA-2A）、IL2RA基因rs3118470和rs2104286位点的基因分型等检测结果。采用 t检验、 χ2检验和Kruskal-Wallis H检验比较T1DM组和健康对照组的一般资料以及各基因型T1DM患者的临床特征。采用logistic回归比较T1DM患者组和对照组之间等位基因及基因型的频率分布，并校正潜在混杂因素（如年龄和性别）。采用单因素logistic回归分析法分析不同模型（显性、隐性、超显性和加性模型）下各位点多态性与T1DM易感性的关联。 结果:IL2RA rs3118470位点次要等位基因C为T1DM的风险等位基因（ P=0.026），在显性遗传和加性遗传模型下，IL2RA rs3118470位点多态性与T1DM易感性相关［OR（95%CI）分别为0.807（0.666~0.978）和0.880（0.783~0.989），均 P<0.05］，但其不同基因型组间T1DM患者临床特征差异均无统计学意义（均 P>0.05）。IL2RA rs2104286位点不同基因型组间T1DM患者ZnT8A阳性率的差异有统计学意义（ P=0.035）。 结论:IL2RA rs3118470位点多态性与中国汉族人群T1DM易感性相关，其次要等位基因C是T1DM的风险等位基因，IL2RA rs2104286位点多态性与患者ZnT8A阳性率有关。

目的:通过全外显子组测序(WES)技术筛查原发性胆汁性胆管炎(PBC)家系共有的低频变异位点，以期发现与PBC相关的新易感基因。方法:收集2000年1月至2017年12月于天津医科大学总医院诊断的3个PBC家系的7例PBC患者和2名健康对照者的临床资料，提取血液DNA样本并进行WES，应用SAMtools 1.3软件检测基因单核苷酸多态性(SNP)和得失位变异位点，并于已知数据库1000 Genome、ExAC、ESP6500和诺禾-中华基因数据库筛选低频变异位点。应用Pymol V2.3.2软件模拟主要组织相容性复合体-Ⅱ(MHC-Ⅱ)分子三维结构，观察家系间共有变异位点对应的氨基酸位置。结果:7例PBC患者首诊年龄为(61.2±10.2)岁。血清检测结果示7例患者的ALP为(306.9±242.5) U/L，GGT为(121.7±85.9) U/L，ALT为(47.6±33.1) U/L，AST为(55.7±34.1) U/L，免疫球蛋白G为(14.9±3.1) g/L；抗核抗体核型均存在胞质颗粒型特征；抗线粒体抗体均为阳性。5例PBC患者出现腹腔内淋巴结肿大；2例患者合并肝外自身免疫病；2例患者肝脏活组织检查结果均提示界面性肝炎和小胆管病变。3个PBC家系间共有18个SNP位点，分别位于 OTOA、 OBSCN和人类白细胞抗原- DRB1( HLA- DRBI)基因。 OTOA基因的rs200988634是3个家系共有的多态性位点； OBSCN基因的rs746424683、rs545316651、rs553144914、rs533059830和rs56087721分别导致9种氨基酸的改变；基因 HLA- DRB1共有12个不同的SNP位点，分别导致12种氨基酸的改变，其中rs16822698、rs112796209和rs11554463核苷酸突变分别导致MHC-Ⅱ分子β链的G154A、Y152C和Y107X氨基酸改变，Y107X氨基酸位于MHC-Ⅱ分子与抗原肽结合凹槽区域。 结论:对PBC家系进行WES是阐明恶性变异候选基因 OBSCN和 OTOA较好的策略。 HLA- DRB1为PBC的易感基因，可能通过改变氨基酸序列影响MHC-Ⅱ分子介导的抗原提呈过程。

目的:探讨TET2单核苷酸多态性（SNP）位点I1762V在急性髓系白血病（AML）患者中的临床意义及其对预后的影响。方法:采用高通量测序方法，对2016年7月至2019年12月于河南省肿瘤医院血液科就诊的413例AML患者骨髓样本中的58种血液肿瘤相关基因进行靶向测序。统计TET2 SNP位点I1762V的检出情况，并分析其与患者的临床特征、体细胞突变、预后的相关性。结果:154例AML患者检出TET2 SNP位点I1762V，检出比例为37.3%，与公共数据库（NyuWa Chinese Population Variant Database，NCVD）对照人群相比差异有统计学意义（ χ2＝72.4， P<0.001）；TET2 SNP位点I1762V与AML患者的性别、年龄、染色体核型等均无明显相关性（ P值均>0.05）。携带TET2 SNP位点I1762V的患者伴发NPM1基因突变和KIT基因突变的比例显著高于非携带者（ P<0.001），且NPM1和KIT突变互斥发生。生存分析结果显示，携带TET2 SNP位点I1762V的AML患者总生存（OS）率、无进展生存（PFS）率显著高于野生型患者（ HR＝0.57， P＝0.030； HR＝0.55， P＝0.020）；不论是否携带TET2 SNP位点I1762V，DNMT3A突变的AML患者OS率、PFS率均低于野生型患者（ HR＝1.79， P＝0.030； HR＝1.74， P＝0.040）。 结论:TET2 SNP位点I1762V可能与AML相关，可用于指导治疗和预后评估。TET2 SNP位点I1762V是影响AML患者预后的有利因素。

