研究应用SLAF-seq技术开发了短须裂腹鱼(Schizothoraxwangchiachii)的SNP标记,并使用开发的SNP标记分析了野生种群的遗传多样性.结果显示实验中RsaⅠ-HaeⅢ的酶切效率为86.93%,共得到80.08 M reads.通过生物信息学分析, 共获得709758个SLAF标签, 其中多态性的SLAF标签共有243304个, 共得到777082个群体SNP, 测序平均Q30为94.79%, 平均GC含量为40.16%, 测得观测等位基因数为2.005, 期望等位基因数为1.5272, 观测杂合度为0.2007, 期望杂合度为0.3160, 平均遗传距离为0.1523, 遗传多样性指数为0.3386,香浓指数为0.4827,多态性信息含量(PIC)为0.2562,次要基因型频率(MAF)为0.2313,结果表明目前金沙江阿海至龙开口段短须裂腹鱼野生种群遗传多样性处于中等水平, 这和人为干扰有关.近年来短须裂腹鱼数量逐年减少, 研究短须裂腹鱼的遗传多样性对保护其种质资源起着重要的作用.

目的 对贵州不同产地粗毛淫羊藿样品的遗传多样性和亲缘关系进行分析.方法 利用PopGene 32软件及NTsys2.10e软件分析贵州5个不同产地粗毛淫羊藿的遗传多样性及亲缘关系,并根据UPGMA法,构建亲缘关系树状图.结果 从100个随机引物中筛选出13条多态性稳定、条带清晰的引物,结果表明,共扩增出211个位点,从物种水平上看,共有205个多态性位点,多态性百分率(PPB)为97.16％,Shannon's信息指数(Ⅰ)为0.455 7,Nei's基因多样性指数(He)为0.297 3,有效等位基因数(Ne)为1.490 2,5个居群间总的遗传多样性(Ht)为0.297 3,而居群内的遗传多样性(Hs)为0.207 5,表明粗毛淫羊藿的遗传变异主要存在于群体内,种群内的遗传分化大于种群间.利用UPGMA法构建的居群遗传距离聚类树,表明,5个居群被分为2支,其中来自安顺、花溪、高坡的3个居群聚在一支,来自龙里和雷山的2个居群共同聚为一支.结论 ISSR分子标记技术可以用于贵州不同产地的粗毛淫羊藿植物的遗传多样性和亲缘关系分析.

神经肽Y(NPY)是鱼类摄食调控网络中具有促进食欲的摄食因子,NPY基因上的多态性可能影响鱼类的摄食进而对生长性状产生影响.本研究通过PCR扩增和直接测序在大口黑鲈NPY基因5'非编码区筛选获得1个SNP位点S1(A-85C).随机选取同塘饲养的12月龄大口黑鲈327尾作为分型群体,采用SNaPshot方法检测每尾鱼中S1位点的基因型,运用Popgene 32软件进行群体遗传结构分析.结果表明,S1位点共有3种基因型:AA、AC和CC,其分布频率分别为0.560、0.416和0.024.该位点在群体中的有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为1.928、0.450和0.449,处于哈温平衡.采用一般线性模型分析不同基因型与大口黑鲈生长性状之间的相关性,结果显示:AC基因型群体的平均体质量、体宽、全长和体高分别高于AA基因型群体和CC基因型群体,其中AC基因型个体的平均体质量比CC基因型个体的平均体质量增加了15.37％,但在统计上均没有达到显著相关(p＞0.05).这可能与CC基因型个体明显偏少,只占分型群体的2.4％有关.

目的 评估我校培育的三个远交系豚鼠种群的微卫星遗传结构,筛选不同种群间呈现差异等位基因的微卫星位点,为今后豚鼠遗传育种及应用提供资料.方法 使用45对引物通过PCR及电泳技术,对我校三个豚鼠种群的微卫星DNA进行扩增分析,计算各位点等位基因多态性等参数,并筛选出种群间等位基因呈差异变化的微卫星位点.结果 所有微卫星位点在豚鼠种群中呈多态性变化,各位点等位基因数2～7不等,平均位点基因数2.29,平均有效基因数1.74;平均期望杂合度为0.39,平均观测杂合度为0.21,多态信息含量的可信范围为0.0739～0.6443,平均PIC为0.32,68.9％ 的位点呈中度多态性;总Hardy-Weinberg平衡P值平均为0.1734,各种群均为P>0.05,但对每个位点的基因平衡状态来讲,共有20个位点极显著偏离Hardy-Weinberg平衡,种群平均偏离指数D为-0.407;平均分化指数Fst为0.136,平均基因流Nm为5.835,还阐明了种群间的Nei遗传距离及遗传相似度.结论 三个豚鼠种群遗传呈中度多态性变化,种群间平均遗传差异无显著性,遗传相似度较高.群体遗传偏离Hardy-Weinberg平衡较突出,出现严重的近交现象,群体处于中等遗传变异水平,但较高的基因流动阻止了遗传分化发生.分析这些问题的原因,主要是本群体繁殖数量偏小,种子选择范围不广泛等,今后在培育过程中要引起重视.本课题还筛选到与不同种群或毛色豚鼠相关的微卫星位点12个,种群特征性微卫星位点7个,可能用于性状基因定位.

