-
基于生物信息学筛选结直肠癌关键长链非编码RNA及LINC00174的作用机制
编辑人员丨5天前
目的:应用生物信息学技术筛选结直肠癌(CRC)关键长链非编码RNA(lncRNA),并对筛选出的LINC00174在CRC中的作用机制进行初步分析。方法:对癌症基因组图谱(TCGA)数据库中638例CRC和51例癌旁组织的RNA数据分析,应用Wilcoxon检验识别筛选差异表达明显的RNA;Pearson相关性检验确定lncRNA-mRNA关系对;在Starbase v3.0数据库中确定与lncRNA-mRNA关系对中RNA分子存在互作关系的微小RNA(miRNA,miR)。对TCGA数据库中CRC临床数据使用R软件包的"survival"和"survminer"方法进行生存分析,探讨lncRNA-mRNA关系对预测预后的价值。用STRING数据库及metascape平台对mRNA编码蛋白(ZNF692)的功能进行分析。收集40例新鲜的CRC及癌旁组织,应用荧光实时定量PCR(qRT-PCR)对筛选出的RNA检测,验证生物信息学结果。符合正态分布的计量资料采用均数±标准差( ± s)表示,各指标间关系采用 t检验及Person相关分析。 结果:与癌旁组织比较,CRC组织中上调的LncRNA为820,下调的为951;上调的mRNA为1 628,下调为3127。分析后确定2775对候选lncRNA-mRNA,其中501对与患者生存有关。进一步通过功能分析发现LINC00174-ZNF692对可能在CRC进展中有重要作用。结果显示,LINC00174、ZNF692在CRC组织中表达水平(14.52±0.97、17.12±0.72)高于癌旁组织(13.50±0.60、15.53±0.44, W=26 747、31 438, P<0.01);LINC00174与ZNF692呈正相关( r=0.58, P<0.01)。生存分析结果显示,LINC00174-ZNF692对高表达是CRC患者预后差的标志( χ2=5.52, P<0.05),其风险比( HR)为1.51(1.05~2.20)( P<0.05)。对Starbase v3.0数据库分析显示,ZNF692通过海绵吸附miR-200b-3p与LINC00174形成内源性竞争RNA(ceRNA)机制发挥作用。富集分析显示,ZNF692蛋白在泛素介导的蛋白降解、mRNA监控、核苷酸切除修复等过程。组织验证结果显示,LINC00174、ZNF692在CRC水平(2.65±1.23、1.19±0.33)明显高于癌旁组织(0.83±0.39、0.42±0.17, t=8.92、13.12, P<0.01);miR-200b-3p在CRC水平(0.35±0.13)明显低于癌旁组织(0.82±0.22, t=-11.63, P<0.01)。Pearson分析显示,CRC组织中LINC00174与ZNF692呈正相关( r=0.81, P<0.01);LINC00174与miR-200b-3p、ZNF692与miR-200b-3p均呈负相关( r=-0.75、-0.53, P<0.01)。 结论:LINC00174可能通过海绵吸附机制调控miR-200b-3p/ZNF692轴在CRC进展中发挥重要作用。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
动态对比增强磁共振成像联合血清微小RNA-486-5p在胰腺癌诊断及手术可切除性评估的应用
编辑人员丨5天前
目的:探究动态对比增强磁共振成像(DCE-MRI)联合血清微小RNA(miR)-486-5p对胰腺癌诊断及手术可切除性评估价值。方法:选取2019年6月至2023年6月烟台市烟台山医院收治136例胰腺占位患者为研究对象,患者均接受DCE-MRI扫描及血清miR-486-5p检测,以手术病理为诊断金标准,以实际手术切除为手术可切除性标准,通过诊断试验四格表评价DCE-MRI、血清miR-486-5p及两者联合对胰腺癌诊断、手术可切除性评估价值,组间比较采用Mann-Whitney U检验和 χ2检验。 结果:136例患者经病理诊断确诊胰腺癌(胰腺癌组)98例,非胰腺癌(良性病变组)38例。