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微小染色体维持蛋白6(MCM6)在结肠癌组织中的表达及其与增殖细胞核抗原(PCNA)的相关性
编辑人员丨2天前
目的:分析结肠癌组织中微小染色体维持蛋白6(MCM6)的表达水平,MCM6的表达水平与结肠癌患者临床病理特征的相关性,以及MCM6与PCNA表达的相关性。方法:基于人类蛋白质图谱(HPA)数据库分析MCM6在不同肿瘤组织中的表达水平。基于癌症基因组图集(TCGA)数据库及免疫组化实验分析MCM6和PCNA在结肠癌组织中的表达水平与相关性。分析MCM6表达水平与结肠癌患者临床特征的相关性。基于TCGA数据库及基因表达谱交互分析(GEPIA)数据库分析在结肠癌中MCM6与PCNA表达的相关性。结果:生物信息学分析和免疫组化结果证实MCM6在结肠癌组织中高表达,其表达水平与患者的肿瘤分期相关( P=0.01)。在结肠癌中,MCM6与PCNA的表达具有相关性,且有统计学意义( P<0.05)。 结论:MCM6在结肠癌组织中高表达并与患者临床特征相关,提示其可作为结肠癌潜在的标记物。
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编辑人员丨2天前
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MCM5促进胶质母细胞瘤恶性进展及其机制研究
编辑人员丨2天前
目的:探究微小染色体维持蛋白5(MCM5)对胶质母细胞瘤的恶性进展促进作用及机制。方法:(1)收集中山大学孙逸仙纪念医院神经外科自2020年9月至2021年9月术中切除的3例非肿瘤患者脑组织与3例Ⅳ级胶质母细胞瘤组织进行质谱检测及蛋白质组学定量分析,筛选差异表达的蛋白并进行功能富集分析。(2)在蛋白质组学的基础上筛选出在胶质母细胞瘤中高表达的目标蛋白MCM5,利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库验证其在胶质母细胞瘤中表达情况,并在收集到的临床标本中进行mRNA水平的进一步验证。(3)通过siRNA转染将U251细胞分为阴性对照组、敲低组-1(si-1组)、敲低组-2(si-2组),采用CCK-8实验、平板克隆形成实验、EdU染色、Transwell实验及流式细胞术检测MCM5对胶质母细胞瘤恶性表型的调控作用。(4)利用TCGA数据库中胶质瘤患者的转录组数据,通过GSEA算法探究MCM5调控胶质母细胞瘤恶性进程可能的分子机制。结果:(1)在胶质母细胞瘤临床样本中筛选出表达上调的蛋白322种,表达下调的蛋白94种,其中MCM5在3份胶质母细胞瘤样本中均呈现为高表达。(2)基于TCGA数据库163例胶质母细胞瘤和207例非肿瘤脑组织的分析显示MCM5在胶质母细胞瘤中表达上调,差异有统计学意义( t=3.340, P=0.001);针对临床收集的3份胶质母细胞瘤组织和3份非肿瘤脑组织的实时定量PCR(RT-qPCR)实验结果同样显示MCM5在胶质母细胞瘤中表达增高,差异有统计学意义( t=3.876, P<0.001)。(3)与阴性对照组比较,si-1组、si-2组细胞MCM5 mRNA及蛋白表达均显著下降,接种后第5天的增殖率显著降低,细胞克隆数量显著减少,EdU阳性细胞比例显著降低,G1期细胞比例显著上升,迁移能力明显受损,差异均有统计学意义( P<0.05)。(4)GSEA分析结果显示,MCM5高表达组mRNA在DNA损伤修复、E2F靶基因、MYC靶基因、上皮-间质转化(EMT)、白细胞介素6-Janus激酶-信号转导与转录活化因子3(IL6-JAK-STAT3)、干扰素、KRAS、NOTCH、转化生长因子-β(TGF-β)、Wnt/β-Catenin等特征基因集中富集。 结论:MCM5在胶质母细胞瘤中高表达,并通过包括E2F、MYC、EMT、Wnt/β-Catenin在内的多种机制调控其恶性进展。
