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miR-377-5p通过抑制AKT1/GSK-3β通路增强食管癌细胞TE-1的放射敏感性
编辑人员丨5天前
目的:探究miR-377-5p对食管癌细胞TE-1放射敏感性的影响及机制。方法:TE-1细胞转染miR-377-5pmimic和miR-377-5pmimic NC构建过表达miR-377-5p细胞。对转染后的TE-1细胞照射后采用平板集落形成实验检测细胞放射生物学参数(D 0、D q、SF 2),Transwell小室法检测细胞侵袭能力,细胞划痕实验检测细胞迁移能力,CCK8法检测细胞活力,流式细胞术检测细胞凋亡和细胞周期,免疫印迹检测AKT1和GSK-3β磷酸化水平。 结果:2、4、6、8 Gy照射的集落形成率均显著下降( P<0.05),且在同一剂量下miR-377-5pmimic组细胞集落形成率均显著低于miR-377-5pmimic NC组( P<0.05)。相比于miR-377-5pmimic NC组,miR-377-5pmimic组D 0、D q、SF 2均显著下降( P<0.05),放射增敏比为1.34(D 0值比);0 Gy照射后细胞侵袭、迁移、增殖能力显著下降,细胞凋亡水平显著上升,细胞周期被阻滞于G 1期,AKT1和GSK-3β磷酸化水平显著下降( P<0.05);4 Gy照射后细胞侵袭、迁移、增殖能力下降,细胞凋亡水平显著上升,G 1期显著延长,AKT1和GSK-3β磷酸化水平亦显著下降(均 P<0.001)。 结论:miR-377-5p能够增加食管癌细胞TE-1的放射敏感性,其机制可能是抑制AKT1/GSK-3β信号通路。
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编辑人员丨5天前
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骨关节炎软骨细胞衰老潜在生物标志物的筛选
编辑人员丨2024/7/6
[目的]采用生物信息分析学方法,筛选骨关节炎(osteoarthritis,OA)软骨细胞衰老潜在生物标志物,为揭示OA的发生机制及探索新的治疗方法提供理论依据.[方法]从基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)获取OA软骨组织数据集,使用RStudio软件筛选出差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并进行富集分析,再将DEGs与SenMayo衰老基因集取交集获得Hub基因,并进行验证,最后用miRNet在线平台及Cytoscape软件构建竞争性内源性RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)网络.[结果]数据集GSE169077和GSE114007经差异分析并取交集后共得到DEGs 272个;对DEGs行基因本体论(Gene Ontology,GO)分析,发现其主要富集在细胞外基质组织、细胞外结构组织等条目中;行京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析,发现其主要富集在PI3K-Akt信号通路,黏着斑信号通路等;经筛选及验证,得到了 2个Hub基因:IGF1和MMP2;构建ceRNA网络并筛选出3组RNA调控途径:KC-NQ1OT1/XIST-hsa-mir-16-5p-IGF1,KCNQ1OT1/XIST-hsa-mir-424-5p-MMP2,KCNQ1OT1/XIST-hsa-mir-377-3p-IGF1/MMP2.[结论]1GF1 和 MMP2 可作为 OA 软骨细胞衰老的 Hub 基因,KCNQ1OT1/XIST-hsa-mir-16-5p-IGF1,KCNQ1OT1/XIST-hsa-mir-424-5p-MMP2,KCNQ1OT1/XIST-hsa-mir-377-3p-IGF1/MMP2 可能是调节 OA 软骨细胞衰老的潜在 RNA 调控途径.
