目的:探讨宏基因组二代测序（mNGS）在危重型不典型的立克次体感染者早期救治中的应用价值。方法:收集2020年1月至2022年8月在海南省人民医院住院治疗临床诊断危重症立克次体患者的临床特征、血生化结果、外斐反应结果、影像学资料及mNGS结果，进行回顾性分析，使用Fisher精确性检验比较mNGS和外斐反应的阳性率。结果:15例立克次体病患者中均有发热症状，头痛12例，但具有诊断意义的典型皮疹或焦痂仅为3例，发生脓毒症休克6例，多器官功能障碍15例；血液mNGS阳性15例，其中10例患者在血液中检测出普氏立克次体（恙虫病东方体），其余5例检测出莫氏立克次体，mNGS阳性率显著高于外斐反应（15/15比0， P<0.001）。所有患者在确诊后均被给予多西环素等治疗，其中14例好转出院，1例因病情危重、放弃治疗出院后1周死亡。 结论:mNGS能够提高常规检测结果为阴性的非典型立克次体的检出率，可为危重型立克次体病患者早期诊断、早期抗感染治疗提供参考。

地方性斑疹伤寒是由莫氏立克次体引起的急性传染病，宿主是啮齿类动物，以鼠蚤类为主要传播媒介。该病发作突然，临床表现不典型，易漏诊、误诊。本文报道1例孕25 +1周，高热、头痛起病的孕妇，经验性抗感染治疗无效，结合病史及宏基因组二代测序（mNGS）检测确诊为斑疹伤寒立克次体感染，使用阿奇霉素治疗后病情好转。孕37 +1周顺利剖宫产术分娩一男活婴，母儿健康。斑疹伤寒是一种容易被忽视的疾病，临床医师应提高对该病的认识，仔细询问病史及查体，及时行mNGS检测，有助于快速诊断。

目的:了解滇西鼠疫疫源地野外鼠形动物斑点热群立克次体（spotted fever group Rickettsiae，SFGR）和莫氏立克次体（ Rickettsia mooseri， R.mooseri）感染情况。 方法:应用磁珠法提取2015-2016年自滇西梁河县、剑川县和玉龙县鼠疫疫源地捕获的2 512只野外鼠形动物肝脏样本DNA，选用热休克蛋白groEL基因引物进行巢式PCR扩增。分别采用DNAStar 7.1软件和美国国家生物技术信息中心（NCBI）的GenBank进行基因序列剪切、拼接和Blast同源性比对分析，同时采用DNAStar 7.1软件和MEGA 6.0软件构建系统发育树。结果:感染SFGR的野外鼠形动物有锡金小鼠、斯氏家鼠、灰麝鼩和臭鼩鼱（各1只），总感染率为0.16%（4/2 512）；未检出 R.mooseri感染。梁河县和剑川县鼠疫疫源地野外鼠形动物SFGR感染率分别为0.49%（3/611）和0.10%（1/1 029），玉龙县鼠疫疫源地野外鼠形动物未检出SFGR感染。同源性分析显示，SFGR阳性样本的基因序列与参考序列同源性为95.45%~100.00%；4份阳性样本间groEL基因部分序列高度相似，同源性达89.60%~97.40%。序列进化分析显示，梁河县鼠疫疫源地的3个SFGR阳性样本序列聚在同一分支，同源性达94.40%~97.40%；剑川县鼠疫疫源地的1个阳性样本序列单独为1个分支。 结论:滇西鼠疫疫源地野外鼠形动物SFGR感染率较低，未发现 R.mooseri感染。

目的:建立及优化检测立克次体目中7种重要病原菌的TaqMan-探针实时荧光定量PCR（qPCR）方法，可同步检测并明确感染类型。方法:根据普氏立克次体、莫氏立克次体和斑点热群立克次体 ompB基因、恙虫病东方体 groEL基因、查菲埃立克体16S rRNA基因、嗜吞噬细胞无形体 gltA基因和贝氏柯克斯体 com1基因序列合成引物和探针，优化反应体系及反应程序至同一方案，对该方法灵敏度、特异性和重复性等进行评价，并使用该方法对模拟样本和实际样本进行检测。 结果:7种病原菌标准曲线的 Ct值与模板拷贝数均呈良好的线性关系（均 R2>0.990 0），所建立方法最低检测限均为1×10拷贝数/μl且具有良好的特异性。96份蜱虫核酸提取物样本中，1份样本检出贝氏柯克斯体，3份样本检出斑点热群立克次体；80份不明原因发热患者血标本DNA中，1份样本检出恙虫病东方体，2份样本检出斑点热群立克次体。 结论:本研究基于TaqMan-探针qPCR方法，将7种病原菌反应体系及反应程序优化至同一方案，克服目前不同立克次体目病原菌采用不同的反应体系和反应程序的缺点，可将临床样本中立克次体目的7种重要病原菌精确定位检测至种，明确感染病原菌类型并缩短检测时间，有助于对患者的精准诊治。

