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lncRNA CASC9、YKT6在口腔鳞状细胞癌中表达意义及预后价值研究
编辑人员丨6天前
目的 探讨长链非编码RNA肿瘤易感性候选基因9(lncRNA CASC9)、YKT6在口腔鳞状细胞癌(OSCC)中表达意义及预后价值.方法 选取2016年1月至2018年1月在陕西中医药大学附属医院诊治的110例OSCC患者作为研究对象.采用实时荧光定量PCR法检测患者OSCC癌组织及癌旁组织lncRNA CASC9、YKT6 mRNA表达.采用免疫组化检测OSCC癌组织及癌旁组织YKT6蛋白表达.Kaplan-Meier曲线分析不同lncRNA CASC9、YKT6 mRNA表达对OSCC患者预后的影响.Cox回归模型分析影响OSCC预后的因素.结果 OSCC癌组织lncRNA CASC9、YKT6 mRNA表达分别为3.12±0.57、2.69±0.42,均明显高于癌旁组织(依次为1.02±0.25、1.13±0.21),差异有统计学意义(t=35.386、34.843,P<0.05).OSCC癌组织YKT6蛋白阳性率为81.82%(90/110),高于癌旁组织[9.09%(10/110)],差异有统计学意义(x2=117.333,P<0.05).OSCC 癌组织 lncRNA CASC9 与 YKT6 mRNA 表达呈正相关(r=0.788,P<0.001).TNM分期Ⅲ~Ⅳ期、低分化及有淋巴结转移的OSCC癌组织lncRNA CASC9、YKT6 mRNA表达高于TNM分期Ⅰ~Ⅱ期、高中分化及无淋巴结转移的OSCC癌组织lncRNA CASC9、YKT6 mRNA表达,差异有统计学意义(均P<0.05).lncRNA CASC9高表达组、YKT6 mRNA高表达组5年累积生存率低于lncRNA CASC9低表达组、YKT6 mRNA 低表达组,差异有统计 学意义(Log-rank x2=7.080、8.741,P=0.008、0.003).ln-cRNA CASC9高表达、YKT6 mRNA高表达、TNM分期Ⅲ~Ⅳ期、低分化及有淋巴结转移是O SCC患者预后危险因素.结论 OSCC癌组织中lncRNA CASC9、YKT6表达升高,两者可作为评估O SCC患者预后的肿瘤标志物.
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编辑人员丨6天前
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ZNF750对子宫内膜癌细胞生物学行为的影响及机制研究
编辑人员丨6天前
目的 探讨锌指蛋白750(ZNF750)在子宫内膜癌细胞的增殖、侵袭和迁移中的作用并筛选其调控的潜在靶基因.方法 通过实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)和蛋白质印迹法检测子宫内膜癌细胞系Ishikawa细胞转染ZNF750过表达质粒(OE-ZNF750组)和ZNF750干扰片段(si-ZNF750组)后ZNF750的mRNA和蛋白质表达水平;细胞计数试剂盒8(CCK8)检测细胞增殖能力,Trans well实验检测细胞的侵袭和迁移能力;基因表达微阵列分析结合生物信息学方法筛选ZNF750调控的候选靶基因.设置对照组(NC组),组间比较采用t检验和非参数检验.结果 上调ZNF750基因第72 h,CCK8实验结果显示,与NC组(5.79±0.20)相比,OE-ZNF750组(4.70±0.10)Ishikawa细胞的增殖能力降低,t=10.571,P<0.001;Transwell 实验结果显示,NC 组细胞侵袭数为(156.44±7.84)个,迁移数为(125.55±19.69)个,OE-ZNF750组细胞侵袭数为(103.44±19.21)个,迁移数为(49.33±14.15)个,差异均有统计学意义,t值分别为7.660 和 9.428,均 P<0.001.下调 ZNF750 基因第 72 h,CCK8 实验结果显示,与 NC 组(5.21±0.07)相比,si-ZNF750组(5.59±0.12)Ishikawa细胞的增殖能力升高,t=-5.876,P<0.001;Trans well实验结果显示,NC组细胞侵袭数为(159.11±32.91)个,迁移数为(84.88±11.47)个,si-ZNF750 组细胞侵袭数为(314.77±24.06)个,迁移数为(181.11±18.01)个,差异均有统计学意义,t值分别为一 11.454和一 13.518,均P<0.001.通过基因表达微阵列分析筛选ZNF750的下游靶基因,结果显示,上调ZNF750后,有414个差异表达基因,下调ZNF750后,有50个差异表达基因,结合生物信息学筛选出与癌症相关的基因有RAC2、KLF4、FN1、IGF2和MAGEA2.qRT-PCR结果显示,上/下调ZNF750后,与NC组相比,KLF4、RAC2、MAGEA2和IGF2的mRNA表达水平显著升高/降低,FN1的mRNA表达水平显著降低/升高,差异均有统计学意义,均P<0.05.结论 在子宫内膜癌细胞中,ZNF750作为抑癌基因发挥作用,抑制子宫内膜癌细胞增殖、侵袭和迁移,RAC2、KLF4、FN1、IGF2和MAGEA2为ZNF750的潜在候选靶基因.