胰腺癌组血清miR-486-5p表达为3.48(1.41~7.64),显著高于良性病变组的1.02(0.36~1.58)( Z=3.162, P<0.05)。DCE-MRI联合血清miR-486-5p诊断胰腺癌的敏感度、特异度、准确度、与病理诊断的一致性Kappa值分别为97.95%(96/98)、81.58%(31/38)、93.38%(127/136)、0.829。98例胰腺癌患者中,最终实际行手术切除35例(可切除组),不可切除63例(不可切除组)。可手术组血清miR-486-5p表达为2.05(1.01~3.72),显著低于不可切除组的4.88(2.95~10.01)( Z=3.882, P<0.05)。DCE-MRI联合血清miR-486-5p预测胰腺癌可切除的敏感度、特异度、准确度、与实际手术切除的一致性Kappa值分别为77.14%(27/35)、100.00%(63/63)、91.84%(90/98)、0.813。 结论:DCE-MRI联合血清miR-486-5p能提高胰腺癌诊断敏感度及准确度,且预测手术可切除性与实际手术切除一致性更高。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
来自人骨髓间充质干细胞低表达微小RNA-127-5p的细胞外囊泡促进激素性股骨头坏死疾病进展
编辑人员丨5天前
目的:观察激素性股骨头坏死(SONFH)患者来源骨髓间充质干细胞(BMSCs)分泌的低表达微小RNA(miR)-127-5p细胞外囊泡(EVs)对正常BMSCs增殖及成骨分化的影响。方法:骨髓来源于郑州大学第一附属医院10例需行全髋关节置换手术的患者(激素性股骨头坏死5例,非股骨头坏死5例),提取其中的BMSCs进行培养。使用差速离心法分离SONFH-BMSCs-EVs并用蛋白质印迹法(Western blot)和纳米颗粒跟踪分析(NTA)鉴定。将正常BMSCs中加入SONFH-BMSCs-EVs作为实验组,对照组加入等量磷酸盐缓冲液(PBS),用噻唑蓝(MTT)法检测SONFH-BMSCs-EVs对BMSCs的增殖的影响。分别取两组第3代BMSCs,提取总RNA,使用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-PCR)检测miR-127-5p的表达差异。取第3代BMSCs进行成骨诱导,诱导过程中加入miR-127-5p mimic、miR-127-5p NC,分别用茜素红染色、MTT法、半胱氨酰天冬氨酸特异性蛋白酶(Caspase)-3/7活性细胞凋亡检测,来检验miR-127-5p对BMSCs增殖及成骨分化的影响。采用单因素方差分析和 t检验进行统计学分析。 结果:SONFH-BMSCs-EVs为大小不均的圆形膜性囊泡,粒径范围在40~200 nm之间且表达CD63、CD9标志蛋白。共聚焦显微镜下显示EVs可以被BMSC摄取。MTT法显示实验组(0.98±0.20)增殖活性低于对照组(0.40±0.13, t=5.39, P<0.01)。RT-PCR显示实验组miR-127-5p的相关表达(1.03±0.21)明显低于对照组(0.58±0.12, t=4.05, P<0.01)。茜素红染色显示SONFH+miR-127-5p mimic(Smm)组成骨分化染出红色的阳性率远远高于SONFH(S)组。MTT法和Caspase-3/7活性细胞凋亡检测显示Smm组相较于S组,促进增殖(Smm组1.51±0.18,S组1.09±0.17, t=3.84, P<0.01),减少凋亡(Smm组0.59±0.12,S组1.02±0.12, t=5.56, P<0.01)。 结论:SONFH患者来源的BMSCs分泌的低表达miR-127-5p EVs可以抑制正常BMSCs增殖及成骨分化。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
POU3F3对垂体瘤细胞增殖和周期的影响及其作用机制
编辑人员丨5天前
