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基于加权基因共表达网络分析筛选儿童神经母细胞瘤中MYCN扩增相关基因
编辑人员丨4天前
目的:通过生物信息学分析探究儿童神经母细胞瘤中与MYCN(N-myc)基因相关的共表达基因。方法:下载TARGET数据库神经母细胞瘤表达数据共179例,WGCNA分析筛选MYCN扩增共表达基因模块;针对目标基因模块个基因行GO、KEGG富集分析筛选MYCN扩增相关基因可能参与生物过程及信号通路;以MYCN扩增状态将神经母细胞瘤表达数据分为扩增组65例、非扩增组114例,行差异表达基因分析;筛选的差异表达基因同MYCN扩增相关基因取交集后运用K-M法行生存分析(log-rank检验),筛选预后相关基因,Logistics回归探究MYCN扩增状态同预后基因的关系。结果:WGCNA分析提示MEgreenyellow模块同MYCN基因扩增状态相关性最强( R=0.46, P<0.05),为共表达基因,包含基因1 216个,富集分析提示MYCN扩增共表达基因多参与RNA相关通路(RNA的转运、剪切、修饰,RNA相关酶的活性等过程);差异表达基因分析显示,MYCN扩增组相较于非扩增组,基因表达上调47个,表达下调123个;WGCNA分析同差异表达基因取交集筛选出22个关键基因,行生存分析显示同预后相关的基因( P<0.05)有12个,其中DDX1与其他关键基因相关性相对较弱,或为神经母细胞瘤独立预后因素。 结论:LINC00839、ATP结合盒亚家族C4(ABCC4)、亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP +依赖)2(MTHFD2)、磷酸甘油酸脱氢酶(PHGDH)、序列相似性家族13 A(FAM11A)、磷酸丝氨酸转氨酶1 (PSAT1)、假尿苷酸合酶7(PUS7)、DEAD-box解旋酶1(DDX1)、溶质载体有机阴离子转运蛋白家族5A1(SLCO5A1)、Junctophilin 1(JPH1)、溶质载体家族16 1(SLC16A1)、MYCN Opposite Strand(MYCNOS)为神经母细胞瘤中MYCN扩增的共表达基因,与较差的预后相关,是神经母细胞瘤潜在的治疗靶点及预后指标。
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编辑人员丨4天前
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MTHFR基因变异致儿童高同型半胱氨酸血症15例分析
编辑人员丨4天前
回顾性分析2015年11月至2021年9月就诊于杭州市儿童医院及上海交通大学医学院附属新华医院的MTHFR基因变异致高同型半胱氨酸血症患儿的主要临床表现、生化代谢指标、基因变异及治疗等资料。共纳入15例患儿,其中男10例,女5例,起病年龄6 d~18岁,确诊年龄40 d~18岁。新生儿筛查确诊病例1例,余14例均为发病后基因诊断。主要表现为喂养困难、肌张力减退、癫痫、发育迟缓。所有患儿血同型半胱氨酸水平均升高,治疗前后血同型半胱氨酸分别为(151.46±57.44)μmol/L及(69.96±32.88)μmol/L,治疗后较治疗前显著下降,差异有统计学意义( P<0.001)。治疗前血蛋氨酸水平为9.40(6.20,11.96)μmol/L,较参考范围正常或略下降,治疗后蛋氨酸均恢复至正常。共检出MTHFR基因变异19种,6种为未报道变异、13种为已知变异。其中最常见变异为c.1316C>T(p.L439P)(16.6%,5/30)。所有患儿存在不同程度的神经系统损害,7例经甜菜碱及亚叶酸等代谢干预治疗后好转,8例出现发育落后,1例仍癫痫发作频繁。MTHFR基因变异致高同型半胱氨酸血症患儿临床表现异质性大,早发型及基因纯合变异多预后不良,血同型半胱氨酸、血氨基酸和基因检测有助于早期诊断。
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编辑人员丨4天前
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青春期发病的亚甲基四氢叶酸还原酶缺乏症9例分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨青春期发病的亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)缺乏症的诊断和治疗策略。方法:回顾性病例分析。以2016年1月至2022年12月于北京大学第一医院确诊并随访1年以上的9例青春期发病的MTHFR缺乏症患儿为研究对象,总结患儿的临床表现、生化代谢特点、头颅影像学异常、MTHFR基因变异、诊断、治疗及转归。结果:9例患儿来自8个家庭,男8例、女1例,发病年龄8.0~17.0岁,确诊年龄9.0~17.5岁。