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CRL4B复合物抑制分泌型卷曲相关蛋白1促进胰腺癌的发生发展
编辑人员丨3天前
目的:探讨CRL4B复合物在胰腺癌发生发展中的作用及其分子机制。方法:将胰腺癌细胞分为对照组(转染阴性对照慢病毒)、shCUL4B组(转染CUL4B慢病毒)、shDDB1组[转染DNA损伤结合蛋白1(DDB1)慢病毒]和shCUL4B+siSFRP1组[转染CUL4B慢病毒+分泌型卷曲相关蛋白1(SFRP1)-siRNA]。对敲低CUL4B和DDB1的胰腺癌细胞系进行RNA测序(RNA-seq),寻找CRL4B复合物调控的靶基因,采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测靶基因mRNA的表达,染色质免疫共沉淀(ChIP)-PCR实验鉴定CRL4B复合物直接调控的靶基因,Western blot法检测上皮-间充质转化(EMT)标志物蛋白的表达水平,EdU细胞增殖实验检测细胞增殖能力,划痕实验和Transwell实验检测细胞迁移和侵袭能力。采用GEO、TCGA和GTEx数据库中胰腺癌相关肿瘤样本和正常组织样本的测序数据,分析CUL4B、DDB1和其下游靶基因的表达相关性。结果:RNA-seq结果显示,CRL4B复合物调控的靶基因涉及多种恶性肿瘤相关信号通路。qRT-PCR检测结果显示,shCUL4B和shDDB1组待验证靶基因的mRNA表达水平均高于对照组,差异有统计学意义(均 P<0.05)。ChIP-PCR实验结果显示,CRL4B复合物直接结合在NME1和SFRP1靶基因启动子区,敲低CUL4B的表达后,靶基因启动子区域组蛋白H2A第119位赖氨酸单泛素化富集减少。对照组PANC-1细胞增殖率为(32.10±3.58)%,高于shCUL4B组和shCUL4B+siSFRP1组[分别为(13.95±1.66)%和(22.38±0.77)%,均 P<0.05];对照组AsPC-1细胞增殖率为(35.47±7.80)%,高于shCUL4B组和shCUL4B+siSFRP1组[分别为(19.60±3.58)%和(30.09±0.81)%,均 P<0.05]。细胞划痕实验显示,对照组PANC-1细胞迁移率为(53.18±3.70)%,高于shCUL4B组和shCUL4B+siSFRP1组[分别为(17.46±2.62)%和(44.99±9.18)%,均 P<0.05]。Western blot结果显示,对照组细胞上皮标志物α-catenin和γ-catenin的表达分别为1.00±0.03和1.01±0.11),低于shCUL4B组(分别为1.44±0.01和1.21±0.06,均 P<0.05),对照组细胞间充质标志物Fibronectin和Vimentin表达水平分别为1.01±0.14和1.02±0.18,高于shCUL4B+siSFRP1组(分别为1.53±0.13和1.22±0.07,均 P<0.05)。对照组细胞的迁移率为(100.00±3.96)%,与shCUL4B组和shCUL4B+siSFRP1组[分别为(35.49±0.34)%和(107.06±2.77)%]比较,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。CUL4B和DDB1在胰腺癌中表达升高,且与SFRP1的表达呈负相关( r分别为-0.342和-0.264)。 结论:胰腺癌中CRL4B复合物转录抑制靶基因SFRP1进而促进胰腺癌的发生发展,且CRL4B复合物在胰腺癌中的高表达支持了其作为胰腺癌治疗的潜在靶点。
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编辑人员丨3天前
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Ras超家族亚群A/Rho关联含卷曲螺旋结合蛋白激酶1在无机磷酸盐中诱导大鼠瓣膜间质细胞成骨分化的作用机制
编辑人员丨3天前
