目的 探索胃癌发生过程的风险miRNAs,为上消化道机会性筛查中早期胃癌识别提供依据.方法 纳入2021年6月至2023年8月在广西医科大学附属肿瘤医院、右江民族医学院附属医院、桂林市人民医院3个中心进行上消化道癌机会性筛查的人群.选取健康体检者107例、早期胃癌患者71例、进展期胃癌患者97例.首先采用转录组测序筛选差异表达miRNAs,然后在3组前瞻性人群的血浆样本中通过RT-qPCR验证差异表达的miRNAs,最后采用受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线评估miRNAs的诊断效能.结果 转录组测序的差异基因分析共筛选出胃癌发生过程中的6个差异表达miRNAs,包括miR-3176、miR-885-5p、miR-203a-3p、miR-452-5p、miR-223-3p、miR-219a-2-3p.RT-qPCR结果显示,miR-452-5p在早期胃癌及进展期胃癌患者中表达上调(均P＜0.001).ROC曲线显示,miR-452-5p诊断早期胃癌和进展期胃癌的曲线下面积(area under the curve,AUC)分别为0.900、0.975.区分早期胃癌与进展期胃癌的AUC为0.843.结论 miR-452-5p在早期胃癌中具有良好的诊断效能,可能作为液体活检诊断早期胃癌的潜在生物标志物.

目的 探讨鳖甲煎丸通过miR-885-5p对表皮生长因子受体(EGFR)/丝裂原激活蛋白激酶(MAPK)/细胞外信号调节激酶(ERK)信号通路的靶向调控对MHCC-97H肝癌细胞的影响及作用机制.方法 SPF级SD大鼠10只随意分为空白组和鳖甲煎丸(1.1 g/kg)组,制备空白及鳖甲煎丸含药血清.取对数生长期的MHCC-97H细胞,分为模型组、不同质量分数(5％、10％、15％、20％)空白血清梯度组和鳖甲煎丸含药血清梯度组,以及不含细胞的空白组.CCK-8法检测细胞增殖,筛选含药血清最佳干预时间及质量分数.将MHCC-97H细胞分为空白对照组(不做任何处理)、鳖甲煎丸含药血清组(20％鳖甲煎丸含药血清)、miR-885-5p mimics组(转染miR-885-5p mimics)、miR-NC组(转染miR-885-5p阴性对照物)、鳖甲煎丸含药血清+miR-885-5p mimics组(20％鳖甲煎丸含药血清和转染miR-885-5p mimics),各组细胞均培养72 h.采用双荧光素酶报告实验验证miR-885-5p与EGFR的靶向关系.CCK-8法检测细胞增殖,细胞划痕实验及Transwell侵袭实验检测细胞迁移和侵袭能力,Annexin V-APC/PI双染色法检测细胞凋亡水平,实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测miR-885-5p、EGFR、MAPK的激酶(MEK)、ERK1、ERK2 mRNA表达水平;蛋白质印迹法检测EGFR、磷酸化的EGFR(p-EGFR)、MEK、磷酸化的MEK(p-MEK)、ERK1、ERK2、磷酸化的ERK1(p-ERK1)、磷酸化的ERK2(p-ERK2)、基质金属蛋白酶1(MMP1)、细胞周期蛋白D1(CyclinD1)蛋白表达;通过皮下注射法建立裸鼠MHCC-97H肝癌细胞皮下瘤模型,观察不同剂量鳖甲煎丸(0.55、1.1、2.2g/kg)对裸鼠肝癌皮下瘤的抑制效果.结果 筛选出鳖甲煎丸含药血清最佳干预质量分数及时间为20％、72 h,同时,双荧光素酶报告实验显示,miR-885-5p可以直接靶向结合EGFR;各项实验报告显示空白对照组和miR-NC组比较,差异均无统计学意义(P>0.05).与空白对照组比较,鳖甲煎丸含药血清组、miR-885-5p mimics组和鳖甲煎丸含药血清+miR-885-5p mimics组MHCC-97H肝癌细胞增殖率明显降低(P<0.01),迁移和侵袭能力明显下降(P<0.05,P<0.01),同时,与细胞增殖、侵袭密切相关的蛋白CyclinD1和MMP1的蛋白表达明显下调(P<0.05,P<0.01),晚期凋亡率和总凋亡率均明显升高,促进细胞凋亡(P<0.01);鳖甲煎丸含药血清组、miR-885-5p mimics组和鳖甲煎丸含药血清+miR-885-5p mimics组明显上调miR-885-5p mRNA(P<0.01),抑制EGFR、MEK、ERK1、ERK2 mRNA表达(P<0.05,P<0.01),抑制EGFR、MEK、ERK1、ERK2磷酸化激活(P<0.01),其中,鳖甲煎丸含药血清+miR-885-5p mimics组效果最好(P<0.05,P<0.01).裸鼠肝癌皮下瘤模型验证了鳖甲煎丸可抑制裸鼠肝癌皮下瘤生长.结论 鳖甲煎丸可促进MHCC-97H肝癌细胞凋亡,抑制其增殖、侵袭和迁移,其作用机制可能和通过miR-885-5p靶向调控EGFR/MAPK/ERK信号通路有关.