其中2例为同胞兄弟,兄长17.0岁时出现步态异常,弟弟15.0岁时诊断并开始治疗,截至18.0岁尚无症状。8例有症状患儿的主要表现为进行性运动障碍,下肢痉挛性瘫痪,伴或不伴智力倒退、认知障碍及行为异常。9例患儿共检出15种MTHFR基因变异,其中8种为新变异。5例患儿存在头颅影像学异常。所有患儿血清总同型半胱氨酸中重度升高(65~221 μmol/L),予甜菜碱、亚叶酸钙治疗后明显下降(20~70 μmol/L),精神行为及认知问题均显著好转,8例患儿遗留下肢运动障碍。结论:晚发型MTHFR缺乏症可在青春期发病,临床缺乏特异性,易被延误诊断,血清总同型半胱氨酸测定经济方便,应作为筛查技术。发现8种MTHFR基因新变异,患儿治疗后病情显著改善,症状前治疗可预防脑损伤。
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编辑人员丨4天前
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散发性颅内动脉瘤与亚甲基四氢叶酸还原酶基因多态性的相关性
编辑人员丨4天前
目的:探讨亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)基因多态性与散发性颅内动脉瘤(SIA)的相关性。方法:选取2019年1月至2021年5月郑州大学第一附属医院收治的SIA患者120例(病例组),同时选取同期治疗的非SIA患者156例(对照组),比较两组患者C677T和A1298C位点基因型和等位基因分布以及不同基因型患者SIA分布、形态、破裂、大小及数量的差异。组间比较采用独立样本 t检验、 χ2检验、Kruskal-Wallis H非参数检验,并采用Logistic分析MTHFR基因多态性与SIA特征的相关性。 结果:两组患者的MTHFR C677T位点基因型和等位基因频率比较有统计学意义( t/ χ2=13.703、11.016, P<0.05),但A1298C位点差异无统计学意义( t/ χ2=2.851、1.560, P>0.05);MTHFR C677T位点CT+TT基因型{比值比( OR)[95%可信区间( CI)]=1.792(1.107~2.900), P<0.05}及T等位基因[ OR(95% CI)=1.775(1.216~2.593), P<0.05]是SIA的独立危险因素;C677T位点CT+TT基因型是SIA病灶增大[ OR(95% CI)=3.077(1.376~6.880), P<0.05]和多发[ OR(95% CI)=2.946(1.337~6.490), P<0.05]的危险因素。 结论:SIA发病与MTHFR C677T位点多态性明显相关,与MTHFR A1298C位点多态性无关。
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编辑人员丨4天前
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适龄期孕妇复发性流产与亚甲基四氢叶酸还原酶、纤溶酶原激活物抑制物1基因多态性及血清叶酸浓度关系的研究
编辑人员丨4天前
目的:探讨适龄期妇女复发性流产(recurrent spontaneous abortion, RSA)与叶酸代谢基因亚甲基四氢叶酸还原酶(methylene Tetrahydrofolate Reductase, MTHFR)、纤溶酶原激活物抑制物1(plasminogen activator inhibitor-1,PAI-1)基因多态性的相关性及不同MTHFR基因型患者服用不同剂量叶酸后血清浓度的差别。方法:采用前瞻性病例对照研究,选取2019年1月至2021年6月安徽省宣城市人民医院妇产科就诊的110例既往有RSA史、此次妊娠≤12周的孕妇纳入RSA组,无流产史者100例纳入对照组。分别抽取静脉血后,检测受试者MTHFR基因C677T位点、A1298C位点及PAI-1位点多态性及血清叶酸含量。呈正态分布的计量资料组间的比较采用 t检验,计数资料采用χ 2检验,采用Logistic回归分析进行多因素分析。 结果:RSA组和对照组受试者MTHFR C677T[CC:21.62%(24/111)与51.00%(51/100),TT:28.83%(32/111)与12%(12/100)]及等位基因[C:46.40%(103/222)与69.50%(139/200),T:53.60%(119/222)与30.50%(61/200)]、PAI-1基因型[5G5G:22.52%(25/111)与48.00%(48/100),4G4G:44.14%(49/111)与16.00%(16/100)]及等位基因[5G:39.19%(87/222)与66.00%(132/200),4G:60.81%(135/222)与34.00%(68/200)]频率分布比较,差异均有统计学意义(χ 2分别为21.82、22.96及23.51、30.30; P值均<0.001)。