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高度近视患者房水非标记定量蛋白质组学分析
编辑人员丨4天前
目的:采用定量蛋白质组学技术分析高度近视患者房水中的蛋白质组谱。方法:纳入2019年1—8月在天津医科大学眼科医院于白内障手术中用1 ml注射器采集伴或不伴高度近视的年龄相关性白内障患者房水标本各34例34眼(每例100 μl),分别作为高度近视白内障组和单纯白内障组。各组分别选取16例16眼房水标本,采用BCA法进行蛋白定量并比较,采用非标记液相色谱串联质谱分析得到2个组的差异表达蛋白。进一步将生物大数据用基因本体功能富集和京都基因与基因组百科全书通路富集分析差异表达蛋白的功能和信号转导通路。各组分别选取18例18眼房水标本采用酶联免疫吸附实验(ELISA)进行质谱检测结果的扩大样本量验证。结果:高度近视白内障组房水标本平均蛋白质量浓度为(1 134.91±104.78)ng/L,明显高于单纯白内障组的(706.71±85.43)ng/L,差异有统计学意义( t=11.977, P<0.01)。2个组患者房水标本中共鉴定出463个可定量蛋白质,其中86个差异表达蛋白质,包括49个表达上调蛋白和37个表达下调蛋白。这些差异表达蛋白的分类主要包括蛋白结合活性调节因子、细胞外基质蛋白、载体蛋白、细胞间信号分子、蛋白质修饰酶等,分别占32.70%、14.50%、9.10%、9.10%和7.30%。生物信息学分析表明,86个差异表达蛋白主要富集在补体激活及其调节、急性炎症反应、细胞外基质组织重塑等生物学过程。其中21个差异表达蛋白富集于补体和凝血级联通路,15个差异表达蛋白富集于细胞外基质-受体相互作用通路,8个差异表达蛋白富集于PI3K-Akt信号通路。ELISA结果表明,随机选取的3个差异表达蛋白在2个组之间表达变化趋势均与非标记定量蛋白质组学分析结果一致。 结论:高度近视白内障与单纯白内障之间房水蛋白质表达谱有显著变化,高度近视与炎症和免疫相互作用以及细胞外基质的重塑密切相关。
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编辑人员丨4天前
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蛋白磷酸酶2A癌性抑制因子的表达对脑胶质瘤患者的预后意义及其作用机制的探讨
编辑人员丨4天前
目的:探讨蛋白磷酸酶2A癌性抑制因子(CIP2A)的表达对脑胶质瘤患者的临床预后、胶质瘤细胞迁移和侵袭的影响及其作用机制。方法:自中国脑胶质瘤基因组图谱(CGGA)提取脑胶质瘤CIP2A mRNA表达的相关数据和临床资料,分析CIP2A在胶质瘤中的表达情况;随后选取67例来源于2016年1月至2018年10月贵阳市第二人民医院神经外科的胶质瘤手术标本,采用免疫组织化学染色方法检测肿瘤组织的CIP2A表达水平。基于CGGA数据库资料,比较不同性别、年龄、世界卫生组织(WHO)分级、异柠檬酸脱氢酶(IDH)突变状态、染色体1p/19q共缺失状态、肿瘤类别(原发、复发、继发)、放化疗胶质瘤患者间CIP2A表达的差异。采用Kaplan-Meier生存分析、单因素Cox和多因素Cox回归模型及受试者工作特征(ROC)曲线探讨CIP2A的表达水平在胶质瘤患者预后评估中的价值。应用siRNA干扰U87和U251细胞中CIP2A的表达;采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测U87和U251细胞中CIP2A的表达水平;采用划痕实验和Transwell实验检测CIP2A基因沉默对U87和U251细胞迁移和侵袭能力的影响,以蛋白质免疫印迹实验检测U87和U251细胞中CIP2A蛋白、E钙黏蛋白(E-Cadherin)、基质金属蛋白酶(MMP)2和MMP9的表达水平。结果:CGGA数据库中,CIP2A mRNA的表达随着脑胶质瘤病理学级别的升高而增强( F=49.32, P<0.001);CIP2A低表达组患者的总生存期长于高表达组(CGGA数据库资料: P<0.001;临床样本资料: P<0.05)。CIP2A高表达与肿瘤类别(复发和继发)、IDH野生型、1p/19q非共缺失显著相关,差异均有统计学意义(均 P<0.001)。ROC曲线分析显示,CIP2A mRNA表达水平预测脑胶质瘤患者1、3、5年生存率的曲线下面积分别为0.72、0.74和0.73。