目的 分析并构建新生儿缺血缺氧性脑病(hypoxic-ischemic encephalopathy,HIE)竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)的调控网络,筛选预测缺血缺氧性脑病诊治的潜在靶点.方法 通过TCGA和GEO数据库获取HIE的非编码RNA高通量测序数据,并进行差异基因分析.根据ceRNA理论构建出circRNA(circular RNA)-miRNA-mRNA网络,进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路和基因本体理论(Gene Ontology,GO)分享,探索和功能注释具有ceRNA潜在功能的circRNA.结果 对GSE121178数据集进行筛选,获得差异circRNAs165个,其中上调59个,下调106个;对GSE181127数据集进行筛选,获得差异miRNAs 63个,其中上调60个,下调3个.用miRecords、miRTarBase、TarBase数据库对获得差异miRNAs进行靶点mRNA预测,并对3个数据库预测结果取交集,共获得11个靶点mRNA(PIK3R1、BACE3、VEGFA、PPP2R2A、LATS2、WDR82、VEZT、TUBA1A、THBS1、SLC7A6、CDK6).经阈值筛选,筛选了10个共表达circRNAs、4个共表达miRNAs和11个共表达mRNAs,构建circRNA-miRNA-mRNA网络.KEGG富集分析显示:HIE涉及的20个交集蛋白在信号通路中,较为靠前的10条信号通路包括T细胞受体信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、FoxO信号通路、ErbB信号通路、胰岛素抵抗、酪氨酸激酶抑制作用、细胞衰老和细胞周期等靶点.说明这些信号通路或与HIE的发生有关.动物实验表明:模型组大鼠神经功能缺损评分高于空白组(P<0.001).模型组miR-31-5p的mRNA表达水平明显低于空白组(P<0.05),模型组中miR-520g-3p,miR-30a-5p,miR-29a-3p表达水平明显高于空白组(P<0.05);WB显示,模型组中CDK6、THBS1和TUBA1的表达水平明显高于空白组(P<0.05),模型组中VEZT和WDR82的表达水平明显低于空白组(P<0.05).结论 构建了HIE的circRNA-miRNA-mRNA调控网络,找到了疾病的潜在治疗靶点,为HIE的诊治提供了新方向.

