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基于PLUS-InVEST模型的渭河流域生态系统碳储量评估及多情景预测
编辑人员丨5天前
土地利用变化是导致碳储量变化的主要原因,对未来土地利用变化进行多情景预测并探究其对碳储量的影响,对于维持区域碳平衡具有重要意义.近年来,在自然和人为政策的共同作用下,渭河流域土地利用变化显著,碳储量也相应发生变化.本研究基于PLUS-InVEST模型,评估并预测了渭河流域生态系统碳储量时空变化,探究土地利用变化对碳储量的影响.结果表明:2000-2020年,渭河流域土地利用分布格局变化不大,土地利用变化呈现"耕地面积减少而其余土地利用类型面积增加"的特点,耕地向建设用地转换以及耕地、林地、草地的相互转换是渭河流域土地利用类型转换的主要方式.渭河流域碳储量呈上升趋势,共增加15.31x106t,碳储量高值区分布呈"东北片状-西部散点状-中南部带状",低值区分布在下游关中平原城市群.2030年4种情景下渭河流域碳储量较2020年均有所增加,经济发展情景增加最少,生态保护情景增加最多,不同情景的碳储量空间差异主要体现在上游耕地、林地和草地的分布交错地带.研究结果可为渭河流域土地利用管理决策以及碳储量的提升提供数据支撑.
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编辑人员丨5天前
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血浆致动脉硬化指数对不同年龄急性缺血性脑卒中血管内介入治疗短期预后的评估
编辑人员丨5天前
目的 探讨血浆致动脉硬化指数(AIP)对不同年龄段急性缺血性脑卒中(AIS)患者血管内介入治疗短期预后的评估作用.方法 筛选2020年1月至2022年12月在临沂市人民医院进行血管内介入治疗的AIS患者,根据年龄和AIP将患者分为低AIP中青年组(A组,50例),高AIP中青年组(B组,81例),低AIP老年组(C组,131例),高AIP老年组(D组,100例),以AIP为短期预后预测因子进行分析.结果 四组年龄、血糖、高血压病史、收缩压、入院NHISS评分、TC、TG、HDL-C、LDL-C、白蛋白、AIP比较差异有统计学意义(P<0.05).A组、B组、C组、D组预后良好率分别为62.0%、40.7%、42.7%、38.0%,四组比较差异有统计学意义(x2=8.465,P=0.037),两两比较,B、C、D组的预后良好率低于A组,差异有统计学意义(P<0.05).AIP和低入院NHISS评分是AIS患者预后良好的保护性因素(P<0.05).AIP预测患者短期不良预后的最佳预测临界值为0.01,灵敏度为66.20%,特异度为51.30%,曲线下面积为0.61 1.结论 AIP是AIS患者血管内介入治疗短期预后的独立影响因素,有一定的临床应用价值.
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编辑人员丨5天前
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白细胞介素33、13在宫颈癌中的表达及其预测预后价值
编辑人员丨5天前
目的 探讨白介素33(interleukin-33,IL-33)和白介素13(interleukin-13,IL-13)在宫颈癌患者中的表达情况及其预测预后的价值.方法 选取2020年1月至2022年1月收治于新疆医科大学第一附属医院的40例宫颈癌患者的宫颈组织,同时选取30例子宫肌瘤经宫颈癌筛查为阴性的患者的宫颈组织为对照,使用免疫组织化学(IHC)和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术比较两组宫颈组织中IL-33和IL-13的表达情况;另外收集99例宫颈癌患者(宫颈癌组)及50例正常健康个体(对照组)的血清样本,使用酶联免疫吸附法(ELISA)检测两组血清样本中IL-33和IL-13的表达情况,进一步通过利用String数据库和Person相关性分析评估IL-33 和IL-13的关系.接下来根据提供宫颈癌组织的40例宫颈癌患者的15个月生存结局将其分为生存组(22例)和死亡组(18例),再根据提供血清样本的99例宫颈癌患者的18个月生存结局将其分为生存组(59例)和死亡组(40例),使用Kaplan-Meier生存曲线和log-Rank检验方法进行生存分析;最后比较两组数据并进行二元Logistic回归分析和受试者工作特征(ROC)曲线的绘制.