目的 建立基于TaqMan探针的非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)E301R基因荧光定量PCR(fluo-rescent quantitative polymerase chain reaction,qPCR)检测方法,并进行验证,以期应用于临床样本中ASFV的检测.方法 通过对ASFVE301R基因序列进行分析,选择基因保守区设计特异性引物和TaqMan探针.PCR扩增E301R基因片段,克隆至pCAGGS载体,构建质粒标准品,建立基于TaqMan探针的qPCR检测方法,并验证方法的线性范围、精密性、特异性、敏感性及准确性.采用建立的方法检测92份临床样本,并与商品化ASFV荧光PCR试剂盒检测结果进行比较.另采用建立的方法对E301R基因转录动力学进行分析.结果 质粒标准品在1.6×(101～108)拷贝/μL范围内,与Ct呈良好的线性关系,线性回归方程为:y=-3.239 x+40.774,R2=0.994;重复性及中间精密性验证CV均＜2％;除 ASFV外,猪瘟病毒(classical swine fever virus,CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and re-spiratory syndrome virus,PRRSV)、伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV)及猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)均未出现扩增曲线;最低可稳定检出1.6× 101拷贝/μL的质粒标准品;浓度为1.6× 102和1.6× 101拷贝/μL质粒标准品的加标回收率在90％～110％之间.建立的方法与商品化ASFV荧光PCR试剂盒对92份临床样本检测结果的符合率为96.7％(Kappa=0.932,P=1.000).E301R基因可能为ASFV感染的中期转录基因.结论 建立的基于TaqMan探针的qPCR检测方法具有良好的精密性、特异性、敏感性及准确性,可用于临床样本中ASFV的检测.

目的:分析普雷沃菌(Prevotella)致肺脓肿鉴定诊断和治疗思路。方法:选择我院收治的1例肺脓肿患者，经厌氧培养，采用全自动微生物质谱检测系统Autof ms1000 、16S核糖体DNA (ribosomal DNA, rDNA)基因序列分析、胸腔脓液、宏基因二代测序(metagenomic nextgeneration sequencing, mNGS)明确病原菌，进行文献复习。结果:采用全自动微生物质谱检测系统Autof ms1000鉴定菌株为普雷沃菌，16S rDNA基因序列分析显示解肝素普雷沃菌(NR044633.1) 98.517%, mNGS明确病原菌为普雷沃氏菌属26%，梭杆菌属13%，棒杆菌属7%。予哌拉西林钠舒巴坦钠3 g联合奥硝唑0.5 g/d二次静点抗感染，症状明显好转，无发热，无咳嗽咳痰，复查胸部CT右下肺高密度影基本吸收。结论:普雷沃菌是一种条件致病厌氧菌，多发生在机会性感染，易误诊漏诊，建议尽早进行mNGS明确病原体。经典微生物培养联合宏基因二代测序技术可提高肺部感染性疾病的病原微生物检出率，为精准抗菌治疗提供临床依据。

目的 利用紫色色杆菌(Chromobacterium violaceum)的转氨酶(CV2025)基因序列构建重组质粒pET-28a-CV2025,并在大肠埃希菌(Escherichia coli,E.coli)中进行原核表达.方法 将CV2025基因序列与pET-28a(+)载体连接,构建重组质粒pET-28a-CV2025,转化E.coliTOP10中进行阳性克隆子筛选,经双酶切及测序验证后,转化E.coli BL21(DE3)和Rosetta,诱导表达目的蛋白;将重组菌28a-CV2025-BL21活化后接种2TY液体培养基,IPTG诱导表达制备粗酶液后,以异丙胺为氨基供体,1-(4-甲氧苯基)乙酮、邻氟苯乙酮、苯乙酮为氨基受体,采用薄层色谱法监测反应,初步检验转氨酶活性,高效液相色谱法进行进一步分析.结果 重组质粒pET-28a-CV2025经双酶切及测序鉴定证明构建正确;重组菌28a-CV2025-BL21、28a-CV2025-Rosetta的表达产物均可见相对分子质量约51 000的目的蛋白条带,且28a-CV2025-BL21表达的蛋白大部分以可溶性形式存在;酶液催化后,1-(4-甲氧苯基)乙酮与异丙胺发生转氨基化反应,生成对应的手性胺1-(4-甲氧苯基)乙胺,具有一定的催化活性.结论 在E.coli中成功表达了CV2025,初步检验上清中可溶性蛋白具有酶活性,为后期转氨酶的分离、纯化以及增强产物转化率奠定了基础.

