为合成代谢途径选择宿主生物,并为合成代谢途径中的外源反应确定外源酶是合成生物学和代谢工程的两大挑战问题.自然界中存在成千上万种微生物和生物合成反应,仅通过生物实验来确定这些目标既昂贵又耗时.本文设计开发了一种名为RPS(recommend metabolic pathway's species)的新型生物推理软件系统,以辅助合成代谢途径的设计.RPS软件可根据竞争性内源反应的比例和途径末端代谢物的数量为合成代谢途径推荐合适的宿主生物,并通过酶的系统发育距离和反应动力学信息为宿主生物中的外源反应识别合适的外源酶.有别于已有的以宿主为中心的合成代谢途径设计工具,RPS软件以代谢途径为中心的特点可帮助研究人员以不同视角评估合成代谢途径设计.实验结果表明,RPS软件工具可准确识别合成代谢途径潜在的宿主生物,并为合成代谢途径中的外源反应发现合适的外源酶.用户可通过https://biolab.gxu.edu.cn/RPS在线使用RPS软件工具.

术后谵妄(POD)是老年患者手术后常见的一种并发症,严重影响患者的预后,增加病死率.POD的发病机制目前仍未明确,其危险因素繁杂,预防困难,治疗效果不佳.艾司氯胺酮是一种高亲和性的N-甲基-D-天冬氨酸(NMDA)受体非竞争性抑制药,同时具备麻醉和镇痛作用,除了广泛应用于围术期麻醉诱导与维持、急慢性疼痛的治疗与管理外,艾司氯胺酮在精神疾病和急危重症诊疗等多学科领域同样有较好的临床应用.本文将近年来国内外应用艾司氯胺酮防治POD的作用机制和研究进展进行综述,为临床提供新的思路.

掌握植物的水分利用特征及植物间的水源关系对实现荒漠草原地区可持续的植被恢复至关重要.本研究以荒漠草原灰钙土生境(胡杨、中间锦鸡儿和短花针茅)和风沙土生境(胡杨、北沙柳和赖草)中的5种优势植物为对象,测定植物木质部水、土壤水、地下水和降雨中稳定同位素(δ2H和δ18O),并结合不同深度的土壤含水量和根系数据,使用MixSIAR模型对植物的水分利用特征进行定量分析.结果表明:生长季内5种植物主要利用土壤水,且在不同生长阶段会利用不同层次的土壤水.灰钙土生境中,胡杨的水源在整个生长季变化最大,生长季初期(5-6月)主要利用60～100 cm 土壤水,生长旺盛期(7-8月)水源下移至100～200 cm 土壤水,而在生长季末期(9月)水源又上移至0～20 cm 土壤水;中间锦鸡儿在生长季初期主要利用60～100 cm 土壤水,但在生长旺盛期和末期上移至0～20 cm 土壤水;短花针茅在生长季初期和末期主要利用20～60 cm 土壤水,而在生长旺盛期上移至0～20cm 土壤水.在风沙土生境中,胡杨在生长季初期主要利用60～100 cm 土壤水,但在生长旺盛期和末期上移至0～20 cm 土壤水;北沙柳在生长季初期和生长旺盛期主要利用60～100 cm 土壤水,但在生长季末期下移至100～200 cm 土壤水;赖草整个生长季都主要利用20～60 cm 土壤水.土壤含水量、降雨的季节变化及植物的根系分布都会影响植物的水分利用特征.在整个生长季中,灰钙土生境中的乔木、灌木和草本3种优势植物间存在水文生态位分离,促进了其对水分的分配和利用;风沙土生境中对应的3种优势植物间存在水文生态位重叠,导致其对水分的激烈竞争(特别是乔木和灌木间).因此,在进行植被恢复时必须同时考虑物种特征和土壤特性,引入具有互补性水分利用特征的物种组合,才能实现荒漠草原地区的物种多样性和植被恢复的可持续性.

非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)是一种调节生物学过程的因子,在肿瘤的生物学行为中起到重要的作用.NcRNA在肿瘤中可作为竞争内源性RNA及RNA结合蛋白发挥作用,并且可以参与细胞转录与翻译的调节.自噬作为一种自我吞噬多余内容物并产生新分子维持细胞稳态的过程,对卵巢癌具有双重作用,需深入探讨.NcRNA可以通过自噬相关蛋白及信号通路介导卵巢癌生物学行为的变化.同时自噬具有多种分类,本文主要聚焦于经典的巨自噬作用,综述了卵巢癌中 ncRNA(miRNA,lncRNA及circRNA)与自噬的串扰,有助于提供基于ncRNA与自噬的卵巢癌治疗策略.

