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决明子治疗高脂血症的网络药理学研究及斑马鱼实验验证
编辑人员丨5天前
目的:基于网络药理学探讨决明子治疗高脂血症的作用机制,并通过斑马鱼实验进行验证.方法:在中药分子机制生物信息学注释数据库(BATMAN-TCM)和中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索并筛选决明子活性成分及相关靶点,通过GeneCards、DisGeNET、在线人类孟德尔遗传数据系统(OMIM)检索得到与高脂血症有关的靶点,利用Venny 2.1.0平台获得药物与疾病的共同靶点.使用Cytoscape3.8.2绘制决明子-活性成分-作用靶点网络图,采用String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,将决明子-高脂血症共同靶点通过注释、可视化和集成发现数据库(DAVID)进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.根据网络药理学研究结果,推测橙黄决明素(AO)为决明子降血脂的有效作用成分,在此基础上进行斑马鱼实验验证.以蛋黄液高脂饮食诱导斑马鱼高脂血症模型,造模后给予AO干预,验证AO治疗高脂血症的效果及作用机制.首先进行AO对高脂血症斑马鱼的毒性实验,确定AO最大给药浓度;后续观察AO对高脂血症斑马鱼总胆固醇(TC)、三酰甘油(TG)含量及肝脏组织形态学的影响;采用实时荧光定量PCR检测核心靶点mRNA在高脂血症斑马鱼中的表达.结果:共获得包括AO在内的13个决明子活性成分,决明子作用于高脂血症的潜在靶点109个,包括核心靶点肿瘤坏死因子(TNF)、白介素(IL)-1β、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)、过氧化物酶体增殖物激活受体-γ(PPAR-γ)等,主要涉及IL-17信号通路、TNF信号通路、脂质和动脉粥样硬化相关作用通路等.斑马鱼验证实验结果显示:造模后斑马鱼出现明显的脂质聚积,AO可显著降低高脂血症斑马鱼组织中的TG、TC含量(P<0.05,P<0.01),减少肝脏组织内脂肪空泡和脂滴形成,并可显著下调核心靶点TNF-α、IL-1βmRNA表达(P<0.01).结论:基于网络药理学获得了决明子治疗高脂血症的核心通路与靶点,并通过斑马鱼实验初步揭示AO对高脂血症的改善效果,其机制可能是通过TNF-α、IL-1β等核心靶点发挥治疗作用,旨在为后期研究AO在高脂血症中的临床应用提供参考依据.
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编辑人员丨5天前
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新生儿缺血缺氧性脑病ceRNA调控网络构建分析
编辑人员丨5天前
目的 分析并构建新生儿缺血缺氧性脑病(hypoxic-ischemic encephalopathy,HIE)竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)的调控网络,筛选预测缺血缺氧性脑病诊治的潜在靶点.方法 通过TCGA和GEO数据库获取HIE的非编码RNA高通量测序数据,并进行差异基因分析.根据ceRNA理论构建出circRNA(circular RNA)-miRNA-mRNA网络,进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路和基因本体理论(Gene Ontology,GO)分享,探索和功能注释具有ceRNA潜在功能的circRNA.结果 对GSE121178数据集进行筛选,获得差异circRNAs165个,其中上调59个,下调106个;对GSE181127数据集进行筛选,获得差异miRNAs 63个,其中上调60个,下调3个.用miRecords、miRTarBase、TarBase数据库对获得差异miRNAs进行靶点mRNA预测,并对3个数据库预测结果取交集,共获得11个靶点mRNA(PIK3R1、BACE3、VEGFA、PPP2R2A、LATS2、WDR82、VEZT、TUBA1A、THBS1、SLC7A6、CDK6).经阈值筛选,筛选了10个共表达circRNAs、4个共表达miRNAs和11个共表达mRNAs,构建circRNA-miRNA-mRNA网络.KEGG富集分析显示:HIE涉及的20个交集蛋白在信号通路中,较为靠前的10条信号通路包括T细胞受体信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、FoxO信号通路、ErbB信号通路、胰岛素抵抗、酪氨酸激酶抑制作用、细胞衰老和细胞周期等靶点.说明这些信号通路或与HIE的发生有关.动物实验表明:模型组大鼠神经功能缺损评分高于空白组(P<0.001).模型组miR-31-5p的mRNA表达水平明显低于空白组(P<0.05),模型组中miR-520g-3p,miR-30a-5p,miR-29a-3p表达水平明显高于空白组(P<0.05);WB显示,模型组中CDK6、THBS1和TUBA1的表达水平明显高于空白组(P<0.05),模型组中VEZT和WDR82的表达水平明显低于空白组(P<0.05).结论 构建了HIE的circRNA-miRNA-mRNA调控网络,找到了疾病的潜在治疗靶点,为HIE的诊治提供了新方向.