[目的]利用线粒体基因组序列数据分析缘蝽科(Coreidae)亚科间的系统发育.[方法]使用高通量测序对4种缘蝽(纹须同缘蝽Honoeocerus striicornis、广腹同缘蝽H.dilatatus、宽棘缘蝽Cletus schmidti和褐莫缘蝽Molipteryx fuliginosa)进行低覆盖度全基因组测序;从获得的全基因组测序数据中重建线粒体基因组全序列;联合已经公布的缘蝽科3个亚科32个种的线粒体基因组序列(作为内群)以及蛛缘蝽科(Alydidae)中的3个种的线粒体基因组序列(作为外群),分别采用最大似然法和贝叶斯法重建缘蝽科亚科间的系统发育.[结果]纹须同缘蝽、广腹同缘蝽、宽棘缘蝽和褐莫缘蝽线粒体基因组(GenBank登录号:OR702557-OR702560)的长度分别为15 706,15 913,17 685和16 959 bp,新获得的这4种缘蝽线粒体基因组的基因排列方式与典型的昆虫线粒体基因组一致,没有基因重排等特殊的基因组织结构;此外,这4种缘蝽线粒体基因组的全基因组序列、蛋白质编码基因、rRNA基因和tRNA基因序列都具有较高的A+T含量(≥70％).最大似然法和贝叶斯法重建的缘蝽科系统发育树具有大体相同的拓扑结构;所有结果都支持缘蝽亚科(Coreinae)为单系群,缘蝽亚科与希缘蝽亚科(Hydarinae)互为姐妹群.[结论]本研究利用线粒体基因组数据重建了缘蝽科亚科间的系统发育,结果支持缘蝽亚科为单系群,缘蝽亚科与希缘蝽亚科互为姐妹群.本研究为进一步在系统发生框架内探讨缘蝽科的系统演化提供了线粒体系统发育基因组学数据.

目的:对云南省2022年一例流感样病例的咽拭子分离得到的柯萨奇病毒B组5型（coxsackievirus B5，CVB5）病毒株进行全基因组测序，并分析其遗传进化、基因突变和重组特征。方法:通过人宫颈癌细胞培养获得病毒分离株，应用全基因组测序技术对分离株进行病毒基因序列测定，采用MEGA、RDP4及SimPlot软件，解析病毒基因组学特征。结果:分离株YN-01/CHN/2022与2株广东CVB5流行株核苷酸同源性为96.6%，属GⅠ.C1分支，与国内大多其他CVB5流行株相似度低（≤90.3%），揭示国内CVB5流行株间基因组差异较大。该分离株VP1序列存在2个特有的氨基酸突变（T246A和T275A），但其95位氨基酸未发生改变。基因重组分析显示YN-01/CHN/2022可能为重组株，重组位点发生在P1区VP4（940）和P2区2A（3 540）。结论:本研究分离株YN-01/CHN/2022属于CVB5 GⅠ.C1基因型，存在特异的核苷酸分歧，也证实了CVB5基因组有重组现象发生。该数据提示增强CVB5分子流行病学研究工作，持续追踪病毒进化规律，不断提高相关疾病防控工作的精准性。

