单细胞测序技术是新近生物学领域一项前沿技术，能够揭示单个细胞的基因序列和表达修饰，反映细胞间的异质性，正成为生命科学领域的焦点研究方法。免疫系统的单细胞测序研究作为细胞形态学和功能学等传统方法的补充，通过分析免疫细胞的基因表达状态，获取其中的可变剪切和特异转录本，从而发现新的细胞类型，揭示免疫细胞发育谱系，鉴定决定免疫反应的基因模块和调控程序，从单细胞生物学水平更深层次阐明自身免疫病的发病机制，从而探寻新的治疗策略。本文对单细胞测序在自身免疫病研究中的最新进展予以综述。

目的:分析甲状腺癌的可变剪切（AS）事件，探讨AS事件与甲状腺癌预后的相关性，并建立AS事件与剪接因子（SF）的调控网络。方法:分别从癌症基因图谱（TCGA）和TCGA SpliceSeq数据库下载507例甲状腺癌患者临床资料和AS事件数据，合并得到AS事件生存数据的矩阵，评估7种AS事件的发生情况。采用单因素Cox回归分析筛选与预后相关的AS事件，最小绝对值收敛和选择算子（LASSO）回归分析筛选变量避免模型过度拟合，多因素Cox回归分析构建预后模型。Kaplan-Meier 曲线和受试者工作特征（ROC）曲线对预后模型的价值和效能进行评价。利用Pearson试验分析AS事件与SF的相关性，并对SF基因进行GO富集和KEGG通路分析。结果:本研究共纳入507例甲状腺癌患者，研究发现10 447个基因发生了45 150次可变剪切事件。其中ES为主要类型（38.84%），ME发生次数最少（0.51%）。单因素Cox回归筛选出1 842个与预后相关的AS事件，多因素Cox分析建立了基于USHBP1-48249-AA、CACNB1-40626-AT和BEX5-89679-AP的预后风险模型。以风险分数0.807为最佳临界值，能够很好地区分高风险和低风险组（ P<0.001，AUC=0.929）。构建的SF-AS调控网络中发现多个关键SF基因能够调控AS事件的表达，包括CDK12、RBM25、DDX39B、SRRM2和DDX46等。 结论:基于3-AS事件的模型对于评估患者预后具有较高的价值，构建的SF-AS调控网络为探讨甲状腺癌发生发展机制提供了新的思路。

目的:探索特应性皮炎（AD）与健康对照者外周血单个核细胞（PBMC）转录组差异，筛选出AD潜在的生物标志物并进行初步验证。方法:收集2021年1月至2022年5月在重庆医科大学附属第三医院皮肤整形美容中心9例AD患者及10名健康对照者的外周血，提取PBMC后以RNA转录组测序（RNA-seq）技术进行转录组测序及相对表达量测定，通过对差异表达基因（DEGs）进行基因本体论（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）及蛋白互作网络（PPI）分析筛选出生物标志物候选基因并进行实时荧光定量PCR（qRT-PCR）进行初步验证。结果:病例组患者的年龄［ M（ Q1， Q3）］为26.50（22.75，30.50）岁，病程［ M（ Q1， Q3）］为15（10，20）年。健康对照组的年龄［ M（ Q1， Q3）］为37.00（27.75，40.25）岁。相对于健康对照者，AD组共检测出DEGs 1 044条，其中上调基因668条，下调基因376条，DEGs经差异可变剪切（AS）分析显示外显子选择性跳跃（46.74%）及外显子跳跃（31.01%）占比较大，GO富集分析显示DEGs主要与炎症反应相关，KEGG富集分析显示DEGs主要与细胞因子相互作用及信号通路相关。综合富集分析及PPI分析筛选出趋化因子C-C基序趋化因子配体4（CCL4）、C-C 基序趋化因子受体3（CCR3）、C-X-C 基序趋化因子受体 5（CXCR5）、核因子κB抑制因子-α（NFKBIA）、C-X-C基序趋化因子配体1（CXCL1）、白细胞介素1B（IL-1B）、C-C基序趋化因子配体20（CCL20）、淋巴细胞抗原96（LY96）作为AD生物标志物的候选基因，qRT-PCR验证显示上述细胞因子及细胞因子受体mRNA相对表达量与转录组测序结果趋势一致。 结论:CCL4、CCR3、CXCR5、NFKBIA、CXCL1、IL-1B、CCL20、LY96可能为AD的潜在生物标志物，参与AD的发生及发展。