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编辑人员丨5天前
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基于GEO数据库呼吸机相关性肺损伤小鼠基因芯片数据的生物信息学分析及关键基因验证
编辑人员丨5天前
目的:利用生物信息学方法挖掘呼吸机相关性肺损伤(VILI)小鼠的差异表达基因(DEG),并通过构建VILI小鼠模型对关键基因进行验证。方法:①实验1(生物信息学分析):从基因表达数据库(GEO)下载VILI与自主呼吸对照组小鼠的肺组织基因芯片数据GSE9368和GSE11662,通过统计分析获得DEG,运用韦恩图获得两个数据的共同DEG,然后使用DAVID在线数据库对共同DEG进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科(KEGG)通路富集分析,最后利用基因与蛋白质相互作用检索在线数据库(STRING)对共同DEG进行基因编码蛋白相互作用(PPI)分析,并运用CytoScape软件、分子复合物检测分析插件(MCODE),以及CytoHubba插件中最大团中心性(MCC)、最大邻居连通度(MNC)与度(degree)算法进行拓扑分析,筛选出关键基因。②实验2(相关基因编码蛋白验证):构建C57BL/6小鼠大潮气量(20 mL/kg)VILI模型,并设自主呼吸对照组。取小鼠肺组织进行苏木素-伊红(HE)染色,观察肺组织病理学改变;并对实验1中筛选出的关键基因编码蛋白进行免疫组化验证。结果:①实验1结果:GSE9368数据中筛选出114个DEG,其中上调99个,下调15个;GSE11662数据中筛选出258个DEG,其中上调188个,下调70个;获得共同DEG 66个,其中上调61个,下调5个。GO功能注释结果表明,共同DEG参与炎症反应、免疫应答、白细胞及中性粒细胞趋化浸润等过程;KEGG通路富集分析提示共同DEG主要富集于细胞黏附、细胞因子-细胞因子受体相互作用及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。通过STRING及CytoScape构建差异基因PPI网络图和重要子模块,并获得拓扑分析MCC、MNC及degree算法得出的交集基因,分别为细胞因子信号转导抑制因子3(SOCS3)、白细胞介素-1β(IL-1β)、基质金属蛋白酶-9(MMP-9)、整合素Itgam、CXC型趋化因子配体2(CXCL2)、CXC型趋化因子受体2(CXCR2)、L-选择素Sell及CC型趋化因子受体1(CCR1)。②实验2结果:构建大潮气量VILI小鼠模型结果显示,与自主呼吸对照组相比,机械通气结束后0 h小鼠肺组织有所损伤;通气结束后6 h肺组织结构受损明显,肺泡腔可见不同程度出血和塌陷,肺泡壁明显增厚,肺泡腔及间质还可见炎症细胞浸润。对拓扑分析交集前3位基因IL-1β、SOCS3、MMP-9的编码蛋白进行免疫组化染色,结果显示,随通气时间延长,小鼠肺组织中IL-1β、SOCS3、MMP-9蛋白表达逐渐上调,6 h时与自主呼吸对照组比较差异均有统计学意义〔IL-1β(积分 A值):8.40±2.67比5.10±0.94,SOCS3(积分 A值):9.74±1.80比5.95±1.31,MMP-9(积分 A值):11.45±6.20比5.36±1.28,均 P<0.05〕。 结论:基于GSE9368和GSE11662数据的生物信息学分析发现,VILI与炎症损伤、细胞因子及免疫细胞浸润相关;IL-1β、SOCS3、MMP-9蛋白可能为VILI生物标志物。
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编辑人员丨5天前
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富里酸干预缺氧诱导人视网膜微血管内皮细胞基因表达谱的MiSeq测序分析