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编辑人员丨2024/7/6
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尿道下裂相关miRNA差异表达分析的初步探讨
编辑人员丨2023/8/6
目的 通过筛选尿道下裂、术前经HCG治疗的尿道下裂以及正常包皮组织中miRNA差异表达,探究其与尿道下裂的发生以及术前HCG治疗影响预后的可能途径,为探究尿道下裂病因提供新思路.方法 选取9例尿道下裂(其中3例术前进行HCG治疗)以及3例包茎患儿(对照组)为研究对象,分别取包皮组织抽提总RNA,利用芯片技术筛选各组差异性表达的miRNAs,并用RT-PCR技术对筛选结果进行验证.结果 芯片筛选结果:与对照组比较,尿道下裂患儿的包皮组织里差异性表达的miRNAs中上调的19个,下调的15个.与术前行HCG治疗组的患儿相比,术前未行HCG治疗的尿道下裂患儿包皮组织里差异性表达的miRNA中上调的19个,下调的25个;RT-PCR验证结果:在差异性表达的miRNA中选择10个miRNA进行验证,其中5个miRNA与芯片结果相符,分别是let-7b-3p、miR-145-5p、miR-376a-3p、miR-377-3p和miR-1-3p.其中let-7b-3p、miR-145-5p、miR-376a-3p、miR-377-3p在尿道下裂组中低表达,在对照组和术前HCG治疗的尿道下裂组中高表达;miR-1-3p在术前HCG治疗的尿道下裂患儿中较未用药组中高表达.结论 首次建立尿道下裂患儿miRNAs的基因表达谱,并筛选出在术前行HCG治疗尿道下裂、术前未行HCG治疗尿道下裂与包茎之间存在差异表达的miR-NAs.根据筛选出的差异性表达的miRNAs,推测其与尿道下裂的关系,为今后疾病的预防以及提高治疗效果提供新的线索.
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编辑人员丨2023/8/6
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干扰长链非编码RNA MALAT1对血管瘤EOMA细胞的生长、运动及小鼠体内肿瘤形成的影响
编辑人员丨2023/8/6
目的 探究干扰长链非编码RNA MALAT1对血管瘤EOMA细胞的生长、运动及小鼠体内肿瘤形成的影响.方法 体外培养血管瘤EOMA细胞, 并分为空白对照组、阴性对照组、目的基因组, 利用干扰RNA敲除MALAT1在血管瘤EOMA细胞中的表达, 使用RT-PCR方法检测MALAT1在血管瘤EOMA细胞中的表达; 使用Edu染色检测缺失RNA MALAT1后对细胞生长的影响, 使用流式法检测血管瘤EOMA细胞凋亡情况, 使用transwell检测血管瘤EOMA细胞侵袭情况; Western印迹检测血管瘤EOMA细胞中Ki67、 PC-NA、 caspase-3、 caspase-9、 E-cadherin、 N-cadherin蛋白表达情况; 小鼠皮下注射EOMA细胞建立移植瘤模型, 使用RT-PCR检测长链RNA的表达, 检测shRNA敲除Lnc对肿瘤重量的影响, 统计分析小鼠生存期,使用免疫组化检测Ki67和N-cadherin的表达情况.结果 与空白对照组比较, 阴性对照组MALAT1、 Ki67、PCNA、 caspase-3、 caspase-9、 E-cadherin和N-cadherin蛋白的表达、细胞生长、运动情况均无显著差异 (P>0.05), 与阴性对照组比较, 目的基因组大鼠血管瘤EOMA细胞中MALAT1表达、 EOMA细胞侵袭百分比、Ki67、 PCNA和N-cadherin蛋白表达水平显著降低; EOMA细胞凋亡百分比、 caspase-3、 caspase-9和E-cad-herin蛋白表达水平显著升高, 差异有统计学意义 (P<0.05); 小鼠体内实验发现, 与阴性对照组比较, 目的基因组小鼠体内肿瘤质量、 Ki67和N-cadherin阳性表达率显著降低, 小鼠miR-377-5p表达水平、生存期显著增加, 差异有统计学意义 ( P<0.05).结论 干扰长链非编码RNA MALAT1可以有效地抑制血管瘤EOMA细胞的生长、运动, 促进其凋亡.