目的:探讨三酰甘油葡萄糖(TyG)指数和Toll样受体4(Toll-like receptor 4, TLR4)、NOD样受体热蛋白结构域相关蛋白3(NOD-like receptor thermal protein domain associated protein 3, NLRP3)基因单核苷酸多态性对痛风的危险性以及基因与TyG指数交互作用对痛风易感性的影响。方法:选取男性痛风患者315例和同期健康男性体检者499名，通过问卷调查收集研究对象的一般信息，并采集其外周静脉血检测血液生化指标；采用多重连接酶检测反应对NLRP3、TLR4的3个单核苷酸多态性(SNP)位点进行检测，应用 logistic回归分析比较NLRP3、TLR4等位基因与痛风风险之间的相关性；采用广义多因素降维法(GMDR)模型和 logistic回归分型分析SNP与TyG指数与痛风的交互作用。 结果:对吸烟、饮酒等因素进行校正后TyG指数每增加1个标准差痛风的风险增加61.1%。rs10754558、rs10759932和rs7525979的CC基因型为汉族痛风高危险基因型。GMDR结果显示，rs10754558-TyG指数、rs7525979-TyG指数和rs10759932-TyG指数的交互作用模型在对照组和痛风组间的差异均存在统计学意义( P<0.05)，提示所选取的3个SNP基因型与TyG指数之间可能存在交互作用。对所选取的3个SNP基因型与TyG指数进行分层分析，发现在校正年龄、吸烟等因素后，rs10754558位点携带C/C或C/G基因型的高TyG指数者相对携带GG基因型和低TyG指数者痛风风险增加( OR＝2.127, P<0.05)。 结论:rs10754558、rs10759932和rs7525979的CC基因型为汉族痛风高危险基因型，rs10754558与TyG指数之间的相互作用可能增加痛风的发病风险。

目的:探讨人类白细胞抗原G 3′非翻译区（human leucocyte antigen-g 3′ untranslated region，HLA-G 3′ UTR）基因单核苷酸多态性以及单倍型在不明原因复发性流产患者中的分布情况及可能的预测作用。方法:采用病例对照研究。选择2017年6月至2018年7月温州市中医院70例不明原因复发性流产（unexplained recurrent spontaneous abortion，URSA）妊娠患者（病例组）以及54例产前检查健康妇女（对照组），采集外周全血和血清。离心柱法提取外周全血基因DNA，PCR扩增HLA-G 3′UTR DNA。Sanger测序法测得基因序列并进行基因分型。SHEsis在线软件分析单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）位点等位基因和基因型的频率，比较分析对照组和病例组的分布差异。Phase软件构建单倍型。ELISA检测血清可溶性HLA-G（soluble human leucocyte antigen-G，sHLA-G）浓度。两组间SNP位点基因型及单倍型比较采用χ 2检验，两组sHLA-G浓度比较采用 t检验。 结果:URSA组和对照组均检测出8个多态性位点，包括14bp ins/del、+3003C/T、+3010G/C、+3027A/C、+3035C/T、+3142C/G、+3187A/G及+3196C/G，均符合哈迪-温伯格平衡（Hardy-Weinberg，H-W）检验平衡检验，比较分析显示+3010G/C、+3142C/G、+3187A/G三个位点在两组间的分布差异有统计学意义（χ 2=8.514， P=0.004；χ 2=0.552， P=0.021；χ 2=8.183， P=0.005）。携带+3010C等位基因、+3142G等位基因患病风险相对较高（ OR=2.131，95 %CI=1.278~3.552，χ 2=8.514， P=0.004； OR=1.813，95 %CI=1.091~3.013，χ 2=0.552， P=0.021）；携带+3187G等位基因患病风险相对较低（ OR=0.476，95 %CI=0.285~0.794，χ 2=8.183， P=0.005）。8个位点紧密连锁，单倍型分析显示UTR-1（DTGCCCGC）可能是URSA的保护因素（ OR=0.497，95 %CI=0.295~0.837，χ 2=6.987， P=0.008），UTR-3（DTCCCGAC）可能是URSA的危险因素（ OR=1.732，95 %CI=1.009~2.974，χ 2=3.998， P=0.045）。UTR-1/UTR-1纯合子频率在URSA患者中显著低于健康妊娠人群（ OR=0.381，95 %CI=0.165~0.879，χ 2=5.292， P=0.024），可能是URSA的一个保护因素。未发现血清sHLA-G与HLA-G 3′UTR基因单倍型的关联性（ t=1.578， P=0.119）。 结论:HLA-G 3′UTR基因多态性及单倍型与URSA具有一定相关性，可能为临床诊疗和预测提供依据。