肾细胞癌(RCC)是最常见的肿瘤类型之一。30%的RCC患者出现临床表现时已进入晚期或发生转移，而经手术治疗后的RCC患者发展为复发转移性RCC的概率仍达20%～30%。有数据证明，我国RCC的发病率呈逐年上升趋势，且目前无行之有效的防治措施。竞争性内源RNA(ceRNA)假说作为一种全新的基因表达调控模式，通过lncRNA-miRNA-mRNA网络使分子转录物具有双向调节作用，因此成为癌症诊治中的研究热点。本文重点介绍了已验证的ceRNA参与RCC的生物学功能及其对RCC的发生发展所产生的影响，从而为该病的癌前诊断和预后判断提供潜在生物靶点。

目的:探讨原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）患者的预后因素及不同治疗方法的临床效果。方法:回顾性分析1975年1月至2016年12月美国SEER数据库中4 812例PCNSL患者的临床资料。其中男性2 831例，女性1 981例，男女比例为1.4∶1.0；发病年龄<60岁者2 236例（46.47%），60~<75岁者1 718例（35.70%），≥75岁者858例（17.83%）；幕上肿瘤2 417例（50.23%），幕下肿瘤299例（6.21%），脑内多发肿瘤554例（11.51%），其他或未指明部位的脑部肿瘤1 542例（32.04%）；弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）3 513例（73.00%），非DLBCL 234例（4.86%），其他或未指明类型的淋巴瘤1 065例（22.13%）；治疗方式为单独活检的2 010例（41.77%），单独部分切除61例（1.27%），单独完全切除54例（1.12%），活检+化疗2 384例（49.54%），部分切除+化疗159例（3.30%），完全切除+化疗144例（2.99%）。采用单因素及多因素Cox回归模型分析影响患者总体生存的预后因素；采用Fine-Gray检验与竞争风险模型研究影响患者肿瘤特异性生存的预后因素；生存分析采用Kaplan-Meier法，并通过Log-rank进行比较。结果:单因素及多因素Cox风险回归模型分析结果显示，影响PCNSL患者总体生存的独立预后因素包括年龄、种族、婚姻状态、肿瘤部位、病理学亚型、手术、化疗、合并其他恶性肿瘤、合并HIV感染等。Fine-Gray检验与竞争风险模型分析结果显示，影响患者肿瘤特异生存的独立预后因素包括年龄、种族、婚姻状态、肿瘤部位、病理学亚型、手术方式、化疗、合并其他恶性肿瘤、合并HIV感染，而性别与放疗均与肿瘤特异生存无明显相关性。与活检相比，PCNSL患者可能从手术切除中获益（部分切除： HR =0.805，95% CI：0.656~0.989， P=0.04；完全切除： HR=0.521，95% CI：0.414~0.656， P<0.01）。Kaplan-Meier生存分析结果显示，活检+化疗组中位生存时间为28个月（95% CI：24.497~31.503），单独活检组为2个月（95% CI：1.756~2.244），单独部分切除组为2个月（95% CI：1.410~2.590），单独完全切除组为19个月（95% CI：0~39.311），部分切除+化疗组为67个月（95% CI：46.187~87.813），完全切除+化疗组为84个月（95% CI：57.448~110.552），使用不同治疗方法的患者的中位生存时间的差异有统计学意义（ P<0.01）。 结论:手术切除可能改善部分PCNSL患者的预后。化疗可能使肿瘤完全切除或部分切除患者的肿瘤特异生存时间延长。

目的:比较多种机器学习算法在早期肝细胞癌（HCC）术后复发预测中的效能。方法:回顾性分析2009年5月至2019年12月南京医科大学第一附属医院收治的882例接受根治性手术切除的早期HCC患者的临床资料，其中男性701例，女性181例，年龄（57.3±10.5）岁（范围：21~86岁）。将患者按2∶1随机分为训练集（588例）和测试集（294例）。构建的机器学习预测模型包括随机生存森林（RSF）、梯度提升机、弹性网络-Cox回归和Cox回归模型。采用一致性指数（C-index）衡量模型预测的准确性、综合Brier分数量化模型的预测误差、校准曲线反映模型的拟合情况。比较机器学习模型、竞争模型和HCC分期系统的预测效能。所有模型均在独立的测试集内进行验证。结果:训练集内患者中位无复发生存时间为61.7个月，测试集内患者中位无复发生存时间为61.9个月，两组患者无复发生存情况的差异无统计学意义（ χ2=0.029， P=0.865）。RSF模型由5个常用临床病理学特征构成：白蛋白-胆红素分级、血清甲胎蛋白、肿瘤数目、肝切除方式和微血管侵犯。在训练集和测试集中，RSF模型的C-index值分别为0.758（95% CI：0.725~0.791）和0.749（95% CI：0.700~0.797），综合Brier分数分别为0.171和0.151。RSF模型对早期HCC复发预测的准确性优于其他3种机器学习模型、竞争模型（ERASL模型）及HCC分期系统（巴塞罗那分期、中国肝癌的分期方案、TNM分期），差异均有统计学意义（ P值均<0.01）。校准曲线提示，RSF模型的预测概率与实际观察值具有较好的一致性。RSF模型可将早期HCC患者的复发风险分为低危、中危和高危组，在训练集和测试集内三组患者无复发生存情况的差异有统计学意义（ P<0.01）。RSF模型对早期HCC术后复发风险的分层明显优于TNM分期。 结论:本研究构建的RSF模型集合了5个常用临床病理学特征，可较为准确地预测复发风险。