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编辑人员丨2023/8/6
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黄芪多糖修复LPS诱导的内皮祖细胞功能损伤机制的实验研究
编辑人员丨2023/8/5
目的 运用microRNA芯片方法检测黄芪多糖对脂多糖(LPS)刺激下人内皮祖细胞(EPCs)细胞功能损伤的诱导作用及相关的miRNA表达变化,分析其分子机制.方法 将EPCs分为3组:对照组、LPS处理组(LPS组)和黄芪多糖预处理组(APS组),进行miRNA表达谱分析与验证,并利用生物信息方法分析miRNA调控的靶基因功能与信号通路.结果 有15个miRNA与LPS诱导的细胞功能损伤相关.1 9个miRNA在黄芪多糖预处理后表达发生了改变.7个miRNA分子即hsa-miR-146a-5p、hsa-miR-145-5p、hsa-miR-7977、hsa-miR-19a-3p、hsa-miR-377-3p、hsa-miR-7114-5p及hsa-miR-424-5p在LPS组与APS组比较,差异有统计学意义(P<0.05).其中3个miRNA经RT-PCR验证结果与芯片结果相符.7个miRNA的靶基因主要参与蛋白泛素化调节等基因本体(GO)功能分类以及PI3K-Akt等信号通路.结论 APS对LPS诱导的EPCs功能损伤有保护修复作用,该作用可能与miRNA分子的表达改变相关.
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编辑人员丨2023/8/5
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miR-377-5p通过下调HIF-1α及其相关VEGF信号通路抑制肝细胞癌HepG2细胞的增殖和侵袭
编辑人员丨2023/8/5
目的:探讨miR-377-5p与缺氧诱导因子-1 α(hypoxia inducible factor-1,HIF-1α)的靶向关系以及通过控血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor, VEGF)信号通路对肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)细胞增殖、侵袭和EMT的调控作用.方法:qPCR检测35例人HCC组织及癌旁组织标本中miR-377-5p的表达水平.将HepG2细胞分为对照组、mimic NC组、miR-377-5pmimic组,qPCR检测转染效率;EdU染色、Transwell和Western blotting (WB)检测miR-377-5p过表达对HepG2细胞增殖、侵袭及其增殖相关蛋白Ki-67、增殖细胞核抗原(proliferating cell nuclear antigen,PCNA)及上皮间质转化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)标志蛋白E-cadherin、N-cadherin表达的影响;qPCR、WB检测miR-377-5p过表达对HepG2细胞中,缺氧诱导因子-1 α(hypoxia inducible factor-1 α,HIF-1α)表达的影响.荧光素酶报告基因实验验证miR-377-5p与HIF-1 α基因的靶向关系.结果:HCC组织中miR-377-5p表达水平较癌旁组织降低(P<0.01).与对照组相比,miR-377-5p mimic组HepG2细胞中miR-377-5p水平明显升高,细胞的增殖、侵袭能力降低(均P<0.01),EMT、N-cadherin表达水平降低(均P<0.01)而E-cadherin表达水平显著升高(P<0.01);miR-377-5p mimic组中HIF-1 αmRNA和蛋白表达水平均降低(P<0.01或P<0.05).miR-377-5p靶向抑制HIF-1α基因表达,并抑制VEGF通路的激活(均P<0.05).结论:miR-377-5p通过靶向抑制HIF-1α基因表达和下调VEGF信号通路从而抑制HepG2细胞的增殖、侵袭和EMT.
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编辑人员丨2023/8/5
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长链非编码RNA HULC靶向miR-377-5p对肝癌细胞HepG2生长、侵袭和上皮间质转化及体内肿瘤形成的影响
编辑人员丨2023/8/5
目的 研究长链非编码RNA肝癌高表达基因(LncRNA HULC)靶向miR-377-5p对肝癌细胞HepG2生长、侵袭和上皮间质转化及体内肿瘤形成的影响.方法 qRT-PCR检测HULC和miR-377-5p在正常细胞系L-02及3种肝癌细胞HB611、HepG2、H22中的相对表达量;数据库预测HULC和miR-377-5p的靶向关系,并利用双荧光素酶报告实验证实HULC和miR-377-5p的靶向关系;敲除HUCL和添加miR-377-5p抑制剂验证HULC对HepG2细胞生长、侵袭及上皮间质转化的影响;通过皮下注射HepG2细胞构建移植瘤模型,验证HULC对裸鼠肿瘤重量、存活率、miR-377-5p相对表达量、Ki67和N-cadherin蛋白阳性表达率的影响.结果 与正常细胞系比,肝癌细胞系中HULC表达量显著升高(P<0.05),miR-377-5p表达量显著降低(P<0.05),且在HepG2细胞中表达变化最显著(P<0.01);与control组比,sh-HULC组HepG2细胞的增殖率、侵袭率、N-cadherin蛋白表达显著降低,E-cadherin蛋白表达显著升高(P<0.05),miR-377-5p inhibitor组HepG2细胞的增殖率、侵袭率、N-cadherin蛋白显著升高,E-cadherin蛋白表达显著降低(P<0.05),与miR-377-5p inhibitor组相比,sh-HULC+miR-377-5p inhibitor组HepG2细胞的增殖率、侵袭率、N-cadherin蛋白表达显著降低,E-cadherin蛋白表达显著升高(P<0.05);与control组裸鼠相比,sh-HULC组裸鼠瘤体重量、存活率、Ki67和N-cadherin蛋白阳性表达均显著降低.结论 HULC可能通过靶向抑制miR-377-5p表达,促进肝癌细胞HepG2的增殖、侵袭及上皮间质转化,促进裸鼠瘤体生长,降低其生存率.