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编辑人员丨2天前
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微小染色体维持蛋白8在食管癌组织的表达及临床意义
编辑人员丨2天前
目的:分析微小染色体维持蛋白8(MCM8)在食管癌组织中的表达及其对食管癌预后、肿瘤微环境的影响。方法:调取基因表达数据库(GEO)收录的食管癌、癌旁组织,食管鳞状上皮及Barrett’s食管(BE)组织中MCM8的mRNA值, t检验分析其间差异;UALCAN分析癌症基因组图谱(TCGA)数据库中不同分期、分级食管癌中MCM8的表达;收集2022年1~3月于扬州大学附属医院住院并接受手术治疗的食管癌患者组织6例,免疫组织化学染色(IHC)验证MCM8表达;Kaplan-Meier Plotter数据库分析MCM8与食管癌预后的关系;cBio-Portal数据库筛选MCM8的共表达基因,DAVID富集分析其可能的机制;STRING、PINA3.0数据库分析MCM8的互作网络;TISIDB数据库通过非参数检验分析MCM8与食管癌肿瘤微环境(TME)中免疫细胞浸润丰度的相关性。组间比较采用 t检验。 结果:GSE161533、GSE45670数据集中,MCM8在食管癌(47.36±17.59、660.30±282.00)的表达均高于癌旁组织(22.89±4.30、293.90±125.90, t=7.15、4.13, P<0.01);TCGA数据库中,MCM8在低分化癌(16.40)中的表达高于中、高分化癌(12.84、8.77, P<0.05);GSE77563中,MCM8在Barrett’s食管(BE)(5.12±1.13)中的表达高于食管正常鳞状上皮组织(3.99±0.55, t=4.26, P<0.01);IHC表明MCM8在食管鳞癌中的表达高于癌旁组织(将癌旁组织MCM8阳性的积分吸光度/总面积值标化为1,癌组织阳性的值为2.35±0.17, t=19.74, P<0.01);MCM8高表达食管癌患者的总体生存率降低( P<0.01);富集分析提示MCM8可能参与细胞周期调控、RNA转运调节、DNA错配修复等生物学进程;互作分析表明MCM8与细胞分裂控制蛋白、复制起始位点识别复合物等家族的分子紧密相关;MCM8的表达与食管癌微环境中活化T细胞、自然杀伤细胞、树突状细胞浸润丰度呈负相关( r=-0.23、-0.22、-0.254, P<0.05)。 结论:MCM8在食管癌组织中高表达,并与食管癌的发展、预后、微环境调节密切相关,或可作为食管癌的治疗靶标。
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编辑人员丨2天前
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MCM6在膀胱癌中的表达及其与预后相关性研究
编辑人员丨2天前
目的:检测微小染色体维持蛋白6(MCM6)在膀胱癌组织中的表达情况,初步探究MCM6与膀胱癌的临床预后关系。探讨MCM6作为膀胱癌潜在的生物标志物的可能性。方法:通过生物信息学的方法分析MCM6在膀胱癌组织及癌旁正常组织中的mRNA水平,并分析其表达与膀胱癌患者的生存率间的关系。回顾性分析83例接受手术治疗的膀胱癌患者的临床病理资料。采用免疫组化法检测膀胱癌组织和癌旁正常组织中的MCM6蛋白表达水平,分析其与膀胱癌患者临床病理特征的关系。结果:生物信息学分析结果显示,MCM6的mRNA在膀胱癌组织中显著高表达,并与患者总生存率( P=0.036)和无病生存率( P=0.01)显著相关。免疫组化结果表明,MCM6在膀胱癌组织中的表达明显高于癌旁正常组织。MCM6在膀胱癌组织中的高表达与肿瘤分期相关( P=0.025),而与年龄、性别、肿瘤分级无关(均 P>0.05)。 结论:膀胱癌组织中MCM6呈显著高表达并提示不良预后,且其表达水平与膀胱癌患者肿瘤分期有关。MCM6可能作为膀胱癌的一个新的潜在生物标志物。
