目的:比较小鼠眼VEGF家族VEGFA、VEGFB和VEGFC之间功能和作用途径的异同。方法:利用Genenetwork数据库中BXD小鼠眼基因数据作为模板，采用基因表达水平、基因间比较、相关基因间的比较、基因表达数量性状基因座（eQTL）等多种方法和统计策略，对BXD重组小鼠近交系群体的眼全基因组表达谱数据中VEGF家族VEGFA、VEGFB和VEGFC的分子通路或潜在功能的异同进行比较和研究。结果:矩阵比较结果显示，VEGFC的2个探针之间呈强正相关（ r=0.732， P<0.01）；VEGFA 1420909与VEGFC 1440739、VEGFA 1451959与VEGFB 1451803、VEGFC 1419417与其他5个基因、VEGFA 1451959与VEGFC 1419417/VEGFC 1439766、VEGFB 1451803与VEGFC 1439766均呈弱相关性（ P<0.05）；VEGFA 1420909与除VEGFC 1440739之外的4个基因、VEGFA 1451959与VEGFC 1440739、VEGFB 1451803与VEGFA 1420909/VEGFC 1419417/VEGFC 1440739之间无相关性（ P>0.05 ）。在VEGF各基因的相关Top 50基因的对比分析中，BXD小鼠眼中VEGFA、VEGFB和VEGFC之间除个别相关基因存在弱关联外，其他大部分基因并不存在较显著的相关性。eQTL分析结果显示，VEGF基因各探针中eQTL分别定位于不同的染色体上。 结论:小鼠眼VEGF家族中VEGFA、VEGFB和VEGFC之间表达水平和正负相关性各不相同，这些基因可能通过不同的途径发挥其作用。

肺炎支原体(mycoplasma pneumoniae，MP)是引起儿童社区获得性肺炎的主要病原体，通常使用大环内酯类药物进行治疗。对MP基因的分型主要是通过基于P1基因的限制性片段长度多态性(P1-restriction fragment length polymorphism，RFLP)分析以及基于多基因座可变数目串联重复序列分析(multiple locus variable-number tandem repeat analysis，MLVA)，流行期间MP不同亚型之间会发生一定的转化。研究并掌握MP各分型的流行特点及转化规律，可以对MP各亚型的分布地区、流行年份及临床相关性产生更深刻的认识。由于抗生素的大量使用，肺炎支原体菌株的大环内酯类耐药性增加，现已成为全球公共卫生关注的问题，研究显示MP耐药性与23S rRNA基因结构域V区突变有关。分型技术的完善对抗生素的合理选择具有指导意义。开展系统全面的MP基因分型及其耐药突变的分子流行病学研究，从分子水平揭示MP亚型的分布特征、流行趋势及耐药情况势在必行。该文对儿童肺炎支原体分子流行病学的研究进展进行综述，对MP感染的监测、预防和临床治疗提供思路。

目的 研究不同数目常染色体STR分型体系下增加另一已知全同胞个体的三个体组合全同胞关系鉴定的检测效能.方法 基于13-55个代表性STR基因座构成的43种检测体系,随机模拟产生10000个真家系(全同胞组)和10000个假家系(无关个体组),基于家系重建法计算全同胞关系指数,以累积全同胞关系指数为0.0001和10000作为评判阈值,计算各检测效能参数,并与两个体组合全同胞关系鉴定比较.结果 随着STR基因座数目递增,判断错误率、无法判断率逐渐减小,灵敏度、特异度、判断正确率等参数逐渐增大,系统效能逐渐提升.同一检测体系下,与两个体组合相比,三个体组合的灵敏度、特异度较高且无法判断率较低,系统效能较高.要求系统效能高于0.85且判断错误率低于0.01％时,三个体组合至少需检测20个STR,少于两个体组合(29个STR).结论 同一检测体系下三个体组合全同胞关系鉴定的检测效能优于两个体组合,对检测体系储备不足的实验室或者条件受限的检材是有效的鉴定方案.