目的:TLR2亚家族由Toll样受体1(TLR1)、TLR2、TLR6和TLR10组成。我们之前一项关于132例卡介苗骨炎的对照研究表明：TLR1、TLR2和TLR6突变与卡介苗骨炎的发病风险有关。本次我们评估此队列中TLR10基因的10个单核苷酸多态性(SNP)位点的作用。方法:采用聚合酶链反应(PCR)对之前132例卡介苗骨炎患者的5个TLR10 SNPs同源位点(rs10004195、rs10856837、rs10856838、rs1109695和rs11466652)，5个TLR10基因的SNP错义突变位点(rs11096955、rs11096957、rs11466649、rs11466653和rs11466658)进行测序。结果:与芬兰正常人群相比，TLR10基因rs10004195位点多态性与卡介苗骨炎发病风险有关。13.6%的病例出现突变基因型(AT/AA)，对照组为26.2% ( P＝0.024)。相应地，病例组的次要等位基因频率(MAFs)低于对照组(0.152； P＝0.009)。其余9个TLR10基因的SNPs或MAFs在病例组和对照组无显著差异。 结论:TLR10基因的10个SNPs中，仅rs10004195位点突变与卡介苗骨炎发病风险有关。

目的:探讨谷胱甘肽还原酶（glutathione reductase，GSR）基因多态性与噪声性听力损失（noise-induced hearing loss，NIHL）易感性之间的关系。方法:2019年7月采用1∶1巢式病例对照研究方法，以河南省某钢铁厂的6 297名接触噪声作业工人为队列研究人群中，筛选接触噪声工龄≥3年、双耳高频（3 000、4 000、6 000 Hz）平均听阈≥40 dB的研究对象选择为听力损失组；并按照同性别、同工种、年龄相差≤5岁，接触噪声工龄相差≤2年，听力测试中任一耳语频（500、1 000、2 000 Hz）的任一频段听阈≤25 dB的匹配标准选择为对照组，筛选出听力损失组和对照组各276人。对调查对象进行一般体格检查和问卷调查，进行纯音听力测试和作业场所噪声测量。采用中高通量单核苷酸多态性分型检测技术（SNPscan TM法）对研究对象的GSR基因的3个核苷酸位点的多态性进行检测，并采用条件logistic回归分析不同单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）与NIHL的关系，及调整协变量后不同多态位点与NIHL发生风险的关系；以不同累积噪声暴露量（cumulative noise exposure，CNE）分层后，采用条件logistic回归分析不同位点与NIHL发生风险的关系。 结果:研究对象的年龄为（40.28±8.00）岁，接噪工龄为（18.71±8.92）年，研究对象接触噪声水平为80.05~93.35 dB（A），CNE为86.83~107.92 dB（A）·年。与对照组比较，听力损失组、CNE、饮酒和噪声接触水平差异均无统计学意义（ P>0.05）；而年龄、接噪工龄、吸烟、双耳高频平均听阈和双耳语频平均听阈水平有差异，差异有统计学意义（ P<0.05）。在调整吸烟、饮酒、高血压等因素后，在共显性模型下，与携带GG基因型比较，携带rs1002149 GT、rs2251780 GA基因型患NIHL的风险更高（ OR=1.558，95% CI：1.028~2.361； OR=1.550，95% CI：1.020~2.355， P<0.05）；与携带TT/GT基因型比较，携带rs1002149TT基因型患NIHL的风险更高（ OR=1.494，95% CI：1.002~2.228， P<0.05）；rs3779647位点基因型与患NIHL风险无关（ P>0.05）。在L Aeq，8 h>85 dB（A）分层下，与携带GG基因型相比，携带rs1002149 GT基因型、rs2251780 GT基因型发生NIHL风险更高（ OR=1.801，95% CI：1.093~2.967； OR=1.720，95% CI：1.050~2.817， P<0.05）。对rs1002149和rs2251780两个位点进行单体型分析，未发现与NIHL的易感性有关（ P>0.05）。 结论:GSR基因多态性可能与NIHL发生的易感性有关。