目的:探讨Ras超家族亚群A(RhoA)/Rho关联含卷曲螺旋结合蛋白激酶1(Rock-1)在无机磷酸盐中诱导大鼠瓣膜间质细胞(VICs)成骨分化的作用机制。方法:取8只雄性大鼠(购自上海西普尔必凯动物实验有限公司)的主动脉瓣膜消化培养至第3代后免疫荧光鉴定。小干扰RNA(siRNA)-RhoA转染VICs后用无机磷酸盐成骨培养基(IP-OIM)分别诱导转染组(RNAi),阴性对照组(NC)及空白对照组(CON)的成骨分化,并通过蛋白质印迹法(Western blot)与聚合酶链反应(PCR)评估转染后RhoA、Rock-1、Runt相关转录因子2(Runx-2)及骨钙素(OST)的变化;7 d行碱性磷酸酶(ALP)活性相关检测,14 d行钙含量相关检测评估其早期与晚期成骨分化趋势。用IP-OIM刺激转染后的VICs 60 min,并通过Western blot检测SMAD1/5/9的磷酸化变化。采用单因素方差分析。结果:鉴定后的VICs转染siRNA-RhoA并用IP-OIM培养,经过Western blot及PCR检测后可知RNAi的RhoA(Western blot:0.330±0.020;PCR:0.357±0.060)及Rock-1(Western blot:0.366±0.020;PCR:0.383±0.040)比CON均出现表达下调(RhoA Western blot: t=36.680, P<0.05 PCR: t=10.610, P<0.05;Rock-1 Western blot: t=31.240, P<0.05 PCR: t=13.210, P<0.05),差异有统计学意义,RNAi的OST(Western blot:0.520±0.030;PCR:0.510±0.070)和Runx-2(Western blot:0.573±0.020;PCR:0.57±0.060)比CON也出现了下降(OST Western blot: t=16.630, P<0.05;PCR: t=6.970, P<0.05;Runx-2 Western blot: t=21.040, P<0.05;PCR: t=6.710, P<0.05),差异有统计学意义。在7 d的ALP染色中RNAi的颜色最浅,ALP活性检测中RNAi [(1.005±0.101) U/mg]活性比较NC[(2.042±0.116) U/mg]和CON[(1.931±0.136) U/mg]明显下降( t=10.570, P<0.05; t=9.400, P<0.05),差异有统计学意义。在14 d的相对钙含量测定中RNAi[(22.290±1.981) ng/L]钙含量比较NC[(41.100±2.440) ng/L]和CON[(41.760±1.215) ng/L]明显下降( t=10.530, P<0.05; t=14.510, P<0.05),差异有统计学意义;同样茜素红钙沉积染色中,也是RNAi颜色最浅。经IP-OIM分别刺激60 min,RNAi的SMAD1/5/9的磷酸化水平(0.337±0.030)比CON明显下降( t=25.480, P<0.05),差异有统计学意义。 结论:无机磷酸盐可通过RhoA/Rock-1引起瓣膜间质细胞的成骨分化,SMAD1/5/9的磷酸化在此过程中起重要作用。
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编辑人员丨3天前
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支持向量机递归特征消除算法和人工神经网络算法筛选构建基于mRNA基因表达的鼻咽癌诊断预测模型
编辑人员丨3天前
目的:通过支持向量机递归特征消除算法和人工神经网络算法筛选构建一种基于mRNA基因表达的鼻咽癌诊断预测模型,为临床早期筛查、干预以及分子机制的研究提供参考。方法:从GEO、国际癌症基因组联盟(ICGC)和GTEx公共数据库中获取了鼻咽癌患者( n=216)和正常对照者( n=248)的微阵列与转录组测序基因表达谱数据。首先通过差异表达分析确定了与鼻咽癌相关的差异表达基因,再利用支持向量机递归特征消除算法筛选出重要的基因特征。最后利用人工神经网络算法构建了鼻咽癌诊断预测模型,并通过内部和外部验证集的分析评估了模型的准确性和预测性能。 结果:本研究共鉴定了457个差异表达基因。随后通过支持向量机递归特征消除算法筛选出了6个重要基因特征,分别为尿激酶型纤溶酶原激活物(PLAU)、SHISA3、基质金属蛋白酶1(MMP1)、富含脯氨酸突触相关蛋白SHANK2、含卷曲结构域的蛋白(CCDC)39和MEX3A。基于这些特征,利用人工神经网络算法构建诊断预测模型。该模型在训练集上的受试者工作特征曲线(ROC)下的面积(AUC)为0.970,内部验证集的AUC为0.907。外部验证结果显示,模型在转录组测序数据集、微阵列数据集以及包含转录组和微阵列的独立数据集上的AUC分别为0.851、0.842和0.791。结论:本研究鉴定了几个潜在的鼻咽癌重要基因特征,基于重要基因特征构建了诊断预测模型,该模型在不同数据来源的外部验证集中展现出了良好的泛化能力,有望为临床早期筛查和治疗干预以及分子机制的研究提供新的思路和参考。