经Logistic分析MTHFR C677T( OR=0.477,95% CI 0.303~0.750)、PAI-1基因型( OR=0.451,95% CI 0.306~0.665)与RSA关系密切( P值分别为0.001、<0.001)。而两组受试者MTHFR A1298C基因型及等位基因差异无统计学意义( P值分别为0.270、0.149)。补充相同剂量叶酸时,两组叶酸血清浓度比较差异无统计学意义(0.4 mg叶酸时 P=0.355;≥0.8 mg时 P=0.786)。 结论:适龄期妇女RSA的发生可能与MTHFR C677T及PAI-1基因的突变有关,与MTHFR A1298C位点的突变可能无关。
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编辑人员丨4天前
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MTHFR基因C677T多态性、高半胱氨酸与成都地区汉族人群急性缺血性卒中患者早期神经功能恶化的相关性
编辑人员丨4天前
目的:探讨亚甲基四氢叶酸还原酶(methylenetetrahydrofolate reductase, MTHFR)基因多态性与成都地区汉族人群急性缺血性卒中患者早期神经功能恶化(early neurological deterioration, END)的相关性,以及与其他传统危险因素的交互效应。方法:前瞻性连续纳入2017年1月至2019年6月期间成都市第三人民医院神经内科收治的汉族急性缺血性卒中患者,采用候选基因关联研究方法,以MTHFR基因C677T多态性位点为遗传标记,分析END与MTHFR基因多态性的相关性,同时分析基因-END传统危险因素的交互作用。结果:共纳入434例急性缺血性卒中患者,其中129例发生END(29.7%)。多变量 logistic回归分析显示,入院高血糖[优势比(odds ratio, OR)2.410,95%置信区间(confidence interval, CI)1.436~4.046; P=0.001]、高同型半胱氨酸血症( OR 2.570,95% CI 1.229~5.376; P=0.012)以及中至重度神经功能缺损[定义为基线美国国立卫生研究院卒中量表评分>5分]( OR 2.158,95% CI 1.337~3.484; P=0.002)与END独立相关。C677T多态性与END存在相关性,TT基因型( OR 1.710,95% CI 1.021~2.863; P=0.042)和A等位基因( OR 1.583,95% CI 1.181~2.121; P=0.002)可显著增高END风险。交互作用分析显示,C677T多态性与入院高血糖、饮酒和中至重度神经功能缺损之间具有交互效应,交互作用有可能增高END风险,但尚未达到统计学意义( OR 1.237,95% CI 0.227~6.734; P=0.806)。 结论:MTHFR基因C677T多态性和高同型半胱氨酸血症与成都地区汉族人群急性缺血性卒中患者的END相关。
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编辑人员丨4天前
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亚甲基四氢叶酸还原酶和纤溶酶原激活剂抑制物1基因多态性与结直肠癌术后下肢深静脉血栓形成的关系
编辑人员丨4天前
目的:分析亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)和纤溶酶原激活剂抑制物1(PAI-1)基因多态性与结直肠癌术后下肢深静脉血栓(DVT)形成的关系。方法:回顾性分析2020年2月至2023年2月于张家口市第一医院行手术治疗的100例结直肠癌患者的临床资料,根据术后有无发生下肢DVT分为DVT组20例和非DVT组80例,采用聚合酶链反应方法检测MTHFR基因C677T位点多态性和PAI-1启动子4G/5G基因多态性,采用Logistic回归分析MTHFR基因C677T位点基因多态性和PAI-1启动子4G/5G基因多态性与结直肠癌术后下肢DVT的关系。