目的:研究转录激活因子6（ATF6）与需肌醇酶1-X-框结合蛋白1（IRE1-XBP1）在氧糖剥夺/复氧（OGD/R）损伤小鼠海马神经元（HT22）细胞中的交互作用。方法:复制OGD/R损伤HT22细胞模型，观察OGD/R后不同时间点（0、3、6、12、24 h）内质网应激（ERS）、细胞活性和凋亡的变化。将对数生长期的HT22细胞分为空白对照组、对照+ATF6激动剂AA147组、对照+IRE1抑制剂4μ8c组、OGD/R模型组、OGD/R+AA147组、OGD/R+4μ8c组（AA147组和4μ8c组于全程添加10 μmol/L AA147或16 μmol/L 4μ8c）。采用蛋白质免疫印迹试验（Western blotting）检测各组HT22细胞ERS相关蛋白〔葡萄糖调节蛋白78（GRP78）、磷酸化需肌醇酶1（p-IRE1）、磷酸化真核细胞翻译起始因子2α（p-eIF2α）〕以及凋亡相关蛋白Bcl-2、Bax、天冬氨酸特异性半胱氨酸蛋白酶3（caspase-3）、活化caspase-3的表达；采用实时荧光定量聚合酶链反应（RT-qPCR）检测ERS相关基因以及ATF6〔同型半胱氨酸内质网应激泛素样结构域1（Herpud1）、蛋白二硫键异构酶家族成员4（Pdia4）、Lin-12样抑制子/增强子（Sel1L）〕和剪接型X-框结合蛋白1〔XBP1s，包括DnaJ热休克蛋白成员B9（Erdj4）、Sec24相关基因家族成员D（Sec24d）、信号受体序列3（Ssr3）〕介导的转录反应相关基因的mRNA表达；采用细胞增殖与毒性检测试剂盒（CCK-8）检测细胞活性；采用免疫荧光法检测活化caspase-3表达。结果:与空白对照组比较，ERS相关蛋白p-IRE1和p-eIF2α的蛋白表达量分别在OGD/R 12 h、OGD/R 3 h升高（p-IRE1/β-actin：2.09±0.10比1.00±0.00，p-eIF2α/β-actin：1.39±0.11比1.00±0.00，均 P<0.01），ERS相关基因ATF6、XBP1s、非剪接型X-框结合蛋白1（XBP1u）、转录激活因子4（ATF4）、CCAAT/增强子结合蛋白同源蛋白（CHOP）的mRNA表达量在OGD/R后不同时间点也明显升高，表明ERS在OGD/R作用的HT22细胞中被激活。与OGD/R模型组比较，OGD/R+AA147组p-IRE1蛋白表达量无改变，但XBP1s和XBP1u的mRNA表达量明显下降〔XBP1s（2 -ΔΔCt）：0.76（0.71，0.92）比1.13（1.03，1.29），XBP1u（2 -ΔΔCt）：0.29±0.05比0.52±0.04，均 P<0.01〕，而XBP1s介导的转录反应相关基因表达量无明显改变。与OGD/R模型组比较，在使用4μ8c后短链ATF6（sATF6）和GRP78的蛋白表达量无明显改变，ATF6介导的转录反应相关基因的mRNA也无明显改变。提示ATF6的激活能抑制XBP1s和XBP1u的mRNA表达，但ATF6与XBP1s介导的转录反应无交互作用。与空白对照组比较，HT22细胞活性在OGD/R 3 h时显著降低〔（44.64±5.12）%比（99.13±5.76）%， P<0.01〕，凋亡相关蛋白Bax/Bcl-2比值和活化caspase-3/caspase-3比值分别在OGD/R 3 h和OGD/R 0 h显著升高（Bax/Bcl-2比值：6.15±1.65比1.00±0.00，活化caspase-3/caspase-3比值：17.48±2.75比1.00±0.00，均 P<0.01），表明凋亡在OGD/R作用的HT22细胞中被激活。与OGD/R模型组比较，OGD/R+AA147组细胞活性显著下降〔（36.52±17.78）%比（69.90±9.43）%， P<0.01〕，Bax/Bcl-2比值和活化caspase-3/caspase-3比值明显升高（Bax/Bcl-2比值：2.06±0.31比1.10±0.25，活化caspase-3/caspase-3比值：3.35±0.59比0.55±0.09，均 P<0.01）。 结论:在OGD/R损伤HT22细胞中，ATF6和XBP1s介导的转录反应无明显交互作用，但AA147激活的ATF6能抑制XBP1s和XBP1u的mRNA表达并促进应激HT22细胞中死亡的发生。