多因素Cox回归模型分析显示,CIP2A高表达、高龄、肿瘤复发或继发以及高级别肿瘤是脑胶质瘤患者预后的独立危险因素(均 P<0.001)。siRNA可抑制胶质瘤细胞U87和U251中CIP2A mRNA和蛋白的表达(均 P<0.05),低表达CIP2A的U87和U251细胞的划痕愈合能力、细胞迁移和侵袭能力均明显下降(均 P<0.05)。低表达CIP2A的U87和U251细胞E-Cadherin的表达上调,而MMP2、MMP9蛋白的表达下调(均 P<0.05)。 结论:CIP2A在脑胶质瘤中呈高表达并提示脑胶质瘤患者的预后不良,可能能够作为脑胶质瘤的相关预测标志物。CIP2A低表达可能通过调控上皮-间质转化抑制胶质瘤细胞的迁移和侵袭。
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编辑人员丨4天前
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病理性近视患者房水非标记定量蛋白质组学分析
编辑人员丨4天前
目的:观察病理性近视(PM)患者房水标本中蛋白质表达谱的变化。方法:横断面研究。2019年1~8月在天津医科大学眼科医院收集32例老年性白内障患者的房水样本进行质谱检测。其中,男性11例,女性21例;年龄58~76岁,平均年龄(68.41±6.09)岁。将合并PM的16例作为PM组,不合并近视的16例作为对照组。所有患者在白内障手术操作之前从手术眼收集100~150 μl前房水。采用蛋白定量和非标记液相色谱串联质谱分析,得到差异表达蛋白。随机选取5个差异蛋白进行ELISA验证。然后用基因注释功能富集、京都基因和基因组百科全书通路富集等生物信息学分析方法分析差异表达蛋白的功能。结果:两组房水标本中共鉴定出583个可定量蛋白质,其中101个蛋白存在差异表达,包括63个上调蛋白和38个下调蛋白。ELISA验证结果显示,5个差异表达蛋白在PM组和对照组之间的表达变化趋势均与非标记定量蛋白质组学分析结果相一致。这些差异表达蛋白的分类主要包括蛋白结合活性调节因子、防御/免疫蛋白、蛋白质修饰酶、代谢物间转换酶、细胞外基质蛋白等。生物信息学分析表明,PM与炎症和免疫相互作用以及细胞外基质的重塑密切相关。结论:PM患者房水标本中蛋白质表达谱较对照组有明显变化,这些差异变化提示PM与炎症和免疫相互作用以及细胞外基质的重塑密切相关。
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编辑人员丨4天前
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外泌体在中枢神经系统疾病诊治中的研究进展
编辑人员丨4天前
外泌体作为活细胞释放到细胞外基质中的膜性囊泡,携带蛋白质、核酸和脂类等多种生物活性分子,在细胞间进行物质交换和信息传递。多种细胞都可释放外泌体,其在中枢神经系统众多病理和生理过程发挥重要作用。同时,外泌体还可穿过血脑屏障,因此,对于中枢神经系统疾病的诊断和治疗,外泌体提供了新的策略。现对外泌体的一般特性、在中枢神经系统的病理和生理作用及其对于中枢神经系统疾病诊断和治疗的进展进行综述。
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编辑人员丨4天前
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先天性小耳畸形差异性信使RNA表达谱与生物信息学分析
编辑人员丨4天前
目的:通过生物信息学对先天性小耳畸形基因调控网络进行分析。方法:采用安捷伦全基因组外显子微阵列芯片鉴定2017年5月至2018年8月中国医学科学院整形外科医院收治的3例先天性小耳畸形伴健侧耳较普通人明显增大者的小耳残耳软骨与健侧耳软骨的表达谱,获取差异表达基因,通过聚类分析,使用DAVID数据库对差异表达基因进行基因本体论与生物学信号通路富集分析。运用STRING数据库,Cytoscape软件及插件对差异基因进行蛋白质互作分析,利用GeneCards数据库对相关基因功能进行注释。结果:通过对数据筛选、排除,共获得差异基因124个,其中下调93个,上调31个。差异基因主要涉及细胞外基质构成,对应力刺激反应,骨骼及软骨形成等方面,信号通路主要涉及磷脂酰肌醇3/蛋白激酶(PI3K-Akt)信号通路等。构建差异基因蛋白互作网络,发现EYA转录辅激活因子和磷酸酶1(EYA1),Ⅱ型胶原蛋白α1链(COL2A1),软骨寡聚基质蛋白(COMP)等可能在先天性小耳畸形软骨病变发生中起重要作用。结论:通过对先天性小耳畸形病例基因进行生物信息学挖掘,有助于了解疾病的病因学,为先天性小耳畸形的预防提供新的基因靶点。
