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脓毒症患者外周血中lncRNA和miRNA表达谱及功能分析
编辑人员丨1周前
目的:本研究利用二代测序(next-generation sequencing, NGS)技术,对脓毒症患者外周血液进行测序分析,探讨非编码小RNA(microRNA, miRNA)和长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)的差异表达及其功能网络。方法:本研究采集2021年6月至9月在盐城市第一人民医院招募的重症医学科7例泌尿系统感染的脓毒症患者和3例健康职工志愿者的全血进行NGS分析,筛选差异表达的mRNA、lncRNA和miRNA,并对差异表达进行生物信息学分析(差异倍数FC>2, P<0.01)。本研究筛选并下载GEO数据库中4个脓毒症患者基因组数据集,筛选共同差异表达基因,对筛选基因进行京都基因组百科全书分析。使用Cytoscape 3.7.0进行构建miRNA-mRNA和IncRNA-miRNA-mRNA网络。 结果:差异表达mRNAs主要富集于炎症反应相关通路。131个差异基因显著富集在PD-1/PD-L1信号通路,发现调控PD-1/PD-L1信号通路的TLR2、LAT和CD247等靶基因,以及参与调控的miRNA(hsa-miR-370-3p、hsa-miR-3619-3p、hsa-miR-4488)。初步发现lncRNA(TCONS-0026560、TCONS-00234402、TCONS-00260914、TCONS-00265581、TCONS-00360886)通过竞争性抑制miRNA(hsa-miR-370-3p、hsa-miR-3619-3p、hsa-miR-4488)参与调控TLR2、LAT和CD247表达。结论:PD-1/PD-L1通路在启动和促进免疫抑制中发挥的重要作用,为脓毒症的治疗确定新的目标和治疗靶点。
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编辑人员丨1周前
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circ_BACH2通过调控miR-370-3p影响甲状腺乳头状癌的恶性生物学行为
编辑人员丨1周前
目的:探讨circ_BACH2对甲状腺乳头状癌恶性生物学行为的影响及分子机制。方法:收集天津市第四中心医院2017—2019年51例甲状腺乳头状癌患者的癌组织和癌旁正常组织。实时荧光定量PCR法检测癌组织、癌旁正常组织和细胞中circ_BACH2、miR-370-3p和GIT1 mRNA的表达水平,流式细胞术检测细胞凋亡情况和细胞周期变化,平板克隆形成实验检测细胞克隆形成数,细胞计数试剂盒8检测细胞增殖能力,Transwell检测细胞迁移和侵袭能力,Western blot法检测蛋白表达,双荧光素酶报告实验检测circ_BACH2、miR-370-3p和GIT1之间的靶向关系,裸鼠成瘤实验检测抑制circ_BACH2的表达对小鼠体内肿瘤的影响。结果:甲状腺乳头状癌组织中circ_BACH2、GIT1 mRNA和蛋白表达水平高于癌旁正常组织,miR-370-3p表达水平低于癌旁正常组织,甲状腺癌细胞TPC-1、SW579中circ_BACH2、GIT1 mRNA和蛋白表达水高于人甲状腺正常细胞Nthy-ori3-1,miR-370-3p表达水平低于Nthy-ori3-1细胞(均 P<0.05)。GIT1 mRNA表达水平与miR-370-3p表达水平呈负相关( r=-0.634),circ_BACH2表达水平与GIT1 mRNA表达水平呈正相关( r=0.635),circ_BACH2表达水平与miR-370-3p表达水平呈负相关( r=-0.394,均 P<0.05)。circ_BACH2与miR-370-3p具有结合位点,GIT1的3'UTR与miR-370-3p具有结合位点。si-circ_BACH2组TPC-1、SW579细胞G 0/G 1期细胞比例高于si-NC组,S期细胞比例、细胞吸光度值低于si-NC组,细胞克隆形成数[分别为(43±5)个和(54±8)个]低于si-NC组[分别为(100±6)个和(100±9)个],细胞凋亡率[分别为(19.60±2.40)%和(18.10±2.10)%]高于si-NC组[分别为(4.30±0.20)%和(5.10±0.23)%],细胞迁移数[分别为(61±7)个和(58±6)个]、细胞侵袭数[分别为(45±6)个和(47±4)个]均低于si-NC组[分别为(134±15)个、(112±11)个、(113±11)个和(92±9)个,均 P<0.001]。si-circ_BACH2组细胞中Snail、Twist1表达水平低于si-NC组,E-cadherin表达水平高于si-NC组(均 P<0.001)。