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宏基因组测序诊断新生儿埃可病毒脑膜炎并18月龄随访1例
编辑人员丨1周前
埃可病毒属于人肠道病毒B组,常引起严重感染,可表现为无菌性脑膜炎。国内有关新生儿埃可病毒脑膜炎的病例报道较少,特别是关于预后的报道更少见。本文报道 1例埃可病毒6型导致的新生儿脑膜炎,随访至18月龄,发育与同龄儿相仿。
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编辑人员丨1周前
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浙江衢州地区儿童病毒性脑炎埃可病毒优势血清型与VP1基因分析
编辑人员丨1周前
目的:了解浙江省衢州地区儿童病毒性脑炎埃可病毒(Echovirus, ECHOV)优势血清型与变迁并分析ECHOV VP1基因分子特征。方法:采集53例病毒性脑炎患儿脑脊液标本进行病毒分离培养。采用荧光RT-PCR和PCR分别检测脑脊液标本中人肠道病毒(human enterovirus,HEV)包括ECHOV、柯萨奇病毒(coxsackie virus,CV)和新型肠道病毒(enterovirus,EV),以及流行性乙型脑炎病毒(japanese encephalitis virus, JEV)、腮腺炎病毒(mumps virus, MuV)、西尼罗病毒(west nile virus,WNV)、基孔肯雅病毒(chikungunya virus,CHIKV)、单纯疱疹病毒(herpes simplex virus,HSV)和巨细胞病毒(cytomegalovirus,CMV)。HEV阳性脑脊液标本采用RT-PCR法扩增HEV-B组全长VP1基因序列,测序后用多种生物信息学软件分析ECHOV VP1基因型、基因重组和遗传进化特征。结果:RD细胞分离培养出6株毒株,但Hep-2细胞分离培养结果均阴性。11份标本HEV通用荧光RT-PCR结果阳性,但其他病毒检测结果均阴性。11份HEV阳性标本中6份检出ECHOV,与分离培养结果一致,分别为4株ECHO6、1株为ECHO7和1株ECHO30血清型,柯萨奇病毒和EV检测结果均阴性。4株ECHO6病毒属于ECHO6-C2基因亚型,但分为ECHO6-41/46和ECHO6-45/48两个流行克隆,ECHO7和ECHO30分别属于ECHO7-C和ECHO30-C基因型。ECHO6与ECHO30病毒在进化过程中存在VP1基因重组。结论:ECHOV是该地区儿童病毒性脑炎主要病原体,且可能存在局部暴发流行。ECHO6与ECHO30病毒VP1基因存在重组可能性,ECHO6有成为ECHOV优势血清型的可能。
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编辑人员丨1周前
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HIV-1 CRF01_AE毒株整合酶抑制剂主要耐药突变的表型耐药性研究
编辑人员丨1周前
目的:分析整合酶(IN)区主要耐药突变对HIV-1 CRF01_AE毒株耐药的影响,并比较与B亚型毒株的差异。方法:根据美国斯坦福大学HIV耐药数据库选择7个IN区突变或联合突变(T66K、F121Y、Q148K、N155H、G118R、R263K、Q148K/N155H),通过无缝克隆同源重组及点突变的方法引入到HIV-1 B亚型感染性克隆pNL4-3和CRF01_AE感染性克隆pGX002的IN区,转染293T细胞包装病毒,在MT2细胞上扩大培养并测定感染性滴度。检测4种整合酶链转移抑制剂(INSTIs),拉替拉韦(RAL)、埃替拉韦(EVG)、多替拉韦(DTG)、比昔格韦(BIC)对14株突变病毒的半抑制浓度(IC 50)及其与野生型病毒相比提高的倍数。 结果:成功构建携带7个IN区突变或联合突变的B亚型和CRF01_AE质粒,包装获得14株重组病毒,感染性滴度为10 4~10 6半数组织细胞感染剂量(TCID 50)/ml,在MT2细胞高效复制,上清液中HIV-1 P24抗原浓度可达830~2 700 ng/ml。