2016年3月,郑州市公安局犯罪侦查局再次利用Y-STR DNA数据库比对合成技战法[1],成功破获一起2011年杀人案件.其中,利用常染色体全不同基因座数目分析叔侄关系在家系排查中起到关键作用.通常,在家系排查和嫌疑入常染色体STR排查中,被广泛应用的是同一认定、单亲遗传关系的分析方法.然而在案件排查时,年龄范围内的家庭成员大多出外打工,在家的多是老人和儿童,很难全部采集到本人样本.在农村,一个家庭同胞兄弟姐妹往往较多,在这种情况下运用叔侄关系排查法,可以大大提高排查效率,减少采样,极大减少侦查员的工作量.

为了构建一套16个Y-STR基因座的快速复合扩增体系,用于满足公安的实战时效性需求,文中选择DYS19、 DYS385a/b、DYS390、DYS391、DYS392、DYS393、DYS438、DYS439、DYS437、DYS448、DYS456、DYS458、DYS635、 Y_GATA H4和DYS447共16个基因座,将Roche FastStart Taq DNA Polymerase体系与ProPlex热循环仪结合,以法医DNA标准品9948为实验模板,从扩增条件、扩增体积、缓冲液选择、DNA聚合酶用量、基因座间的平衡性调整、快速扩增程序的优化等方面进行一系列复合扩增实验,比较不同条件下等位基因的丢失、峰高、基因座间峰的均衡性及非特异峰.结果发现,该快速体系30min即可获得样本全部16个Y-STR基因座分型,且各等位基因间均衡性良好,无非特异性峰.以上信息初步表明建立的16个Y-STR基因座的快速复合扩增体系可明显提高样品检测效率,对实战中一些时效性案件具有一定的实际意义.

目的 验证炎黄Y染色体分型系统FGI 27Y试剂盒的性能并分析其法医学参数,评价其法医学应用价值.方法 按照我国公共安全行业标准GA/T 815-2009《法庭科学人类荧光标记STR复合扩增检测试剂质量基本要求》,对FGI 27Y试剂盒进行灵敏度、混合样本、种属特异性等测试.并利用FGI 27Y试剂盒对269份中国汉族男性无关个体血卡进行检测,统计27个STR基因座的等位基因频率、基因多样性及单倍型多样性参数.同时查阅文献,收集不同人群的STR数据,与本文的汉族群体STR数据进行比较分析,统计群体遗传距离FST矩阵.结果 FGI 27Y在DNA模板量低至0.0625ng或大量女性DNA(男性与女性1∶300混合)条件下仍然能获得男性DNA的完整分型结果.且在男性混合样本(1∶9和9∶1)中,等位基因检出率达到88％以上.27个Y-STR的基因多样性在0.4058 ～ 0.8973,单倍型多样性值为1.利用FST矩阵分析可得,不同人种间的遗传距离均较远,而相同人种间的遗传距离相对较近.结论 炎黄Y染色体分型系统FGI 27Y试剂盒满足GA/T815-2009《法庭科学人类荧光标记STR复合扩增检测试剂质量基本要求》,可用于Y-STR数据库建设以及男性家系排查.

目的 推导通过STR等位基因频率计算生物学全同胞对间状态一致性(identity by state,IBS)评分概率分布的通用计算公式.方法 依据孟德尔遗传规律和生物学全同胞(full sibling,FS)的父母为无关个体这一假设,推导得到不同基因型组合的无关个体生育两名子代时,子代不同基因型组合的IBS评分及所对应的概率.结果 以fi表示某STR基因座第i个等位基因的频率(i=1,2,…,m),则生物学全同胞对在该基因座出现2个相同等位基因的概率(p2FS)的计算公式为:p2FS=1/4×[1+2∑im=1 fi2+2(∑im=1 fi2)2-∑im=1 fi4];在该基因座出现1个相同等位基因的概率(p1FS)的计算公式为:p1FS=1/2×[1+∑im=1 fi2-2(∑im=1 fi2)2-2∑im=1 fi3+2∑im=1 fi4];在该基因座出现0个相同等位基因的概率(p0FS)的计算公式为:p0FS=1/4×[1-4∑im=1 fi2+2(∑im=1 fi2)2+4∑im=1 fi3-3∑im=1 fi4];p2FS、p1FS、p0FS的和为1.对于包含n个STR基因座的多重分型系统,生物学全同胞间的IBS评分符合二项分布:IBS～B(2n,π1).其中总体率π1的计算公式为:π1=1/n∑ln=1 p2FSl+1/2n∑ln=1 p1FSl.结论 生物学全同胞鉴定中的备择假设为两名被鉴定人为生物学全同胞,对任意STR基因座组合、IBS评分所对应的备择假设概率均可通过本文所推导的公式直接进行计算,计算结果是进行证据解释的基础.