目的:探讨动力蛋白轻链LC8-1型(DYNLL1)在肺腺癌(LUAD)中的表达、作用机制和临床价值。方法:本研究为实验研究。从TCGA数据库中收集539例LUAD组织和59例癌旁正常肺组织的DYNLL1 mRNA测序数据，收集GTEx数据库中的正常肺组织样本增加对照样本量(共347例正常肺组织)。收集LUAD患者的临床特征包括年龄、性别、吸烟史、TNM分期和临床分期。选取2020年1月至2022年12月于河北省胸科医院行手术切除的40例LUAD患者为研究对象，收集手术过程中切除的LUAD组织和癌旁正常肺组织用于免疫组织化学检测DYNLL1蛋白表达。通过最小 P值法确定DYNLL1的高表达组和低表达组。采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线，分析DYNLL1表达对LUAD患者总生存期(OS)、疾病特异性生存期和无进展生存期的影响。采用单因素和多因素Cox回归分析LUAD患者OS的影响因素。通过GEPIA基因表达谱动态分析数据库获取LUAD中与DYNLL1显著相关的前100个基因的表达情况，并进行基因本体论(GO)和京都基因和基因组数据库(KEGG)富集分析，进一步通过FunRich软件进行功能富集分析。应用TIMER数据库对DYNLL1进行免疫浸润分析和泛癌中的表达分析。通过TCGA数据库中LUAD的表达数据分析DYNLL1表达与甲基转移酶的关系。通过DiseaseMeth version 2.0在线数据库对DYNLL1在LUAD组织中的甲基化水平进行分析。利用MEXPRESS在线数据库分析DYNLL1相关甲基化位点。使用String数据库分析DYNLL1的蛋白质-蛋白质相互作用。 结果:相比正常组织，DYNLL1 mRNA在多种实体肿瘤组织中均高表达(均 P<0.05)。TCGA数据库、TCGA和GTEx数据库中，LUAD组织的DYNLL1 mRNA水平均高于正常肺组织(均 P<0.05)。免疫组织化学检测显示，DYNLL1主要定位于细胞质或细胞核。DYNLL1蛋白在LUAD组织中的高表达率高于癌旁正常肺组织[80.0%(32/40)比40.0%(16/40)， χ2＝13.33， P<0.001)]。男性、T分期为T2＋T3＋T4期、N分期为N1＋N2＋N3期、临床分期为Ⅲ期＋Ⅳ期LUAD患者的DYNLL1 mRNA表达水平高于女性、T分期为T1期、N分期为N0期、临床分期为Ⅰ期＋Ⅱ期患者(均 P<0.01)。DYNLL1高表达组和低表达组的总体生存曲线、疾病特异性生存曲线和无进展生存曲线显示，低表达组的生存状态均优于高表达组( HR分别为1.902、1.863、1.662，均 P<0.001)。多因素Cox回归分析显示DYNLL1是LUAD患者OS的影响因素( HR＝1.467，95% CI：1.041～2.068， P＝0.029)。GO富集分析、KEGG富集分析和FunRich软件功能富集分析显示，DYNLL1可能通过调节细胞周期调控LUAD的发生发展。DYNLL1 mRNA表达与B淋巴细胞( r＝－0.261， P<0.001)、CD8 ＋ T淋巴细胞( r＝0.105， P＝0.020)、CD4 ＋ T淋巴细胞( r＝－0.137， P＝0.002)和树突状细胞( r＝－0.178， P<0.001)具有相关性，与CD19、CD1C、CD2、CD3E、CD4、CD79A、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DQB1、HLA-DRA、ITGAX和NRP1具有相关性。3种甲基转移酶(DNMT1、DNMT3A和DNMT3B)在高表达组和低表达组之间的差异均有统计学意义。LUAD组织中DYNLL1甲基化水平高于正常肺组织( P＝0.007)。在DYNLL1的DNA序列中发现了6个甲基化位点。与DYNLL1相互作用的蛋白质包括DYNLRB1、BCL2L11、DYNC1I2、DYNC1I1、WDR34、DYNLT1、DYNC1H1、WDR60、STRN4和MOB4。 结论:DYNLL1在LUAD组织中高表达，可能通过调节细胞周期、参与免疫细胞浸润过程和甲基化等对LUAD的发生发展产生影响，与患者的不良预后密切相关。

卡尔曼综合征(Kallmann syndrome, KS)是特发性低促性腺性性腺功能减退症(idiopathic hypogonadotropic hypogonadism, IHH)的一种亚型，表现为青春期发育延迟，第二性征不发育，伴随嗅觉减退或消失。目前已发现超过40个基因与IHH的发病有关，而且还不断有新的基因位点被发现，同时，双基因突变或寡基因突变被认为是IHH的重要致病机制。不同基因突变导致的KS/IHH的临床表型复杂多样，对治疗的反应也各异。本文报道1例由WDR11和PROKR2基因的复合双基因杂合突变导致的KS的临床资料和治疗经过，其中PROKR2基因是经典的KS致病基因，而WDR11基因是KS致病基因中较新的类型，本文回顾总结了文献中携带WDR11基因突变的病例特点。

Kallmann综合征(Kallmann syndrome,KS)是一种罕见的伴有嗅觉缺失的先天性促性腺功能低下疾病,呈家族性或散发性发病,具有明显的遗传异质性.目前只有KAL1、FGFR1、PROKR2、PROK2、CHD7以及FGF8被鉴定为KS致病基因,但只能解释25％ ～ 30％的KS病例.对WDR11、NELF、HS6ST1、DUSP6、SPYR4、IL17RD、SEMA3A、HESX1等KS的候选基因研究较少.文章就以上kallmann候选基因的研究进展进行综述.