TAF1基因编码TATA框结合蛋白关联因子1，后者作为转录因子ⅡD的支架，参与真核细胞中众多基因的转录过程。人TAF1蛋白具有多个结构域，发挥内源性蛋白激酶活性、组蛋白乙酰转移酶活性和激活及结合泛素的活性。目前已明确TAF1是X连锁肌张力障碍-帕金森综合征和X连锁的精神发育迟滞的致病基因，功能研究也证实TAF1在细胞周期、细胞生长中的重要作用，其与神经发育、肿瘤发生等之间的联系也有报道。文中就TAF1基因及蛋白结构、突变表型、蛋白的生物学功能等研究进展进行综述。

目的:评价Sigma-1受体(Sigma-1R)在喷他佐辛减轻SH-SY5Y细胞氧糖剥夺-复氧复糖(OGD/R)损伤中的作用及其与内质网应激的关系。方法:将生长良好的SH-SY5Y细胞采用随机数字表法分为4组( n＝6)：对照组(C组)、OGD/R组(O组)、OGD/R＋喷他佐辛组(OP组)和OGD/R＋喷他佐辛＋BD1047组(OPB组)。C组细胞正常培养；O组、OP组和OPB组将培养基更换为EBSS培养基，置于培养箱中培养4 h，然后更换为含10%胎牛血清的DMEM/F12培养基复氧复糖18 h，OP组复氧复糖时加入喷他佐辛(终浓度10 μmol/L)，OPB组复氧复糖时加入喷他佐辛(终浓度10 μmol/L)和Sigma-1R阻断剂BD1047(终浓度20 μmol/L)。复氧复糖18 h时采用流式细胞仪检测细胞凋亡率，采用Western blot法检测Sigma-1R、C/EBP同源蛋白(CHOP)、磷酸化需肌醇酶1(p-IRE1)、剪接型X-框结合蛋白1(XBP1s)和活化的半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(c-cas-3)表达。 结果:与C组比较，O组、OP组和OPB组细胞凋亡率升高，CHOP和p-IRE1表达上调，O组和OPB组XBP1s和c-cas-3表达上调( P<0.05)，OP组Sigma-1R、XBP1s和c-cas-3表达差异无统计学意义( P>0.05)；与O组比较，OP组细胞凋亡率降低，Sigma-1R表达上调，CHOP、p-IRE1、XBP1s和c-cas-3表达下调( P<0.05)；与OP组比较，OPB组细胞凋亡率升高，Sigma-1R表达下调，CHOP、p-IRE1、XBP1s和c-cas-3表达上调( P<0.05)。 结论:Sigma-1R参与了喷他佐辛减轻SH-SY5Y细胞氧糖剥夺-复氧复糖损伤的过程，机制可能与抑制内质网应激有关。

目的:探讨白花败酱草总黄酮(total flavoniods from Patrina villosa Juss,PJF)对实验性急性肺损伤(acute lung injury,ALI)模型大鼠的肺保护作用及其潜在机制.方法:用气管内滴注5 mg/kg脂多糖(lipopolysac-charide,LPS)构建ALI大鼠模型.将60只雄性SD大鼠随机分为对照组、LPS组、LPS+低剂量(100 mg/kg)PJF组和LPS+高剂量(300 mg/kg)PJF组(后2组在ALI造模前1 h给予PJF灌胃),每组15只.