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编辑人员丨3天前
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急性心肌梗死患者经皮冠状动脉介入治疗近期预后的影响因素分析
编辑人员丨3天前
目的:探讨分泌型卷曲相关蛋白5(SFRP5)、单核细胞趋化蛋白1(MCP-1)、血脂水平对急性心肌梗死(AMI)患者经皮冠状动脉介入治疗(PCI)术后近期预后的影响。方法:选取2018年1月至2021年3月西安交通大学第二附属医院收治的AMI患者140例为AMI组,同期来院体检者50例为对照组。比较AMI组和对照组血清SFRP5、MCP-1、血脂水平。根据AMI患者PCI术后主要不良心血管事件(MACE)发生情况分为MACE组和非MACE组,采用logistic回归分析AMI患者PCI术后近期预后的影响因素。采用受试者操作特征(ROC)曲线分析SFRP5、MCP-1、血脂指标对AMI患者PCI术后近期预后的评估价值。结果:对照组血清SFRP5、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)水平显著高于AMI组,MCP-1水平显著低于AMI组(均 P<0.05)。AMI患者PCI术后30 d,发生MACE者27例纳入MACE组,未发生MACE者113例纳入非MACE组。MACE组血清SFRP5、HDL-C、左心室射血分数(LVEF)显著低于非MACE组,MCP-1水平显著高于非MACE组(均 P<0.05)。采用logistic回归分析显示,SFRP5、HDL-C为AMI患者PCI术后近期预后的保护因素,MCP-1为AMI患者PCI术后近期预后的危险因素( OR=0.885、0.866、1.167,均 P<0.05)。ROC曲线显示,SFRP5、MCP-1、HDL-C评估AMI患者PCI术后近期预后的曲线下面积(AUC)值分别为0.876、0.793、0.803。 结论:SFRP5、HDL-C、MCP-1与AMI患者PCI术后近期预后明显相关,可作为近期预后评估的有效指标。
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编辑人员丨3天前
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nicastrin基因沉默的HaCaT细胞基因表达谱分析
编辑人员丨3天前
目的:通过沉默人永生化角质形成细胞HaCaT细胞中nicastrin(NCSTN)基因的表达,研究其下游细胞增殖及分化相关信号通路的改变。方法:将HaCaT细胞分为干扰组、阴性对照组和空白对照组:干扰组转染特异性NCSTN-siRNA,阴性对照组转染阴性对照siRNA,空白对照组转染等量转染试剂。实时PCR及Western印迹检测各组NCSTN mRNA和蛋白表达验证转染效率。运用Agilent人类全基因组表达谱芯片技术研究干扰组HaCaT细胞基因表达谱与阴性对照组之间的差异,以表达上调或者下调倍数≥ 2.0且 P ≤ 0.05为标准,将差异基因用GO分析进行富集,筛选出表达差异显著且与角质形成细胞增生分化相关的基因,用实时PCR验证结果。 结果:干扰组HaCaT细胞NCSTN mRNA及蛋白相对表达量分别为0.287 ± 0.090、0.443 ± 0.085,明显低于阴性对照组(0.969 ± 0.127、1.047 ± 0.114)以及空白对照组(1.000 ± 0.151、1.000 ± 0.111),差异均有统计学意义( F值分别为30.787、31.139, P值均为0.001)。表达谱芯片显示,与阴性对照组相比,干扰组表达下调基因605条,上调基因444条。GO分析显示,干扰后差异表达基因富集到上皮发育、上皮细胞分化、角质形成细胞分化、角化4种生物学过程。对表达差异显著且与角质形成细胞增生分化相关的Sprouty相关蛋白2基因、表皮生长因子7基因、胰岛素样生长因子结合蛋白5基因、人Rho关联含卷曲螺旋蛋白激酶2基因和骨形成发生蛋白6基因通过实时PCR验证,验证结果与芯片结果显示的差异趋势一致。 结论:NCSTN基因功能缺失有可能通过调节其下游细胞增殖及分化相关信号通路的表达,影响角质形成细胞的正常增殖和分化。