结果 ①免疫组化结果显示,宫颈癌组织中IL-33 和IL-13呈阳性表达,其MOD值高于正常宫颈组织(P<0.05);qRT-PCR结果显示,IL-33和IL-13的相对mRNA表达显著高于对照组(P<0.001).②ELISA结果显示,宫颈癌患者血清中的IL-33和IL-13明显高于正常健康个体(P<0.001).String数据库显示IL-33和IL-13有相互作用;Person相关性分析显示IL-33与IL-13 呈正相关(P<0.05,r=0.6382).③ 二元Logistic回归分析显示肿块≥4 cm、PRL、IL-33和IL-13增高是宫颈癌患者死亡的独立危险因素(均P<0.05).④ROC分析显示IL-33和IL-13预测宫颈癌患者生存结局的曲线下面积(AUC)分别为0.842、0.899;最佳截断值为31.385 pg/mL、10.772 pg/mL.结论 无论是宫颈癌患者组织中还是血清中,IL-33和IL-13均呈现高表达,且其有助于预测宫颈癌患者预后,为临床开展治疗提供依据.
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编辑人员丨5天前
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基于机器学习的利用药物标签信息定量预测药物-药物相互作用
编辑人员丨5天前
目的 用现有药代动力学(PK)药物相互作用(DDI)信息的数据库,构建出可用于预测AUC倍数变化(FC)的机器学习模型,用于探究对现有DDI预测的可能,为临床用药提供一定的合理建议.方法 从美国食品药品监督管理局(FDA)认证的药品标签中提取DDI的PK数据和AUC倍数变化的数据.通过DrugBank检索出DDI有关的多肽和药效学(PD)信息,用蛋白质资源(UniProt)对相关多肽ID进行药物类型(PPDT)标识,用矩阵归一化的代码生成便于分析的多维向量数据.PPDT对AUC的影响和所产生的倍数变化作为因变量,进行机器学习模型构建.用均方根误差(RMES)值最小的模型进行模型构建,训练出袋装决策树(Bagged)预测模型.利用训练好的模型对部分药物检验,检测模型的预测性别.通过查阅现有的有关检测DDI对的文献研究结果,对预测值进行分析比较,对模型进行评价.结果 检验模型药物对共16对,分别为16种药物对他克莫司的影响,发现对DDI的有无预测准确率为81.25%;预测结果根据FDA标准分类强弱,结果表明,DDI强弱预测,偏离较大的预测较少.结论 模型预测DDI的有无评价一般;但对DDI的强弱分类后,对DDI的预测结果较好,预测结果说明模型预测性能对于在临床试验之前进行潜在的DDI评估具有一定的参考价值.
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编辑人员丨5天前
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桃红四物汤对缺血性脑卒中损伤后微小RNA的影响
编辑人员丨5天前
目的 研究桃红四物汤(Taohong Siwu Decoction,THSWD)对缺血性脑卒中的微小RNA(microRNA,miR-NA)表达谱的影响,探讨THSWD治疗缺血性脑卒中的分子机制.方法 建立大脑中动脉闭塞(middle cerebral artery occlusion,MCAO)诱导的局灶性脑缺血大鼠模型,采用单细胞RNA测序技术检测THSWD治疗后MCAO大鼠miRNA表达谱.采用GO和KEGG富集分析方法分析miRNA作用于靶基因的功能.对表达差异显著的miRNA进行RT-qPCR实验验证.结果 THSWD干预后,MCAO大鼠脑梗死区有13个miRNA表达发生变化,其中6个miRNA表达上调,7个miRNA表达下调.利用miRanda进行预测,确定了这13个miRNA的靶基因,构建了miRNA-mRNA网络,通过RT-qPCR验证了其中6个差异表达的miRNA(rno-miR-653-5 p、rno-miR-216 b-5 p、rno-miR-3547、rno-miR-217-5p、rno-miR-758-3p和rno-miR-223-3p).结论 THSWD可以通过逆转某些miRNA的异常表达来治疗缺血性脑卒中.