编辑人员丨5天前
目的:观察富里酸(FA)干预缺氧诱导的人视网膜微血管内皮细胞(hRMEC)基因表达谱的MiSeq测序分析结果。方法:体外培养hRMEC,并将其分为缺氧组(缺氧处理)和FA干预组(即缺氧后FA干预)。采用MTT比色法检测不同浓度和不同作用方式的FA对hRMEC活性的影响。选择FA的最佳作用浓度,通过实时荧光定量PCR (RT-PCR)验证FA对缺氧诱导hRMEC中细胞间黏附分子-1 (ICAM-1)、IL-1β、IL-4、IL-6、IL-8、IL-10、MMP-2、TNF-α、TNF-β等炎症因子及炎症相关因子mRNA表达的影响。收集处于对数生长期的缺氧组和FA干预组细胞,应用MiSeq测序技术对两组细胞进行全转录组测序,获得生物学大数据,在此基础上分析差异表达的miRNA;通过基因注释(GO)功能显著性富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路显著性富集分析对差异miRNA的功能及信号通路进行分析。组间炎症因子及炎症相关因子表达比较时,通过miRNA mimic调节细胞中相应miRNA的表达水平,观察其对细胞功能的影响,从而判断该miRNA的作用。结果:不同浓度和不同作用方式的FA对hRMEC的细胞活性无影响。RT-PCT检测结果显示,缺氧组hRMEC中ICAM-1、IL-1β、IL-6和TNF-β的mRNA表达较正常组明显上调,差异有统计学意义( t=3.426、6.011、5.282、6.500 , P=0.027、0.004、0.006、0.003);FA干预组hRMEC中ICAM-1、IL-6、TNF-α和TNF-β的mRNA表达较缺氧组明显下降,差异有统计学意义( t=9.961、3.676、3.613、3.387, P=0.001、0.021、0.023、0.028 )。缺氧组和FA干预组之间共有14个差异表达miRNA,其中上调基因9个,下调基因5个。共4个差异miRNA (hsa-miR-1 285-3p、hsa-miR-30d-3p、hsa-miR-3 170、hsa-miR-7 976)的预测靶基因均为ICAM-1。GO功能显著性富集分析结果显示,差异基因的功能主要富集在细胞发育、细胞分化和单生物发育过程中。KEGG通路显著性富集分析结果显示,差异miRNA表达高度富集的是癌症中蛋白多糖通路和细胞因子-细胞因子受体相互作用通路,差异表达较明显的是花生四烯酸代谢通路和安非他明成瘾性通路。 结论:FA可能通过调控多个miRNA的表达,影响下游ICAM-1 mRNA的表达水平,从而对缺氧刺激hRMEC后细胞的炎性状态产生影响。
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编辑人员丨5天前
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基于生信分析探讨吸烟肺腺癌患者自噬相关基因及其机制
编辑人员丨5天前
目的:探索吸烟肺腺癌组织中和自噬相关联的基因,并确定吸烟导致肺腺癌的潜在的自噬相关因素和预后因素。方法:从GEO数据库下载2个数据集(GSE32863和GSE75037)的基因表达谱,同时下载来自TCGA数据库的吸烟肺腺癌患者的数据集。采用R中的微阵列数据包的线性模型探索来自吸烟的肺腺癌患者的样本与癌旁肺组织之间的差异基因。采用数据库DAVID进行差异基因的富集分析。采用相互作用基因/蛋白质检索的搜索工具和Cytoscape软件获得蛋白质-蛋白质相互作用网络并识别关键基因。此外,构建自噬相关基因和差异基因之间的网络。采用Kaplan-Meier分析总生存率。结果:在GSE32863数据集确定了71个差异基因,在GSE75037数据集确定了641个差异基因,在TCGA数据集中确定了4 070个差异基因。3个数据集的交集显示了52个差异基因,并选择这些数据进行进一步研究。