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编辑人员丨2天前
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人乳头状瘤病毒相关头颈部鳞状细胞癌关键基因及信号通路分析
编辑人员丨2天前
目的:探索人乳头状瘤病毒(human papilloma virus,HPV)阳性和阴性头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)的差异表达基因及关键通路,为HPV相关HNSCC的诊断和治疗提供候选基因靶点。方法:从美国国立生物技术信息中心(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库中检索获得序号为GSE3292的HPV相关HNSCC表达谱芯片研究系列(其中HPV 阳性癌组织8例、阴性28例,含口腔癌15例、口咽癌9例、喉癌9例、下咽癌3例),通过Gene-Cloud of Biotechnology Information(GCBI)分析平台筛选得到差异表达基因,运用DAVID数据库进行基因本体分析和信号通路富集分析。通过STRING数据库构建蛋白相互作用网络后,利用Cytoscape软件筛选关键基因并进一步行信号通路富集分析,最后使用UALCAN数据分析工具检验关键基因在癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库中的表达差异性。结果:从芯片检测的25 000多个基因中筛选得到573个差异表达基因,其中上调基因539个,下调基因34个,经Cytoscape两轮筛选确定细胞周期蛋白依赖性激酶1(cyclin-dependent kinases 1,CDK1)、增殖细胞核抗原(proliferating cell nuclear antigen,PCNA)、微小染色体维持蛋白(minichromosome maintenance proteins,MCM)家族(MCM2、MCM3、MCM6、MCM7)、复制因子C4(replication factor C subunit 4,RFC4)、驱动蛋白家族成员11(kinesin family member 11,KIF11)等27个基因为关键基因。基因本体分析和信号通路富集分析显示差异表达基因主要分布于染色体及核质、核内腔、膜包围内腔等部位,并参与DNA复制、DNA代谢、细胞周期、细胞分裂等生物学过程以及以p53信号通路为核心的6个主要信号通路( P<0.01)。经TCGA数据库检验证实27个关键基因在HPV阳性及阴性HNSCC中的表达差异均有统计学意义( P<0.01)。 结论:CDK1、PCNA、MCM家族等关键基因在HPV诱发HNSCC的过程中发挥重要作用,而p53通路是此过程的核心通路,且在HNSCC两个亚型中的调控作用存在差异。CDK1、MCM7、RFC4有望成为治疗HPV阳性HNSCC的潜在靶点,而MCM2、MCM3、PCNA、KIF11可能作为HPV阳性HNSCC诊断及预后的标志物。
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编辑人员丨2天前