目的:探讨POU3F3对垂体瘤细胞增殖和周期的影响及其作用机制。方法:选取2016年6月到2019年12月驻马店市中心医院手术切除的150例垂体瘤和癌旁组织作为研究对象,采用荧光定量聚合酶链反应(PCR)分析POU3F3和微小RNA(miRNA,miR)-127-5p表达水平;采用短发卡RNA(shRNA)和过表达技术在RC-4BC垂体瘤细胞中分别敲降POU3F3和过表达miR-127-5p,采用Lipo2000过表达采用细胞计数试剂盒(CCK-8)和流式细胞术分析POU3F3和miR-127-5p对细胞增殖和周期的影响;采用生物信息学和双荧光素酶报告基因分析POU3F3和miR-127-5p及其靶基因关系;采用蛋白质印迹法(Western blot)分析POU3F3和miR-127-5p对靶基因表达的影响。组间比较采用 t检验。 结果:与癌旁组织中POU3F3表达水平(1.10±0.19)比较,垂体腺癌组织中POU3F3表达水平(2.84±0.22)显著增加,差异有统计学意义。与癌旁组织中miR-127-5p表达水平(1.04±0.15)比较,垂体腺癌组织中miR-127-5p表达水平(0.34±0.11)显著下调,差异有统计学意义。与对照shRNA组细胞G 0/G 1期、S期和G 2/M期[(37.54±3.45)%、(39.10±3.90)%和(20.58±2.87)%]比较,POU3F3 shRNA组细胞G 0/G 1期比例(64.33±6.24)%显著增加,而S期和G 2/M期比例[(20.14±3.01)%和(14.33±2.88)%]显著下调,差异有统计学意义。与对照mimic组细胞G 0/G 1期、S期和G 2/M期[(35.66±4.02)%、(40.89±4.61)%和(25.33±2.19)%]比较,miR-127-5p minic组细胞G 0/G 1期比例显著增加[(59.48±6.14)%],而S期和G 2/M期比例[(24.23±2.71)%和(17.59±1.99)%]显著下调,差异有统计学意义。miR-127-5p与POU3F3存在碱基配对,FOXD1是miR-127-5p靶基因。与对照shRNA组和对照mimic组细胞FOXD1蛋白表达水平(1.16±0.21、0.97±0.14)比较,POU3F3 shRNA组和miR-127-5p mimic组细胞FOXD1蛋白表达水平(0.22±0.15、0.32±0.12)显著下降,差异有统计学意义。 结论:POU3F3通过miR-127-5p/ FOXD1调控垂体腺癌细胞增殖和周期。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
环状RNA circ_0000285通过吸附miR-127调控VAMP2水平参与卵巢癌进展
编辑人员丨5天前
目的:探讨circ_0000285/miR-127/VAMP2轴对卵巢癌(ovarian cancer,OC)细胞增殖、侵袭的影响。方法:采用qRT-PCR对OC患者癌组织和癌旁组织中的circ_0000285、miR-127和VAMP2的表达进行检测,对circ_0000285和miR-127及circ_0000285和VAMP2的相关性进行分析。双荧光素酶报告实验(dual luciferase reporter assay)验证miR-127和circ_0000285/VAMP2之间的靶向关系。MTT和Transwell法分别检测细胞增殖活力和侵袭情况。结果:相对癌旁组织,OC组织样本中miR-127表达水平明显下降,circ_0000285和VAMP2表达增强,miR-127与circ_0000285和VAMP2表达均呈负相关( r=-0.534 8, P<0.000 1; r=-0.376 6, P<0.000 1)。相对于si-NC组在24 h、48 h和72 h的增殖活力(0.47±0.03)(0.79±0.05)(1.16±0.09)和侵袭(100.00±12.33),敲除circ_0000285能抑制OC细胞增殖(0.28±0.02)(0.51±0.04)(0.78±0.06)和侵袭(49.22±5.08)(均 P<0.05)。过表达miR-127同样能抑制OC细胞增殖、侵袭,但该作用能被circ_0000285部分挽救。circ_0000285对OC进展的促进可能是通过miR-127/VAMP2轴实现的。 结论:circRNA circ_0000285能调控miR-127/VAMP2轴参与OC的进展,下调circRNA circ_0000285表达可抑制OC细胞增殖和侵袭能力,circ_0000285有望在OC疾病的靶向治疗中发挥作用。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