采用GO基因功能注释将52个差异基因分为生物学过程、分子功能和细胞组分3个类别,进行京都基因和基因组百科全书分析。总共有17个差异基因和自噬相关基因密切关联,其中LYVE1、RGCC、FOSB、ETV4、CDC20与自噬基因关联最为密切。LYVE1、CDC20的表达量在吸烟肺腺癌人群和不吸烟肺腺癌中比较,差异均有统计学意义( P值均<0.05),且与肺腺癌患者总生存率相关( P值均<0.05),RGCC、FOSB、ETV4表达量在吸烟肺腺癌人群和不吸烟肺腺癌中比较,差异均无统计学意义( P值均>0.05)。 结论:确定了LYVE1,CDC20为吸烟肺腺癌患者特异性的自噬相关基因。这些基因与患者的预后密切相关,可能为肺腺癌的治疗提供新的靶点。
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编辑人员丨5天前
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非酒精性脂肪性肝病患者血清外泌体miRNAs表达谱的初步分析和功能研究
编辑人员丨5天前
目的:鉴定非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)患者和健康对照组人血清外泌体微小RNAs(microRNAs)差异表达谱,探索miRNAs在NAFLD发病、诊断及治疗中的价值。方法:各取4例人口学特征、个人史相近的S2~3级NAFLD患者和健康对照者进行血清外泌体miRNAs高通量测序,对差异表达最显著的4条miRNAs按S1组、S2~3组、对照(Control)组每组各20例行qRT-PCR验证,并进行靶基因预测,对靶基因进行GO和KEGG富集分析。正态分布的计量资料使用 t检验或方差分析,等级资料和非正态分布资料使用秩和检验,计数资料使用Pearson χ2检验或Fisher精确检验。 结果:初步鉴定出差异有统计学意义( P < 0.05)且差异表达在2倍以上的血清外泌体miRNAs共19条,hsa-miR-122-5p、hsa-miR-146b-5p、hsa-miR-197-3P的相对表达关系为:S2~3组>S1组>Control组,hsa-miR-483-3p的相对表达关系为:NAFLD组(S1或S2~3)>Control组。GO分析显示靶基因在分子功能、细胞组分、生物过程均有广泛的注释,靶基因显著富集的通路共84条,从20条与NAFLD最密切的通路中筛选出与至少10条通路都相关的靶基因共5个,即PIK3R2、AKT2、AKT3、MAPK1、NFKB1。 结论:初步分析了NAFLD患者和健康对照组血清外泌体miRNAs差异表达谱,研究了4条miRNAs对于判断肝脂肪变性程度的价值,预测了数以千计的靶基因及其参与的复杂信号通路,为寻找无创诊断NAFLD的生物标志物和特异性治疗的新靶点提供了新的参考。
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编辑人员丨5天前
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MeCP2诱导的视网膜色素上皮细胞转录组和m6A的改变
编辑人员丨5天前
目的:探讨重组人甲基CpG结合蛋白2(MeCP2)处理的视网膜色素上皮(RPE)细胞中mRNA和N6-甲基腺嘌呤(m6A)改变及其机制。方法:将传代ARPE-19细胞贴壁培养后分为正常对照组和MeCP2组,正常对照组细胞采用正常培养液培养,MeCP2组细胞于含终质量浓度20 ng/ml重组人MeCP2蛋白培养液中,连续培养72 h。提取细胞内总RNA进行转录组测序(RNA-seq)和甲基化免疫共沉淀测序(MeRIP-seq)分析。采用edgeR软件包根据 P<0.05筛选差异表达基因(DEGs)和差异甲基化基因(DMGs)。