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编辑人员丨6天前
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血浆甲氧基去甲肾上腺素候选参考方法的建立及其在室间质量评价计划中的应用
编辑人员丨6天前
目的:建立同位素稀释液相色谱串联质谱法(ID-LC/MS/MS)测定人血浆甲氧基去甲肾上腺素的候选参考方法,并对方法性能进行评价。采用该方法对室间质量评价计划样品进行定值,初步评价血浆甲氧基去甲肾上腺素的检测现状。方法:采用甲氧基去甲肾上腺素同位素标准溶液为内标,重量法进行取样,标准曲线法进行定量;采用蛋白沉淀结合弱阳离子固相萃取进行前处理,采用超高液相色谱耦联三重四极杆质谱仪进行液质联用分析。根据相关EP文件对方法的特异性、基质效应、检测限、定量限、精密度、正确度和不确定度等性能指标进行了评价。采用该方法对2020年国家卫生健康委临床检验中心甲氧基去甲肾上腺素室间质量评价计划样品进行定值,以该定值结果为靶值,生物学变异最佳可允许总误差标准为评价限,对实验室的检测质量进行评价。结果:方法特异性良好,干扰物和基质效应均不影响检测结果。血浆甲氧基去甲肾上腺素测定的检测限及定量限分别为1.08 pg/g和3.54 pg/g,批内变异系数( CV)和批总 CV分别为0.43%~1.10%、0.61%~1.42%,相对回收率为98.5%~101.9%,4种血浆样品的相对扩展不确定度分别为3.10%、2.34%、2.16%、1.73%。室间质量评价计划结果显示,实验室测定202013和202014样品的及格率分别为80%和85%。 结论:本研究建立了ID-LC/MS/MS测定人血浆甲氧基去甲肾上腺素的候选参考方法,方法准确、精密、简便,有望作为血浆甲氧基去甲肾上腺素测定的参考方法,可应用于室间质量评价计划样本的定值。
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编辑人员丨6天前
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短肋胸廓发育不良3型两个家系的遗传学分析
编辑人员丨6天前
目的:对2例疑似短肋胸廓发育不良的胎儿进行致病变异鉴定和临床分型。方法:在获取知情同意后,对引产胎儿进行全面检查,记录其临床表型。用常规酚-氯仿法提取胎儿皮肤组织及其父母外周血样的基因组DNA,通过全外显子组测序(WES)对其进行检测,对候选致病性变异进行Sanger测序家系验证;用VarCards在线软件分析变异的致病性,结合Swiss-PdbViewer预测变异对蛋白质三级结构的影响。结果:两例胎儿均携带 DYNC2H1基因的复合杂合变异。胎儿1为c.515C>A(p.Pro172Gln)和c.5983G>A(p.Ala1995Thr),胎儿2为c.5920G>T (p.Gly1974*)和c.9908T>C(p.Ile3303Thr)。两例胎儿的亲代均携带杂合变异。 结论:DYNC2H1基因的复合杂合变异很可能是两例胎儿的遗传学病因,二者均被确诊为SRTD3型。
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编辑人员丨6天前
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近亲婚配所致D双功能蛋白缺乏症患儿1例的遗传学分析
编辑人员丨6天前
目的:分析1例由近亲婚配所致D双功能蛋白缺乏症(DBPD)患儿的遗传学病因。方法:选取2022年1月6日因"肌张力低、全面发育落后"就诊于海南医学院第一附属医院的1例DBPD患儿作为研究对象,并收集其临床资料及其家系调查资料。提取患儿及父母、姐姐的外周血样,提取基因组DNA,应用全外显子组测序对患儿进行基因变异检测,对候选变异进行Sanger测序家系验证。应用生物信息软件预测变异位点的致病性,诊断患儿所患疾病。结果:患儿为2岁9个月女性,临床表现为肌张力低下、发育迟缓、抬头不稳,感音神经性耳聋。血清长链脂肪酸增高,听性脑干诱发电位双侧耳90 dBnHL刺激均未能引出V波,头颅MRI提示胼胝体变薄,白质发育不良,患儿父母系近亲婚配,其长女表型正常,无D双功能蛋白缺乏症相关临床症状,其儿子出生当天频繁惊厥、肌张力低及喂养困难,生后1个半月夭折。基因测序结果显示患儿 HSD17B4基因存在c.483G>T(p.Gln161His)纯合变异,父母、姐姐均携带 HSD17B4基因c.483G>T(p.Gln161His)者。根据美国医学遗传学与基因组学学会变异评级相关指南,c.483G>T(p.Gln161His)变异评级为致病性变异(PM1+PM2_Supporting+PP1+PP3+PP4)。 结论:父母近亲婚配导致患儿 HSD17B4基因携带c.483G>T(p.Gln161His)纯合变异,考虑为是患儿的遗传学病因。
