目的 了解山西省市售食品中阪崎克罗诺杆菌的污染状况、毒力基因携带状况及脉冲电场凝胶电泳(PFGE)分子分型.方法 采用质谱检测系统对菌株进行分型鉴定,通过荧光PCR检测4种毒力基因:ompX、cpa、hly和sip,并对菌株进行PFGE分子分型.结果 2013-2022年检测样品1 050份,分离阪崎克罗诺杆菌80株,总检出率为7.62％.4种毒力基因的检出率分别为:ompX 86.25％,cpa 85.00％,hly 98.75％,sip 86.25％.PFGE分型分为67种基因图谱,相似度在43.7％～100.0％,菌株间表现出较高的遗传多样性,不同产地、不同厂家间的菌株型别分散,仅少数菌株呈现出遗传相关性.结论 该研究结果可对山西省食品中阪崎克罗诺杆菌的风险状况和分型情况提供数据支持,需进一步加强评估和多环节防控.

目的:探讨甲胎蛋白(AFP)高表达和低表达肝细胞肝癌(HCC)中的差异表达基因表达谱，为HCC的分子机制研究及预后判断提供理论依据。方法:从肿瘤基因图谱计划(TCGA)公共数据库获得368例包含完整临床信息的HCC转录组数据，根据组织AFP mRNA表达四分位数将样本分为AFP高表达组和AFP低表达组，每组各92例。应用R软件中的DEseq2包进行差异表达基因分析，应用ClusterProfiler包对差异表达基因进行基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析，应用String数据库和Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络，筛选关键基因。采用单样本基因集富集分析方法，通过R软件GSVA包对特征基因进行富集评分，根据得分定义特征基因集表达情况。利用RNAseq数据和实时荧光定量聚合酶链反应(RT－qPCR)进行独立数据集验证和组织验证。结果:TCGA数据分析显示，AFP高表达与HCC低分化、患者人种有关(均 P<0.05)。生物信息学分析共获得1 382个差异表达基因，其中931个基因在AFP高表达组织中表达上调，451个基因表达下调。GO功能分析显示，AFP高表达组织中高表达的基因主要与附属肢体发育、肢体发育、骨架系统发育等过程有关，而低表达基因则与异源物代谢、类固醇代谢、细胞对异生物刺激反应等代谢相关过程有关。KEGG通路分析显示，AFP高表达组织中高表达的基因主要参与原发性免疫缺陷、神经活性配体－受体相互作用、细胞因子－细胞因子受体相互作用通路，而低表达基因主要与视黄醇代谢、化学致癌作用、类固醇激素的生物合成等通路相关。鉴定出1个预后相关特征基因集，该基因集包括AURKB、TTK、CENPA、UBE2C、HJURP、KIF15，其高表达与HCC患者的无复发生存和总生存有关，且特征基因集富集分数与AFP表达呈正相关( r＝0.475， P<0.001)。RNAseq数据验证结果与TCGA数据分析结果基本一致。RT－qPCR检测结果显示，特征基因集中AURKB、KIF15和UBE2C在AFP高表达HCC组织中显著高表达，其表达虽然与HCC患者的无病生存、总生存无关，但AFP低表达组患者的无病生存曲线和总生存曲线均在AFP高表达组患者之上。 结论:AFP高表达和AFP低表达HCC在基因表达谱上存在较大差异。筛选出的特征基因集可能协同AFP共同促进HCC的发生发展，其对解释不同水平AFP HCC的作用机制有一定作用，并为HCC的预后判断提供了新的思路和依据。

目的:探讨囊泡胺转运蛋白1(VAT1)的表达与胶质母细胞瘤(GBM)免疫微环境的相关性。方法:回顾性分析中国脑胶质瘤基因图谱(CGGA)计划数据库中135例GBM患者的临床资料及转录组数据。采用CIBERSORT反卷积算法分析135例肿瘤组织中不同免疫细胞的占比。根据VAT1基因表达量的中位数分为高表达组(基因表达量大于或等于中位数； n＝68)和低表达组(基因表达量小于中位数； n＝67)。对两组间的差异基因进行基因富集分析(GSEA)。随机选取2018年11月至2019年4月首都医科大学附属北京天坛医院神经外科行开颅肿瘤切除术治疗的9例GBM患者的肿瘤组织样本，应用免疫组织化学染色技术检测VAT1、p65及CD80蛋白表达情况，并采用半定量方法判断蛋白染色结果。 结果:免疫细胞浸润分析结果显示，与VAT1低表达组比较，VAT1高表达组的滤泡辅助性T细胞和活化自然杀伤细胞占比均低，差异均具有统计学意义( P＝0.019和 P＝0.045)。GSEA分析结果显示，与VAT1高表达呈正相关的基因功能主要富集在免疫系统过程、免疫反应调节和炎性反应(均 P<0.001)，且VAT1高表达与核因子κB(NF-κB)抑制物(IκB)激酶/NF-κB信号的调控和IκB激酶/NF-κB信号的正向调控密切相关(均 P＝0.001)。随着VAT1表达量的升高，多种NF-κB信号通路特异性基因表达呈正相关趋势(均 P<0.001)。9例GBM的免疫组织化学染色结果显示，p65蛋白和CD80蛋白均与VAT1蛋白表达呈正相关( r值分别为0.92和0.93，均 P＝0.004)。 结论:初步研究发现，GBM患者中VAT1高表达可能会影响肿瘤免疫反应，并可能通过调控NF-κB信号通路影响肿瘤免疫细胞的浸润。