目的:了解河南省急性呼吸道感染(ARI)病例中人副流感病毒3型(HPIV3)血凝素-神经氨酸酶(HN)的基因特征。方法:对河南省漯河市采集的严重急性呼吸道感染(SARI)病例标本和郑州市采集的流感样病例(ILI)标本进行人副流感病毒(HPIVs)核酸检测，HPIV3检测阳性标本使用RT-PCR法进行HN基因扩增并测序，使用CExpress以及MEGA7.0软件进行序列编辑、进化树构建和基因特征分析。结果:漯河市和郑州市共采集ARI咽拭子标本374份，其中HPIV3核酸检测阳性标本20份(5.3%)，对阳性标本进行靶基因扩增后获得18条序列，经分析全部为C3亚群，其中有16条序列为C3f基因型，有2条序列为C3a基因型。18株HPIV3的HN基因序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.6%~100.0%和99.3%~100.0%，与原株型Wash/47885/57相比差异较大，发生了12处共同的氨基酸突变，其中H295Y、I391V、D556N和I53T是功能相关突变位点。与流行株China/BCH4210A/2014相比同源性较高，未发生共同的氨基酸突变，未发现新的功能相关突变位点。结论:河南省近年流行的HPIV3为C3亚型的C3f和C3a分支，可能建立了本土循环流行。应对HPIV3的C3亚型进行持续深入的监测，为防控HPIV3相关疾病提供科学依据。

目的:了解深圳市2018年登革热疫情的流行病学特征和流行毒株的基因分型。方法:采用描述性流行病学方法分析2018年深圳市登革热疫情，采集患者血液标本，采用胶体金免疫层析法检测血清特异性IgM、IgG抗体，采用实时荧光定量聚合酶链反应进行病原学检测和基因型别鉴定。采用反转录聚合酶链反应扩增登革病毒 E基因序列，与不同国家和地区的登革热流行毒株进行同源性比较和进化树分析。 结果:2018年1月1日至12月31日，深圳市累计报告登革热234例，发病率为1.87/10万，本地病例144例(61.54%)，输入病例90例(38.46%)，以东南亚国家及深圳市周边城市输入为主。发病时间集中在8月至11月，共202例(86.32%)。以20～50岁中青年患者为主(195例，83.33%)。登革病毒1型(dengue virus type 1，DENV-1)占86.01%(166/193)，登革病毒2型(dengue virus type 2，DENV-2)占10.36%(20/193)，登革病毒3型占2.59%(5/193)，登革病毒4型占1.04%(2/193)，且本地病例均为DENV-1感染。24株DENV-1毒株与HAWAII45毒株 E基因核苷酸同源性为93.0%～94.6%，氨基酸同源性为96.6%～97.2%。其中23株为基因Ⅰ亚型；1株为基因Ⅳ亚型，为深圳市首次报道的输入性病例。6株DENV-2毒株与国际标准株NGC株 E基因核苷酸同源性为93.1%～93.9%，氨基酸同源性为97.0%～97.8%。其中2株为Cosmopolitan亚型；4株为Asian Ⅰ亚型，为深圳市首次报道。 结论:2018年深圳市登革热流行具有本地传播与输入传播并存的特点，主要流行为DENV-1，推测主要流行株由东南亚国家及深圳市周边城市输入，应加强关注出现地方性登革热流行的趋势。

目的:探讨人类白细胞抗原G 3′非翻译区（human leucocyte antigen-g 3′ untranslated region，HLA-G 3′ UTR）基因单核苷酸多态性以及单倍型在不明原因复发性流产患者中的分布情况及可能的预测作用。方法:采用病例对照研究。选择2017年6月至2018年7月温州市中医院70例不明原因复发性流产（unexplained recurrent spontaneous abortion，URSA）妊娠患者（病例组）以及54例产前检查健康妇女（对照组），采集外周全血和血清。离心柱法提取外周全血基因DNA，PCR扩增HLA-G 3′UTR DNA。Sanger测序法测得基因序列并进行基因分型。SHEsis在线软件分析单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）位点等位基因和基因型的频率，比较分析对照组和病例组的分布差异。Phase软件构建单倍型。ELISA检测血清可溶性HLA-G（soluble human leucocyte antigen-G，sHLA-G）浓度。两组间SNP位点基因型及单倍型比较采用χ 2检验，两组sHLA-G浓度比较采用 t检验。 结果:URSA组和对照组均检测出8个多态性位点，包括14bp ins/del、+3003C/T、+3010G/C、+3027A/C、+3035C/T、+3142C/G、+3187A/G及+3196C/G，均符合哈迪-温伯格平衡（Hardy-Weinberg，H-W）检验平衡检验，比较分析显示+3010G/C、+3142C/G、+3187A/G三个位点在两组间的分布差异有统计学意义（χ 2=8.514， P=0.004；χ 2=0.552， P=0.021；χ 2=8.183， P=0.005）。携带+3010C等位基因、+3142G等位基因患病风险相对较高（ OR=2.131，95 %CI=1.278~3.552，χ 2=8.514， P=0.004； OR=1.813，95 %CI=1.091~3.013，χ 2=0.552， P=0.021）；携带+3187G等位基因患病风险相对较低（ OR=0.476，95 %CI=0.285~0.794，χ 2=8.183， P=0.005）。8个位点紧密连锁，单倍型分析显示UTR-1（DTGCCCGC）可能是URSA的保护因素（ OR=0.497，95 %CI=0.295~0.837，χ 2=6.987， P=0.008），UTR-3（DTCCCGAC）可能是URSA的危险因素（ OR=1.732，95 %CI=1.009~2.974，χ 2=3.998， P=0.045）。UTR-1/UTR-1纯合子频率在URSA患者中显著低于健康妊娠人群（ OR=0.381，95 %CI=0.165~0.879，χ 2=5.292， P=0.024），可能是URSA的一个保护因素。未发现血清sHLA-G与HLA-G 3′UTR基因单倍型的关联性（ t=1.578， P=0.119）。 结论:HLA-G 3′UTR基因多态性及单倍型与URSA具有一定相关性，可能为临床诊疗和预测提供依据。