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编辑人员丨6天前
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Hunter综合征家系的临床表型、遗传学特征及永生化细胞系的构建
编辑人员丨6天前
目的:探讨1个Hunter综合征家系的临床表型和遗传学特征,并为其构建永生化类淋巴母细胞系。方法:选取2022年7月就诊于西安市儿童医院的1例Hunter综合征患儿及其家系成员(2代共6人)作为研究对象。回顾性分析患儿的临床资料,对其进行家系全外显子组测序,对候选变异进行Sanger测序家系验证,并进行生物信息软件分析。通过EB病毒转染构建患儿及其父母的外周血B淋巴细胞永生化细胞系并进行酶活性分析。结果:患儿为5岁7月龄男性,表现为手足关节不能伸直、四肢关节大,3月龄出现疝气、舟状头、桶状胸等。患儿的舅舅表现为四肢关节不能伸直、听力差、失明、右侧腹股沟斜疝等。基因检测显示患儿及其舅舅均携带 IDS基因(NM_000202.8)c.823G>A(p.D275N)变异。生物信息学分析表明,D275是一个具有高度保守性的位点,D275N变异可能会影响蛋白质空间构象的稳定性,从而降低酶的催化活性。患儿及其父母的永生化类淋巴母细胞系在构建过程中细胞体积增大、呈不规则形状,周围存在毛刺状结构和聚团生长。患儿永生化类淋巴母细胞的IDS酶活值低于检测限。根据美国医学遗传学和基因组学学会(ACMG)相关指南, IDS: c.823G>A(p.D275N)被评级为可能致病变异(PS3+PM2_Supporting+PM5+PP1+PP3)。 结论:IDS:c.823G>A考虑为该Hunter综合征患儿手足关节不能伸直、四肢关节大的遗传学病因。永生化细胞系的构建为进一步研究上述变异对IDS功能的影响提供了细胞模型。
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编辑人员丨6天前
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人体重要寄生虫重组TPx参与免疫调控、免疫诊断及免疫预防的研究进展
编辑人员丨6天前
硫氧还蛋白过氧化物酶(TPx)属于过氧化物氧还蛋白超家族一员,广泛表达于寄生虫各个生长发育阶段及其排泄分泌物中。一方面,重组TPx蛋白可参与宿主免疫调控;另一方面,重组TPx蛋白作为诊断性抗原具有较高的敏感性和特异性,可用于寄生虫病的免疫诊断;此外,还可作为候选疫苗分子用于寄生虫病的免疫预防。文中就人体重要寄生虫重组TPx蛋白对宿主免疫调控、免疫诊断及免疫预防的研究进展做一综述。
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编辑人员丨6天前
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基于生物信息学筛选结直肠癌关键长链非编码RNA及LINC00174的作用机制
编辑人员丨6天前
目的:应用生物信息学技术筛选结直肠癌(CRC)关键长链非编码RNA(lncRNA),并对筛选出的LINC00174在CRC中的作用机制进行初步分析。方法:对癌症基因组图谱(TCGA)数据库中638例CRC和51例癌旁组织的RNA数据分析,应用Wilcoxon检验识别筛选差异表达明显的RNA;Pearson相关性检验确定lncRNA-mRNA关系对;在Starbase v3.0数据库中确定与lncRNA-mRNA关系对中RNA分子存在互作关系的微小RNA(miRNA,miR)。对TCGA数据库中CRC临床数据使用R软件包的"survival"和"survminer"方法进行生存分析,探讨lncRNA-mRNA关系对预测预后的价值。用STRING数据库及metascape平台对mRNA编码蛋白(ZNF692)的功能进行分析。收集40例新鲜的CRC及癌旁组织,应用荧光实时定量PCR(qRT-PCR)对筛选出的RNA检测,验证生物信息学结果。符合正态分布的计量资料采用均数±标准差( ± s)表示,各指标间关系采用 t检验及Person相关分析。 