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草酸钙结晶肾损伤小鼠肾脏转录组学和蛋白组学联合分析
编辑人员丨2天前
目的:了解草酸钙结晶肾损伤过程中肾组织基因及蛋白的动态变化,探讨草酸钙结晶肾损伤的可能机制。方法:采用10只8周龄雄性C57BL/6J小鼠,适应性饲养1周,按随机数字表法将其分为对照组和草酸钙结晶肾损伤组(模型组),应用乙醛酸(50%,9 mmol/L)腹腔注射(100 mg·kg -1·d -1,持续5 d)建立草酸钙结晶肾损伤小鼠模型,对照组小鼠予等体积0.9%氯化钠溶液腹腔注射。使用HE染色、PAS染色、Masson染色及Von Kossa染色观察模型组小鼠是否造模成功。对小鼠肾组织进行转录组学和蛋白组学测序,根据差异基因和差异蛋白结果筛选与草酸钙结晶肾损伤有关的基因和蛋白并进行基因本体(gene ontology,GO)及京都基因和基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析。采用主成分分析图、热图及火山图进行肾组织转录组学和蛋白组学分析。采用韦恩图分析差异基因和差异蛋白的重叠内容。 结果:模型组小鼠肾脏HE染色、PAS染色结果显示肾组织形态结构异常,Masson染色结果显示肾组织存在纤维化,Von Kossa染色结果显示皮髓交界处大量钙盐沉积,血肌酐、血尿素氮等肾损伤标志物显著升高,提示草酸钙结晶肾损伤小鼠模型构建成功。转录组学分析结果显示,相比对照组,模型组共存在2 815个显著差异基因,其中2 004个基因上调,811个基因下调;蛋白组学分析结果显示,模型组共存在1 197个差异蛋白,其中353个蛋白上调,844个蛋白下调。共有338个差异基因与差异蛋白相对应,其中324个差异基因与差异蛋白趋势一致。在表达上调及下调对应的差异基因和差异蛋白中均选取表达差异较大的5个差异分子,分别为血清淀粉样蛋白A1(SAA1)、微小染色体维持蛋白4(MCM4)、精氨酸酶2(ARG2)、S100钙结合蛋白A6(S100A6)、白细胞分化抗原14(CD14)、葡萄糖-6-磷酸酶催化亚基(G6PC)、溶质转运家族22成员6(SLC22A6)、溶质载体有机阴离子转运蛋白家族成员1A1(SLCO1A1)、磷酸烯醇丙酮酸羧激酶1(PEPCK1)和吲哚胺N-甲基转移酶(INMT)。GO分析表明2个组学相关的差异分子富集的共同通路主要涉及线粒体功能、多种能量代谢通路及免疫失调;而KEGG富集分析显示2个组学相关的差异分子主要的富集通路包括转运体异常、线粒体功能障碍、神经退行性病变、氨基酸代谢通路异常、氧化磷酸化等能量代谢通路异常等。结论:草酸钙结晶肾损伤小鼠肾脏基因和蛋白层面均发生明显变化。线粒体功能障碍、多种能量代谢通路异常及免疫失调可能作为重要机制参与草酸钙结晶肾损伤的发病。
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编辑人员丨2天前
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微小染色体维持蛋白10在丘脑胶质瘤中的表达特点及其对预后的预测价值
编辑人员丨2天前