目的:探讨环状RNA酮戊二酸脱氢酶(circular oxoglutarate dehydrogenase,Circ-OGDH)调节miR-127-3p/蛋白酶体β5 亚基(proteasome subunit beta type-5,PSMB5)轴对口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)增殖、迁移和侵袭的影响.方法:qRT-PCR与Western Blotting测定人口腔上皮细胞及人OSCC细胞系CAL-27、HN6、Bca885 中Circ-OGDH、miR-127-3p及PSMB5 表达.体外培养CAL-27 细胞并分组转染后测定细胞Circ-OG-DH、miR-127-3p及PSMB5 表达;Ki67 免疫荧光及TUNEL染色检测细胞增殖、凋亡,细胞划痕及Transwell侵袭实验检测细胞迁移、侵袭;Western Blotting检测细胞凋亡(Bcl-2、Bax)及上皮间充质转化相关蛋白(Vimentin、E-cadherin)表达.于裸鼠皮下接种分组转染后的CAL-27 细胞构建其移植瘤模型,测定裸鼠肿瘤体积与质量,瘤组织中Ki67 阳性表达,TUNEL染色检测细胞凋亡情况.双荧光素酶报告基因实验验证CAL-27 细胞Circ-OGDH对miR-127-3p、miR-127-3p对PSMB5 的靶向调控作用.结果:与人口腔上皮细胞相比,CAL-27、HN6、Bca885 细胞 Circ-OGDH、PSMB5 mRNA及蛋白表达均升高,miR-127-3p表达均降低(P<0.05).与对照组相比,Circ-OGDH敲低组、miR-127-3p过表达组细胞和瘤组织中PSMB5 mRNA及蛋白表达、细胞增殖率、迁移率、侵袭数目、瘤体积及质量、Ki67 阳性表达、细胞和瘤组织中Bcl-2与Vimentin蛋白表达降低,miR-127-3p表达、凋亡率、Bax与E-cadherin蛋白表达升高(P<0.05);与Circ-OGDH敲低组相比,Circ-OGDH敲低+miR-127-3p敲低组细胞和瘤组织中PSMB5 mRNA及蛋白表达、细胞增殖率、迁移率、侵袭数目、瘤体积及质量、Ki67 阳性表达、细胞和瘤组织中Bcl-2 与Vimentin蛋白表达升高,miR-127-3p表达、凋亡率、Bax与E-cadherin蛋白表达降低(P<0.05).Circ-OGDH可靶向下调CAL-27 细胞miR-127-3p表达,miR-127-3p可靶向下调其PSMB5 表达.结论:敲低Circ-OGDH可通过上调miR-127-3p而降低PSMB5 表达,进而减弱OSCC细胞增殖、迁移、侵袭能力,抑制其在裸鼠体内生长,并促使其凋亡.