X射线诱导非小细胞肺癌A549细胞凋亡的适应性反应及相关miRNA筛选的研究
编辑人员丨5天前
目的:研究X射线辐射诱导非小细胞肺癌(NSCLC) A549细胞凋亡的适应性反应,并筛选适应性反应相关的微RNA (miRNA)。方法:将NSCLC A549细胞分为6组,包括50 mGy+20 Gy、200 mGy+20 Gy、20 Gy、50 mGy、200 mGy照射组及对照组(0 Gy),前2组细胞分别用50、200 mGy初始剂量进行照射,培养6 h后用20 Gy的效应剂量进行照射,20 Gy、50 mGy、200 mGy照射组同时进行照射。培养24 h后使用流式细胞仪检测细胞凋亡情况。利用小RNA测序技术筛选差异表达miRNA,并对其靶基因进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路的功能富集分析。采用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)对部分差异表达miRNA进行验证。2组间数据的比较采用Welch t检验。 结果:50 mGy+20 Gy照射组和200 mGy+20 Gy照射组的A549细胞早期凋亡率分别为(1.81±0.11)%和(2.17±0.19)%,低于20 Gy照射组的(4.54±0.23)%,且差异均有统计学意义( t=10.680、8.006,均 P<0.01)。与20 Gy照射组相比,50 mGy+20 Gy照射组和200 mGy+20 Gy照射组共同差异表达趋势miRNA有1个上调(miR-3662)、15个下调(miR-185-3p、miR-1908-5p、miR-1307-5p、miR-182-3p、miR-92a-3p、miR-582-5p、miR-501-3p、miR-138-5P、miR-1260b、miR-484、miR-378d、miR- 193b-3P、miR-127-3p、miR-1303及miR-654-5p)。GO富集分析结果显示,差异表达miRNA调控靶基因功能显著富集于细胞通讯调节、代谢过程的正向调节、代谢信号的调节、酶结合及催化活性等过程。KEGG富集分析结果显示,靶基因相关信号通路显著富集于溶酶体、丝裂原活化蛋白激酶、Ras和内吞作用等信号通路。qRT-PCR检测结果显示,miRNA表达情况与基因芯片结果趋势一致(10个miRNA表达水平得到验证)。 结论:X射线50、200 mGy照射剂量均能诱导NSCLC A549细胞凋亡的适应性反应,并筛选到一组共同差异表达的miRNA,可能在X射线辐射诱导细胞凋亡的适应性反应中发挥了重要作用,有可能成为调节电离辐射生物效应的潜在靶点。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
基于癌症基因组图谱数据库肺腺癌预后风险模型的建立
编辑人员丨5天前
目的:构建基于微小RNA(miRNA,miR)表达量的肺腺癌预后列线图风险模型,研究其对肺腺癌患者生存的预测价值。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载获取肺腺癌miRNA表达数据,包括miRNAseq和临床数据。应用R 3.6.2软件中的edgeR包筛选肺腺癌组织和正常肺组织的差异基因,以│logFC│>2, P<0.05为筛选条件。应用单因素回归分析、LASSO回归分析、多因素Cox回归分析筛选与预后明显相关的miRNAs,建立风险评分(risk score)方程,构建列线图模型。应用内部验证法和图像校准法、受试者工作特征曲线(ROC)评价模型的特异性和敏感性。通过风险评分及生存曲线对患者进行生存分析。分析miRNAs在各种族表达差异。 结果:识别127个差异miRNA,下调16个,上调111个。单因素回归分析得到14个与预后相关的miRNAs,LASSO回归分析得到13个与预后相关的miRNAs( P<0.05)。