采用基因本体论(GO)富集分析对差异基因进行生物学功能描述,采用京都基因和基因组百科全书(KEGG)进行通路富集分析。筛选出DEGs与DMGs交集的基因,采用实时荧光定量PCR技术检测各组差异基因mRNA表达水平。 结果:共筛选出DEGs 100个,DMGs 7 441个,富集分析发现DEGs与细胞外基质(ECM)-受体相互作用、细胞分裂、细胞周期和磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路等相关,DMGs与微管细胞骨架、血管生成、表皮生长因子受体(ErbB)信号通路、晚期糖基化终末产物(AGEs)-糖基化终末产物受体(RAGE)信号通路、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)信号通路、Notch信号通路和转化生长因子β(TGF-β)信号通路等相关。DEGs中24个基因表达增加,76个基因表达减少;DMGs中5个基因含有高甲基化峰,7 439个基因含有低甲基化峰,注释峰后,正常对照组有7 626个基因发生m6A甲基化,MeCP2组有8 006个基因发生m6A甲基化,2个组间有7 360个交集基因。正常对照组和MeCP2组的m6A甲基化富集于转录本的CDS、内含子和3'-非翻译区(3'UTR)区域,其甲基化比例分别为23.62%/22.27%、48.53%/48.35%和23.66%/25.28%。联合分析发现2个上皮-间充质转化(EMT)相关基因 CSPG5和 RBP1的mRNA和m6A水平均降低。荧光定量PCR结果显示,MeCP2组 GSPG5、 RBP1、 ZNF484 mRNA相对表达量均明显低于正常对照组,差异均有统计学意义( t=7.885、7.613、7.345,均 P<0.01)。 结论:RPE细胞中MeCP2对EMT的调控机制与m6A甲基化修饰相关。 CSPG5和 RBP1基因可能是m6A甲基化的靶基因,参与MeCP2调控的EMT过程。
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编辑人员丨5天前
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拓扑异构酶ⅡA基因在卵巢癌细胞中的表达与CD4 +T细胞的数量及临床预后的相关性分析
编辑人员丨5天前
目的:分析上皮性卵巢癌中拓扑异构酶Ⅱα(TOP2A)的表达与CD4 +T细胞数量及临床预后的相关性分析。 方法:使用基因信息数据库(GEPIA)、生存分析Kaplan-Meier Plotter和人类蛋白质谱数据库(The Human Protein Atlas)并采用独立样本 t检验和卡方检验研究了TOP2A信使RNA(mRNA)在正常卵巢组织和上皮性卵巢癌(EOC)组织中的表达情况,及与EOC患者Kaplan-Meier生存预后的关联;同时,在基因注释富集数据库中还对TOP2A的共表达基因及其在基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路中的富集情况进行了分析。此外,通过免疫相关分析数据库平台及pearson相关性分析研究了TOP2A基因与CD4 +T细胞及其亚群以及其他免疫细胞之间的关系。 结果:TOP2A在正常卵巢组织和CD4 +T细胞中表达差异无统计学意义(8.60比8.40, t=1.225, P>0.05),但在EOC组织中显著高表达(4.78±2.63比0.44±1.22,|log2FC|>2, P<0.05; χ2=14.548, P<0.05);共表达基因的功能富集涉及在有丝分裂细胞周期、PID-E2F途径和转录调控TP53等,而KEGG主要富集在代谢调节过程、正/负反馈调控生物过程、细胞周期以及细胞的生长发育;TOP2A基因的表达与肿瘤细胞纯度以及CD4 +T细胞和多种免疫细胞的数量显著相关( r=0.123, P<0.05);TOP2A组织中高表达不利于EOC患者的生存预后[40个月比48个月,风险比( HR)=1.21,95%可信区间( CI):1.06~1.38, P<0.05]。但仅有肿瘤微环境浸润CD8 +T细胞数量对EOC患者生存预后有显著影响[ HR=1.40,95%可信区间( CI):0.98~2.02, P<0.05]。 结论:EOC组织中TOP2A mRNA表达与CD4 +T细胞数量呈正相关,且肿瘤浸润CD8 +T细胞的低分布不利于EOC患者的生存预后。