目的:总结GATOR1复合体相关癫痫患者的临床表现、基因突变特点及治疗效果，探讨该复合体相关癫痫的诊疗方法。方法:对2017年5月至2022年7月在首都儿科研究所附属儿童医院、北京清华长庚医院及上海德济医院就诊的GATOR1复合体相关癫痫患者的病史、脑电图、头颅影像学、遗传学检测结果和治疗随访情况进行回顾性分析。结果:共收集GATOR1复合体相关癫痫患者16例，其中男7例，女9例；癫痫起病年龄2个月至14岁；癫痫发作形式仅有局灶性发作者10例，仅有全面性发作者2例，局灶性发作与全面性发作并存者4例，其中全面性发作包括全面性强直阵挛发作、痉挛发作及肌阵挛发作；癫痫综合征包括婴儿痉挛症2例、家族性局灶性癫痫伴可变病灶3例及睡眠相关过度运动癫痫1例。发作间期头皮脑电图提示多脑区放电或弥漫性放电。共发现13个 DEPDC5基因突变位点，1个 NPRL2基因突变位点，2个 NPRL3基因突变位点；除 DEPDC5基因的4个位点为已报道位点，余均为未报道位点；所有突变均有致病性；无义突变8个，大片段缺失1个，移码突变4个，整码突变1个，剪切突变2个；突变遗传自亲代13例，新生突变2例，1例未验证突变来源。5例头颅磁共振成像（MRI）正常，11例头颅MRI存在脑皮质结构异常，表现为脑沟沟底局灶性皮质发育不良（FCD）、脑沟和（或）脑回形成异常伴或不伴灰白质分界不清、双侧大脑皮质发育畸形等。7例行立体定向脑电图（SEEG）监测，6例脑电图起始均呈现低波幅快节律，其中以额叶起始者5例，以顶叶起始者1例。16例患者中8例患者仅使用药物治疗，其中1例为单药治疗，其余为多药联合治疗。8例患者行手术治疗，其中5例 DEPDC5基因突变者行SEEG监测后切除致痫皮质，术后病理报告为FCDⅡ、FCDⅢ或非特异性改变，1例等待手术中。1例 NPRL3基因突变者行致痫灶切除术，术后病理报告为FCDⅡa；另1例 NPRL3基因突变者SEEG监测后行射频热凝毁损术。随访示3例患者药物治疗无发作，4例药物治疗发作减少。6例行致痫灶切除术，其中5例术前经SEEG协助定位致痫灶，术后无发作，切除范围较影像学显示的异常范围广，而1例未行SEEG者术后发作无改善。尚有1例行SEEG引导下射频热凝毁损术，术后无改善。 结论:GATOR1复合体相关癫痫多表现为局灶性发作，SEEG显示发作起源于额叶者多见，多存在皮质发育异常。 DEPDC5基因突变者最常见，多数遗传自亲代，不完全外显比例高，故对非后天获得性脑结构异常者建议行遗传学检测。药物难治者，经术前评估行致痫灶切除术可获得根治。

组蛋白赖氨酸三甲基转移酶（SET domain containing 2，SETD2）基因位于人类第三号染色体短臂的2区1带（3p21.31）位点，长度约为147kb，编码人源含SET结构域蛋白SETD2，能特异性催化组蛋白H3第36位赖氨酸的三甲基化（Trimethylation of lysine 36 of Histone H3，H3K36me3）。SETD2参与DNA转录延伸、损伤修复、可变剪切、基因表达修饰、免疫应答、胚胎发育和血管生成等生物学过程。SETD2在肾细胞癌、胃癌、间皮瘤等多种肿瘤中都发生了突变或失活，主要通过抑制转录延伸、损伤修复、细胞周期进展、凋亡和细胞代谢等过程促进肿瘤的发生发展。SETD2的表达水平与癌症的临床病理参数和患者生存结局也密切相关。在肿瘤治疗上，SETD2的突变或失活可增强G2M细胞周期阻断剂、PI3K（磷脂酰肌醇3-激酶）-AKT（蛋白激酶B）抑制剂和铂类的抑癌效果，西奈芬近衍生物可直接靶向抑制SETD2蛋白，因此SETD2被认为是潜在的表观遗传治疗靶点，在相关癌症的诊疗研究中有较大的研究前景。

为了进一步挖掘伊拉兔骨骼肌转录组的数据,本研究运用生物信息学对3个生长阶段的伊拉兔腓肠肌转录组数据进行深入的综合分析.通过对可变剪切、新转录本及其转录因子的表达模式和分子功能进行可视化呈现,结果发现,在伊拉兔骨骼肌的生长过程中,外显子跳跃(skipping exon,SE)是最常见的剪切方式,发生可变剪切的基因主要富集于泛素化介导的蛋白水解过程.同时,挖掘出4个新转录本,其编号分别是Novel.10047、Novel.13070、Novel.16785和Novel.7389,均与骨骼肌的氧化-还原过程和线粒体功能相关.同属于zf-C2H2转录因子家族成员的转录因子PLAGL1、KLF15、IKZF2和ZNF566可能作为潜在靶点参与调控伊拉兔骨骼肌的生长过程.研究结果对伊拉兔基因组和转录组注释信息进行了补充,为进一步完善及解析伊拉兔骨骼肌生长过程中潜在的功能基因及作用提供了理论基础和依据.