多因素回归分析结果显示hsa-miR-1293、hsa-miR-450a-1、hsa-miR-5571、hsa-miR-3189、hsa-miR-490、hsa-miR-142、hsa-miR-31、hsa-miR-548v是显著的预测因素( P<0.05)。应用这8个miRNA构建列线图模型,Concordance值(0.701)及图像校准显示该列线图预测能力较好。1、3、5年曲线下面积(AUC)为0.721、0.748、0.733。生存分析结果显示高风险组较低风险组生存率低( P<0.05),随着风险评分数值的升高,死亡人数增多。KM生存曲线显示hsa-miR-1293、hsa-miR-5571、hsa-miR-490、hsa-miR-142、hsa-miR-31、hsa-miR-548v与肺腺癌生存预后相关( P<0.05)。另外这8个miRNAs表达种族差异无统计学意义( P>0.05)。 结论:成功构建基于miRNAs表达预测肺腺癌预后的列线图模型,其预测准确性较高。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
重症肺炎患儿血清miR-221和miR-127的表达水平及临床意义
编辑人员丨5天前
目的:分析重症肺炎患儿血清微小RNA-221(miR-221)和微小RNA-127(miR-127)的表达及其临床意义。方法:前瞻性选取2017年1月至2019年12月期间于河北省邯郸市中心医院就诊的重症肺炎患儿151例作为重症肺炎组,根据在院期间患儿预后分为死亡组(16例)和存活组(135例),另选取同期在本院进行健康查体的健康儿童80例作为正常对照组。使用微阵列分析重症肺炎组和正常对照组中的miRNAs表达,选择上调或下调(选择依据为差异表达变化≥2倍阈值和 P<0.05)最显著的miRNAs。检测入组对象血清miR-221、miR-127及炎症因子[C反应蛋白(CRP)、降钙素原(PCT)、白细胞介素-6(IL-6)、白细胞介素-8(IL-8)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)]水平,分析重症肺炎组血清miR-221和miR-127与上述炎症指标的相关性,采用受试者工作特征(ROC)曲线分析miR-221和miR-127对重症肺炎的诊断及预后预测的价值。 结果:重症肺炎组患儿血清miR-221和miR-127水平低于正常对照组,而CRP、PCT、IL-6、IL-8、TNF-α水平高于正常对照组(均 P<0.05)。血清miR-221与CRP、PCT、TNF-α呈负相关(均 P<0.05),血清miR-127与CRP、PCT、IL-6、IL-8呈负相关(均 P<0.05)。死亡组患儿血清miR-221、miR-127水平均低于存活组(均 P<0.05)。miR-221、miR-127联合诊断重症肺炎的曲线下面积(AUC)为0.871,联合预测重症肺炎患儿预后的AUC为0.851。 结论:重症肺炎患儿血清miR-221和miR-127水平降低,与部分炎症因子水平呈负相关,二者联合检测对重症肺炎的诊断及预后预测具有较高的临床价值。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
生长停滞敏感基因5下调对结肠癌细胞生物学特性的影响及其机制
编辑人员丨5天前
目的:探讨抑制长链非编码RNA生长停滞敏感基因5(GAS5)对结肠癌细胞生物学特性的影响及其机制。方法:取结肠癌HCT116细胞,分为空白对照组(加入磷酸盐缓冲液)、阴性对照组(转染si-GAS5NC)、si-GAS5组(转染si-GAS5)和si-GAS5+miR-21抑制剂组(转染si-GAS5联合miR-21抑制剂反义寡核苷酸has-miR-21-5p)。采用实时荧光定量聚合酶链反应检测转染48 h后各组细胞中GAS5和miR-21的表达水平,荧光素酶基因报告实验验证GAS5与miRNA-21的结合位点,细胞计数试剂盒8法检测各组细胞的增殖情况,克隆形成实验观察细胞的克隆形成能力,Transwell实验检测细胞的侵袭和迁移能力,流式细胞术检测细胞周期和凋亡,Western blot检测上皮间质转化(EMT)相关蛋白(Snail、N-cadherin、vimentin、E-cadherin)、干细胞相关因子(Sox2、CD44、Oct2)和磷酸酶与张力蛋白同源物(PTEN)/Akt信号通路相关蛋白的表达情况。