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编辑人员丨2023/8/5
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基于TCGA数据库分析乳腺癌中TERT相关分子网络机制
编辑人员丨2023/8/5
目的 通过TCGA数据库中的数据分析TERT基因在乳腺恶性肿瘤中的表达及生物学作用.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载乳腺癌的基因表达数据与临床资料.利用R软件包进行TERT表达差异分析及其与患者预后相关性;通过共表达网络及LinkedOmics在线数据库分析共表达基因及潜在调控mRNA分子.使用Spearman和CIBERSORT算法,分析TERT与肿瘤微环境的相关性.使用GDSC在线数据库分析TERT基因与常见化疗药物的敏感性.通过GSEA富集分析TERT可能参与的信号通路.结果 TERT在乳腺癌样本中的表达水平显著上调,差异有统计学意义(P<0.05),其表达量与患者的stage分期呈显著正相关(P<0.05).通过单、多因素Cox分析表明TERT基因可作为乳腺癌的独立预后因子[P<0.05,HR=1.474(1.138~1.909)].通过共表达及LinkedOmics数据库分析结果表明TERT表达与ALKAL1、CNPY1、FSD1、GF1B、HMGB1P1等5个基因正相关及与DERA、MCM5、AC004858.1、SLCTA14、CACNA1G-AS1等5个基因呈负相关,与mir-1245、mir-337、mir-10b、mir-199a-1、mir-377等5个miRNA呈正相关.CIBERSORT算法和Spearman相关系数分析表明TERT与T cells CD4 memory activated、Macrophages M0、Macrophages M1显著正相关,与Mast cells resting、T cells CD4 memory resting显著负相关.通过GDSC数据库分析表明TERT的表达与达沙替尼、吉西他滨、埃罗替尼以及伊马替尼、吉非替尼、顺铂等药物的敏感性相关(P<0.05).TERT可富集在核糖核酸聚合酶、错配修复、原发性免疫缺陷信号通路.结论 TERT基因在乳腺癌样本中高表达及其与患者预后较差有关,表明TE RT基因是乳腺癌的发病机制、诊断及治疗的靶点.
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编辑人员丨2023/8/5
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中重度哮喘和轻度哮喘差异表达microRNA及生物信息学分析
编辑人员丨2023/8/5
目的 探讨中重度哮喘生物标志物和致病机制,为更有效的中重度哮喘治疗和控制提供线索.方法 采用microRNA芯片检测中重度哮喘患者与轻度哮喘患者血清中的差异表达microRNA.通过miRanda,TargetScan,RNAhybrid和miRTarbase数据库对microRNA的靶基因进行预测,并使用GO功能聚类分析和KEGG信号通路富集分析对microRNA的靶基因进行功能解析.使用qRT-PCR检验慢性哮喘小鼠肺组织中microRNA的含量.结果 与轻度哮喘患者相比,miR-4746-3p、miR-6798-5p和miR-762等在中重度哮喘患者血清中上调,而miR-26a-5p,miR-377-3p和miR-410-3p等下调.与轻度哮喘相比,慢性炎症调控、脂质吸收、储存、分解代谢功能及PI3K-Akt信号通路、Wnt信号通路、TOR复合体等细胞增殖相关通路在中重度哮喘中显著富集.此外,慢性哮喘模型鼠呈现出与重度哮喘患者类似的病理表型如炎性细胞浸润与气道重塑,且miR-377-3p和miR-410-3p在慢性哮喘小鼠肺组织中也显著下调.结论 我们的研究提供了中重度哮喘可能的非侵入性风险生物标志物.为中重度哮喘患者的炎症及气道细胞成分如平滑肌细胞,黏液腺细胞,血管内皮细胞增生肥大引起的气道重塑提供了可能的分子机制和信号通路,这些发现可为更有效的重度哮喘治疗和控制提供理论基础.