5个突变或突变组合(T66K、F121Y、Q148K、N155H、Q148K/N155H)均可导致CRF01_AE和B亚型毒株对RAL和EVG高度耐药,与野生病毒相比IC 50分别提高200倍和2 000倍以上,相同突变导致RAL和EVG对CRF01_AE的IC 50提高的倍数均显著低于B亚型( P<0.01)。Q148K/N155H突变导致B亚型和CRF01_AE对DTG和BIC高度耐药,IC 50提高50倍以上,其他突变对DTG和BIC的药物敏感性几乎无影响。 结论:构建了基于CRF01_AE和B亚型的14株携带不同INSTI耐药突变的HIV-1毒株,5个突变可导致对RAL和EVG的高水平交叉耐药,同一突变导致B亚型毒株耐药程度显著高于CRF01_AE毒株。Q148K和N155H突变组合可导致DTG和BIC的高度耐药,表明DTG和BIC耐药的遗传屏障高,可有效抑制携带INSTI耐药突变的毒株,且无明显的亚型耐药差异。
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编辑人员丨1周前
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埃可病毒11型感染RD细胞的转录组学分析及PLK1对其感染影响的初步探究
编辑人员丨1周前
目的:探究埃可病毒11型(echovirus 11, E11)感染人横纹肌肉瘤细胞(human rhabdomyosarcoma cells, RD)后细胞内宿主因子在转录水平上的变化,初步了解Polo样激酶1(polo-like kinase 1, PLK1)对E11复制的影响及可能的分子机制。方法:利用转录组测序(RNA-Seq技术)对E11感染RD细胞组和RD细胞对照组进行差异表达基因分析。使用基因本体论(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析显著差异表达基因,利用实时荧光定量聚合酶链式反应(quantitative real-time PCR, qPCR)对代表性差异基因的表达水平进行验证,并初步探究抑制PLK1对E11复制的影响。结果:E11感染RD细胞后,共鉴定出3 726个差异表达基因,感染组(感染后12 h、24 h和48 h)共同显著差异表达基因484个,这些显著差异表达基因主要富集在免疫反应、细胞内信号转导、转录因子活性、序列特异性DNA结合、蛋白激酶活性、核、膜的组成成分、PI3K-Akt信号通路等。使用qPCR对6个靶基因(CXCL14、IFITM1、OAS1、SAMD9、MX1和PLK1)的表达情况进行验证,均与RNA-Seq结果一致,其中CXCL14、IFITM1、OAS1、SAMD9、MX1表达上调倍数在1.2~104.97倍之间,PLK1表达下调倍数在0.99~5.79倍之间。抑制PLK1后,E11复制能力增加。结论:炎症反应、PI3K-Akt、MAPK等通路可能在E11感染抗病毒免疫过程中发挥重要作用,此外,宿主因子PLK1可能通过调节细胞周期在E11感染中起到关键作用。
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编辑人员丨1周前
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浙江省2002-2018年病毒性脑膜炎病原学与分子流行病学特征
编辑人员丨1周前
目的:了解2002-2018年浙江省病毒性脑膜炎病原学及分子流行病学特征。方法:从设立的监测点医院采集疑似病毒性脑膜炎患者样本2 173份,其中脑脊液1 718份、粪便455份,用荧光定量PCR方法检测脑脊液中人类肠道病毒(HEV)、腮腺炎病毒(MuV)、单纯疱疹病毒(HSV)、巨细胞病毒(CMV)和乙型脑炎病毒(JEV)核酸,粪便样本只检测HEV;用ELISA方法检测脑脊液中上述5种病毒IgM抗体;对HEV核酸阳性样本扩增病毒VP1基因和测序,确定病毒型别并进行进化分析。