抑制miR-370-3p的表达逆转敲减circ_BACH2对甲状腺乳头状癌细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的影响,过表达GIT1逆转过表达miR-370-3p对甲状腺癌细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的影响。注射稳定转染sh-circ_BACH2的TPC-1细胞的裸鼠在培养35 d 后肿瘤体积缩小[(535±91)mm 3和(857±114)mm 3],肿瘤重量减少[(0.62±0.13)mg和(1.06±0.15)mg,均 P<0.05]。裸鼠肿瘤组织中circ_BACH2、GIT1 mRNA表达水平降低,miR-370-3p mRNA表达水平升高(均 P<0.05)。 结论:抑制circ_BACH2可能通过靶向调控miR-370-3p/GIT1从而抑制体外甲状腺乳头状癌细胞的增殖、迁移、侵袭,促进细胞凋亡,并抑制体内肿瘤的生长。
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编辑人员丨1周前
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桥本甲状腺炎患者血浆外泌体miRNA表达谱研究
编辑人员丨1周前
目的:检测桥本甲状腺炎患者(Hashimoto′s thyroiditis,HT)甲状腺功能正常组、HT合并亚临床甲状腺功能减退(SCH)组以及对照组外泌体微小RNAs(microRNAs,miRNAs),探讨HT病程中不同甲状腺状态下的miRNA差异表达谱及其相应的生物学功能。方法:选取HT甲状腺功能正常者、HT合并SCH患者及健康志愿者各3人,提取外周血浆外泌体进行miRNA高通量测序,统计分析3组间差异表达miRNA,并进行靶基因预测、基因本体功能(GO)及京都基因与基因组百科全书通路(KEGG pathway)分析。结果:得到75条差异表达miRNA( log2FC>1且 Q- value≤0.001),数据挖掘后获得hsa-miR-324-3p、hsa-miR-370-3p、hsa-miR-423-5p、hsa-miR-532-3p等10条核心miRNA。GO分析表明,差异miRNA的靶基因主要参与细胞过程、生物调节、代谢过程等生物学过程,具备结合、催化活性、转录调节活性等分子功能。KEGG分析得到的通路主要为环磷酸腺苷(cAMP)信号通路、人类表皮生长因子受体(human epidermal growth factor receptor,ErbB)信号通路、缺氧诱导因子-1(hypoxia inducible factor-1,HIF-1)信号通路等。 结论:HT患者血浆外泌体miRNA较健康人存在差异表达,其在甲状腺功能正常与SCH两种不同状态中也存在差异表达。hsa-miR-324-3p、hsa-miR-370-3p、hsa-miR-423-5p及hsa-miR-532-3p等miRNA可能通过cAMP、ErbB及HIF-1等信号通路在HT病程进展中发挥一定的作用。
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编辑人员丨1周前
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miR-370-3p在急性髓系白血病中的表达及临床意义
编辑人员丨1周前
目的:探讨miR-370-3p在急性髓系白血病中的表达及临床意义。方法:选取安徽医科大学附属阜阳医院2017年7月年至2018年7月收治的46例急性髓系白血病患者(acute myeloid leukemia,AML)为病例组,同期45名行骨髓穿刺活检的单纯贫血患者作为对照组。采用实时荧光定量PCR(quantitiative real-time transcription-polymerase chain reaction,qRT-PCR)法测定两组对象miR-370-3p表达水平并比较其差异性。采用受试者工作特征曲线(receiver operator characteristic curve,ROC)及曲线下面积评价miR-370-3p对急性髓系白血病的诊断价值,差方检验分析miR-370-3p表达与AML患者临床病理特征的关系,多因素Cox回归分析探讨AML预后危险因素。结果:病例组miR-370-3p表达水平低于对照组[(0.89±0.48)比(1.66±0.21), t=23.65, P<0.05]。ROC曲线分析结果显示,miR-370-3p诊断急性髓系白血病患者的曲线下面积为0.76(95%CI:0.69~0.84),最佳截点值为0.96,灵敏度为71.74%,特异度为80.00%。