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编辑人员丨2023/8/5
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微小RNA-377-3p调控自噬改善脂多糖/D-半乳糖胺诱导的急性肝衰竭的机制研究
编辑人员丨2023/8/5
目的:本研究旨在研究微小RNA-377-3p(miR-377-3p)通过成纤维细胞生长因子受体1(FGFR1)对急性肝衰竭(ALF)自噬和凋亡的影响。方法:分别通过D-半乳糖胺(D-GalN)/脂多糖(LPS)和D-GalN/肿瘤坏死因子α(TNF-α)诱导ALF动物模型和细胞凋亡模型。将12只C57BL/6J小鼠分为对照组和模型组,每组6只。将细胞分为对照组、模型组(经D-GalN、TNF-α诱导)、NC mimic组(D-GalN、TNF-α诱导并转染无意义miRNA对照序列)、miR-377-3p mimic组(D-GalN、TNF-α诱导并转染miR-377-3p模拟物)和miR-377-3p mimic + 3-MA组(D-GalN、TNF-α诱导并转染miR-377-3p模拟物的同时应用自噬抑制剂3-MA干预)。检测小鼠肝脏组织病理情况、血清中生化参数水平、凋亡相关蛋白、自噬相关蛋白以及各组细胞中miR-377-3p RNA、自噬相关蛋白、FGFR1蛋白表达水平。通过双荧光素酶报告基因实验检测miR-377-3p和FGFR1靶向结合关系,并采用流式细胞术检测细胞凋亡情况。结果:苏木素-伊红(HE)染色结果显示,对照组小鼠中央静脉周围肝细胞呈放射状排列,无炎症细胞浸润;模型组小鼠中肝小叶结构破坏,大量肝细胞坏死,周围炎症细胞浸润。5组细胞的凋亡率和自噬蛋白Beclin-1、LC3Ⅱ/Ⅰ、p62的表达比较,差异均有统计学意义(F = 88.520、42.760、95.870、62.930,P均< 0.001),且miR-377-3p mimic组细胞凋亡率和p62蛋白水平均较模型组显著降低,Beclin-1、LC3Ⅱ/Ⅰ水平则均显著升高(P均< 0.05)。对照组、模型组、NC mimic组、miR-377-3p mimic组FGFR1蛋白表达水平比较,差异具有统计学意义(F = 84.670,P < 0.001),且miR-377-3p mimic组FGFR1表达水平较模型组显著降低(P < 0.05)。对照组、模型组、miR-377-3p mimic组、miR-377-3p mimic + NC组(D-GalN、TNF-α诱导并转染miR-377-3p模拟物和空白载体)和miR-377-3p mimic + FGFR1组(D-GalN、TNF-α诱导并转染miR-377-3p模拟物和FGFR1目的序列载体)自噬相关蛋白Beclin-1、LC3Ⅱ/Ⅰ和p62的表达水平比较,差异均有统计学意义(F = 63.840、61.590、127.800,P均< 0.001),且miR-377-3p mimic + FGFR1组较miR-377-3p mimic组LC3Ⅱ/Ⅰ、Beclin-1水平均降低,p62蛋白水平升高(P均< 0.05)。结论:miR-377-3p靶向负调控FGFR1的表达,增强L02细胞自噬水平减轻D-GalN/TNF-α诱导的细胞凋亡,发挥ALF的保护作用。
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编辑人员丨2023/8/5