结果:DVT组MTHFR基因C677T位点TT基因频率及T等位基因频率高于非DVT组[65.00%(13/20)比25.00%(20/80)和80.00%(32/40)比38.75%(62/160)],CC基因频率及C等位基因频率低于非DVT组[5.00%(1/20)比47.50%(38/80)和20.00%(8/40)比61.25%(98/160)],差异有统计学意义( P<0.05),两组CT基因频率比较差异无统计学意义( P>0.05);DVT组PAI-1基因4G/4G基因频率及4G等位基因频率高于非DVT组[50.00%(10/20)比21.25%(17/80)和67.50%(27/40)比38.75%(62/160)],5G/5G基因频率及5G等位基因频率低于非DVT组[15.00%(3/20)比43.75%(35/80)和32.50%(13/40)比61.25%(98/160)],差异有统计学意义( P<0.05),两组4G/5G基因频率比较差异无统计学意义( P>0.05);DVT组MTHFR C677T位点TT基因型联合PAI-1启动子4G/4G基因型分布频率高于非DVT组[55.00%(11/20)比22.50%(18/80)],差异有统计学意义( P<0.05)。多因素Logistic回归分析显示,MTHFR C677T位点TT基因型( OR = 1.499,95% CI 1.201 ~ 1.871)、PAI-1启动子4G/4G基因型( OR = 1.471,95% CI 1.170 ~ 1.850)及MTHFR C677T位点TT基因型联合PAI-1启动子4G/4G基因型( OR = 1.592,95% CI 1.258 ~ 2.014)是结直肠癌术后下肢DVT的危险因素( P<0.05)。 结论:MTHFR C677T位点TT基因型和PAI-1启动子4G/4G基因型与结直肠癌术后下肢DVT形成密切相关,且同时携带有基因型TT型和4G/4G型者发生下肢DVT的风险更高。
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编辑人员丨4天前
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亚甲基四氢叶酸脱氢酶2是异质性细胞叠套结构形成的负调控分子
编辑人员丨2024/8/17
异质性细胞叠套结构(heterotypic cell-in-cell structure,heCICs)介导独特的非自主性细胞死亡,广泛参与肿瘤发生、发展和临床预后等多种重要的病理学过程.亚甲基四氢叶酸脱氢酶2(methylenetetrahydrofolata dehydrogenase 2,MTHFD2)作为一碳代谢的关键酶之一,在多种肿瘤细胞中高表达.在本研究中,为了探究MTHFD2对heCICs形成能力的影响,首先应用活细胞染料对肝癌细胞和免疫细胞分别进行标记,利用荧光显微镜对细胞进行拍摄分析建立heCICs模型.进一步通过RNAi技术瞬时敲低细胞中的MTHFD2,结果显示,MTHFD2敲低后,PLC/PRF/5和Hep3B分别与免疫细胞形成heCICs的能力显著升高(均P<0.01).通过同源重组方法构建MTHFD2重组表达质粒,进一步构建MTHFD2过表达细胞系;将过表达细胞系与免疫细胞共培养检测MTHFD2过表达对heCICs形成能力的影响,结果显示,过表达MTHFD2后heCICs形成率显著降低(均P<0.001).综上,本研究表明,MTHFD2是heCICs形成的负调控因子,为靶向MTHFD2促进heCICs形成增强免疫细胞胞内杀伤提供了研究基础.
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编辑人员丨2024/8/17
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普通叶酸与活性叶酸补充对于MTHFR 677TT型不明原因反复流产患者红细胞叶酸水平的影响
编辑人员丨2024/8/10
目的·研究普通叶酸与活性叶酸补充对亚甲基四氢叶酸还原酶(methylenetetrahydrofolate reductase,MTHFR)677TT型不明原因反复流产(unexplained recurrent pregnancy loss,URPL)患者红细胞叶酸水平的影响.方法·选取2021年1-12月于北京大学第三医院生殖医学中心就诊的MTHFR 677TT型URPL患者45例.按照叶酸补充方式将其分为3组,包括A组16例(研究开始前尚未接受任何形式的叶酸补充,研究开始后进行活性叶酸补充),B组15例(研究开始前进行过普通叶酸的补充,研究开始后进行活性叶酸补充),以及C组14例(研究开始前进行过普通叶酸的补充,研究开始后进行普通叶酸与活性叶酸联合补充).分别于入组时(第一次)、入组补充后(第二次)对3组患者的红细胞5-甲基四氢叶酸(5-methyltetrahydrofolate,5-MTHF)浓度进行检测,并开展比较.结果·在3组患者中,任意2组的第一次红细胞5-MTHF浓度间差异均无统计学意义.与第一次红细胞5-MTHF浓度相比,3组患者的第二次红细胞5-MTHF浓度均有提高(均P=0.000),且B组患者的红细胞5-MTHF浓度的增幅高于A组(t=2.373,P=0.049),但与C组间差异无统计学意义.结论·与补充普通叶酸相比,补充活性叶酸可以更好地在短时间内提高MTHFR 677TT型URPL患者的红细胞叶酸水平.