目的:探索circROBO1通过上调KLF5促进视网膜Y79细胞侵袭的作用及其可能的调控机制.方法:RNase R酶消化及qRT-PCR实验检测环状RNA circROBO1在视网膜Y79细胞中的结构稳定性;分别提取视网膜Y79细胞的胞质及胞核RNA,进行circROBO1的亚细胞定位分析;采用siRNA沉默视网膜Y79细胞中circROBO1的表达,划痕实验、Transwell细胞侵袭与迁移实验检测circROBO1对Y79细胞迁移与侵袭能力的影响;通过CircInteractome及TargetScan在线软件分别预测circROBO1 与下游miRNA及miRNA与下游靶基因KLF5的靶向结合位点,并采用双荧光素酶报告基因实验验证两者之间的靶向调控关系.蛋白免疫印迹实验检测siRNA沉默Y79细胞中circROBO1的表达后对KLF5表达的影响.结果:与未经RNase R酶处理的对照组相比,circROBO1的相对表达量在RNase R酶处理后并无显著变化;而线性ROBO1的相对表达量在经RNase R酶处理后,则显著降低(t=16.18,P<0.05);circROBO1在细胞质中的含量显著高于细胞核(t=13.04,P<0.05);与转染si-control的对照组相比,si-circROBO1组视网膜Y79细胞的迁移率、Transwell细胞侵袭与迁移能力均显著降低(t=22.54,P<0.05);circROBO1 可靶向吸附miR-885-5p、miR-885-5p 与 KLF5 之间存在靶向结合位点(t=11.39,P<0.05);与 si-control 组相比,si-circROBO1组的KLF5蛋白表达显著降低(t=17.26,P<0.05).结论:circROBO1通过上调KLF5促进视网膜Y79细胞瘤侵袭.

目的 应用链脲佐菌素(STZ)诱导1型糖尿病大鼠心肌纤维化模型,检测心肌组织miRNA表达谱,对差异miRNA调控的靶基因进行初步预测.方法 STZ诱导大鼠心肌纤维化,微距阵基因芯片技术筛选大鼠心肌组织差异表达的miRNA,对差异表达的miRNA调控的靶基因生物信息学分析.结果 与对照组比较,模型组大鼠心肌组织中差异倍数改变大于2倍的miRNA共有25个,其中hsa-miR-29a-3p、hsa-miR-551a、hsa-miR-34a-5p、hsa-miR-885-5p等表达上调,hsa-miR-208a、hsa-miR-150-5p等表达下调.生物信息学分析,差异miRNA调控的靶基因多与细胞增殖、凋亡、糖代谢及血管生成等生物学功能相关.结论 STZ诱导的1型糖尿病大鼠心肌纤维化模型心肌中,miRNA表达谱有明显差异,其中有些miRNA可能靶向与1型糖尿病心肌纤维化发生发展密切相关.

目的 探索与慢性血栓栓塞性肺动脉高压(CTEPH)显著相关的微RNA (miR).方法 通过整合Affymetrix miR芯片数据以及从高通量基因表达数据库(GEO)公共数据库上下载的GSE56914数据.两套芯片数据均来自于CTEPH患者和匹配的健康受试者的外周血标本.筛选两套数据中的差异表达miR,搜索这些miR的靶基因.并对这些miR进行功能富集分析.最后构建了包括miR、靶基因和通路的疾病关联网络.结果 筛选出hsa-miR-885-5p、hsa-miR-501-5p、hsa-miR-615-3p、hsa-miR-610和hsa-miR-346等5个对该疾病起重要作用的miR,而且这5个miR在两个数据集中均为显著下调.hsa-miR-885-5p和hsa-miR-501-5p显著参与细胞周期通路,hsa-miR-615-3p显著参与细胞因子-细胞因子受体相互作用,轴突导向,黏着斑和细胞周期通路,hsa-miR-610显著参与黏着斑通路,hsa-miR-346显著参与细胞因子-细胞因子受体相互作用,轴突导向和黏着斑通路.结论 hsa-miR-885-5p、hsa-miR-501-5p、hsa-miR-615-3p、hsa-miR-610和hsa-miR-346是与CTEPH显著相关的miR.

