目的:探索局部晚期食管鳞癌同期放化疗敏感性相关基因及分子标志物。方法:收集2017—2018年间31例在中国医学科学院肿瘤医院采用根治性同期放化疗的局部晚期食管鳞癌患者治疗前外周血并提取血浆Cf DNA，采用基于NovaSeq6000高通量测序平台的目标基因捕获测序技术检测靶基因与肿瘤突变负荷(TMB)变化。根据放化疗近期疗效将患者分为放化疗敏感组(CR+PR)和放化疗抗拒组(SD+PD)，综合生物信息学和临床资料分析两组间的基因突变和TMB差异。结果:31例患者测序数据中突变频率>10%的肿瘤相关基因为Tp53、NOTCH1、BRAF、FGFR4、CDKN2A、ATRX和AXIN2，他们在放化疗敏感组和放化疗抗拒组均有分布且相近。高频突变基因主要与7条信号通路相关，主要涉及凋亡信号通路和细胞周期信号通路等，它们主要参与的是RTK-RAS信号通路。放化疗敏感组患者TMB值高于放化疗抵抗组( P＝0.04)，但GXYLT1和KRT18基因在放化疗抵抗组患者的突变率高于放化疗敏感组( P<0.05)。 结论:Tp53、NOTCH1和CDKN2A可能是与食管鳞癌发生发展相关的高频突变基因，而KRT18、GXYLT1和TMB与局部晚期食管鳞癌患者同期放化疗敏感性密切相关。

SLE是一种多系统自身免疫病，其患者的外周血单核细胞制备物中富集有低密度粒细胞（LDGs）。LDGs是一种特殊的中性粒细胞亚群，其表型与功能都与中性粒细胞存在差异，但二者均可形成中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）并发生自身死亡，即NETosis。LDGs和异常的NETosis通过增加Ⅰ型IFN合成、激活补体系统、产生炎性细胞因子等导致SLE患者多器官功能障碍。靶向LDGs与NETosis的药物有望为SLE的临床治疗提供新的前景。

目的:利用指数富集的配体系统进化技术(SELEX)筛选与大鼠骨髓间充质干细胞(BMSCs)特异性结合的核酸适配子(apt)，探讨apt与BMSCs的结合方式及能力。方法:利用SELEX技术，以大鼠BMSCs为靶点，从构建的核酸文库中反复筛选、克隆、测序及分析，获得候选apt。流式细胞术测定和软件分析获得不同浓度(0、4、8、16、32、64、128、256 nmol/L)候选apt与BMSCs的结合曲线及平衡解离常数。胰酶消化实验探究apt与BMSCs结合的靶点，并观察apt体外捕获BMSCs的能力。结果:流式细胞术与荧光共聚焦实验表明SELEX筛选第9轮文库与BMSCs结合能力最高。经序列分析适配子apt7与BMSCs的亲和力最高，平衡解离常数为(11.79±0.72) nmol/L。胰酶消化实验表明当胰酶消化细胞时间超过10 min后，apt7与BMSCs的亲和力下降甚至消失。体外捕获实验表明固定于培养皿上面的apt7能体外捕获骨髓细胞液中的大鼠BMSCs。结论:本研究通过SELEX技术成功分离出能高亲和力、高特异性结合大鼠BMSCs的特异性适配子apt7，为进一步将适配子应用于组织工程支架表面招募循环干细胞研究提供了实验依据。

目的:探讨非小细胞肺癌（NSCLC）甲醛固定石蜡包埋（FFPE）组织样本的不同保存年限对DNA质量及靶向捕获二代测序的影响。方法:收集上海市胸科医院经手术切除、FFPE后常规储存的NSCLC标本共147例。这些标本按储存年限分为<1年（ n=43）、1~3年（ n=40）、>3~5年（ n=37）、>5年（ n=27）4组，采用磁珠法提取DNA，然后对其进行靶向捕获二代测序。分析不同保存时间对DNA片段化程度、文库产量、文库复杂度、测序成功率及测序突变类型的影响。 结果:随标本保存年限的增长，DNA片段化程度增高；文库总产量、总建库复杂度、测序成功率降低；测序单碱基突变类型C>T（G>A）频率最高。结论:在常规FFPE标本储存条件[可控的低湿度室温（20~25 ℃）环境]下，3年内的FFPE标本能够进行二代测序且结果高度可信；>3~5年的FFPE标本可进行二代测序，但存在假阴、阳性结果；5年以上的FFPE标本大部分仅可尝试进行二代测序检测。