目的:探讨微小染色体维持蛋白10(MCM10)在丘脑胶质瘤中的表达特点及其对患者预后的预测价值。方法:回顾性分析2016年9月至2017年9月首都医科大学附属北京天坛医院神经外科行肿瘤切除术的48例丘脑胶质瘤患者的临床资料。术后1周,行头颅MRI检查以判断肿瘤的切除程度。出院后对所有患者行门诊或电话随访,包括复查头颅增强MRI和行Karnofsky功能状态评分(KPS)。术中均留取肿瘤组织,以备行MCM10的免疫组织化学染色分析;根据MCM10表达阳性率和染色强度综合评分,其中<6分为MCM10低表达(低表达组),≥6分为MCM10高表达(高表达组)。分析不同世界卫生组织(WHO)病理级别丘脑胶质瘤患者MCM10的表达情况。比较MCM10低表达组和高表达组患者的临床资料,进一步采用Kaplan-Meier法比较两组患者的生存期。最后,通过单因素和多因素Cox回归分析方法判断MCM10是否为影响丘脑胶质瘤患者总生存期的独立危险因素。结果:48例患者术后1周复查头颅MRI显示,13例(27.1%)为肿瘤完全切除、29例(60.4%)为近全切除、6例(12.5%)为部分切除。48例患者的中位随访时间(范围)为22.6个月(0.3~34.2个月)。术后3个月,KPS评分的中位数(范围)为60分(0~100分)。至随访期末,48例患者中,31例存活,17例死亡。免疫组织化学染色结果显示,48例患者的肿瘤组织均表达MCM10,其中23例(47.9%)为低表达,25例(52.1%)为高表达。比较不同WHO分级的丘脑胶质瘤患者MCM10的免疫组织化学染色积分,结果显示MCM10在WHO Ⅰ级丘脑胶质瘤中积分最低[(3.7±1.2)分],Ⅱ、Ⅲ级居中[分别为(5.8±2.3)分、(7.5±3.5)分],Ⅳ级最高[(7.9±2.8)分],组间差异有统计学意义( P=0.021)。MCM10高表达组和低表达组的年龄、性别、WHO分级、术前KPS评分及术后复发情况的差异均无统计学意义(均 P>0.05)。MCM10低表达组患者的生存期和KPS评分改善值均明显高于高表达组(均 P<0.05)。单因素和多因素Cox回归分析结果显示,MCM10高表达是影响丘脑胶质瘤患者预后的独立危险因素之一( HR=0.129,95% CI:0.024~0.685, P=0.016)。 结论:MCM10在丘脑胶质瘤中均表达,在WHOⅠ级中表达最低,Ⅳ级最高,且MCM10低表达者的生存期较高表达者长;MCM10可作为丘脑胶质瘤预后判断的指标。
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编辑人员丨2天前
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CDC6和MCM6的表达与宫颈癌的相关性
编辑人员丨2024/8/17
目的 探讨宫颈癌组织中细胞分裂周期蛋白6(CDC6)和微小染色体维持蛋白6(MCM6)蛋白及mRNA的表达水平与宫颈癌临床病理特征的关系.方法 收集2018年10月—2020年11月就诊于华北理工大学附属医院妇科的94例患者的宫颈组织标本,其中44例经病理学确诊的宫颈癌组织作为宫颈癌组,50例因子宫肌瘤行全子宫切除术患者的正常宫颈组织作为对照组.采用免疫组织化学法(IHC)检测两组宫颈组织中CDC6、MCM6蛋白的表达情况;采用实时荧光定量PCR法(qRT-PCR)检测两组宫颈组织中CDC6、MCM6 mRNA的表达量.结果 宫颈癌组中CDC6、MCM6蛋白的阳性表达率明显高于对照组(P<0.01).在宫颈癌组织中CDC6、MCM6蛋白的阳性表达率与宫颈癌患者的淋巴结转移、临床分期和HPV16/18型感染相关(P<0.05),与是否绝经、肿块大小、宫旁浸润、分化程度、组织类型无关(P>0.05).CDC6、MCM6 mRNA在宫颈癌组中的表达量高于对照组(P<0.05);当CDC6或 MCM6 mRNA的表达量增加时,发生宫颈癌的风险增加(OR:2.591,95%CI:1.126~5.962;OR:4.239,95%CI:1.780~10.095).在 MCM6蛋白阳性表达的宫颈癌组织中,CDC6蛋白的阳性表达率更高(P<0.05).结论 CDC6、MCM6蛋白和mRNA的表达与宫颈癌的发生发展有一定的关系,两者可作为宫颈癌的生物学指标.