miR-370-3p表达与风险状况、治疗反应、WBC水平、有无复发相关,且有利/中风险、治疗完全缓解、WBC水平越高、无复发AML患者miR-370-3p高表达率越高(38.24%、37.50%、13.64%、38.24%比61.76%、62.50%、86.36%、61.76%, χ2值为6.40、4.43、4.45、6.40, P值均<0.05)。miR-370-3p低表达的AML患者三年无不良事件生存率低于miR-370-3p高表达AML患者[41.38%(12/29)比82.35%(14/17), χ2=13.14, P<0.05]。不利风险、治疗未缓解、WBC水平越低、有复发的急性髓系白血病患者三年无不良事件生存率均降低(67.65%、65.63%、36.36%、67.65%比25.00%、35.71%、75.00%、25.00%, χ2值为5.64、5.31、12.62、5.64, P值均<0.05)。治疗反应未缓解、miR-370-3p低表达是影响急性髓系白血病患者预后的独立危险因素(Wald χ2值为18.96、19.55, P值均<0.05)。 结论:miR-370-3p在急性髓系白血病患者中表达降低,miR-370-3p与急性髓系白血病患者临床病理特征具有相关性,miR-370-3p低表达是急性髓系白血病预后不良的独立危险因素。
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编辑人员丨1周前
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长链非编码RNA MIF-AS1调控非小细胞肺癌增值、侵袭和转移的机制研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨长链非编码RNA(lncRNA) MIF-AS1/微小RNA(miRNA,miR)-370-3p/丝裂原活化蛋白激酶9(MAP3K9)分子轴调控非小细胞肺癌(NSCLC)增殖、侵袭及迁移的分子机制。方法:收集河南省人民医院2017年5月至2019年1月NSCLC患者20例标本,其中男12例,女8例,年龄(52.37±10.34)岁。采用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)与蛋白质印迹法(Western blot)检测NSCLC患者癌组织及9例细胞株中MIF-AS1、miR-370-3p、MAP3K9的表达水平;分别用si-MIF-AS1、si-NC、si-MIF-AS1+抗-miR-370-3p或si-MIF-AS1+pcDNA-MAP3K9转染A549细胞,采用噻唑蓝(MTT)法、Transwell实验检测转染细胞的增殖、侵袭、迁移能力;Western blot检测细胞周期蛋白D1(Cyclin D1)、p21、p27、基质金属蛋白酶(MMP)-2、MMP-9、MMP-14蛋白的表达;双荧光素酶报告基因验证MIF-AS1对miR-370-3p或miR-370-3p对MAP3K9的靶向调控作用,应用SPSS 21.0统计软件分析。结果:MIF-AS1、MAP3K9在NSCLC组织(2.49±0.25、2.24±0.22)及A549(2.54±0.24、2.31±0.23)、H1299(2.11±0.21、2.44±0.24)、PC-9细胞(2.26±0.23、2.16±0.22)中的表达较癌旁组织(1.00±0.09、1.02±0.09)、正常肺上皮细胞BEAS-2B(1.01±0.09、1.00±0.09)明显升高( t=25.078, P<0.05; F=94.367, P<0.05),差异有统计学意义。miR-370-3p在NSCLC组织(0.42±0.04)及A549(0.34±0.03)、H1299(0.53±0.05)、PC-9细胞(0.44±0.04)中的表达较癌旁组织(1.01±0.08)、正常肺上皮细胞BEAS-2B(1.00±0.08)明显降低( t=29.500, P<0.05; F=269.552, P<0.05),差异有统计学意义;转染si-MIF-AS1显著抑制NSCLC细胞增殖(24 h:0.27±0.03,48 h:0.36±0.03,72 h:0.48±0.04)、侵袭[(24.33±3.14)个]及迁移[(32.46±3.34)个]能力( P<0.01),差异有统计学意义,上调p21(0.64±0.06)、p27(0.77±0.07)蛋白的表达( t=17.441, P<0.05; t=17.726, P<0.05),差异有统计学意义,下调Cyclin D1(0.29±0.03)、MMP-2(0.25±0.03)、MMP-9(0.34±0.03)、MMP-14(0.29±0.03)蛋白的表达( t=17.732, P<0.05),差异有统计学意义;双荧光素酶报告基因证实MIF-AS1与miR-370-3p靶向结合,以及miR-370-3p与MAP3K9靶向结合;转染si-MIF-AS1+抗-miR-370-3p或si-MIF-AS1+pcDNA-MAP3K9后可抑制si-MIF-AS1对NSCLC细胞增殖、侵袭及迁移的作用。 结论:LncRNA MIF-AS1通过调控miR-370-3p/MAP3K9分子轴促进NSCLC细胞增殖、侵袭及迁移。