痛风是嘌呤生成和代谢异常导致单钠尿酸盐（MSU）结晶沉积在关节及周围组织引发的一组异质性疾病。中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）作为机体受到刺激时对抗细胞外病原体的免疫策略之一，MSU晶体诱导的NETs可激发促炎反应，而聚集的NETs（aggNETs）可以通过降解促炎细胞因子和趋化因子进而缓解急性痛风性炎症，并且NETs可以与MSU晶体结合共同参与痛风石的形成。本文概述了痛风中NETs形成的机制及在痛风不同阶段NETs发挥的作用，以期为痛风的诊治找到新的靶点。

目的:位于X染色体上的 OPN1LW基因变异通常导致蓝色单色视。 OPN1LW基因变异多发生在外显子区域，内含子区域的变异少见。本研究分析 OPN1LW基因内含子新的剪切变异相关的X染色体连锁遗传性视杆视锥细胞营养不良合并近视家系的临床表型及基因突变特点。 方法:采用家系调查研究方法，收集2020年1月9日于河南省人民医院临床诊断为视杆视锥细胞营养不良合并近视1家系3代7名成员。对部分家系成员进行眼科检查，采集受试者静脉血并提取DNA，用河南省眼科疾病临床研究中心自主研发的眼后段疾病靶向捕获基因检测试剂盒PS400和全外显子测序法筛选致病基因。用一代Sanger测序和家系共分离法对筛选的靶基因进行验证，参照美国医学遗传学协会(ACMG)指南和在线工具SIFT、Polyphen2、Mutation Taster对新发现的变异位点进行致病性分析。结果:先证者5岁，男，临床表现为双眼视力不佳，红绿色盲和眼球震颤。双眼眼前节检查未见明显异常。眼底可见视盘边界清、色淡，黄斑中心凹反光可见。光相干断层扫描(OCT)示双眼黄斑区部分椭圆体带反射模糊，呈颗粒样。全视野ERG显示，双眼暗视0.01 ERG波形记录不到，暗视、明视3.0 ERG a、b波振幅明显降低。先证者舅舅有相似的临床表型，但症状更严重。广角眼底照相示双眼高度近视眼底改变，周边视网膜萎缩并伴有散发黑色圆点病灶；自发荧光示周边视网膜呈弱荧光，中周部未见明显异常。2种二代测序结果均显示 OPN1LW基因内含子1个新的半合子剪切变异c.112＋2T>G和 SEMA4A基因1个新的杂合变异c.1913A>C(p.Y638S)。 OPN1LW基因c.112＋2T>G变异进一步导致1号内含子经典的剪切体供体序列改变。根据ACMG指南分析显示，c.112＋2T>G致病性评分为PVS1＋PM2＋PP1，为致病性变异。 结论:本研究首次报道了与 OPN1LW基因变异相关的X染色体连锁遗传性视杆视锥细胞营养不良合并近视家系的致病突变，且该新的致病变异位于基因内含子区域。这个结果与以往 OPN1LW基因变异主要发生于外显子的认识不同，因此本研究扩大了 OPN1LW基因致病突变谱和临床表现谱。