目的：研究先天性巨结肠（HSCR）肠管组织和血清微小核糖核酸（miRNA）的表达差异。方法取52例经手术和病理确诊的 HSCR 患儿无神经节细胞肠管组织和正常结肠组织标本，以及52例 HSCR 患儿和52例健康婴儿的血清标本（20例用于样本检测，32例肝扩大样本量验证）。应用 microRNA TaqMan Low Density Array 技术，分别检测无神经节细胞肠管和正常对照结肠肠管、HSCR 患儿和健康婴儿血清标本的miRNA 表达谱，对肠管组织和血清 miRNAs 表达谱进行整合分析，确定 HSCR 无神经节细胞肠管和血清miRNAs 特异性表达情况。对肠管组织和血清一致性异常表达的 miRNAs 首先进行芯片样本独立验证，然后对32对肠管组织和血清样本进行扩大样本量验证，并对一致性异常表达的 miRNAs 进行靶基因预测。结果与正常结肠组织相比，有47个 miRNAs 在 HSCR 无神经节细胞肠管组织中呈差异表达，其中17个 miRNAs 表达上调，30个 miRNAs 表达下调；HSCR 患儿血清中有32个 miRNAs 呈差异表达，均为表达上调。miR-218-1和miR-885-5p为在 HSCR 无神经节细胞肠管和血清中呈一致性差异表达的 miRNAs。芯片样本独立验证及扩大样本量验证显示，miR-218-1和 miR-885-5p 在 HSCR 无神经节细胞肠管和血清中均呈显著性高表达，差异有统计学意义（miR-218-1：组织芯片样本0.01758±0.00229比0.00337±0.00050，P ﹤0.001；组织扩大样本量0.01353±0.00174比0.00443±0.00060，P ﹤0.001。miR-885-5p：组织芯片样本0.00030±0.00011比0.00004±0.000008，P =0.0276；组织扩大样本量0.00459±0.00016比0.00004±0.00001，P =0.0145。miR-218-1：血清芯片样本0.76960±0.28550比0.04514±0.01507，P =0.0155；血清扩大样本量1.15100±0.43000比0.02307±0.00381，P =0.0087。miR-885-5p：血清芯片样本1.59500±0.44170比0.16940±0.03446，P =0.0012；血清扩大样本量1.68900±0.45300比0.14610±0.03124，P =0.0012。生物信息软件预测显示miR-218-1和 miR-885-5p 的共同靶基因是酪氨酸激酶受体基因 RET、PLAG1和 NeuroD1。结论 HSCR 无神经节细胞肠管和患儿血清均存在显著差异表达的 miRNAs，其中 miR-218-1和 miR-885-5p 呈一致性高表达，可能与 HSCR 的发生有关。

目的 分析绵羊肝脏及肺脏分离的细粒棘球蚴原头节(HPSC、LPSC)的微小RNA (miRNA)表达情况,筛选出寄生部位特异性miRNA,为后续miRNA生物信息学分析提供依据. 方法 从西宁市郊屠宰场采集带有包囊的新鲜绵羊肝脏、肺脏,经分离、过滤、沉淀获得棘球蚴原头节.用TRIzol法提取原头节总RNA,构建HPSC、LPSC小片段RNA (sRNA)文库,采用高通量测序技术进行深度测序,将测序获得的原始数据与miRBase、Pre-miRNA、RFam、Repbase等4个公共数据库进行比对,获得已知miRNA的注释信息.利用mfold软件预测未比对上任何注释信息的miRNA的二级结构.比较HPSC、LPSC中miRNA表达量的差异. 结果 HPSC和LPSC文库分别获得10 182 508条和11 133 735条有效序列,大部分序列长18～22 nt.其中22 nt的序列最多,分别占20.9％ (2128728/10182508)和24.6％(2737 570/11 133 735);19nt及21 nt次之,分别占14.0％(1 429846/10 182508)、18.5％ (1 880 607/10 182 508)和16.9％(1 875 698/11 133 735)、16.9％ (1 885 560/11 133 735).在HPSC和LPSC文库中,细粒棘球蚴原头节已知miRNA分别有87条和79条,新miRNA分别占341条和339条,与其他寄生虫(日本血吸虫、曼氏血吸虫、扁虫及三代虫等)保守的miRNA分别有58条和62条.在细粒棘球蚴原头节已知miRNA中,除egr-miR-36a-3p、egr-miR-36b-3p、egr-miR-10229a-5p、egr-miR-10233-5p、egr-miR-10240-3p、egr-miR-10243-5p、egr-mir-10252-5p、egr-mir-10287-5p等8个miRNA在HPSC中特异表达外,其余miRNA在2个文库均表达且表达量一致;在与其他寄生虫保守的miRNA中,有50条在HPSC和LPSC中均表达,有8条和12条分别在2个文库中特异表达.在新的miRNA中,在HPSC和LPSC文库特异表达的分别为78和76条.HPSC和LPSC文库共筛选出miRNA 574条,其中392条miRNA在2个文库中均表达,表达量居前10位的为egr-miR-1-5p、egr-miR-2a-3p、egr-miR-2c-3p、egr-miR-2b-3p、egr-miR-7-5p、egr-let-7-5p、egr-miR-7b-5p、egr-miR-9-5p、egr-miR-9-3p、egr-miR-10a-5p.LPSC与HPSC文库相比较,LPSC有124条miRNA上调2倍以上,30条miRNA下调0.5倍以下.在筛选出的miRNA中,HPSC和LPSC中分别有94条和88条特异表达. 结论 本研究发现HPSC及LPSC中存在特异表达miRNA.