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编辑人员丨1周前
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急性心肌梗死患者血清lncRNA TUG1、miR-370-3p水平变化及意义
编辑人员丨1个月前
目的 探讨急性心肌梗死(AMI)患者血清长链非编码核糖核酸牛磺酸上调基因1(lncRNA TUG1)和微小核糖核酸370-3p(miR-370-3p)水平变化及意义.方法 选取122例AMI患者为AMI组,同期选择体检健康的志愿者122例为对照组,RT-qPCR法检测血清lncRNA TUG1和miR-370-3p水平.所有AMI患者出院后随访12个月,根据主要心脏不良事件(MACE)发生情况分为MACE组(n=39)、非MACE组(n=83).Pearson相关性分析血清中lncRNA TUG1和miR-370-3p的关系.多因素Logistic回归分析AMI患者发生MACE的影响因素.受试者工作特征(ROC)曲线分析血清lncRNA TUG1和miR-370-3p水平对AMI患者发生MACE的预测价值.结果 与对照组相比,AMI组血清中lncRNA TUG1水平降低,miR-370-3p水平升高(P均<0.05).Pearson相关性分析结果显示,血清lncRNA TUG1和miR-370-3p水平呈负相关(r=-0.389,P<0.05).与非MACE组相比,MACE组血清中lncRNA TUG1水平降低,miR-370-3p水平升高(P均<0.05).Logistic回归分析结果显示,lncRNA TUG1、miR-370-3p水平是影响AMI患者发生MACE的影响因素(P<0.05).与lncRNA TUG1和miR-370-3p单独预测相比,二者联合预测AMI患者发生MACE的AUC显著升高(Z分别为18.667、3.200,P均<0.05).结论 AMI患者血清lncRNA TUG1水平降低,miR-370-3p水平升高,二者联合检测有助于预测AMI患者发生MACE.
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编辑人员丨1个月前
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右归丸对激素型肾阳虚证miRNA表达谱的影响及其靶基因功能分析
编辑人员丨2024/6/22
目的 探讨微小RNA(miRNA)在右归丸对激素型肾阳虚证肾组织与正常肾组织中的表达差异,并用生物信息学方法分析其意义,为右归丸干预肾阳虚证的进一步机制研究奠定基础.方法 15只SD大鼠随机分为正常组(5只)和造模组(10只),正常组注射2 mL生理盐水,造模组后肢肌注氢化可的松注射液.成模后将造模组随机分为模型组和右归丸组,每组5只.右归丸组给予右归丸汤剂灌胃,模型组和正常组给予生理盐水灌胃.麻醉处死后使用TRIzol法提取肾组织中RNA,使用NanoDrop ND-1000对总RNA进行质量检测,用标记后的RNA与Agilent Rat 8 ×60k miRNA芯片进行杂交.收集原始数据进行标准化处理,进行聚类分析和火山图分析.利用生物信息学方法,预测差异miRNA富集的基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路.结果 筛选出右归丸干预肾阳虚证相关差异表达miRNA 18 条(|log2FC|≥ 1.5,P≤0.05),其中包括 5 条上调 miRNA,分别是 rno-miR-149-3p、rno-miR-188-5p、rno-miR-221-5p、rno-miR-762、rno-miR-877;13 条下调 miRNA,分别是 rno-miR-101b-5p、rno-miR-125a-3p、rno-miR-125b-2-3p、rno-miR-3085、rno-miR-344a-5p、rno-miR-347、rno-miR-34b-3p、rno-miR-351-3p、rno-miR-3573-3、rno-miR-370-3p、rno-miR-409a-3p、rno-miR-448-3p、rno-miR-503-3p.GO分析显示差异表达miRNA主要参与DNA、RNA转录的正调控进程且与ATP的结合显著相关.KEGG分析显示差异表达miRNA显著富集于cAMP通路和FoxO信号通路,这两条通路与线粒体功能密切相关.结论 右归丸通过干预miRNA的表达,改善肾阳虚证大鼠线粒体功能,调节能量代谢异常,进一步为右归丸干预肾阳虚证的机制研究提供理论依据.