目的:探讨第三代测序技术在染色体微重复相关ATR-X综合征家系胚胎植入前遗传学检测中的临床应用价值。方法:2022年10月就诊于江西省妇幼保健院辅助生殖中心的1例生育过疑似ATR-X综合征患儿的家系为研究对象。染色体拷贝数变异测序（copy number variation sequencing，CNV-Seq）检测女方携带Xq21.1区域550 kb临床意义不明确的杂合微重复，该重复累及 ATRX基因部分序列。采用第三代长读长测序技术对女方基因组序列进行检测，确定上述重复插入基因组的物理位置，明确该重复的致病性，并获得与上述微重复连锁遗传的单核苷酸多态性位点（single nucleotide polymorphism，SNP）单倍型。夫妻双方签署知情同意书后行胚胎植入前遗传学检测（preimplantation genetic testing，PGT）助孕。挑选1枚不携带致病性微重复的整倍体胚胎移植，于孕中期羊水穿刺后进行产前诊断，验证是否与PGT结果一致，跟踪随访胎儿出生后情况。 结果:第三代长读长测序及Sanger测序验证结果显示，女方携带的Xq21.1微重复插入至基因组chrX：76804463-76804464（GRCh37/hg19），为 ATRX基因内串联重复，预测可能导致ATRX蛋白正常功能受损。该家系经PGT治疗，获得27枚卵子，卵胞质内单精子注射（intracytoplasmic sperm injection，ICSI）受精后成功养成13枚囊胚。囊胚活检细胞经遗传学检测显示，2枚胚胎为不携带上述致病微重复的整倍体胚胎。冻融胚胎移植1枚正常胚胎，成功妊娠，孕17周羊水穿刺检测结果未见异常，2023年11月孕39 +5周顺产娩一女活婴，体健。 结论:第三代测序技术凭借其长读长的特点，对临床意义不明确微重复进行PGT检测时有显著优势，不仅能够明确微重复插入基因组的位置，判断其致病性，还能够获得与目标变异连锁遗传的SNP单倍型，为后续胚胎检测做准备。

目的:采用孟德尔随机化（MR）方法探讨饮茶与恶性肿瘤发病之间的关联。方法:利用中国慢性病前瞻性研究中100 639名具有全基因组基因分型数据的研究对象，剔除基线时患有恶性肿瘤的个体，最终纳入分析100 218名。饮茶信息为基线自报，按是否每日饮茶、每日饮茶杯数、每日饮茶克数分别进行分析。采用二阶段最小二乘回归模型计算3个饮茶变量与随访期间新发的全部恶性肿瘤及多种类型恶性肿瘤（胃癌、肝和肝内胆管癌、结肠直肠癌、气管/支气管和肺癌以及女性乳腺癌）的关联。为控制饮酒行为的影响，进一步采用多变量MR法或限制在不饮酒人群中进行分析。利用逆方差加权、加权中位数法、MR-Egger法等进行敏感性分析。结果:分别使用54、42、28个SNP位点构建非加权遗传风险评分作为上述3个饮茶变量的工具变量。研究对象随访（11.4±3.0）年，期间确定新发的恶性肿瘤6 886名。模型中调整年龄、年龄 2、性别、地区、芯片类型及12个遗传主成分后，MR分析的结果显示，饮茶与全部恶性肿瘤以及各种类型的恶性肿瘤的发病无统计学关联。相比于非每日饮茶者，每日饮茶者的全部恶性肿瘤及部分亚型（胃癌、肝和肝内胆管癌、结肠直肠癌、气管/支气管和肺癌以及女性乳腺癌）的发病风险比（ HR）值（95% CI）分别为0.99（0.78~1.26）、1.17（0.58~2.36）、0.86（0.40~1.84）、0.85（0.42~1.73）、1.39（0.85~2.26）以及0.63（0.28~1.38）。控制饮酒的影响以及多种敏感性分析显示类似的结果。 结论:在中国人群中，本研究证据不支持饮茶与恶性肿瘤发病之间的因果关联。