造模后24 h,收集支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid,BALF)和肺组织.HE染色显示肺组织形态;干湿称重法测量肺组织的湿/干重比;伊文思蓝染色评估肺组织中上皮屏障的通透性;ELISA检测BALF中炎症因子肿瘤坏死因子α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)、白细胞介素1β(interleukin-1β,IL-1β)和IL-6含量,以及肺组织中氧化应激指标超氧化物歧化酶(superoxide dismutase,SOD)、髓过氧化物酶(myeloperoxidase,MPO)和谷胱甘肽过氧化物酶(glutathione peroxi-dase,GSH-Px)活性及丙二醛(malondialdehyde,MDA)含量;免疫印迹法检测肺组织中C/EBP同源蛋白(C/EBP ho-mologous protein,CHOP)、葡萄糖调节蛋白78(glucose-regulated protein 78,GRP78)和X框结合蛋白1(X-box binding protein 1,XBP1)蛋白表达.结果:与对照组比较,LPS组大鼠肺组织呈现肺泡结构不清和大量炎症细胞浸润,ALI评分和肺组织的湿/干重比显著升高(P<0.05),BALF中IL-6、IL-1β和TNF-α水平,以及肺组织中MDA含量、MPO活性及CHOP、GRP78和XBP1蛋白表达水平显著升高(P<0.05),肺组织中SOD和GSH-Px活性显著降低(P<0.05).与LPS组比较,PJF干预组肺组织形态改善,ALI评分和肺组织的湿/干重比显著下降(P<0.05),BALF中IL-6、IL-1β和TNF-α水平,以及肺组织中MDA含量、MPO活性及CHOP、GRP78和XBP1蛋白表达水平显著降低(P<0.05),肺组织中SOD和GSH-Px活性显著升高(P<0.05);且高剂量组的效果明显优于低剂量组.结论:PJF对ALI大鼠具有肺保护作用,其机制可能与抑制炎症反应、氧化应激和内质网应激有关.

目的 探讨BTB与CNC同源蛋白1(BACH1)通过调节MYC相关因子X二聚化蛋白1(MXD1)基因对套细胞淋巴瘤(MCL)发生发展的影响.方法 采用靶向剪切及转座酶技术(CUT&Tag)检测BACH1下游靶基因,并通过序列比对分析寻找BACH1与MXD1的结合位点.通过双荧光素酶报告基因系统验证BACH1对MXD1的调控作用,并采用慢病毒技术构建BACH1过表达及敲低的稳转MCL细胞株,采用蛋白质印迹法(West-ern blot)检测MXD1蛋白表达水平.应用GSE16411数据集分析MCL细胞和正常B细胞中MXD1 mRNA相对表达量.应用GSE132929及GSE21452数据集筛选MXD1共表达基因,对MXD1共表达基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析.采用噻唑蓝(MTT)法检测MXD1正相关基因应激诱导磷蛋白1同源物含U-框蛋白1(STUB1)的特异性激活剂YL109处理后MCL细胞的活力.结果 BACH1能够靶向结合MXD1并抑制MXD1基因的启动子活性.BACH1敲低后MXD1蛋白表达水平升高,而BACH1过表达后MXD1蛋白表达水平降低.通过GSE16411数据集分析发现,MCL细胞中MXD1 mRNA相对表达量明显低于正常B细胞,差异有统计学意义(P﹤0.01).在GSE132929数据集中筛选出2222个MXD1共表达基因,在GSE21452数据集中筛选出503个MXD1共表达基因.GO分析显示,MXD1共表达基因主要富集于信号转导、蛋白质磷酸化、细胞葡萄糖醛酸化、类黄酮葡萄糖醛酸化等代谢相关的生物学过程;KEGG信号通路分析显示,MXD1共表达基因主要富集于肝脏发育的代谢途径、蛋白质的消化和吸收、Janus激酶(JAK)/信号转导及转录激活因子(STAT)信号通路等.采用YL109处理MCL细胞后可显著降低细胞存活率.结论 BACH1通过结合MXD1近端启动子负向调控MXD1的表达水平,且BACH1介导的MXD1表达改变很可能通过调控代谢过程参与MCL的发生发展.