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编辑人员丨3天前
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Menkes病一个家系的临床特征及 ATP7A基因变异分析
编辑人员丨3天前
目的:对1例Menkes患儿及其家系的临床特征及 ATP7A基因变异进行分析,明确其致病原因,为临床诊断提供依据。 方法:选择2022年3月在四川大学华西第二医院确诊的1例Menkes患儿及其家系作为研究对象,分析其临床表现、实验室检查及 ATP7A基因变异检测的结果。 结果:患儿主要表现为癫痫发作、全面发育落后,特殊面容、毛发稀疏、卷曲、乳酸、丙酮酸增高,铜兰蛋白明显降低;脑电图示多灶性尖、棘、多棘(慢)、多形性慢波频繁发放;头颅磁共振成像可见多发迂曲走行的血管影。全外显子组测序显示其 ATP7A基因存在c.3076delA(p.Ile1026*)半合子变异,该变异遗传自母亲,可导致蛋白质翻译提前终止。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关指南判定为致病变异(PVS1+PM2+PP4)。 结论:ATP7A基因c.3076del系新发变异,可能是本研究患儿的致病原因。基因检测为患儿的临床诊断提供了依据,并进一步丰富了 ATP7A基因的变异谱。Menkes病患者的乳酸及丙酮酸水平显著升高,可用于指导诊断和管理。携带者的头发在显微镜下与患者相似,可能有助于诊断。
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编辑人员丨3天前
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IQSEC2无义变异所致X连锁精神发育迟缓患儿的基因分析
编辑人员丨3天前
目的:报道1例由 IQSEC2基因变异所致的X连锁精神发育迟缓患儿,并分析 IQSEC2基因的致病变异。 方法:先证者为男性,1岁6月龄,以"精神发育迟缓伴双眼内斜视"为主要表现。提取患儿及其双亲外周血DNA物,应用全外显子基因组测序法检测相关基因变异,并通过Sanger测序法验证。对可疑变异进行生物信息学预测。结果:经全外显子基因组测序分析发现,患儿 IQSEC2基因第12外显子存在一个c.3163C>T (p. Arg1055*)杂合无义变异,该变异为国内未见报道的新发变异。c.3163C>T(p.Arg1055*)变异经Mutation Taster、PROVEAN、SIFT等变异预测软件预测,结果均提示为有害变异,并经HomoloGene及BLAST系统分析 IQSEC2基因编码蛋白第1055位Arg在哺乳动物及无脊椎动物中均高度保守,该氨基酸的提前终止编码可严重影响PH结构域(951-1085)的形成进而导致IQSEC2蛋白完整性严重破坏。同时经UCSF chimera软件对蛋白3D结构建模分析发现,该氨基酸的提前终止编码可导致编码蛋白结构中α螺旋、β折叠及无规卷曲等蛋白二级结构丧失,空间结构严重变形,原有功能丧失。 结论:IQSEC2基因c.3163C>T(p.Arg1055*)变异可能为该患儿罹患X连锁精神发育迟缓的致病原因。
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编辑人员丨3天前
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Carvajal综合征一例伴桥粒斑蛋白基因新突变
编辑人员丨3天前
目的:对1例临床表现为羊毛状发,膝盖、掌跖角化性皮损,暂无心脏症状的患儿进行基因突变检测。方法:收集患儿及其父母的临床资料。提取患儿、其父母及100例无关健康对照者外周血DNA,采用二代皮肤靶向测序包检测患儿的基因突变,应用Sanger测序法进行验证。结果:患儿女,3岁,出生头发卷曲,8月龄出现掌跖角化并渐累及膝盖,其父母表型正常。测序发现,患儿桥粒斑蛋白(DSP)基因第23号外显子存在移码突变c.5152dupT(p.L1718Ffs*15),DSP基因第24号外显子检测到无义突变c.C6478T(p.R2160X)。其母亲DSP基因第23号外显子亦存在c.5152dupT移码突变,但第24号外显子未检测到相关突变。其父亲及100例健康对照中均未检测到相关突变。诊断:Carvajal综合征。结论:该例Carvajal综合征患儿存在DSP基因复合杂合突变c.5152dupT(p.L1718Ffs*15)和c.C6478T(p.R2160X),可能与其发病有关。