目的 探究阿尔茨海默病患者淀粉样斑块的对比增强磁共振成像与淀粉样变的血清标志物的相关性.方法 选取108例AD患者(研究组)和105位健康老年人(对照组),获取血清后提取到总RNA,并进行Hiseq测序.筛选出AD患者血清miRNAs拷贝数大于10且变化2倍以上.应用McDonald法对qRT-PCR结果 进行标准化,内参为miR-cel-39,相对表达量采用2-ΔΔCt进行表征.采用Pearson相关系数评估各变量之间的相关性,得到阿尔茨海默病患者淀粉样斑块的对比增强磁共振成像与淀粉样变的血清标志物的相关性和相关系数.结果对照组脑组织中未见淀粉样斑块,而AD患者组的颅脑总淀粉样斑块体积为1363.76 mm3.首先在小批量样本即初筛组中得到14种miRNA,然后运用qRT-PCR对初筛出的14种miRNA进行复筛.六个miRNA在AD患者血清中的表达量低于对照组血清(P<0.05).颅脑总淀粉样斑块体积与血清中miR-98-5p、miR-885-5p、miR-483-3p、miR-342-3p、miR-191-5p和let-7d-5p表达量呈正相关(P<0.05).结论 阿尔茨海默病患者淀粉样斑块的对比增强磁共振成像与淀粉样变的血清标志物miR-98-5p、miR-885-5p、miR-483-3p、miR-342-3p、miR-191-5p和let-7d-5p表达量呈正相关.

目的 对非小细胞肺癌两种亚型肺腺癌和肺鳞状细胞癌的基因差异表达进行生物信息学分析,寻找非小细胞肺癌潜在的生物学标志物运用于临床诊断,进而提高患者生存率.方法 获取肺腺癌和肺鳞状细胞癌的基因表达谱分析数据集,使用R语言处理,t检验分析鉴定肺腺癌和肺鳞状细胞癌之间的转录组差异,并通过维恩图显示所鉴定的基因差异表达.从GEO获得差异表达的基因,用DAVID及IPA进行分析,进一步确定潜在可用于鉴别肺腺癌和肺鳞状细胞癌的几种信号通路和生物标记.利用TCGA数据和临床肺癌样本中的生物标记表达,验证Osteoarthritis pathway和LXR/RXR分别在肺腺癌和肺鳞状细胞癌的基因差异表达;挑选miR-181b-5p及其靶基因WNT5A和MBD2进行验证,收集23例肺鳞癌患者的肺肿瘤组织(23例肿瘤组织,实验组)及其邻近肺组织(23例癌旁肺组织,对照组),检测miR-181b-5p和其靶基因WNT5A和MBD2的表达差异用于鉴别肺腺癌和肺鳞状细胞癌.结果 GEO数据分析结果揭示肺腺癌和肺鳞状细胞癌的差异表达基因:肺腺癌中有851个DEGs(276个上调,575个下调),而肺鳞状细胞癌中有885个DEGs(406个上调,479个下调).DAVID和IPA分析差异表达基因结果显示,白细胞迁移和炎症反应在肺腺癌中比肺鳞状细胞癌富集程度更高,Osteoarthritis pathway在肺腺癌中是抑制状态,而在肺鳞状细胞癌中显示是激活状态.IPA对重要转录因子、细胞因子和miRNA的分析结果显示肺腺癌和肺鳞状细胞癌之间的区别主要是:转录因子(GATA4,RELA,YBX1,TP63和MBD2);细胞因子(WNT5A和IL-1A)和microRNA(miR-34a,miR-181b和miR-15a).其中miR-34a和IL-1A、miR-15a和YBX1、miR-181b和WNT5A和MBD2可作为鉴别非小细胞肺癌亚型的成对microRNA和mRNA靶点.临床样本实验结果支持miR-181b-5p的表达上升和WNT5A的表达下调可视为诊断肺鳞状细胞癌的分子标记物.结论 通过对转录组数据分析,发现了肺腺癌和肺鳞状细胞癌的候选基因、成对的microRNA鉴别肺腺癌和肺鳞状细胞癌,为其鉴别诊断和治疗提供了新的思路.