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编辑人员丨2024/6/22
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miR-30a-5p miR-206 miR-122-5p miR-483-5p在新生儿呼吸窘迫综合征中的表达及临床意义
编辑人员丨2024/5/11
目的 分析新生儿呼吸窘迫综合征(NRDS)中血清微小RNA(miRNAs)的表达变化,评估其对NRDS的诊断价值.方法 选取福建医科大学附属第二医院新生儿重症监护室(NICU)住院80例NRDS新生儿(NRDS组)为对象,采用随机数字表法选取同期住院104例普通早产儿为对照组.2组选取质检合格总样本各12例,采用illuminaHiseq测序平台完成高通量测序,检测出NRDS组相对于正常组的表达差异miRNAs,筛选出组间差异表达超过9倍的miRNAs为候选miRNAs.选取NRDS组68例,对照组92例,采用实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)检测2组样本中候选miRNAs表达水平差异与芯片结果是否一致.绘制受试者工作特征(ROC)曲线分析其诊断效能.使用线性相关分析评估表达差异miRNAs与NRDS患儿呼吸机使用天数及住院天数相关关系.结果 illuminaHiseq测序平台结果显示总计有119种差异表达的miRNA,共筛选出 6 种 miRNAs 作为候选标志物,分别是 miR-30a-5p、miR-206、miR-370-3p、miR-122-5p、miR-483-5p 和 miR-193a-5p,miR-30a-5p、miR-206、miR-122-5p 和 miR-483-5p 相对于对照组表达下降(P<0.01).ROC曲线结果表明,血清miR-122-5p对诊断NRDS患儿的曲线下面积(AUC)为0.853,敏感度为88.2%,特异度为91.3%;血清miR-206对诊断NRDS患儿的AUC为0.798,敏感度为70.6%,特异度为89.6%;血清miR-30a-5p对诊断NRDS患儿的AUC为0.922,敏感度为87.6%,特异度为85.2%;血清miR-483-5p对诊断NRDS患儿的AUC为0.885,敏感度为76.5%,特异度为82.6%.相关关系结果表明,发现上述表达差异miRNAs对患儿呼吸机使用时间以及住院天数无相关.结论 NRDS患儿血清中miR-30a-5p、miR-206、miR-122-5p和miR-483-5p表达相对普通早产儿具有差异性,可能是NRDS的潜在诊断标志物.