结果:在2002-2018年2 173份样本中检出HEV核酸阳性871份(40.1 %),其中脑脊液1 718份、阳性654份(38.1 %),粪便455份、阳性217份(47.7 %);871份HEV核酸阳性样本,VP1扩增测序阳性670份,其中HEV-A 5份、HEV-B 665份,涉及23个病毒血清型,分别为柯萨奇病毒(CV)A组CVA4、CVA6、CVA9、CVA10,CVB组1~5,埃可病毒(EchoV;E)E3、E4、E6、E7、E9、E11、E14、E16、E18、E21、E25、E30、E33和肠道病毒(EV)-71,位于前3位的分别为E30、E6和CVB5,该3个血清型间隔若干年呈现病毒活动性增强的趋势。从2012-2015和2018年795份脑脊液中检出HEV核酸阳性374份、MuV 6份、HSV和CMV均为5份,对其中的368份脑脊液同时检测5种病毒IgM抗体,HEV抗体阳性2份、JEV 6份、MuV 1份。670份HEV中除1份EV-71外,EchoV 517份、CV 152份,两者之比为3.4∶1,两类病毒间隔3~5年存在优势株交替变化的趋势。VP1进化树显示,浙江省HEV位于HEV-A和HEV-B分支上,E30存在h和i基因亚型。 结论:浙江省病毒性脑膜炎的主要病原为HEV-B;EchoV检出率明显高于CV,两类病毒存在交替变化的趋势;优势血清型E30、CVB5和E6间隔若干年呈现病毒活动性增强的趋势;监测点HEV活动强度与病毒性脑膜炎暴发疫情的发生两者之间在时间上有较好的相关性。
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编辑人员丨1周前
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抗B组柯萨奇病毒3型3C蛋白多克隆抗体的制备及初步应用
编辑人员丨1周前
目的:制备抗B组柯萨奇病毒(Coxsackievirus,CVB)3C蛋白的多克隆抗体。方法:通过聚合酶链式反应从pcDNA3.1(+)-EGFP-3C中扩增编码3C的DNA片段,构建pET28a(+)-3C-6His表达载体,转化至大肠埃希菌(Escherichia coli, E. Coli)BL21(DE3)以表达3C重组蛋白。优化表达条件及菌体蛋白的提取方法,经超声破碎制备菌体总蛋白,经十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis,SDS-PAGE)后,用氯化钾进行胶染色,切胶回收相对分子质量为26 000的蛋白,即纯化的3C重组蛋白(3C-6His的相对分子质量为26 000)。用纯化的1 mg 3C重组蛋白加等量弗氏佐剂免疫新西兰大白兔,共免疫5次,每次间隔1周,免疫结束后1周取兔血清,检测抗体的特异性。 结果:在相对分子质量为26 000的位置检测到了3C-6His融合蛋白的表达,成功构建了高效表达带His标签的3C重组蛋白载体。重组3C蛋白原核优化表达条件为37 ℃培养细菌6 h,加0.05 mmol/L异丙基β-D-硫代半乳糖苷(isopropy-β-D-thiogalactoside,IPTG)进行诱导。经SDS-PAGE分离菌体总蛋白,得到了纯化的3C重组蛋白。获得的兔免疫血清可以结合 E. Coli及HeLa细胞表达的3C蛋白,还能识别感染CVB3或肠道病毒A71的HeLa细胞中表达的3C蛋白。 结论:获得了抗CVB3 3C蛋白酶的多克隆抗体,这一抗体可特异结合肠道病毒的3C蛋白酶,为进一步研究3C蛋白酶在肠道病毒致病机制中的作用奠定了基础。
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编辑人员丨1周前
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核酸扩增技术应用于儿童肠道及疱疹病毒脑炎病原学诊断
编辑人员丨1周前