借助基因芯片获取慢性酒精中毒大鼠海马相关基因的表达数据集,通过生物信息学的分析方法对差异表达基因进行筛选与分析.从分子水平揭示慢性酒精中毒对大鼠大脑海马体的影响,为慢性酒精中毒的损伤机制以及相关疾病发病机制的基础研究与临床治疗提供新的方向.同时,还通过Y迷宫实验对实验大鼠的学习记忆功能进行了检测,借助电镜拍摄其线粒体.结果 显示,我们一共筛选出208个差异表达基因,其中51个表达上调,157个表达下调.其中涉及的主要信号通路有氧化磷酸化通路、D-谷氨酰胺和谷氨酸代谢通路、阿尔茨海默病信号通路、帕金森病信号通路、膀胱癌信号通路、B细胞受体信号通路和亨廷顿病信号通路等.由此我们得出结论,慢性酒精中毒可能影响了海马多个基因的表达,其中包括Rpsa、Wdr31、Rps11、Rps9、Ndufa2、Mrto4、Rpl6、Dap3、Ndufb8、Ndufb6、Ephb2、Cox6c、Prkcd、Rela、Raf1、Ubd、Mrps28、Mrpl35等关键基因,进而损伤了电子传递链复合体Ⅰ,最终损伤线粒体,导致大鼠学习记忆能力的损伤.

目的 通过研究三阴性乳腺癌(TNBC)患者中的免疫微环境细胞浸润情况,从免疫微环境层面对TNBC患者的预后进行分析,提出新的TNBC免疫预后相关生物学标志物并描述其在TNBC中的生物学过程,为临床治疗TNBC提供新的治疗靶点.方法 检索GEO TNBC相关公开数据库并下载样本的转录组学信息,通过CIBERSORT分析TNBC患者的免疫细胞成分,再通过无监督聚类对TNBC患者的免疫细胞成分进行聚类,寻找最佳的分类类型.采用差异基因分析探索TNBC中表达量异常的基因;通过lasso-logistic模型进行降维筛选免疫亚型的生物标志物;通过WGCNA进行基因共表达分析,并通过GSEA分析基因模块的主要富集的通路注释其参与的生物学过程.结果 通过整理下载的GSE103091数据,共纳入包含mRNA数据和完整总生存数据TNBC患者100例,其免疫细胞成分可分两类:低免疫浸润组43例,其中转移19例(44.2％);高免疫浸润组57例,其中转移11例(19.3％),两组转移患者比例差异有统计学意义(χ2=6.09,P=0.01).低免疫浸润主要受到正向免疫调节相关通路和细胞刺激因子相关通路的调控,患者总生存较低,预后不良.通过Lasso-Logistic迭代特征选取算法分析发现,FOLH1、WDR18、LINC00638、OAS3、SETDB2可以很好地代表TNBC的免疫亚型,并且发现FOLH1、WDR18、LINC00638、OAS3、SETDB2可以作为预测TNBC患者预后的关键基因.结论 在TNBC患者中FOLH1、WDR18、LINC00638、OAS3、SETDB2是重要的预后相关基因,并且通过T细胞激活等免疫调节相关通路影响患者预后.

目的:本研究旨在讨论富含鸟嘌呤的序列结合因子1(G-rich RNA sequence binding factor 1,GRSF1)在结肠癌组织中的表达水平及其与临床病理特征和预后的关系.方法:从基因表达综合数据库(GEO,包括GSE39582、GSE110225、GSE113513三个数据集)以及癌症基因组图谱(TCGA)中下载相关数据,收集565例结肠癌组织的基因表达谱以及相关临床数据,利用Graphpad prism 5分析GRSF1在结肠癌与癌旁组织中的表达情况,并将其分为GRSF1低表达组(n=396)及GRSF1高表达组(n=169).利用IBM SPSS Sta-tistics 25对样本中GRSF1基因表达数据及对应的临床信息进行统计分析.计量资料和计数资料的组间比较分别采用t检验和χ2检验;生存分析采用log-rank检验;生存资料单因素及多因素分析采用Cox比例风险模型.利用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)预测GRSF1可能的相关功能及基因通路.结果:TCGA、CPTAC及GEO数据库分析提示,与正常组织相比,结肠癌组织GRSF1的mRNA及蛋白表达水平显著高于癌旁组织(P<0.0001).GRSF1表达水平与T分期(χ2=5.797,P=0.016)、M分期(χ2=7.365,P=0.007)、N分期(χ2=6.664,P=0.010)、临床TNM分期(χ2=4.264,P=0.039)有关,GRSF1高表达组总生存率及无复发生存率显著高于GRSF1低表达组(P=0.031,P=0.039).Cox单因素分析结果显示,结肠癌患者预后和GRSF1表达水平(P=0.001)、T分期(P=0.002)、M分期(P=0.000)、N分期(P=0.000)、临床TNM分期(P=0.000)相关;Cox多因素分析结果显示,结肠癌患者预后与GRSF1表达水平(P=0.033)、T分期(P=0.012)、M分期(P=0.000)、临床TNM分期(P=0.023)相关.基因相互作用分析热图提示,与GRSF1正相关的基因中,EIF4E(r=0.8542)、LARP1B(r=0.8476)、ABCE1(r=0.8430)、SRP72(r=0.8395)、MRPL1(r=0.8293)关联较为密切(P<0.0001,FDR<0.0001);与GRSF1负相关的基因中,RAB11B(r=-0.7274)、E4F1(r=-0.7157),KLHL36(r=-0.7109)、CORO1B(r=-0.7095)、WDR24(r=-0.7040)关联较为密切(P<0.0001,FDR<0.0001).基因富集分析结果显示,GRSF1高表达样本富集于核糖体构成(P=0.000,FDR=0.000)、RNA催化活性(P=0.000,FDR=0.000)、氧化磷酸化(P=0.000,FDR=0.000)等基因集.结论:GRSF1高表达与结肠癌患者预后不良相关,可作为结肠癌患者判断预后、早期诊断的潜在生物标志物以及早期治疗的分子靶点.