目的:探讨原人参三醇(PPT)对耐紫杉醇(PTX)人乳腺癌MDA-MB-231细胞(MB231-PR细胞)耐药性的影响.方法:构建MB231-PR耐药细胞作为细胞模型.以不同浓度的PPT作用于MB231-PR细胞一定时间.用CellTiter-Glo试剂和集落形成实验测定MB231-PR细胞和MDA-MB-231亲本细胞(MB231-PT细胞)的活力.用流式细胞术测定PPT和PTX联合使用后细胞sub-G1期的变化.Western blot法用于评估细胞凋亡相关蛋白cleaved caspase-3、cleaved多腺苷二磷酸核糖聚合酶(PARP)、survivin、B细胞淋巴瘤2(Bcl-2)和Bcl-2相关X蛋白(Bax)的表达水平.萤光素酶报告基因实验和免疫荧光染色用于检测核因子κB(NF-κB)活性.ELISA检测白细胞介素6(IL-6)和IL-8蛋白表达水平.qPCR检测IL-6、IL-8、CXC趋化因子配体1(CXCL1)、CC趋化因子配体2(CCL2)、CD44、NANOG、八聚体结合转录因子4(OCT4)、性别决定区Y框蛋白2(SOX2)和醛脱氢酶1(ALDH1)的mRNA表达水平.肿瘤球形成实验用于评估干细胞特性.结果:(1)PPT以剂量依赖性方式显著降低MB231-PR细胞活力(P<0.01),半数抑制浓度(IC50)为18.17 μmol/L.PPT和PTX联合治疗后,MB231-PR细胞活力显著降低(P<0.01),诱导sub-G1期的积累(P<0.01),Bax/Bcl-2的比值上调(P<0.01),cleaved caspase-3和cleaved PARP蛋白水平升高(P<0.05),sur-vivin蛋白表达水平下降(P<0.01).(2)PPT与PTX联合治疗后,炎症细胞因子(IL-6、IL-8、CXCL1和CCL2)和肿瘤干细胞标志物(OCT4、SOX2、NANOG、ALDH1和CD44)的mRNA表达水平下调(P<0.05),IL-6和IL-8的蛋白表达水平降低,显著抑制MB231-PR细胞NF-κB的活性(P<0.05),并损害MB231-PR细胞的肿瘤球体生长(P<0.05).(3)PTX处理诱导了核p-p65的表达,这种作用可以被PPT减弱.结论:PPT联合PTX可通过抑制炎症细胞因子和肿瘤干细胞来降低MB231-PR细胞对紫杉醇的耐药性.

目的:探讨去泛素连接酶USP9X(deubiquitin ligase 9X)是否通过调控叉头框蛋白M1(forkhead box M1,FOXM1)介导糖酵解从而影响鼻咽癌细胞的增殖能力.方法:采用实时荧光定量PCR法和蛋白质印迹法检测鼻咽癌组织和正常鼻黏膜组织以及鼻咽癌细胞中USP9X mRNA和蛋白的表达情况.通过病毒感染的方法将携带有特异性针对USP9X基因的shRNA(shUSP9X)和携带有USP9X全基因的重组质粒Flag-USP9X(过表达USP9X)分别转入鼻咽癌CNE2和HNE2细胞,采用CCK-8法检测沉默或过表达USP9X基因对鼻咽癌细胞增殖的影响,通过对细胞能量代谢和细胞外酸化率(extracellular acidification rate,ECAR)的检测分析对鼻咽癌细胞糖酵解能力的影响.通过ubibrowser_v3/数据库、免疫共沉淀和ZDOCK软件分析USP9X与FOXM1蛋白的结合情况,并通过泛素化实验观察沉默USP9X对FOXM1蛋白泛素化水平的影响;随后进一步通过实时荧光定量PCR法和蛋白质印迹法检测对FOXM1 mRNA和蛋白表达的影响.