目的 对比等位基因全不同基因座及共有等位基因计数法预测叔侄关系的差异性、相似性及其效能,为侦破案件提供参考.方法 以已知叔侄关系的204对作为实验组,无关个体的204对作为对照组,采用PowerPlex 21系统检测20个常染色体STR基因座,然后进行统计分析.结果 设定等位基因全不同基因座数预测界值≤6个,发现叔侄关系的灵敏度为83.82％,特异性为74.02％,漏判率为8.82％,误判率为11.76％,系统效能为78.92％.共有等位基因数预测界值≥17个,发现叔侄关系的灵敏度为75.98％,特异性为77.45％,漏判率与误判率均为7.84％,系统效能为76.72％.结论 等位基因全不同基因座计数法与共有等位基因数计数法有互补优势,联合应用能提高预测叔侄血亲关系的能力,对侦查具有良好的指导意义.

[目的]嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)是发酵乳制品的基础发酵菌种之一,全基因组水平解析嗜热链球菌的遗传多样性和工业发酵特性对于优良发酵菌株的筛选意义重大.[方法]本研究通过比较基因组学方法对27株嗜热链球菌的遗传多样性和防御系统进行分析.[结果]全基因组分析结果显示嗜热链球菌群体内具有较高的遗传多样性;基于核心基因集构建的系统发育树划分为2个分支,其中分支2菌株缺乏完整的组氨酸合成途径,经验证,分支2菌株在缺乏组氨酸的培养基中不能正常生长.通过对嗜热链球菌不同菌株的防御系统进行分析发现,同类型的CRISPR基因座和限制修饰系统在基因组中出现的位置相对固定.CRISPR-Cas系统(P＜0.05,r=0.43)和限制修饰系统(P＜0.01,r=-0.59)的数量与编码转座酶基因的数量均显著相关,表明嗜热链球菌为了阻止外源DNA入侵会进化出多种防御系统来保护自身遗传完整性.此外,分支1菌株的CRISPR-Cas系统数量极显著(P＜O.001)多于分支2,而限制修饰系统无显著差异,表明分支1菌株在噬菌体抗性方面可能更具优势.[结论]本研究基于核心基因构建的系统发育分析将27株嗜热链球菌分为2个分支,不同分支菌株在组氨酸代谢能力和防御系统方面有一定差异.该研究结果为今后快速筛选优良嗜热链球菌发酵剂提供了新思路.

目的 通过对Y-STR单倍型的分析,推测不同样品间的亲缘关系远近.方法 对郑州地区某单一姓氏男性182人取外周血,以Yfiler Plus试剂盒进行Y-STR基因座分型;以Arlequin分析单倍型多态性;以Network软件构建各样品间关系网络;以SPSS软件构建各样品间远近关系树状结构.结果 单倍型分析发现,182例样品中共存在164种单倍型;Network软件分析显示,大部分样品间的网络距离呈均匀分布,但少部分样品距离较近;SPSS软件聚类分析发现,164个单倍型呈现出多个层级,大部分在短期内就发生了第一次聚集,再往根部又发生7次较大的汇集,最终全部汇集到两个分支上.结论 即使在同姓男子中,Yfiler Plus试剂盒所包含的Y-STR基因座仍然有较高的基因差异度;以Y-STR检测结果进行Network分析及进化树分析,有助于揭示群体内个体间近代亲缘关系和遗传层级关系.该思路有望在法医学法医个体识别、亲权鉴定及族群迁徙等研究中发挥作用.