目的:分析北京市献血人群筛查中发现的1例HIV-1独特型重组毒株的基因结构和重组特点。方法:基于2018年北京市血液筛查时发现的1例HIV核酸阳性抗体阴性的样本，提取病毒RNA并逆转录为cDNA，用近末端稀释法分两段扩增病毒近全长基因组并测定序列。运用RIP、jpHMM和SimPlot3.5软件进行重组分析，同时采用MEGA7软件构建Neighbor-joining系统进化树对该毒株的同源关系进行分析。结果:共获得长度为8 792 bp的HIV-1近全长基因序列，分析表明该序列由CRF01_AE和CRF07_BC重组片段组成。与Los Alamos HIV Database （www.hiv.lanl.gov/content/index）中收录的全长序列相比该毒株具有3个独特的重组断点，分4个重组片段，分别是ICRF01_AE（790~6035，HXB2），IICRF07_BC（6036~8586，HXB2），IIICRF01_AE（8587~8828，HXB2）和IVCRF07_BC（8829~9411，HXB2）。其中ICRF01_AE区域属于CRF01_AE的C4簇；IICRF07_BC区域属于CRF07_BC的CRF07BC_N簇。结论:1例参与献血的HIV核酸阳性而抗体阴性的感染者携带的毒株具有新型独特的重组模式，提示需要加强监测献血人群中HIV毒株的流行情况，为保障安全用血提供科学数据。

目的:分析中国汉族人群短串联重复序列(STR) D13S317基因座等位基因多态性，发现及鉴定中国人群中 D13S317基因座新的STR三带型等位基因，排除非特异性扩增及侧翼序列基因变异产生的三带型等位基因，研究新的三带型等位基因序列特征及遗传方式。 方法:选取2017年10月17日至2018年12月28日于广东深光法医物证司法鉴定所进行鉴定的378例样本为研究对象。常规采用GlobalFiler? Express试剂盒作STR基因分型初检，对疑似三带型等位基因的家系采用PowerPlex ? 21试剂盒作STR基因分型复检，复检后采用分子克隆测序技术排除引物结合区及侧翼序列基因变异产生的三带型等位基因的可能。 结果:初检共计检出6个 D13S317等位基因，基因频率分布特征分别是8(29.1%)、9(13.1%)、10(15.21%)、11(24.21%)、12(13.89%)和13(3.44%)；其中有1个家系中先证者的 D13S317基因座疑似为三带型等位基因(8、9、10)。复检与初检结果一致。先证者及其女儿 D13S317基因座分子克隆测序分析未发现引物结合区及侧翼序列有基因变异，确认先证者 D13S317基因座为三带型等位基因。 结论:在中国人群中确认了1例 D13S317基因座2型三带型等位基因(8、9、10)，该三带型等位基因未遗传给女性子一代，并首次被国际STRBase数据库收录。