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编辑人员丨4天前
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人类抗原R对乳腺癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响及其机制
编辑人员丨4天前
目的:探究人类抗原R(HuR)对乳腺癌功能表型的影响及其对磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)/哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)信号通路的调控方式。方法:利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库了解HuR在乳腺癌组织和癌旁组织中的表达,选取与HuR显著相关的基因进行基因本体(GO)分析及基因富集分析(GSEA)。以MCF-7和SK-BR-3细胞作为研究对象,通过瞬时转染小干扰RNA(siRNA)沉默HuR基因,利用实时荧光定量反转录聚合酶链反应(qRT-PCR)检测HuR的表达。通过细胞计数试剂盒(CCK-8)、划痕、Transwell实验检测两种乳腺癌细胞系的增殖、迁移、侵袭。通过蛋白质印记法(Western blot)检测PI3K/Akt/mTOR通路相关蛋白的表达。组间差异采用秩和检验、方差分析和 t检验。 结果:HuR在肿瘤组织中的表达高于癌旁组织(3.429±0.300比3.913±0.370, Z=-15.216, P<0.01),GO和GSEA结果显示HuR相关基因主要富集于通过死亡结构域受体对外部凋亡信号传导途径的负调节、血液微粒、细胞外基质结构组分、S期激酶相关蛋白2(SKP2)和E2F信号通路及脂肪酸氧化。HuR在两株乳腺癌细胞系中沉默后,CCK-8结果显示在不同时间点,沉默HuR组细胞的增殖能力显著低于对照组(0.148±0.001比0.151±0.001比0.160±0.002比0.159±0.003,0.163±0.002比0.163±0.002比0.172±0.001比0.172±0.000,0.214±0.002比0.215±0.001比0.238±0.003比0.236±0.002;0.146±0.002比0.146±0.003比0.155±0.002比0.154±0.001,0.156±0.001比0.158±0.002比0.172±0.002比0.172±0.001,0.193±0.002比0.197±0.001比0.229±0.007比0.229±0.006, F=29.811、45.663、105.662、16.735、65.344、53.219, P<0.01)。划痕实验结果显示,实验组在24 h细胞迁移的能力显著低于空白对照组(0.038±0.020比0.067±0.025比0.223±0.047比0.167±0.035,0.082±0.040比0.140±0.027比0.318±0.023比0.254±0.041, F=20.045、30.130, P<0.01)。Transwell实验显示,实验组通过小室的MCF-7和SK-BR-3细胞数量显著低于对照组(971.000±154.049、873.333±186.100比1 939.333±11.547,1 301.333±81.132、1 152.000±109.421比2 278.000±244.461, t=7.328、8.067、8.190、9.442, P<0.01)。Western blot实验结果表明在两株细胞中,实验组的PI3K、Akt及mTOR的磷酸化水平均显著低于阴性对照组(0.560±0.015、0.738±0.011比0.968±0.030,0.866±0.003、0.788±0.030比0.970±0.021,0.843±0.009、0.832±0.014比1.003±0.009;0.862±0.011、0.855±0.020比0.981±0.020,0.754±0.083、0.821±0.024比0.939±0.083,0.708±0.038、0.687±0.027比0.936±0.049, t=30.666、18.216、9.036、14.279、20.708、22.206、10.934、11.440、5.026、3.665、10.549、11.288, P<0.01、0.05)。 结论:HuR可提高乳腺癌的增殖、迁移及侵袭能力,并且可通过激活PI3K/Akt/mTOR信号通路来促进乳腺癌增殖。