目的:构建与膀胱癌预后相关基于内质网应激基因的临床基因模型。方法:在分子特征数据库(MSigDB)中筛选到9 165个与内质网应激相关的基因集，运用生物信息学技术对癌症基因图谱(TCGA)数据库中405个膀胱癌样本和25个正常膀胱组织样本的基因表达序列进行差异基因表达分析得到5 689个膀胱癌差异表达基因，两者取交集得到1 556个基因，然后进行WGCNA分析、STRING数据库及Cytoscape软件cytoHubba插件进行蛋白互作网络分析、LASSO回归分析、多因素Cox回归分析获取5个关键基因并构建风险模型预测膀胱癌患者的总生存期。后进行Kaplan-Meier生存分析及ROC分析以研究该模型的预测准确性。结果:两者取交集后共得到1 556个与内质网应激相关膀胱癌差异表达基因，WGCNA分析得到158个与膀胱癌预后相关的差异表达基因。Cytoscape软件CytoHubba插件计算每个基因的Degree评分，提取Top50的差异表达基因并进行LASSO回归分析、多因素Cox回归分析得到5个关键基因：KIF2C、TEAD4、DARS2、VEGFA、CTHRC1，并构建预后风险模型，根据模型表达式计算各样本的风险评分。以风险评分中位数将膀胱癌患者分为高、低两组。进一步Kaplan-Meier生存分析显示不同亚组间的总生存期差异有统计学意义( P<0.05)。且ROC分析显示该模型对膀胱癌患者总生存期预测准确性较高。 结论:KIF2C、TEAD4、DARS2、VEGFA、CTHRC1是与膀胱癌预后相关的内质网应激基因，且构建的预后风险模型在对膀胱癌患者总生存期的预测方面表现出较为优异的准确性。

目的:探讨UNC13D及MYO5A基因突变的原发性噬血细胞综合征的发病机制。方法:对2022年1月28日解放军联勤保障部队第九四〇医院收治的1例UNC13D及MYO5A基因突变的成年噬血细胞综合征患者的相关实验室检查、其近亲属的基因图谱及治疗预后进行回顾性分析，并复习相关文献。结果:患者最终诊断为原发性噬血细胞综合征，经噬血淋巴组织细胞增生症（hemophagocytic lymphohistiocytosis，HLH）-2004方案化疗2次，与其胞哥HLA配型为半相合，考虑其胞哥携带噬血相关基因，不宜选做供者，无其他适合亲缘供者。遂转外院拟行异基因造血干细胞移植，电话随访未行异基因造血干细胞移植，死亡。结论:原发性噬血细胞综合征基因突变为其诊断的金标准，原发性噬血细胞综合征可能存在双基因遗传模式，病毒感染造成的免疫紊乱与遗传因素等多因素的共同作用可能导致原发性噬血细胞综合征的发病。

近年来转录组测序（RNA-seq）技术的成熟和推广应用，为直接测序和鉴定各种可能发生的融合转录本提供了强大工具。随着大宗病例RNA-seq研究报道的增多，血液肿瘤中融合基因的真实图谱日渐清晰。文章结合第62届美国血液学会年会的报道对相关研究进展进行介绍。

目的:分析甲状腺癌的可变剪切（AS）事件，探讨AS事件与甲状腺癌预后的相关性，并建立AS事件与剪接因子（SF）的调控网络。方法:分别从癌症基因图谱（TCGA）和TCGA SpliceSeq数据库下载507例甲状腺癌患者临床资料和AS事件数据，合并得到AS事件生存数据的矩阵，评估7种AS事件的发生情况。采用单因素Cox回归分析筛选与预后相关的AS事件，最小绝对值收敛和选择算子（LASSO）回归分析筛选变量避免模型过度拟合，多因素Cox回归分析构建预后模型。Kaplan-Meier 曲线和受试者工作特征（ROC）曲线对预后模型的价值和效能进行评价。利用Pearson试验分析AS事件与SF的相关性，并对SF基因进行GO富集和KEGG通路分析。结果:本研究共纳入507例甲状腺癌患者，研究发现10 447个基因发生了45 150次可变剪切事件。其中ES为主要类型（38.84%），ME发生次数最少（0.51%）。单因素Cox回归筛选出1 842个与预后相关的AS事件，多因素Cox分析建立了基于USHBP1-48249-AA、CACNB1-40626-AT和BEX5-89679-AP的预后风险模型。以风险分数0.807为最佳临界值，能够很好地区分高风险和低风险组（ P<0.001，AUC=0.929）。构建的SF-AS调控网络中发现多个关键SF基因能够调控AS事件的表达，包括CDK12、RBM25、DDX39B、SRRM2和DDX46等。 结论:基于3-AS事件的模型对于评估患者预后具有较高的价值，构建的SF-AS调控网络为探讨甲状腺癌发生发展机制提供了新的思路。