目的:探索建立医科院校集中采购与集中供应相结合的科研试剂采购供应管理体系。方法:对当前医科院校科研试剂采购供应管理的现状进行描述性分析，发现集中采购与集中供应在具体实施过程中存在的问题和困难。从采购和供应2个关键环节入手，探讨建立并实践一种"问题驱动"的科研试剂采购供应管理体系。结果:在采购环节，以品牌折扣作为采购对象，解决试剂品种规格多、价格变化快的问题；以试剂消耗量为分档依据确定入选供应商数量，解决市场竞争不充分问题。在供应环节，设立专门机构负责产品质量和服务监督，严格实施产品出入库办理和供应商管理，显著提升试剂供应和售后服务质量、强化试剂财务监管。结论:科研试剂采购供应是科研管理的重要内容，集中采购与供应相结合的试剂管理体系能够有效提升科研试剂管理水平。

环状RNA(circular RNA，circRNA)是一类具有闭合环状结构的非编码RNA分子，大量存在于真核转录组中。环状RNA在不同的物种中具有保守性，同时存在组织及不同发育阶段的表达特异性。由于环状RNA对核酸酶不敏感，故比线性RNA更稳定。环状RNA具有竞争性内源RNA机制(competing endogenous RNAs，ceRNA)，调控可变剪切和转录过程，以及与功能蛋白结合等功能。基于环状RNA的特征和生物功能，其在疾病中发挥着重要的调控作用。随着研究发展，环状RNA在组织和疾病的表达机制和功能机制也取得了进步。本综述旨在总结环状RNA的起源、特征、生物功能以及在疾病中的最新作用。

目的:探讨胶质瘤细胞中长非编码RNA 00467(LINC00467)通过竞争性内源RNA(ceRNA)机制调控丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶3基因(RIPK3)与肿瘤微环境(TME)及药敏性的关系及其机制。方法:对癌症基因组图谱(TCGA)数据库和基因型-组织表达(GTEx)数据库胶质瘤及正常脑组织基因表达进行分析，筛选差异表达基因(DEGs)( P<0.01且表达变化大于2倍的基因)，确定有意义的长链非编码RNA(lncRNA)-mRNA关系对，进行生存分析。在Starbase v3.0数据库中筛选微小RNA(miRNA，miR)-lncRNA关系对，确定ceRNA。在metascape、TISCH、CancerSEA数据库进行分析。取25例新鲜胶质瘤组织及25例正常脑组织，应用荧光实时定量反转录聚合酶链反应(qRT-PCR)检测基因表达。应用R软件包及SPSS统计分析软件对结果进行处理。 结果:对TCGA和GTEx表达谱进行差异表达分析，发现6 095个差异表达的lncRNA(3 083上调，3 012下调)和10 164个差异表达的mRNA(6 803上调，3 361下调)。对胶质瘤中的319 795对候选lncRNA-mRNA对进行筛选，确定LINC00467-RIPK3为研究对象，发现LINC00467、RIPK3在胶质瘤组织高表达，且呈正相关( r＝0.66， P<0.01)。数据库分析发现RIPK3可能通过海绵吸附miR-3612与LINC00467形成ceRNA。生存分析显示LINC00467-RIPK3高表达的患者预后较差( P<0.05)。胶质瘤单细胞数据集分析发现RIPK3在巨噬细胞中高表达，bulk数据集分析发现RIPK3与巨噬细胞表面分子表达正相关( P<0.01)。应用使用表达数据估计恶性肿瘤中的间质和免疫细胞算法计算胶质瘤患者的免疫得分，分析发现RIPK3与Estimate、基质计分、免疫计分以及肿瘤纯度显著相关( P<0.01)。药敏数据分析显示，RIPK3的表达与多种药物的半数抑制浓度(IC 50)值有关( P<0.01)。qRT-PCR结果显示，胶质瘤组织中LINC00467、RIPK3的表达水平高于正常组织(0.74±0.28、0.34±0.20， t＝8.94、9.38， P<0.01)，而胶质瘤组织miR-3612的表达水平(0.57±0.27)低于正常组织(0.79±0.33， t＝－2.17， P<0.01)。 结论:LINC00467可能通过ceRNA机制促进RIPK3表达而参与胶质瘤TME和药敏性调控。