目的 掌握 2021 年 9 月至 2023 年 12 月六安市鼠形动物中携带 5 种病原体的分布情况,为本地鼠传疾病的防控和预警提供科学依据.方法 在六安市的金安区、霍邱县、舒城县选取农村居民区、城镇居民区、重点行业、农田耕地等不同的生境,捕获鼠形动物,无菌解剖后采集肝、脾、肺、肾 4 种组织样品,用实时荧光定量PCR法检测钩端螺旋体、莫氏立克次体、恙虫病东方体、新型布尼亚病毒和汉坦病毒 5 种病原体.使用SPSS 26.0 软件进行数据分析,阳性率的比较采用χ2检验.结果 共检测502 份鼠形动物的组织样本,钩端螺旋体核酸检测阳性率为 5.58%(28/502),黑线姬鼠携带钩端螺旋体的阳性率最高,为9.09%(19/209);汉坦病毒阳性率为 1.39%(7/502);新型布尼亚病毒、恙虫病东方体和莫氏立克次体未检出.农田耕地中的鼠形动物携带钩端螺旋体和汉坦病毒阳性率均最高,分别为 8.96%(19/212)和 3.30%(7/212).雌性鼠形动物携带钩端螺旋体、汉坦病毒阳性率(8.02%、2.47%)均高于雄性鼠形动物(4.41%、0.88%).结论 六安市鼠形动物中钩端螺旋体和汉坦病毒感染水平较高,黑线姬鼠是钩端螺旋体的主要宿主,农田耕地中鼠形动物钩端螺旋体和汉坦病毒检出率最高.人群中存在感染鼠传疾病的风险,应做好防控工作,以降低人群感染风险.

[背景]鼠传疾病是对人类危害较大的一种人兽共患病,全球化使得鼠传疾病流行区域不断扩大,出现了多种新发鼠传疾病的发生及旧传染病的复燃.[目的]调查新疆阿勒泰地区常见的鼠传致病菌在啮齿动物中的流行状况,为当地自然疫源性疾病防控提供科学依据.[方法]采用夹夜法捕获啮齿动物,无菌收集其脾脏和肾脏组织,提取基因组DNA.应用TaqMan探针法的荧光定量聚合酶链式反应(quantitative polymerase chain reaction,qPCR)检测巴尔通体(Bartonella spp.)、问号钩端螺旋体(Leptospira interrogans)、恙虫病东方体(Orientia tsutsugamushi)、莫氏立克次体(Rickettsia mooseri)、嗜吞噬细胞无形体(Anaplasma phagocytophilum)和土拉弗朗西斯菌(Francisella tularensis)6 种常见的鼠传致病菌.采用 16S rRNA 基因的通用引物进行常规 PCR 扩增后,应用Illumina测序和Nanopore测序进一步检测致病菌,同时对脾脏组织进行巴尔通体体外分离培养.比较qPCR、16S rRNA基因测序和分离培养的结果.[结果]共捕获啮齿动物 8 种 66 只,其中,乌拉尔姬鼠(Apodemus uralensis)31 只,占捕获总数的 46.97%,其余为褐家鼠(Rattus norvegicus)、小家鼠(Mus musculus)等.qPCR检测常见的鼠传致病菌感染率为巴尔通体 31.80%(21/66)、问号钩端螺旋体 1.50%(1/66)、恙虫病东方体 1.50%(2/66)、莫氏立克次体 3.00%(1/66)和土拉弗朗西斯菌13.60%(9/66),未检出嗜吞噬细胞无形体.16S rRNA基因Illumina测序分析通过质控的 23 份样品检测出致病菌,以巴尔通体为主;16S rRNA基因Nanopore测序分析通过质控的 11 份样品检测出巴尔通体,其他 5 种常见的鼠传致病菌未检出.有 11 份脾脏组织分离培养出巴尔通体,感染率为16.67%(11/66).[结论]新疆阿勒泰地区的啮齿动物可携带巴尔通体等多种鼠传致病菌,应关注并加强该地区相关传染病的防治工作.qPCR、细菌分离培养、16S rRNA基因测序 3 种检测方法可互相补充,更全面地了解当地啮齿动物携带致病菌的状况.