本研究采用32个微卫星标记分析广西本地鲢和长丰鲢两个群体的遗传差异,计算并统计其微卫星遗传参数.结果显示:32个微卫星标记广西本地鲢鱼和长丰鲢群体共检测到等位基因119个,其中两群体所共有为88个;平均观测等位基因数为2.937 5和3.406 2;平均有效等位基因数为1.787 3和2.074 7;多态信息含量(PIC)在0～0.727 1和0～0.748 4之间,平均值为0.293 6和0.360 0,表明两个群体的遗传多样性均不高.两群体平均观测杂合度为0.373 9和0.559 7,平均期望杂合度为0.327 1和0.413 3,均表现为本地鲢群体低于长丰鲢群体,说明两个群体的均不高,并且广西本地鲢群体的遗传多样性低于长丰鲢群体;两个鲢鱼群体间的遗传距离和遗传相似系数分别为0.297 7和0.742 5,表明两个鲢鱼群体间的遗传差异不大.两个群体的遗传分化系数(Fst)在不同微卫星位点间差异明显,平均0.171 7.本研究为广西地方鱼类种质资源保护和利用提供了理论依据.

目的 对比等位基因全不同基因座及共有等位基因计数法预测叔侄关系的差异性、相似性及其效能,为侦破案件提供参考.方法 以已知叔侄关系的204对作为实验组,无关个体的204对作为对照组,采用PowerPlex 21系统检测20个常染色体STR基因座,然后进行统计分析.结果 设定等位基因全不同基因座数预测界值≤6个,发现叔侄关系的灵敏度为83.82％,特异性为74.02％,漏判率为8.82％,误判率为11.76％,系统效能为78.92％.共有等位基因数预测界值≥17个,发现叔侄关系的灵敏度为75.98％,特异性为77.45％,漏判率与误判率均为7.84％,系统效能为76.72％.结论 等位基因全不同基因座计数法与共有等位基因数计数法有互补优势,联合应用能提高预测叔侄血亲关系的能力,对侦查具有良好的指导意义.

目的 探讨状态一致性(IBS)评分法在全同胞和无关个体鉴定中的可行性.方法 根据717对全同胞、812,378对无关个体的13、15和19个常染色体STR分型结果,统计各IBS评分,采用MATLAB 2019b软件拟合正态分布曲线,采用SPSS 26软件进行均数的t检验.结果 同胞对和无关个体对共有等位基因数均符合正态分布,具有显著性差异.19个检测系统,如果按照IBS≥22为"倾向于认为两名被鉴定人为全同胞"、13

目的 探讨大学生维生素D结合蛋白基因(GC)位点rs2282679多态性与血液维生素D水平之间的关系.方法 从河北省某高校筛选符合条件的286名学生作为研究对象.采用液相色谱-质谱联用法定量分析血清25-羟化维生素D的水平,并用基因芯片进行rs2282679位点基因分型.采用条件Logistic回归模型分析rs2282679遗传突变对血清维生素D水平的影响.结果 共有285名参与者完成了本研究,1名因数据不全而未纳入统计分析.在研究人群中,rs2282679基因位点A/C多态性的分布符合Hardy-Weinberg平衡.GC基因rs2282679位点的基因型与血液维生素D水平是否不足和缺乏呈显著相关性(P=0.031),等位基因A是维生素D不足和缺乏的风险因素.等位基因C相对于A的OR值是0.65,遗传方式是显性遗传(P=0.03).结论 维生素D结合蛋白基因rs2282679 A/C多态性与血清25-羟化维生素D不足和缺乏的风险相关,C为保护型碱基,A为危险型碱基,A等位基因可能是中国大学生维生素D不足和缺乏的危险因素.

目的:开发粉尘螨基因组微卫星标记,为粉尘螨种群遗传多态性和遗传分化提供有效的分子标记.方法:基于Illu-mina HiSeqTM平台进行粉尘螨全基因组测序,用MISA识别微卫星序列,Primer5 设计引物,并进行PCR扩增.选择易扩增、稳定性高的引物,应用毛细管电泳法对3 个种群共15 个个体进行遗传多样性分析,以评价所开发微卫星标记的效果.结果:在粉尘螨基因组中筛选到266 个候选微卫星标记,通过毛细管电泳再筛选得到12 对微卫星标记.用12 对引物对3 个种群共15个个体进行遗传多样性分析.结果表明,12 个标记共有66 个等位基因,每个标记等位基因数为3～9,观测杂合度和期望杂合度分别为0.133～0.800 和0.291～0.793.各标记的香农指数I为0.563～1.807.各标记的多态性信息含量PIC为 0.271～0.765,8 个位点为高度多态性标记,其余为中度多态性标记.结论:本研究开发出的微卫星标记准确可靠,多态性高,可应用于粉尘螨的遗传多样性分析.