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编辑人员丨5天前
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葛根素调控CENPA抑制膀胱癌细胞增殖的机制研究
编辑人员丨5天前
目的:探索葛根素抑制膀胱癌(bladder cancer,BLCA)T24及5637细胞系的作用机制.方法:利用Cell Counting Kit-8(CCK-8)检测法证实葛根素抑制BLCA T24及5637细胞的能力.通过串联质谱标签(Tandem Mass Tags,TMT)技术获得差异表达蛋白列表,并进行功能富集分析.通过生物信息分析筛选关键蛋白并对其进行表达分析、生存分析和上游转录因子预测.分子对接及Western blotting实验用于上游转录因子的验证.结果:CCK-8检测结果显示葛根素对T24和5637细胞系的IC50分别为218 μmol·L-1和198 μmol·L-1.功能富集分析显示差异表达蛋白主要富集在细胞周期和DNA复制通路.筛选出的关键蛋白为CDK1、CCNB1和PLK1.CHEA3网站预测关键蛋白上游转录因子为着丝粒蛋A(centromere protein A,CENPA.分子对接显示葛根素与 CENPA 的结合能为-6.3 kcal·mol-1(1 cal=4.184 0 J),Western blotting显示葛根素可显著降低CENPA的表达.结论:葛根素可能通过抑制CENPA的表达来影响蛋白CCNB1和PLK1,从而调控BLCA细胞的细胞周期或DNA复制以抑制其增殖.
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编辑人员丨5天前
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铁死亡相关基因影响肝细胞癌肿瘤微环境及预后风险研究
编辑人员丨5天前
目的:通过生物信息学方法,揭示肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的异质性,探讨铁死亡相关基因与HCC肿瘤微环境(tumor microenvironment,TME)的关系,并构建基于铁死亡相关基因的预后模型,为预防HCC患者复发提供新的思路.方法:基于TCGA数据库和NODE数据库,利用非负矩阵分解聚类分析鉴定分子亚型,通过ESTIMATE算法和CIBERSORT算法用于构建免疫评分,利用Cox回归进行拟合风险评估模型并计算风险得分,并基于风险得分及临床信息构建列线图,利用体外实验验证mRNA的表达水平.结果:HCC的异质性体现为两种不同铁死亡相关的免疫分子亚型,其免疫评分差异显著(P<0.001).筛选出G6PD、KIF20A、RRM2和TXN四个最佳候选铁死亡相关基因,并进行拟合构建风险评估模型,列线图对HCC患者的复发具有良好的预测能力.体外实验提示四个最佳候选基因均在人肝癌细胞表达水平增高(P<0.05).结论:HCC可分为两种分子亚型,分子亚型与HCC的复发有关,铁死亡在TME中可能起着关键作用.四个铁死亡相关基因可能是预防HCC复发的潜在因素,预后模型对HCC复发有一定的预测价值.
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编辑人员丨5天前
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基于网络稳健性和数据挖掘的痿病核心方药筛选与评价
编辑人员丨5天前
对治疗痿病的古籍验方和名医验案进行挖掘,获得中医治疗痿病的核心组方,并加以筛选与评价,为中医优势病种的新药开发提供示范.通过检索治疗痿病的古籍验方和名医验案中所含方药,建立痿病方药数据库,利用中医传承计算平台对古籍验方和名医验案的用药规律进行挖掘分析;基于网络稳健性中药药效预测平台计算获得古籍验方和名医验案核心组方的干扰分值.在此基础上,将古籍验方、名医验案、计算分析的结果进行综合评判,最终确定聚类获得的核心组方的开发优先等级.结果显示,古籍验方和名医验案用药多倾向于补虚、活血化瘀、清热和解表类,尤以温性和甘味药为主,主要归属脾、肝、肾经.古籍验方和名医验案聚类分析获得的核心组方通过网络稳健性分析显示,古籍验方组合1对疾病网络的扰动作用最强,综合评价显示具有最优的开发潜力.中医治疗痿病均重视脾、肝、肾、肺的调理,补虚的同时辅以清热、活血化瘀和解表类药物,获得的古籍验方组合1提示具有最优的潜在开发价值,形成的"古籍验方-名医验案-计算分析"整合策略可用于中药新药候选处方的筛选.