目的 监测重庆市重点地区小型兽类携带5种常见鼠媒病原体的流行情况,为指导当地鼠源疾病的防控提供科学依据.方法 2021-2022年,在重庆市中心城区、万州区、涪陵区3个监测点使用笼夜法捕捉小型兽类,提取其肝、脾、肺、肾组织的核酸样本,采用实时荧光定量PCR(qPCR)检测问号钩端螺旋体(钩体)、莫氏立克次体、巴尔通体,反转录实时荧光定量PCR(RT-qPCR)方法检测汉坦病毒及大别班达病毒.运用Excel 2010软件进行数据汇总和整理,SPSS 22.0软件对实验数据进行统计分析,种群构成比、病原体携带率的比较采用x2检验进行统计分析.结果 共捕获小型兽类9种1 188只,其中褐家鼠最多,占比为33.50％,黄胸鼠占比为26.77％,四川短尾鼩占比26.01％,小家鼠占比为9.85％,其余还捕获小泡巨鼠、大足鼠、北社鼠、黑线姬鼠、灰麝鼩,不同监测点的小型兽类种类构成差异有统计学意义(x2=714.786,P＜0.001).所有检测样本中,发现汉城型汉坦病毒阳性4份(只),问号钩体阳性24份(只),巴尔通体阳性8份(只),其余均为阴性.共发现33只小型兽类呈阳性,其中2只黄胸鼠、1只褐家鼠同时携带问号钩体和汉城型汉坦病毒,病原体总体携带率为2.78％,其中汉坦病毒总携带率为0.34％,问号钩体总携带率为2.02％,巴尔通体总携带率为0.67％,3种病原体的携带率差异有统计学意义(x2=18.857,P＜0.001).结论 重庆地区小型兽类中监测到问号钩体、巴尔通体和汉坦病毒,检出阳性较多的小型兽类为褐家鼠、黄胸鼠和四川短尾鼩,主要分布于重庆城区的重点行业和万州区的农村居民区,当地应对鼠源疾病流行及防控予以重点关注.

目的 了解云南地区宿主动物和媒介自然感染立克次体的情况.方法 采用鼠夹和鼠笼捕鼠,采集鼠体表的恙螨和耕牛体表的蜱虫,对鼠脾脏、恙螨和蜱虫提取DNA,应用巢式PCR扩增立克次体groEL基因,基因序列测定后与其它已知序列进行同源性分析.结果 从410份样品中扩增出立克次体groEL片断19份(阳性率4.63％),其中恙虫病东方体(Ot)阳性率2.68％(11/410),斑点热立克次体(SFGR)阳性率1.22％ (5/410),莫氏立克次体(Rm)阳性率0.49％ (2/410),立克次体共生菌(Re)阳性率0.24％ (1/410).与其它已知序列进行同源性分析,检出11株Ot的相似性为93.6％ ～ 100％,分别与GenBank中已知立克次体序列的最高相似性在96.1％～100％;检出5株SFGR相似性为92.1％～99.5％,分别与GenBank中已知序列的最高相似性在98.9％～ 100％;检出Rm 2株,均与Wilmington株的相似性达100％;检出Re 1株,与Re(EU435143)的相似性最高为98.9％.结论 云南地区宿主动物及媒介中存在多种立克次体感染,应加强立克次体病的监测与防制工作.

目的 调查北京市部分城郊区6种鼠传病原体流行状况.方法 将已报道的TaqMan探针实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法在本实验室进行评估,制备质粒标准品和绘制标准曲线,依据重新评估的数据确定结果的检测阈值.2017年1-6月应用夹夜法在北京市朝阳、怀柔、门头沟和平谷4个地区捕获啮齿动物,采集组织样品提取核酸,应用上述qPCR方法检测病原体.结果 共捕获啮齿动物160只,其中褐家鼠59只、小家鼠69只、朝鲜姬鼠4只、北社鼠25只和鼩鼱3只.检测动物脾组织结果显示,除鼩鼱外其他啮齿动物均分别感染莫氏立克次体(8.1％)、恙虫病东方体(1.3％)、嗜吞噬细胞无形体(5.6％)、钩端螺旋体(18.7％)和巴尔通体(5.0％);所有动物中均未检测到土拉弗朗西斯菌.褐家鼠和小家鼠中存在钩端螺旋体、嗜吞噬细胞无形体等多种病原体复合感染情况.结论 北京地区的啮齿动物可携带多种常见、新发及再发传染病病原体,应关注并加强该地区这些病原体动物宿主和传播媒介的分布调查及相关传染病的防制工作.

目的 应用QIAxcel毛细管电泳系统建立一种能够同时检测7种鼠传病原体的多重PCR检测方法.方法 应用微生物数据分析云平台(https://analysis.mypathogen.org/)中“special marker gene”工作流,筛选恙虫病东方体、嗜吞噬细胞无形体、莫氏立克次体、土拉弗朗西斯菌、贝氏柯克斯体、问号钩端螺旋体和巴尔通体特异基因,据此设计引物.根据温度转换PCR原理构建特异性嵌合引物,建立多重PCR反应体系,应用QIAxcel毛细管电泳系统对扩增产物进行检测,评价该体系灵敏度、特异性和可重复性.通过对模拟样品和野外样品进行检测,评价该方法对样品的检测能力.结果 特异性检测显示,每种病原体扩增均只出现单一目的条带,无交叉反应;多引物单模板灵敏度检测限为11～76拷贝/μl,多引物多模板灵敏度检测限为20～200拷贝/μl.经样品检测显示,多重PCR法检测能力与单重实时荧光定量PCR法相当,优于普通单重PCR法.结论 运用QIAxcel毛细管电泳系统成功建立鼠传病原体多重PCR检测方法,可同时高效、快速检出7种病原体,为相关鼠传疾病的诊断、监测和流行病学调查提供有效手段.