最后,采用慢病毒感染的方法在沉默USP9X表达的CNE2细胞中同时转入重组载体Flag-FOXM1恢复FOXM1的表达,再通过CCK-8法、细胞能量代谢和ECAR检测分析上调FOXM1对CNE2细胞增殖和糖酵解能力的影响.结果:与正常鼻黏膜组织相比,鼻咽癌组织中USP9X mRNA和蛋白的表达水平均显著提高(P均＜0.05).下调鼻咽癌CNE2细胞中USP9X的表达水平后,CCK-8法、细胞能量代谢检测和ECAR实验检测发现,CNE2细胞的增殖和糖酵解能力均被明显抑制(P均＜0.05).相反,上调HNE2细胞中USP9X的表达水平后,HNE2细胞的增殖和糖酵解能力均被明显提高(P均＜0.05).通过ubibrowser_v3/数据库、免疫共沉淀和ZDOCK软件证实,USP9X与FOXM1蛋白存在相互结合的关系,CNE2细胞中沉默USP9X表达水平可显著增加FOXM1的泛素化水平.在低表达USP9X的CNE2细胞中过表达FOXM1可恢复鼻咽癌细胞的增殖和糖酵解能力(P均＜0.05).结论:去泛素连接酶USP9X通过抑制FOXM1泛素化降解进而提高鼻咽癌细胞的糖酵解能力,最终促进鼻咽癌细胞的增殖.USP9X可能是鼻咽癌治疗上一个潜在的新靶点.

目的:基于网络药理学与分子对接探讨运脾化湿清肺汤治疗特应性皮炎(atopic dermatitis,AD)的作用机制.方法:运用中药网络药理学分析系统(TCM network pharmacology analysis system,TCMNPAS)v1.0 获取运脾化湿清肺汤(陈皮、枳壳、桑叶、菊花、金银花、黄芩、土茯苓、白鲜皮、白术、甘草)的活性成分和作用靶点.运用GeneCards数据库、DrugBank数据库检索相关文献获取AD疾病靶点,并借助jvenn平台得到运脾化湿清肺汤与AD的交集靶点.将交集靶点上传至STRING数据库,构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络.通过Cytoscape 3.8.0 软件进行拓扑分析,从而筛选核心靶点.采用Metascape数据库进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and ge-nomes,KEGG)富集分析.利用Cytoscape 3.8.0 软件构建"药物-活性成分-作用靶点"网络、"药物-靶点-通路"网络.最后,通过TCMNPAS数据库进行分子对接验证.结果:运脾化湿清肺汤活性成分 243 个、作用靶点 344 个.AD疾病靶点 145个,两者的交集靶点15 个.针对PPI网络进行拓扑分析,筛选得到4 个核心靶点,即白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、CXC基序趋化因子配体8(C-X-C motif chemokine ligand 8,CXCL8)、丝裂原活化蛋白激酶1(mitogen-activated protein kinase 1,MAPK1).GO功能分析主要涉及对病毒、细菌、脂多糖的应答及细胞因子受体结合、转录因子结合等.KEGG通路55 条,主要涉及TNF信号通路、叉头框蛋白O(forkhead box protein O,FoxO)信号通路、低氧诱导因子-1(hypoxia inducible factor-1,HIF-1)信号通路等.分子对接表明核心成分与活性靶点具有较好的亲和性和结合能力.结论:运脾化湿清肺汤可能通过三甲氧基黄酮、陈皮素、孕烷醇酮等活性成分作用于IL-6、TNF、CXCL8、MAPK1 等靶点,调控TNF、FoxO、HIF-1 等信号通路从而达到治疗AD的目的.