结果:与癌旁组织比较,CRC组织中上调的LncRNA为820,下调的为951;上调的mRNA为1 628,下调为3127。分析后确定2775对候选lncRNA-mRNA,其中501对与患者生存有关。进一步通过功能分析发现LINC00174-ZNF692对可能在CRC进展中有重要作用。结果显示,LINC00174、ZNF692在CRC组织中表达水平(14.52±0.97、17.12±0.72)高于癌旁组织(13.50±0.60、15.53±0.44, W=26 747、31 438, P<0.01);LINC00174与ZNF692呈正相关( r=0.58, P<0.01)。生存分析结果显示,LINC00174-ZNF692对高表达是CRC患者预后差的标志( χ2=5.52, P<0.05),其风险比( HR)为1.51(1.05~2.20)( P<0.05)。对Starbase v3.0数据库分析显示,ZNF692通过海绵吸附miR-200b-3p与LINC00174形成内源性竞争RNA(ceRNA)机制发挥作用。富集分析显示,ZNF692蛋白在泛素介导的蛋白降解、mRNA监控、核苷酸切除修复等过程。组织验证结果显示,LINC00174、ZNF692在CRC水平(2.65±1.23、1.19±0.33)明显高于癌旁组织(0.83±0.39、0.42±0.17, t=8.92、13.12, P<0.01);miR-200b-3p在CRC水平(0.35±0.13)明显低于癌旁组织(0.82±0.22, t=-11.63, P<0.01)。Pearson分析显示,CRC组织中LINC00174与ZNF692呈正相关( r=0.81, P<0.01);LINC00174与miR-200b-3p、ZNF692与miR-200b-3p均呈负相关( r=-0.75、-0.53, P<0.01)。 结论:LINC00174可能通过海绵吸附机制调控miR-200b-3p/ZNF692轴在CRC进展中发挥重要作用。
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编辑人员丨6天前
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痉挛性截瘫30型一个家系的 KIF1A基因变异分析
编辑人员丨6天前
目的:探讨1例遗传性痉挛性截瘫30型(HSP30)家系的遗传学病因。方法:以2021年8月就诊于山西医科大学第二医院的1例先证者以及家系成员为研究对象,对其进行全外显子组测序,并对候选变异进行Sanger测序家系验证。结果:先证者携带 KIF1A基因第3外显子c.110T>C(p.I37T)杂合变异,造成第37位的异亮氨酸替换为苏氨酸,可能影响其蛋白质产物的功能。先证者的父母、哥哥和姐姐均未携带相同的变异,提示其为新发变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关指南,判断该变异为可能致病性变异(PM2_Supporting+PP3+PS2)。 结论:KIF1A基因c.110T>C变异可能是该先证者的遗传学病因。
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编辑人员丨6天前
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LDLR基因变异所致家族性高胆固醇血症患者1例的遗传学分析
编辑人员丨6天前
目的:探讨1例家族性高胆固醇血症(FH)患者 LDLR基因的变异特点,为其临床诊断与遗传咨询提供依据。 方法:选取2020年6月于安徽医科大学第一附属医院生殖中心就诊的1例FH患者为研究对象。收集患者的临床资料,应用全外显子组测序(WES)对患者进行基因检测,应用Sanger测序对候选变异进行家系验证,查阅UCSC数据库进行变异位点保守性分析。结果:患者的临床表现为血清总胆固醇水平升高,其中低密度脂蛋白胆固醇显著升高。WES结果显示患者 LDLR基因存在c.2344A>T(p.Lys782*)杂合变异,既往未见报道。Sanger测序验证该变异为父源性,患者父亲 LDLR基因存在c.2344A>T(p.Lys782*)杂合变异,患者母亲该位点为野生型。查询UCSC数据库提示该变异位点高度保守。 结论:LDLR基因c.2344A>T杂合变异可能为该FH患者的遗传学病因。本研究为该家系的遗传咨询和产前诊断提供了依据。
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编辑人员丨6天前