目的 探究敲低WD重复结构域12(WDR12)对小鼠精原细胞(GC-1)的影响.方法 利用脂质体转染法将针对WDR12的shRNA编码克隆(shWDR12)及阴性对照的EGFP质粒转染细胞后,Western blot和Q-PCR检测细胞中WDR12表达量;CCK-8试剂盒检测细胞增殖情况;TUNEL试剂盒染色检测细胞凋亡情况;Q-PCR检测细胞中核糖体蛋白基因的差异表达.结果 与转染阴性对照质粒的细胞相比,转染shWDR12的细胞检测结果显示成功降低了GC-1细胞中WDR12的表达(P<0.01);WDR12敲低的GC-1细胞增殖被抑制;TUNEL染色结果显示WDR12敲低后凋亡细胞数量增多;转染shWDR12后细胞内核糖体相关蛋白基因[核糖体蛋白S3(RPS3)(P<0.05)、核糖体蛋白L11(RPL11)(P<0.01)、核糖体蛋白S15(RPS15)(P<0.05)以及核糖体蛋白L31(RPL31)(P>0.05)]的表达量下降.结论 转染shWDR12能有效敲低GC-1细胞中WDR12的表达,WDR12表达的降低导致GC-1细胞出现增殖能力下降、凋亡数量增多及核糖体相关蛋白基因表达下调.

目的 基于基因表达谱芯片数据,综合采用生物信息学研究方法,挖掘与严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)感染相关的差异表达基因(DEGs)和信号通路,构建分子相互作用网络并分析关键基因的功能.方法 在NCBI-GEO数据库中筛选SARS-CoV-2感染相关的表达谱数据集,使用GEO2R分析并筛选DEGs,采用DAVID富集并分析相关的信号通路,通过STRING数据库构建、分析分子相互作用网络信息及功能,筛选其关键子网络,对关键基因进行功能注释.使用GEPIA2数据库评估相关基因在易感染SARS-CoV-2的癌症患者中的潜在临床价值.结果 对GSE156544数据集进行分析,筛选并获得59个与SARS-CoV-2感染显著相关的DEGs,对其进行功能富集和信号通路分析,成功构建分子互作网络模型,获得1个关键互作子网络和21个hub基因(NOP58、NOL6、CIRH1A、HEATR1、PDCD11、BMS1、NOP56、NHP2L1、WDR36、TBL3、BOP1、DCAF13、DKC1、UTP18、BYSL、IMP4、NOP14、FBL、KRR1、RRP9、MPHOSPH10).结论 细胞外基质受体相互作用以及核糖体的生物合成与SARS-CoV-2感染显著相关.此外,对于易感染SARS-CoV-2的癌症患者,NOP56、NHP2L1、FBL可能是具有良好应用前景的基因靶点.