蚊属于典型的性二态昆虫,两性在行为上有着巨大差异,雄性成蚊主要依靠植物汁液获取碳源,而雌性只有吸血后卵巢才能够正常发育,这也是蚊传播多种人类疾病的重要基础.蚊的性二态由复杂的性别决定基因通路调控,虽然通路中两个关键因子双性基因(doublesex,dsx)与fruitless(fru)在结构和功能上与其他昆虫具有高度保守性,通过性别可变剪切最终调控下游性别表型与性行为相关基因,但是其性别决定初始信号即雄性决定因子(Male-determining factor,M-factor)无论与其他昆虫相比还是属种间均具有巨大的差异,而从M-factor至dsx的调控通路亦尚未明确.目前,利用已知的蚊性别决定基因对蚊进行基因改造,在实验室已经初步达到了性别逆转或种群抑制的效果.本文综述了蚊性别决定调控通路中初始信号雄性决定因子的进化和作用机制,其下游信号通路的响应模式,以及以性别决定基因为靶点的转基因蚊防制策略,为深入理解蚊性别决定机制与探讨蚊媒防制提供新思路.

目的 通过深度测序技术获得响应脑缺氧、缺血应激的mRNAome与lncRNAome结构变异与基因表达的基础数据,为缺血性脑卒中临床应用研究提供可用的靶标基因以及分子标志物.方法 采用线栓法构建大鼠缺氧、缺血以及再灌注损伤模型,脑切片TTC染色以及行为学评分法评估模型.采用深度测序技术对皮层样本全转录组进行测序,采用生物信息学方法分别鉴定与筛选转录本、转录本结构变异以及差异表达的基因,采用qRT-PCR方法验证差异基因的表达.结果 应用Longa法构建大鼠MCAO模型.缺血缺氧处的脑组织在TTC染色后呈现苍白色,与非梗死区域的红润颜色形成鲜明的对比.高通量测序共产生 108.54 G大小的测序数据,分别鉴定出30829 个mRNA和 31183 个lncRNA转录本.MCAO组全转录组所产生的SNP、Indel总数显著低于对照Sham组,而mRNA的Indel数目则相对保守,在两组间差异并无统计学意义.mRNA 可变剪切体数目显著多于 ln-cRNA,但mRNA和lncRNA转录本的可变剪切体总数目在两组间差异无统计学意义.本研究筛选出 2 608 个mRNA和 551 个lncRNA在两组间表达差异存在统计学意义,挑选了 9 个已被证明响应缺血缺氧而表达上升的已知基因作为双盲测试子,经检索后发现该 9 个上调基因全部落在 2 608 个差异表达的基因数据集中,qRT-PCR结果进一步证实该 9 个基因表达量趋势亦同测序数据表达趋势,说明测序数据较为准确、可靠.结论 一部分影响转录本加工与剪切的mRNA与lncRNA在缺氧缺血以及再灌注损伤后活化,可能抑制了部分转录本的转录以及RNA编辑与加工的能力,进而影响了缺血性脑卒中关键靶基因的表达.

目的 通过大数据分析6月龄PS19小鼠体内异常选择性剪切(AS)事件是否在tauP301S诱导的神经退行性表型之前出现.方法 采用axel从ENA数据库下载GSE182170数据集原始测序文件,通过STAR软件与ENSEMBL数据库参考基因组进行比对,rMATS和rmats2sashimiplot R包进行常见AS事件分析和结果可视化展示.RSEM软件进行基因转录本定量,Deseq2、edgeR、limma R包进行差异分析,采用clusterProfiler R包对差异基因进行GO富集分析.String和Cytoscape软件用来进行蛋白质间相互作用分析.采用ggcorrplt R包进行基因表达相关性分析.PCR结合琼脂糖电泳验证AS事件.结果 通过rMATS鉴定出了8 079个AS事件,并最终筛选出117个显著AS事件(ΔPSI>0.1,测序覆盖度>1).外显子跳跃(SE)是最常见的AS事件(50.43%),其次是外显子3'端可变剪切(A3SS)和外显子互斥(MXE).GO富集分析发现,突触组织基因发生异常SE事件,而剪切体基因主要发生异常A3SS事件.蛋白相互作用和相关性分析发现Snrpn剪切因子与最多数量的转录本表达显著相关.琼脂糖电泳证实PS19小鼠中Lrp8基因的异常AS事件.结论 异常的剪切因子可能参与了tauP301S引起的异常AS改变.本研究扩展了tau蛋白病中tau蛋白循环和剪切因子的知识.

肺癌是严重威胁我国居民健康的主要公共卫生问题之一.非小细胞肺癌(NSCLC)是肺癌最常见的组织学类型,占所有肺癌的80%～85%.但NSCLC的发病机制仍不完全清楚.可变剪切是指一个mRNA前体通过不同的剪接方式(选择不同的剪接位点)产生不同mRNA剪接异构体的过程.可变剪切是调节基因表达和产生蛋白质组多样性的重要机制,可变剪切基因异常几乎与肿瘤细胞的所有特征表型有关,能够参与多种肿瘤的发生、发展以及治疗耐药.在NSCLC中的可变剪切基因主要有MET、GLDC、RBM、Bcl-xL、SRSF、ADD3等,这些可变剪切基因能够参与NSCLC细胞的增殖、分化、凋亡等一系列生物学行为.因此,深入探索可变剪切基因,或可为NSCLC诊断和治疗提供新的思路.