目的 构建可以稳定负载并有效释放siRNA的叶酸改性聚乙二醇1000维生素E琥珀酸酯(FA-TPGS)纳米材料并观测其对小鼠巨噬细胞RAW264.7细胞毒性和剪切型X-框结合蛋白1(XBP1s)表达水平的影响.方法 将FA-TPGS与罗丹明B(RhB)标记的XBP1 siRNA按照5∶1比例混合均匀得到包被XBP1 siRNA的纳米复合物(FT@XBP1).通过透射电镜、动态光散射、紫外可见光谱和荧光光谱分析对FT@XBP1表征,同时计算XBP1 siRNA从FT@XBP1纳米载体中释放的药量.应用扫描电镜(SEM)、CCK-8以及流式细胞术检测FT@XBP1的细胞毒性,并应用Western blot法检测FT@XBP1对小鼠巨噬细胞RAW264.7中XBP1s的抑制作用.结果 FA-TPGS与siRNA具有良好的结合作用,其中FT@XBP1的平均粒径为(200±20)nm.相对释放结果提示,酸性环境(pH 5.0)有利于siRNA从FT@XBP1中释放.CCK-8和凋亡实验均显示,FT@XBP1对RAW264.7细胞的增殖和凋亡影响较小,且FT@XBP1处理可显著抑制RAW264.7中XBP1s蛋白的表达(P<0.001).结论 叶酸修饰的TPGS纳米载体可有效包载XBP1 siRNA,抑制巨噬细胞XBP1s表达且细胞相容性良好.

目的 应用公共数据库挖掘结直肠癌"炎癌转化"过程的关键基因,结合机器学习和神经网络模型的算法优势进行基因筛选,验证关键基因作为预测指标的可行性及免疫相关性,进而预测潜在防治中药.方法 利用基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)2个GSE66407和GSE166925数据集,筛选由正常结肠到炎症结肠(溃疡性结肠炎),最后进展到肠癌的过程中出现的差异基因;通过构建蛋白质-蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction,PPI)进一步筛选核心基因;运用梯度提升机、随机森林和决策树3种分类机器学习算法进行结局的预测学习,将3种机器学习算法筛选出的核心基因取交集,构建深度学习框架下的人工神经网络模型,对模型预测准确性进行内部及外部验证;实时定量聚合酶链反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,RT-PCR)联合人蛋白质图谱数据库(Human Protein Atlas,HPA)的免疫组化数据分析关键基因在初发结直肠癌患者癌组织及正常组织中的表达;运用单样本基因集富集分析(single sample gene set enrichment analysis,ssGSEA)算法分析核心基因与免疫细胞之间的关联;通过生存分析筛选对结直肠癌具有预后意义的基因;最后通过核心基因进行相关中药的预测分析.结果 在结直肠炎癌转化全过程中,共鉴定出152个共同的差异基因.这些基因参与肿瘤免疫反应、炎症反应等生物过程;经由3种机器学习算法的筛选,最终确定了 8个核心基因,包括组织金属蛋白酶抑制剂 1(tissue inhibitor of metalloproteinases 1,TIMP1)、基质金属蛋白酶 1(matrix metalloproteinase 1,MMP1)、趋化因子 CXC 配体 13(C-X-Cmotifchemokineligand 13,CXCL13)、普列克底物蛋白(Pleckstrin,PLEK)、颗粒酶 B(granzyme B,GZMB)、CXCL5、CXCL3和CXCL8.在深度学习框架下的神经网络模型中,训练集中对正常组和肿瘤组的预测准确率分别为86.3％、92.3％;外部验证集中对正常组和肿瘤组的预测准确率分别为80.0％、80.6％.8个核心基因同时涉及多种免疫浸润过程;RT-PCR结合HPA数据库分析显示TIMP1、MMP1、GZMB、CXCL5、CXCL8、CXCL3在结直肠癌患者癌组织中表达显著升高(P＜0.05),CXCL13在癌组织中表达显著降低(P＜0.05),PLEK在癌组织中表达降低但差异不显著;TIMP1、CXCL13和CXCL8对患者的整体生存具有显著影响.对实验验证有显著差异的7个核心基因进行防治中药预测分析,结果显示预测中药以清热药和补虚药为主,四气以寒、温和平性为主,五味以苦、辛、甘味比例最大.结论 TIMP1、MMP1、CXCL13、GZMB、CXCL5、CXCL3和CXCL8可以作为预测结直肠癌"炎-癌"转化过程的关键分子,对这些分子进行中药的早期干预,可能对结直肠癌的早期诊疗具有重要意义.