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编辑人员丨2024/8/10
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二仙汤对迟发性抑郁症模型大鼠脑组织脉络丛叶酸转运-海马神经发生的影响
编辑人员丨2024/7/6
目的 探讨二仙汤治疗迟发性抑郁症(LOD)的效果及可能作用机制.方法 40只雄性7~8周龄Wistar大鼠分为正常组和青年抑郁组各20只.60只20月龄雄性Wistar大鼠分为衰老组、迟发抑郁组、二仙汤组各20只.青年抑郁组大鼠采用慢性不可预计应激刺激(CUMS)6周建立抑郁模型,迟发抑郁组、二仙汤组衰老大鼠采用CUMS6周建立LOD模型,正常组和衰老组不进行任何干预.造模的同时进行灌胃给药,二仙汤组大鼠给予二仙汤8 g/(kg·d)灌胃,正常组、青年抑郁组、衰老组、迟发抑郁组给予4 ml/(kg·d)纯净水灌胃,各组均给药6周.采用糖水偏爱实验、强迫游泳实验评估大鼠抑郁样行为,旷场实验评价大鼠自发活动能力,T迷宫实验评估大鼠认知功能;Western Blot法检测海马组织神经元核心抗原(NeuN)、巢蛋白、双皮质素(DCX)及脉络丛组织中闭锁小带蛋白1(ZO-1)、叶酸α受体(FRα)、还原型叶酸转运体(RFC)、质子耦合叶酸转运体(PCFT)蛋白表达;采用免疫荧光法检测海马齿状回Ki-67/巢蛋白双阳性细胞数、5-溴脱氧尿嘧啶核苷(BrdU)/DCX双阳性细胞数及脉络丛组织中ZO-1、FRα、RFC、PCFT蛋白表达;ELISA法检测血浆、脑脊液、海马组织中5-甲基四氢叶酸(5-MTHF)含量;采用Pearson相关分析对各组大鼠脑脊液、海马组织中5-MTHF含量与海马组织中巢蛋白、DCX、NeuN蛋白表达进行相关性分析.结果 与正常组比较,青年抑郁组及迟发抑郁组大鼠糖水偏爱度降低,旷场总路程、穿格次数减少,强迫游泳不动时间延长,海马组织NeuN、巢蛋白、DCX蛋白表达均降低,海马齿状回Ki-67/巢蛋白双阳性细胞数、BrdU/DCX双阳性细胞数减少,ZO-1、FRα蛋白表达及荧光强度减少(P<0.05或P<0.01);青年抑郁组大鼠第3、4天及迟发抑郁组大鼠第2~4天T迷宫正确率均明显降低,迟发抑郁组大鼠脑脊液、海马组织中5-MTHF含量明显降低(P<0.05或P<0.01).与青年抑郁组相比,迟发抑郁组大鼠旷场总路程、穿格次数减少,第1~4天T迷宫正确率均显著降低,海马组织NeuN、巢蛋白、DCX蛋白表达及海马齿状回Ki-67/巢蛋白双阳性细胞数、BrdU/DCX双阳性细胞数减少(P<0.05或P<0.01).与迟发抑郁组比较,二仙汤组大鼠糖水偏爱度及旷场总路程、穿格次数均升高,强迫游泳不动时间缩短,第3~4天T迷宫正确率明显升高,海马组织NeuN、巢蛋白、DCX蛋白表达升高,海马齿状回Ki-67/巢蛋白双阳性细胞数、BrdU/DCX双阳性细胞数增加,脑脊液、海马组织中5-MTHF含量明显升高,脉络丛中ZO-1、FRα、RFC、PCFT蛋白表达及荧光强度升高(P<0.05或P<0.01).相关性分析结果显示,脑脊液(r=0.466)和海马组织(r=0.522)中5-MTHF含量与海马组织中巢蛋白表达存在正相关(P<0.05).结论 二仙汤可改善LOD模型大鼠抑郁样行为及认知障碍,其机制可能通过减轻脑组织脉络丛结构损伤,改善脉络丛叶酸转运障碍,从而促进海马神经发生.
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编辑人员丨2024/7/6