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编辑人员丨4天前
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LncRNA在结膜囊成纤维细胞增生机制中的作用
编辑人员丨4天前
目前,青光眼滤过术后滤过区域瘢痕形成机制尚未被完全了解。现认为术后伤口愈合期间细胞因子和生长因子的刺激使结膜囊内成纤维细胞过度活化,导致细胞外基质沉积,瘢痕形成。长链非编码RNA(lncRNA)是一类不编码蛋白质的RNA序列,可调控细胞的增生、凋亡及作为微小RNA的前体等,已被证实其在多种纤维化组织内特异性表达并发挥重要的调控功能。随着研究的不断深入,lncRNA也被发现还可参与青光眼滤过术后滤过泡瘢痕化的形成和发展。已有研究结果显示,lncRNA在青光眼滤过术后结膜囊组织内有特定表达,且不同的lncRNA可通过不同途径影响结膜囊内成纤维细胞的增生或细胞外基质的合成,对滤过泡瘢痕化的形成产生影响。本文对不同lncRNA在结膜囊成纤维细胞增生机制中的作用及潜在滤过泡瘢痕化的治疗前景进行综述,以期为滤过术后瘢痕化的治疗提供新的方向。
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编辑人员丨4天前
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抗核基质蛋白2抗体阳性幼年特发性炎性肌病临床特征分析并文献复习
编辑人员丨4天前
目的:探讨抗核基质蛋白2(NXP2)抗体阳性幼年特发性炎性肌病(JIIM)患者的临床表现及骨骼肌的病理特点和治疗。方法:收集8例抗NXP2抗体阳性JIIM患者的临床资料,回顾性分析其一般情况、临床表现、辅助检查、肌肉病理改变和治疗效果,并结合国内外文献进行复习。结果:8例患者起病年龄为(6.1±3.8)岁,男女比为1∶3;均出现四肢近端肌无力,7例出现皮肌炎样皮疹,5例出现肌痛,4例出现皮肤钙质沉着,3例出现皮肤溃烂,2例出现皮下水肿,1例出现腹痛症状。5例血清CK升高,8例下肢肌肉磁共振显示肌肉,肌肉间隙,脂肪层异常信号,3例胸部高分辨CT显示间质性肺炎改变,1例腹部CT结果显示升结肠及近侧横结肠肠壁不规则增厚,水肿,伴周围炎性渗出。骨骼肌病理活检主要表现为束周肌萎缩,束膜内、小血管周围及肌纤维间隙可见有炎性细胞浸润,部分间质可见水肿、增生,坏死、溶解及再生肌纤维少见。8例患者均给予糖皮质激素联合免疫抑制剂治疗,1例合并肠道血管炎表现者联合使用戈利木单抗治疗,随访6个月5例完全缓解,3例恢复欠佳。结论:抗NXP2抗体多见于幼年型皮肌炎中,与肌无力、钙质沉着、皮肤溃疡和肠道血管炎有关,骨骼肌病理改变相对轻微,糖皮质激素联合免疫抑制剂治疗大部分有效。
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编辑人员丨4天前
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MMP14和KLKB1可能是脓毒症诊治的潜在生物标志物
编辑人员丨4天前
目的:对脓毒症患者进行蛋白质质谱分析,寻找脓毒症诊治的潜在新靶点。方法:采用横断面观察研究方法,纳入2019年1月至12月在西南医科大学附属医院急诊科急诊重症监护病房(EICU)就诊的12例脓毒症患者及同期9例健康体检者。采集两组受试者外周血进行蛋白质质谱分析,并采用非依赖性采集技术得到各蛋白表达数据。将所得数据导入整合差异表达和通路分析在线网络工具IDEP2,对数据进行ID转换,并进行均一化处理,验证其可比性,再用主成分分析剔除离群数据。以 P<0.05、log 2差异倍数(FC)>1或log 2FC<-1为差异有统计学意义,筛选出差异蛋白。