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编辑人员丨5天前
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下调极光激酶B对 CALR突变MARIMO细胞增殖、凋亡的影响及相关基因、信号通路的变化
编辑人员丨5天前
目的:探讨下调极光激酶(AURK)B对 CALR突变MARIMO细胞增殖、凋亡的影响,以及相关基因和信号通路的变化情况。 方法:选择来源于1例68岁 CALR突变阳性骨髓增殖性肿瘤(MPN)女性患者的MARIMO细胞为研究对象。采用慢病毒介导的短发夹RNA(shRNA)转染MARIMO细胞,并根据shRNA不同,将该细胞分为sh-AURKA、sh-AURKB和sh-无关序列对照(CTRL)组。采用倒置荧光显微镜观察各组MARIMO细胞株,采用流式细胞术(FCM)检测其绿色荧光蛋白(GFP)阳性率。通过FCM、5-乙炔基-2′-脱氧尿嘧啶核苷(EdU)/4′,6-二脒基-2-苯基吲哚二盐酸盐(DAPI)染色、Annexin V/PE试剂对sh-AURKB和sh-CTRL组MARIMO细胞增殖、凋亡情况进行分析。采用RNA转录组测序(RNA-Seq)技术分析sh-AURKB和sh-CTRL组MARIMO细胞差异表达基因(DEG)的富集情况,对其进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,筛选显著DEG。通过实时荧光定量-PCR(RT-qPCR)和蛋白质印迹法对DEG的mRNA和蛋白质相对表达水平进行验证。定量资料的2组比较,采用 t检验。3组总体比较,采用单因素方差分析;两两比较,采用最小显著差异(LSD)法。本研究遵循的程序符合2013年修订版《世界医学协会赫尔辛基宣言》要求。 结果:①转染72 h后,sh-AURKB组MARIMO细胞数量较sh-CTRL组减少[ (0.62±0.03)×10 5比(12.44±0.08) ×10 5],差异有统计学意义( t=257.20, P<0.000 1)。与sh-CTRL组相比,sh-AURKB组处于S期的MARIMO细胞比例降低[(33.37±0.75)%比(42.77±0.91)%],处于G2-M期的MARIMO细胞比例增高[(27.83±0.69)%比(17.90±0.40)%],细胞凋亡比例增高[(16.47±0.70)%比(2.75±0.13)%],并且差异均有统计学意义( t=13.83, P=0.000 2; t=23.78, P<0.000 1; t=33.28, P<0.000 1)。② RNA-Seq检测结果显示,与sh-CTRL组相比,sh-AURKB组MARIMO细胞中有2 787个基因表达上调,2 420个基因表达下调。③ sh-AURKB和sh-CTRL组DEG主要注释于细胞内区域、细胞内膜边界细胞器、膜边界细胞器、细胞内细胞器部分、细胞器部分等GO节点。KEGG富集分析结果显示,共89个通路显著富集。对相关通路进一步筛选结果显示,2组显著DEG为 NDUFV1,NPRL2,MAP2K4,CPEB1。④ RT-qPCR结果显示,sh-AURKB组的 NPRL2、MAP2K4、CPEB1mRNA相对表达水平显著低于sh-CTRL组,差异有统计学意义(LSD- t=14.13、9.13、3.10, P<0.000 1、<0.000 1、=0.021)。