目的:基于癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)计划数据库的胶质瘤标本信息，探讨较低级别胶质瘤标本中相对低表达的基因与患者预后的关系。方法:在TCGA数据库中选取678例胶质瘤患者[包括低级别胶质瘤(LGG)患者512例，胶质瘤母细胞瘤(GBM)166例]的698例胶质瘤标本[包括LGG患者529例，GBM169例]以及5例正常脑组织，分析其基因表达水平数据以及患者的临床资料。用R软件分析筛选在肿瘤中低表达的基因，对其进行基因注释和基因功能富集分析，用STRING和蛋白交互作用分析(Cytoscape)软件构建蛋白相互作用网络，以R软件根据基因表达水平结合患者的临床资料进行生存分析。结果:在正常脑组织和胶质瘤标本、LGG和GBM组织均低表达的基因为155个；蛋白互相作用关系中连通性值最大的前20位基因中，得到12个基因的功能富集数据，谷氨酸离子型受体NMDA可能为重要的肿瘤生长信号通路之一。生存分析结果显示，12个基因中有7个基因与患者的生存预后改善有关，差异均有统计学意义(均 P<0.05)。 结论:基于TCGA挖掘数据是一种有效的探索肿瘤抑癌基因的生物信息手段；谷氨酸离子型受体(NMDA)家族可能与胶质瘤的生长和预后明显相关。

目的:利用生物信息学管理对乳腺癌和癌旁组织进行长链非编码RNA-生长停滞特异基因5（lncRNA GAS5）差异表达分析，以探讨GAS5对三阴性乳腺癌发生发展的影响。方法:用基因图谱计划（The Cancer Genome Atlas，TCGA）的乳腺癌数据分析各个乳腺癌亚型及病理分期中GAS5的表达情况。利用基因表达综合数据库（Gene Expression Omnibus，GEO）中三阴性乳腺癌数据GSE76124和GSE83937对GAS5进行相关性分析，选取相关性基因并取交集。利用所得到的正相关基因做GO功能和KEGG通路富集分析。用TCGA数据库和GEO76124数据进行GAS5的GSEA分析。选取GEO数据集GSE40525和GSE76250进行三阴性乳腺癌的差异miRNA和mRNA的筛选，通过预测，构建GAS5-miRNA-mRNA的ceRNA网络。结果:GAS5在乳腺癌各亚型组织中表达均较癌旁组织低。GAS5主要参与多种代谢进程包括有机物代谢、大分子代谢、氮化合物代谢等，在通路方面主要影响真核生物中的核糖体生物发生，WNT信号通路等。通过构建GAS5在三阴性乳腺癌中ceRNA调控网络，发现GAS5最有可能通过吸附hsa-miR-650和has-miR-532-5p调控包括SLC7A2和LONRF2在内的25个基因的表达，发挥抑癌基因的作用。结论:lncRNA GAS5可能在乳腺癌中起到抑癌基因的作用，可为乳腺癌的基因治疗提供新的治疗靶点。

目的:探讨垂体瘤转化基因(PTTG)在肾透明细胞癌中的表达及其临床意义。方法:选取2019年1月至2020年12月在本院诊断为肾透明细胞癌的69例患者为研究对象。对患者手术标本的组织切片进行PTTG染色，并收集患者的临床资料。根据PTTG在肿瘤组织中是否表达，将患者分为PTTG阳性组(43例)和PTTG阴性组(26例)。通过GEPIA对癌症基因图谱(TCGA)数据库中肾透明细胞癌的基因表达数据进行分析，包括PTTG在癌和癌旁组织、不同分期肿瘤中的表达水平，并进行生存分析。结果:69例肿瘤组织中，有43例组织的PTTG表达为阳性，阳性率为62.32%，26例PTTG表达阴性，阴性率为37.68%。而69例癌旁组织中，仅11例组织可见PTTG阳性表达，阳性率为15.94%。肾透明细胞癌组织中的PTTG表达阳性率显著高于癌旁组织( χ2＝29.294， P<0.001)。PTTG阳性组中的Fuhrman 3~4级( χ2＝7.057， P＝0.008)、TNM Ⅲ~Ⅳ期( χ2＝8.918， P＝0.003)和肿瘤长径>4 cm( χ2＝3.907， P＝0.048)的比例均显著高于PTTG阴性组。TCGA数据库分析显示，PTTG在肾透明细胞癌肿瘤组织中的表达显著高于癌旁组织( P<0.05)；且PTTG在不同分期的肾透明细胞癌中表达存在显著差异，其中Ⅳ期肾透明细胞癌中PTTG的表达最高( P<0.05)。此外，PTTG高表达患者的预后显著低于PTTG低表达的患者( P<0.05)。 结论:PTTG在肾透明细胞癌中表达增高，且与肿瘤分期、分级、长径有明显相关性，且PTTG高表达的肾透明细胞癌患者的预后较差。