用DAVID在线网站将筛选出的差异蛋白进行基因本体(GO)分析,从蛋白质的生物过程、细胞组分、分子功能3个方面对蛋白进行富集分析,同时进行京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)通路分析。通过基因与蛋白质相互作用检索数据库(STRING)在线网站进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析,找到紧密联系的相关蛋白。 结果:两组数据经均一化处理后提示具有可比性。最终共筛选出125个差异蛋白,其中99个上调,26个下调。GO富集分析显示,筛选出的差异蛋白主要分布在细胞外,具有细胞调节功能及催化活性,参与生物调节、代谢过程及免疫过程;KEGG通路分析提示这些蛋白参与了氨基酸、糖类代谢及免疫相关通路。PPI分析显示,关键蛋白主要为基质金属蛋白酶14(MMP14)、纤维蛋白1(FBLN1)和血浆激肽释放酶1(KLKB1)等,最终筛选出与炎症、免疫等紧密相关的MMP14及KLKB1,二者可能是早期诊治脓毒症的潜在新靶点。结论:MMP14和KLKB1可能为脓毒症诊治及预后判断的潜在生物标志物。
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编辑人员丨4天前
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间充质干细胞/内皮祖细胞基质依赖型组织工程骨修复大鼠股骨缺损
编辑人员丨4天前
目的:探讨大鼠骨髓间充质干细胞(MSC)/内皮祖细胞(EPC)作为种子细胞构建的基质依赖型组织工程骨(ECM-TEB)修复大鼠股骨缺损的效果。方法:分离培养骨髓来源的MSC和EPC并进行功能鉴定,种植上架于纳米晶胶原基人工骨颗粒,培养14 d后冻干,获得MSC/EPC ECM-TEB和MSC ECM-TEB。扫描电镜观察MSC和EPC在支架表面的生长形态。分别提取MSC ECM-TEB蛋白浸提液(对照组)和MSC/EPC ECM-TEB蛋白浸提液(实验组),加入EPC培养系统中进行迁移、划痕修复、管腔形成检测;另加入MSC培养系统中进行茜素红染色和碱性磷酸酶(ALP)染色检测,观察两组细胞募集、血管生成和成骨分化情况。选取12只SD大鼠,建立股骨缺损模型,按照随机数字表法分为:(1)假手术组:仅在缺损处进行清创处理;(2)MSC ECM-TEB组:在缺损处植入MSC ECM-TEB;(3)MSC/EPC ECM-TEB组:在缺损处植入MSC/EPC ECM-TEB,每组4只大鼠。2个月后行Micro-CT检查和缺损区Masson三色染色观察骨缺损修复情况。冻干后低温保存3个月,采取同位素相对标记与绝对定量技术(iTRAQ)标记蛋白质谱检测MSC ECM-TEB和MSC/EPC ECM-TEB在成血管方面的差异,并采用基因本体论/京都基因与基因组百科全书技术(GO/KEGG)功能富集方法分析其原因。结果:MSC和EPC在支架表面生长、增殖良好,形成光滑的细胞层状结构。实验组在细胞迁移数、划痕修复比例和管腔形成长度分别为(121.6±8.3)个、(61.5±5.9)%、(11.3±0.6)mm,较对照组显著增多[(85.0±6.7)个、(39.3±3.6)%、(5.9±0.4)mm]( P均<0.01)。茜素红染色和ALP染色结果显示,实验组钙结节矿化面积比例显著增加[(38.8±3.3)%∶(49.9±3.0)%、(38.8±2.4)%∶(45.3±3.3)%] ( P均<0.05)。Micro-CT和Masson染色结果表明,MSC/EPC ECM-TEB组骨缺损修复良好,MSC ECM-TEB组仅形成少量新骨,假手术组几乎没有新骨形成;骨体积分数、骨小梁数量和骨小梁厚度差异均有统计学意义( P<0.05)。蛋白质谱分析结果表明,与MSC ECM-TEB组相比,MSC/EPC ECM-TEB组中有83个血管生成相关的因子显著上调(差异倍数>2, P<0.05);GO/KEGG功能富集分析显示,与MSC ECM-TEB相比,MSC/EPC ECM-TEB在"血管发育"等生物过程存在明显差异( P<0.01),"血管平滑肌收缩通路"等显著增强( P<0.01)。 结论:与MSC ECM-TEB相比,MSC/EPC ECM-TEB在细胞募集、血管生成和新骨生成方面显著增强,是一种更佳的可用于创伤性骨缺损修复的组织工程骨构建策略。
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编辑人员丨4天前