结果:转染后48 h,空白对照组、阴性对照组和si-GAS5组HCT-116细胞miR-21表达水平分别为1.00±0.10、1.00±0.10和1.80±0.20,吸光度分别为0.51±0.02、0.50±0.01和0.65±0.01,细胞克隆形成数分别为(90±4)个、(91±5)个和(200±8)个,侵袭细胞数分别为(118±3)个、(119±3)个和(150±4)个,迁移细胞数分别为(110±2)个、(108±2)个和(127±2)个,G 1期细胞比例分别为(49.3±2.1)%、(50.1±2.0)%和(42.2±1.1)%,S期细胞比例分别为(19.2±1.2)%、(20.2±1.1)%和(28.3±2.2)%,细胞凋亡率分别为(14.4±2.2)%、(14.5±2.1)%和(7.2±1.3)%,表明GAS5下调后HCT-116细胞miR-21表达水平升高,增殖、侵袭和迁移能力增强,G 1期细胞减少,S期细胞增加,细胞凋亡率降低(均 P<0.05)。GAS5下调后,HCT-116细胞中Snail、N-cadherin、vimentin、Sox2、CD44、Oct2和p-Akt的表达水平升高(均 P<0.05),E-cadherin和PTEN的表达水平降低(均 P<0.05)。抑制miR-21后,可以逆转GAS5下调引起的PTEN/Akt信号通路相关蛋白表达水平的变化(均 P<0.05)。 结论:GAS5可作为miR-21的竞争内源性RNA,下调GAS5可通过激活miR-21/PTEN/Akt信号通路,促进EMT和肿瘤细胞干性的获得,从而促进结肠癌的发生发展。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
多囊卵巢综合征的circRNA-miRNA-mRNA调控网络生物信息学分析及其验证
编辑人员丨5天前
目的:通过构建多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome,PCOS)患者卵丘颗粒细胞的环状RNA(circular RNA,circRNA)-微小RNA(microRNA,miRNA)-信使RNA(messenger RNA,mRNA)调控网络,并进行临床标本验证,以探寻PCOS发病机制并提供诊疗靶点。方法:使用R软件分析来自基因表达图谱(gene expression omnibus,GEO)数据库的数据,得到差异表达的circRNA、miRNA、mRNA;使用CircInteractome、Starbase数据库,预测构建circRNA-miRNA-mRNA调控网络。回顾性研究收集2018年1月至2018年12月期间于郑州大学第二附属医院生殖医学部就诊的PCOS患者(记为PCOS组, n=40)和因男方或者输卵管因素治疗的患者(记为对照组, n=20)的卵丘颗粒细胞,提取RNA后进行实时荧光定量PCR(real time quantitative PCR,RT-qPCR)验证。 结果:筛选出278个差异表达mRNA、23个差异miRNA和2402个差异circRNA( P<0.05和 |log 2FC|>0.8);构建256条circRNA-miRNA-mRNA调控网络,包含13个mRNA、2个miRNA和40个circRNA;临床验证后提示,妊娠相关血浆蛋白A(pregnancy-associated plasma protein A,PAPPA)、hsa-miR-127-3p、hsa_circ_0086809/hsa_circ_0063556及其调控网络与PCOS相关( P=0.004、 P=0.002、 P=0.014、 P=0.003)。 结论:卵丘颗粒细胞中PAPPA 、hsa-miR-127-3p 、hsa_circ _0086809/hsa_circ _0063556的表达水平及其调控网络与PCOS发生相关。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前