蛋白质印迹法检测结果显示,与sh-CTRL组相比,sh-AURKB组NDUFV1/GAPDH蛋白条带灰度值比值增高,NPRL2/GAPDH、CPEB1/GAPDH、MAP2K4/GAPDH和p-MAP2K4/GAPDH降低,并且差异均有统计学意义(LSD- t=22.60、12.09、7.48、20.48、8.22, P<0.000 1、<0.000 1、=0.000 3、<0.000 1、=0.000 2)。 结论:AURKB参与 CALR突变MARIMO细胞的增殖、分化及凋亡等过程,而下调AURKB可引起相关基因表达水平发生显著变化。DEG主要富集在细胞代谢、细胞周期及凋亡相关通路。
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编辑人员丨5天前
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lncRNA MIR210HG在子痫前期胎盘组织中的表达及其功能分析
编辑人员丨5天前
目的:研究子痫前期(PE)产妇胎盘组织中长链非编码RNA(lncRNA)的差异表达及其中之一MIR210HG对绒毛膜滋养层细胞系HTR8/SVneo细胞生物学特性的影响,并对MIR210HG进行功能分析。方法:选取2018年7月至2019年7月青岛大学附属医院收治的PE产妇39例(PE组)和同期正常妊娠产妇39例(对照组)。(1)采用转录组测序(RNA-seq)技术分析两组产妇胎盘组织中差异表达的lncRNA;实时荧光定量PCR技术方法检测两组产妇胎盘组织中差异表达的lncRNA之一MIR210HG的表达水平,并分析MIR210HG表达水平与收缩压、舒张压和新生儿出生体重的相关性。(2)构建小分子干扰RNA(siRNA),转染HTR8/SVneo细胞以敲低MIR210HG的表达,实验分为两组,即MIR210HG敲低(KD)组(HTR8/SVneo细胞转染siRNA敲低了MIR210HG的表达)和阴性对照(NC)组(HTR8/SVneo细胞转染NC siRNA),采用活细胞计数(CCK-8)法、穿膜小室(transwell小室)体外实验检测两组HTR8/SVneo细胞增殖和迁移能力的变化。(3)采用RNA相互作用百科全书(ENCORI)数据库预测与MIR210HG相互作用的RNA,并采用基因本体(GO)功能注释、京都基因和基因组百科全书(KEGG)和BioCarta通路富集方法对MIR210HG的功能进行分析。结果:(1)RNA-seq技术共检测出显著差异表达的lncRNA 26个,其中表达上调21个、下调5个。MIR210HG在PE组产妇胎盘组织中的表达水平显著高于对照组(分别为9.30 ±1.90、1.10 ±0.20; t=4.425, P<0.01);MIR210HG的表达水平与收缩压( r2=0.234, P<0.05)和舒张压( r2=0.190, P<0.05)均呈线性正相关关系,与新生儿出生体重呈线性负相关关系( r2=0.157, P<0.05)。(2)与NC组相比,KD组HTR8/SVneo细胞的增殖和迁移能力均显著增强( P均<0.05)。(3)ENCORI数据库分析共预测出可能与MIR210HG相互作用的RNA 38个。GO功能注释分析显示,MIR210HG可能参与免疫应答分子中介物产生的调控等27条通路的功能;KEGG通路富集显示,MIR210HG可能参与同种异体移植物排斥等8条通路的功能;BioCarta通路富集显示,MIR210HG可能参与翻译起始因子通路等8条通路的功能。 结论:lncRNA MIR210HG在PE产妇的胎盘组织中表达上调,降低MIR210HG的表达水平可促进HTR8/SVneo细胞的增殖和迁移,MIR210HG可能是滋养层细胞生物学行为的调节因子。
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编辑人员丨5天前