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编辑人员丨3天前
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儿童MYH9相关疾病七例临床及遗传学特点分析
编辑人员丨3天前
目的:总结分析儿童非肌性肌球蛋白重链9相关疾病(MYH9-RD)的临床特征及遗传学特点,提高该类疾病的早期诊断。方法:通过基因和临床相关指标对2016年4月到2019年5月于首都医科大学附属北京儿童医院血液病中心“慢性、难治性免疫性血小板减少症”住院患儿进行筛查,对最终确诊为MYH9-RD的7例患儿的临床表现、实验室检查、遗传学等结果进行回顾性总结。结果:7例患儿中男3例、女4例;发病年龄1.25(0.41~6.16)岁;病程2.16(0.41~8.59)年;机测血小板计数[9(5~30)]×10 9/L,人工显微镜下7例患儿血小板体积均偏大,且同期血小板计数[70(30~100)]×10 9/L。4例伴皮肤出血点及鼻衄,3例无出血表现。7例均曾予免疫性血小板减少症(ITP)一线或二线免疫治疗,其中1例行脾栓塞术,上述治疗均无效,最终经二代测序证实MYH9基因均存在杂合错义突变,其中5例新发突变、2例家系突变。4例新发突变发生于N端球状头部,1例新发突变发生于尾部卷曲螺旋结构域,为p.D1424N突变。1例家系病例也为p.D1424N,另1例家系病例突变为p.A44D,为MYH9基因新的突变位点。2例p.R702突变中1例已经出现肾功能损伤,p.A44D突变病例患儿多名亲属存在耳聋。 结论:本组7例MYH9-RD患儿新发突变多见,均被误诊为ITP,但其出血表现轻、对免疫治疗无效。对可疑病例通过人工目测血小板体积及计数可早期识别,基因检测可证实。该类疾病需加强监测除血小板减少外的器官损伤发生发展,其中2例发生在p.R702的突变需警惕肾脏损伤,p.A44D新的突变位点需注意监测听力。
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编辑人员丨3天前
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妊娠期高血压患者血清SFRP5、miR-124-3p表达及临床意义
编辑人员丨3天前
目的:探究妊娠期高血压疾病(HDCP)患者血清分泌型卷曲相关蛋白5(SFRP5)、miR-124-3p表达水平及临床意义。方法:选取金华市妇幼保健院2019年1月至2022年2月确诊的98例HDCP患者为观察组,其中包括妊娠期高血压(GH)组41例,轻度子痫前期(PE)32例,重度PE 25例,另选取同期的80名健康体检者作为对照组。采用酶联免疫吸附法(ELISA)检测SFRP5水平,实时荧光定量法(qRT-PCR)检测miR-124-3p表达水平。分析SFRP5、miR-124-3p水平与HDCP患者临床病理指标的关系,采用Pearson法分析SFRP5与miR-124-3p的相关性。HDCP的危险因素探究利用多因素Logistic回归。结果:与对照组相比,观察组血清SFRP5表达水平[(33.78±5.21)vs(43.34±8.56)ng/L]下调,而miR-124-3p水平[(2.16±0.41)vs(1.01±0.17)]上调,且观察组血清SFRP5水平随着疾病程度加重而降低[(38.43±6.37)vs(33.18±5.14)vs(26.94±3.38)ng/L],而miR-124-3p水平随疾病程度加重而升高[(1.62±0.24)(2.19±0.43)(3.01±0.69)],其差异均具有统计学意义( P<0.05)。HDCP患者血清中SFRP5、miR-124-3p表达水平与患者年龄、孕次、孕前BMI、空腹血糖水平有关( P<0.05),而与患者孕周无关( P>0.05)。生物信息学TargetScan网站显示,SFRP5和miR-124-3p存在结合位点。Pearson相关性分析结果显示,SFRP5和miR-124-3p呈负相关( r=-0.610, P<0.05)。回归分析显示,SFRP5是妊娠期孕妇发生HDCP的保护因素,miR-124-3p是危险因素( P<0.05)。 结论:HDCP患者血清SFRP5、miR-124-3p水平呈异常表达,且和疾病的程度存在一定的关系,二者均调控HDCP的发生和发展。
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编辑人员丨3天前