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编辑人员丨2024/5/11
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circ_0035388靶向调控miR-370对肝癌细胞增殖和侵袭的影响
编辑人员丨2023/12/16
目的 探讨环状RNAcirc-0035388(circ_0035388)靶向调控微核糖核酸-370(miR-370)对肝癌细胞增殖和侵袭的影响.方法 采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测肝癌组织和癌旁组织circ_0035388和miR-370的表达,将 HepG2 细胞分为 si-NC 组(转染 si-NC)、si-circ_0035388 组(转染 si-circ_0035388)、miR-NC 组(转染 miR-NC)、miR-370 组(转染 miR-370)、si-circ_0035388+anti-miR-NC 组(共同转染 si-circ_0035388 和 anti-miR-NC)和 si-circ_0035388+anti-miR-370 组(共同转染 si-circ_0035388 和 anti-miR-370).细胞转染后,克隆形成实验检测肝癌HepG2细胞增殖,Transwell实验检测肝癌HepG2细胞侵袭,蛋白质印迹法检测上皮-钙黏素(E-cadherin)和神经-钙黏素(N-cadherin)的表达,双荧光素酶报告基因检测circ_0035388和miR-370的关系.结果 癌组织中circ_0035388相对表达量为1.98±0.36,明显高于癌旁组织(0.52±0.13),癌组织中miR-370相对表达量为0.51±0.15,明显低于癌旁组织(1.76±0.31),差异均有统计学意义(P<0.05).与人肝正常细胞HL7702相比,人肝癌细胞系HepG2、Hep3B、LO2、Huh7、SMMC-7721中的circ_0035388相对表达量均明显升高,miR-370相对表达量均显著降低,差异均有统计学意义(P<0.05).与si-NC组相比,si-circ_0035388组中肝癌细胞HepG2增殖能力和侵袭能力均明显降低,si-circ_0035388组中E-cadherin的表达明显升高,N-cadherin表达显著降低,差异均有统计学意义(P<0.05).WT-circ_0035388与miR-370共转染后细胞荧光素酶活性降低,差异有统计学意义(P<0.05).与miR-NC组相比,miR-370组中肝癌细胞HepG2增殖能力和侵袭能力均明显降低,miR-370组中E-cadherin的表达明显升高,N-cadherin表达显著降低,差异均有统计学意义(P<0.05);与si-circ_0035388+anti-miR-NC组相比,si-circ_0035388+anti-miR-370组中肝癌细胞HepG2增殖能力和侵袭能力明显升高,E-cadherin的表达明显降低,N-cad-herin表达显著升高,差异均有统计学意义(P<0.05).结论 circ_0035388在肝癌组织中高表达,敲低circ_0035388可能通过调控miR-370抑制肝癌的增殖和侵袭.
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编辑人员丨2023/12/16
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结肠癌患者血清miR-370-3p、ANO1表达变化及其临床意义
编辑人员丨2023/12/9
目的 探讨血清微小RNA-370-3p(miR-370-3p)、茴香胺1(ANO1)表达与结肠癌病理特征及术后复发的关系.方法 选取94例接受腹腔镜手术治疗的结肠癌患者为结肠癌组、50例结肠息肉患者为良性病变组、50名健康体检者为对照组.用实时荧光定量PCR法检测各组血清miR-370-3p、ANO1表达.术后随访3年,复发31例(复发组)、未复发63例(未复发组).在线网站TargetScan预测miR-370-3p与ANO1的靶向关系,用Pearson相关法分析结肠癌患者血清miR-370-3p与ANO1 mRNA表达的相关性;多因素Logistic回归分析结肠癌患者术后复发的影响因素;用受试者工作特征(ROC)曲线分析血清miR-370-3p、ANO1 mRNA对结肠癌患者术后复发的预测价值.结果 结肠癌组血清miR-370-3p表达低于良性病变组、对照组(P均<0.05),ANO1 mRNA表达高于良性病变组、对照组(P均<0.05),良性病变组与对照组血清miR-370-3p、ANO1 mRNA表达比较差异均无统计学意义(P均>0.05).在线网站TargetScan预测miR-370-3p与ANO1在649~655和676~682处有结合位点,结肠癌患者血清miR-370-3p与ANO1 mRNA中表达呈负相关(r=-0.609,P<0.05).血清miR-370-3p、ANO1 mRNA表达在不同分化程度、TNM分期、侵犯浆膜、淋巴结转移结肠癌患者中差异有统计学意义(P均<0.05).TNM分期Ⅲ~Ⅳ期、侵犯浆膜、淋巴结转移和ANO1 mRNA≥1.64为术后复发的独立危险因素,miR-370-3p≥0.74为独立保护因素(P均<0.05).ROC曲线分析显示,血清miR-370-3p、ANO1 mRNA联合预测结肠癌患者术后复发的曲线下面积(0.876)大于二者单独预测的曲线下面积(0.786、0.783),比较差异有统计学意义(P均<0.05).结论 结肠癌患者血清miR-370-3p低表达、ANO1 mRNA高表达,与肿瘤分化程度、TNM分期、侵犯浆膜、淋巴结转移和术后复发有关,二者联合预测结肠癌患者术后复发的价值较高.
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编辑人员丨2023/12/9