目的:探究疑似病毒性脑炎患儿肠道病毒(EV)、疱疹病毒(HHV)检测阳性率。方法:收集湖南省儿童医院2017年8月至2019年12月365份疑似病毒性脑炎患儿脑脊液、血清、痰、大便、尿标本于-80 ℃冻存,采用一步法巢式逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)检测EV,采用实时荧光定量PCR法(qPCR)检测HHV,分析这两类病毒在临床疑似病毒性脑炎患儿中的感染率。其中132例患儿确诊为EV脑炎或HHV脑炎,比较分析病毒在各种标本中的检出时间。结果:365例疑似病毒性脑炎患儿中20.5%(75/365)的患儿诊断为EV脑炎,15.6%(57/365)患儿诊断为HHV脑炎。75例EV脑炎患儿以埃可病毒6型(echo 6)感染为主,占52.0%(39/75);其次为EV71感染(30.7%,23/75),echo11(6.7%,5/75),柯萨奇病毒A组6型(CA6,4%,3/75)及echo30、echo9、echo4、柯萨奇病毒B组1型(CB1)、脊髓灰质炎病毒各1例(1.3%,1/75)。57例HHV脑炎主要以人疱疹病毒6型(HHV6)感染最多见,占35.1% (20/57)。其次为巨细胞病毒(CMV,31.6%,18/57),EB病毒(12.3%,7/57),单纯疱疹病毒1型(HSV1,10.5%,6/57),单纯疱疹病毒2型(HSV2,8.8%,5/57),水痘带状疱疹病毒(1.8%,1/57)。患儿入院后病毒在脑脊液中的检出时间明显早于血清,脑脊液在发病后2~7 d可检出病毒,血清为7~26 d。结论:采用一步法巢式RT-PCR技术及实时荧光qPCR技术检测脑脊液病毒核酸极大程度提高了不明原因脑炎患儿病原体的检出率。肠道病毒Echo 6、EV71、疱疹病毒HHV6、CMV是导致本院病毒性脑炎的最主要的病原体,临床可根据发病时间合理选择标本类型进行测定。
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编辑人员丨1周前
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福州市腹泻住院儿童中A组双埃可病毒流行情况及基因型别分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨福州市5岁以下腹泻住院儿童中A组双埃可病毒(parechovirus A,PeV-A)的流行情况和基因型别分布。方法:通过Real-time RT-PCR方法对2018年福州市腹泻监测哨点医院5岁以下腹泻住院儿童粪便标本进行PeV-A筛查;采用巢式RT-PCR方法扩增PeV-A阳性标本的VP3/VP1连接片段并进行测序分型。结果:在316例标本中检测出PeV-A阳性标本28例,阳性率为8.86%,其中2例混合杯状病毒感染,与轮状病毒、腺病毒和星状病毒无混合感染。阳性标本中成功分型24例,包括21例PeV-A1、1例PeV-A3和2例PeV-A6,主要流行型别为PeV-A1型,占87.5%(21/24)。PeV-A感染主要发生在1岁以下婴幼儿群体中,感染高峰期在8~10月份。结论:PeV-A1是引起福州腹泻住院儿童的主要病原体,主要以1岁以下婴幼儿为感染对象。
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编辑人员丨1周前
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兰州地区新型冠状病毒肺炎疫情前后儿童呼吸道病原流行特点分析
编辑人员丨1周前
目的:了解兰州地区新型冠状病毒肺炎疫情前后儿童呼吸道病原分布及流行特点。方法:分别选取2020年10月至11月及2021年10月至11月在甘肃省中心医院及甘肃省妇幼保健院因急性上呼吸道感染住院的患儿各286例为研究对象,进行回顾性分析。对A型流感病毒(influenza virus A,IVA)、B型流感病毒(influenza virus B,IVB)、副流感病毒(parainfluenza virus,PIV)、腺病毒(adenovirus,ADV)、肺炎支原体(mycoplasma pneumoniae,MP)、肺炎衣原体(chlamydia pneumoniae,CP)、呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)、埃可病毒(echovirus,ECHO)、柯萨奇B组病毒(coxsackie virus B,CVB)九种病原IgM抗体进行检测,对基本信息及流行特征进行统计分析。