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编辑人员丨5天前
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射干麻黄汤与定喘汤治疗支气管哮喘寒热证候的药理学分析
编辑人员丨5天前
目的 分析射干麻黄汤与定喘汤治疗支气管哮喘寒热证候的机制差异.方法 用中药系统药理学数据库与分析平台分别筛选射干麻黄汤与定喘汤中各组成药物的有效成分及作用靶点.通过基因与疾病关联数据库和人类基因信息数据库获取支气管哮喘对应的基因靶点,分别筛选射干麻黄汤与冷哮、定喘汤与热哮的核心作用靶点及成分,并用网络分析在线平台进行网络拓扑分析,通过在R软件中用"org.Hs.eg.db"软件包进行基因本体(GO)与京都基因组百科全书(KEGG)功能富集分析,预测其不同作用机制,并用Autodock Vina软件对核心活性成分和核心靶点进行分子对接技术分析验证.结果 射干麻黄汤药物活性成分130个,定喘汤药物活性成分236个,相同活性成分54个.在与支气管哮喘相关靶点中,射干麻黄汤有52个潜在治疗靶点,定喘汤有45个潜在靶点.GO与KEGG分析显示:射干麻黄汤与定喘汤在血小板活化、脂肪细胞因子信号通路、酒精性肝病、瞬时受体电位通道的炎症介质调节、炎症性肠病、心肌细胞中的肾上腺素能信号、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B等信号通路等存在差异.射干麻黄汤中核心化合物鸢尾甲黄素9CI、鸢尾甲黄素A与定喘汤中核心化合物花生四烯酸、甘草查尔酮A等存在差异;定喘汤治疗热哮与射干麻黄汤治疗冷哮药物作用机制在信号转导与转录活化因子3(STAT3)、辣椒素受体(TRPV1)与Ras同源基因(RHO)靶点存在差异.结论 2种中药方剂调节哮喘寒热证候引起的不同分子和生物过程反映了冷哮和热哮2种中医证候之间的生物学差异.
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编辑人员丨5天前
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中国中老年人胰岛素抵抗代谢评分与心血管代谢性共病发病风险的队列研究
编辑人员丨5天前
目的 本研究探索中国中老年人胰岛素抵抗代谢评分(METS-IR)与心血管代谢性共病发病(Cardiometabolic multimorbidity,CMM)风险的关联.方法 基于人群的队列研究,本研究使用中国健康与养老纵向研究(CHARLS)的数据,在2011-2018年对中国45岁或以上居民进行了调查.Cox比例风险模型被用于计算METS-IR与新发CMM的关联的风险比(HR)和95%可信区间(CI),并在不同人群中进行分层分析,观察协变量与METS-IR的交互作用,应用限制性立方样条观察在不同体重人群中METS-IR与新发CMM的剂量反应关系.构建受试者工作特征(ROC)曲线,分析METS-IR对CMM发病风险的预测价值.结果 本研究共纳入5 349名研究对象,CMM发病率为2.08%,在调整所有纳入的协变量后,METS-IR作为连续变量与CMM发病风险呈正相关(HR:1.07,95%CI:1.05~1.09,P<0.001).作为分类变量,METS-IR最高组与CMM发病风险仍呈正相关(HR:3.47,95%CI:2.06~5.84,P<0.001).在全参与者(P for overall<0.001)、正常体重(P for overall=0.022)和超重肥胖(P for overall=0.008)人群中 METS-IR与CMM发病风险仍存在线性关系.METS-IR对CMM发病风险具有一定的预测能力(AUC:0.651,95%CI:0.598~0.704).结论 METS-IR与中老年人群新发CMM风险增加存在正向关联,在正常体重或超重肥胖人群中都应该持续关注,从而减少CMM的风险.
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编辑人员丨5天前