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编辑人员丨2024/8/17
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DnaJ热休克蛋白家族成员C9在肺腺癌中的表达及预后价值
编辑人员丨2023/10/21
目的 探讨DnaJ热休克蛋白家族成员C9(DNAJC9)在肺腺癌(LUAD)组织中的表达、预后、甲基化情况及与肿瘤免疫浸润的关系.方法 利用肿瘤基因组计划(TCGA)中LUAD的表达及临床数据分析DNAJC9的差异表达及预后价值.采用免疫组化法检测40例LUAD患者的癌组织及配对正常组织DNAJC9的蛋白表达;利用UALCAN数据库及TCGA Wanderer数据库对DNAJC9启动子区域甲基化位点进行分析;利用TIMER数据库和单样本基因集富集分析(ssGSEA)对DNAJC9表达与LUAD免疫浸润水平的关系进行分析;根据String数据库分析与DNAJC9相互作用的蛋白,利用FUNRICH富集分析工具对这些基因进行功能富集分析.结果 DNAJC9在LUAD组织中的表达水平高于正常组织,差异有统计学意义(P<0.01).免疫组化法显示,DNAJC9蛋白在LUAD组织中的表达率为80.0%(32/40),高于癌旁组织的45.0%(18/40),差异有统计学意义(P<0.05).高表达患者的总生存率、无疾病生存率和无进展生存率均低于低表达者,差异有统计学意义(P<0.05).DNAJC9的表达与是否存在TP53突变显著相关(P<0.05).DNAJC9基因启动子区域甲基化水平在肿瘤组织中低于正常组织,且和该基因序列表达相关的甲基化位点与其表达水平呈负相关(P<0.05).DNAJC9表达与LUAD免疫细胞浸润水平相关.蛋白相互作用网络分析发现,微小染色体维持复合物成分6(MCM6)、核糖核苷酸还原酶催化亚基M1(RRM1)、核自身抗原精子蛋白(NASP)、皮瓣结构特异性内切酶(FEN1)、脱氧尿苷三磷酸酶(DUT)、复制因子C亚基4(RFC4)、序列相似的家族149成员B1(FAM149B1)、MutS同源2(MSH2)、染色体的结构维持2(SMC2)、小染色体维持复合体成分2(MCM2)等蛋白与DNAJC9密切相关.富集分析显示,这些基因参与DNA合成、G2/M检查点等信号通路及多种致癌过程.结论 DNAJC9的低甲基化水平使DNAJC9在LUAD组织中呈高表达,其高表达提示预后不良,与免疫细胞的浸润相关.
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编辑人员丨2023/10/21
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肌层浸润性膀胱癌组织KMT2D、MCM6与临床病理特征和预后的关系
编辑人员丨2023/8/12
目的:探讨肌层浸润性膀胱癌(MIBC)组织赖氨酸甲基转移酶2D(KMT2D)、微小染色体维持蛋白6(MCM6)与临床病理特征和预后的关系.方法:选择2017年5月至2019年10月长治医学院附属和平医院行手术治疗的MIBC患者96例,应用逆转录-实时定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)检测癌组织及癌旁正常组织KMT2D信使核糖核酸(mRNA)、MCM6 mRNA表达,分析KMT2D mRNA、MCM6 mRNA表达与MIBC患者临床病理特征的关系,应用Pearson相关分析法分析MIBC患者癌组织KMT2D mRNA及MCM6 mRNA表达的相关性.随访3年,比较死亡MIBC患者与存活MIBC患者癌组织KMT2D mRNA、MCM6 mRNA表达,并应用Kaplan-Meier生存曲线分析不同KMT2D mRNA、MCM6 mRNA表达分组MIBC患者预后情况.结果:MIBC癌组织中KMT2D mRNA表达水平显著低于癌旁组织,MCM6 mRNA表达水平显著高于癌旁组织(P<0.05).MIBC患者癌组织中KMT2DmRNA、MCM6mRNA表达与侵犯输尿管、淋巴结转移、TNM分期显著相关(P<0.05),且两者表达呈负相关(P<0.05).至随访截止,MIBC患者死亡45例,死亡组患者癌组织中KMT2D mRNA表达水平显著低于存活组、MCM6 mRNA表达水平显著高于存活组(P<0.05).生存曲线结果显示KMT2D mRNA高表达组3年生存率显著高于KMT2D mRNA低表达组;MCM6 mRNA低表达组3年生存率显著高于MCM6 mRNA高表达组(P<0.05).结论:MIBC癌组织中KMT2D低表达、MCM6高表达,与MIBC侵犯输尿管、淋巴结转移、TNM分期及患者预后不良有关.
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编辑人员丨2023/8/12