结果:新型冠状病毒肺炎疫情前后九种病原IgM抗体阳性检出率分别为31.8%(91/286)和5.9%(17/286),疫情后检出率明显下降,差异有统计学意义( χ2=62.505, P<0.05);疫情后ADV、MP、CVB检出率均较疫情前下降,差异有统计学意义( χ2=39.281、12.167、10.155,均 P<0.05)。疫情前1月龄~1岁、~3岁、~6岁、>6岁组阳性检出率分别为37.4%(37/99)、38.3%(36/94)、16.7%(12/72)、28.6%(6/21),差异有统计学意义( χ2=34.055, P<0.05);其中MP在1月龄~1岁、~3岁、~6岁、>6岁组检出率分别为16.2%(6/37)、25.0%(9/36)、16.7%(2/12)、100%(6/6),差异有统计学意义( χ2=10.289, P<0.05);CVB在>6岁组未检出,在1月龄~1岁、~3岁、~6岁组阳性检出率分别为16.2%(6/37)、22.2%(8/36)、25.0%(3/12),差异有统计学意义( χ2=27.742, P<0.05)。疫情后1月龄~1岁、~3岁、~6岁、>6岁组阳性检出率分别为5.9%(4/68)、4.0%(3/75)、5.7%(6/106)、10.8%(4/37),差异无统计学意义( χ2=2.235, P>0.05);其中IVB在1月龄~1岁、~3岁、~6岁组阳性检出率分别为25.0%(1/4)、33.3%(1/3)、66.7%(4/6),>6岁组未检出,差异有统计学意义( χ2=96.022, P<0.05)。疫情前后病原混合感染检出率分别为5.6%(16/286)、0.3%(1/286),差异无统计学意义( χ2=2.314, P>0.05)。 结论:兰州地区儿童急性上呼吸道感染常见病原在新型冠状病毒肺炎疫情前后分布存在差异。
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编辑人员丨1周前
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2016年乌鲁木齐市5株高致病性H5N8禽流感病毒的分离鉴定和遗传进化分析
编辑人员丨1周前
目的:对新疆乌鲁木齐市活禽市场家禽中分离的H5N8亚型禽流感病毒(avian influenza virus, AIV)进行遗传进化和分子特征分析。方法:2016年于乌鲁木齐市某活禽市场采集家禽咽和泄殖腔拭子,经接种鸡胚、血凝试验和RT-PCR等方法分离鉴定AIV,以AIV通用引物扩增病毒基因并进行全基因组测序,利用BLAST、Clustal W、MEGA-X和DNAStar等软件进行序列比对、系统进化和分子特征分析。结果:从家禽双腔拭子样品分离到5株H5N8 AIVs,其各基因的一致性在99.70%~100.00%之间,说明5株病毒为同一来源,统一命名为XJ-H5N8/2016。系统进化分析表明,该病毒株血凝素基因( HA)、 PB2和 NS均与2016—2017年湖北、山西和三门峡等地迁徙天鹅以及印度水鸭中分离的H5N8 AIVs聚在一起,同时,3个基因还与国内水貂中分离的H5N6 AIVs以及福建首例人感染H5N6 AIVs聚在一起;神经氨酸酶基因( NA)与2016年印度水鸭中分离的H5N8 AIVs聚在同一终末分支; PB1、 MP、 PA和 NP均与2017年自埃及、喀麦隆、乌干达、刚果等非洲国家野鸟和家禽中分离的H5N8 AIVs聚在一起。XJ-H5N8/2016的HA裂解位点均含5个连续的碱性氨基酸,为高致病性,病毒基因发生的多个突变可增强病毒对哺乳动物的毒力和致病力。 结论:从活禽市场分离的5株H5N8 AIVs呈高致病性,与2016—2017年湖北、山西、三门峡等地区以及非洲和印度等地迁徙候鸟和家禽中分离的H5N8 AIVs进化关系密切,部分基因还与国内水貂中分离以及感染人的H5N6 AIVs的遗传关系较近,其多个突变可增强AIV对哺乳动物的感染力和致病力,潜在感染人类和威胁公共卫生安全的风险。
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编辑人员丨1周前