目的:比较基于二代测序（NGS）的淋巴瘤多基因检测包（panel）与FISH检测B细胞淋巴瘤基因重排的一致性。方法:收集2019年1月到2023年5月河南省肿瘤医院对489份石蜡包埋的B细胞淋巴瘤组织进行淋巴瘤相关的413个基因靶向捕获测序后发现的融合基因，与同步采用FISH检测BCL2、BCL6、MYC和CCND1 4种断裂/融合基因的结果进行比较。两种方法对同一个样本的检测结果均为阳性或阴性为一致。同时分析NGS中融合突变丰度与FISH中阳性细胞比率的关系。结果:Kappa一致性分析显示NGS和FISH在检测4种B细胞淋巴瘤相关基因重排上有较高的一致性（ P值均<0.001），但在阳性个体检出率上4种基因有所不同，NGS对BCL2重排的检出率高于FISH，对BCL6和MYC重排的检出率低于FISH，对CCND1重排的检出率与FISH相同。NGS中融合突变丰度与FISH中阳性细胞比率无相关性。 结论:NGS与FISH检测B细胞淋巴瘤基因重排总体上具有较好一致性。在检测BCL2重排上，NGS优于FISH；在检测MYC重排上，NGS劣于FISH；在检测CCND1重排上二者相当。

目的:探讨溴结构域和超末端结构域蛋白（BET）家族编码基因胚系罕见变异与中国部分地区人群恶性肿瘤易感性的关系。方法:针对溴结构域蛋白2（BRD2）、BRD3、BRD4基因设计捕获探针，利用Illumina高通量测序平台，对2015年10月至2018年7月解放军总医院、广西医科大学第二附属医院、湖北省麻城市人民医院以及北京吉因加科技有限公司募集的1 673例恶性肿瘤患者和1 661例非肿瘤对照者的外周血白细胞基因组DNA进行靶向测序。根据基因组分析工具包（GATK）最佳实践指南进行变异检测分析，采用ANNOVAR、VEP软件进行注释，筛选BET家族中胚系罕见变异。为了确定潜在致病性胚系罕见变异，在ClinVar数据库中检索其致病性的临床和实验证据，并采用SIFT和PolyPhen-2软件预测变异的致病性。以Fisher′s 精确检验比较病例组和对照组变异率的差异，采用SKAT软件将性别、年龄作为协变量进行多因素回归分析。结果:1 673例肿瘤患者中，男911例，女762例；年龄（57.9±11.7）岁；肺癌1 111例（66.4%），肠癌266例（15.9%），乳腺癌186例（11.1%），食管癌或胃癌110例（6.6%），同期招募非肿瘤对照1 661例，其中男821例，女840例；年龄（44.5±13.9）岁。BRD2基因中共有4个潜在致病性胚系罕见变异，且这4个变异仅存在于17例肿瘤患者中。从肿瘤患者和非肿瘤对照中共筛选出5个存在于BRD3基因上的潜在致病性胚系罕见变异，以及8个存在于BRD4基因上的潜在致病性胚系罕见变异。BRD2基因在肿瘤患者中的潜在致病性胚系罕见变异率为1.02%（17/1 673），高于非肿瘤对照［0（0/1 661）； OR=+∞，95% CI：4.81~+∞， P<0.001］。BRD3基因在肿瘤患者中的潜在致病性胚系罕见变异率为0.24%（4/1 673），与非肿瘤对照相比，差异无统计学意义［0.12%（2/1 661）； OR=1.99，95% CI：0.46~10.47， P=0.690］。BRD4基因在肿瘤患者中的潜在致病性胚系罕见变异率为0.18%（3/1 673），与非肿瘤对照相比，差异无统计学意义［0.36%（6/1 661）； OR=0.50，95% CI：0.14~2.08， P=0.340］。进一步将“华表计划”中国人群全外显子测序数据集用作对照，BRD2基因在肿瘤患者中的变异率为17/3 346（0.51%），明显高于对照［0.07%（3/4 154）； OR=7.07，95% CI：2.32~22.83， P<0.001］。17例携带BRD2基因4个潜在致病性胚系罕见变异患者中，肺癌9例，肠癌6例，乳腺癌1例，食管癌或胃癌1例。BRD2基因在肺癌患者中的潜在致病性胚系罕见变异率为0.81（9/1 111），高于非肿瘤对照［0（0/1 661）； OR=+∞，95% CI：3.95~+∞， P<0.001］；BRD2基因在肠癌患者中的潜在致病性胚系罕见变异率为2.26%（6/266），明显高于非肿瘤对照［0（0/1 661）； OR=+∞，95% CI：9.03~+∞， P<0.001］。携带BRD2基因罕见变异的患者具有更早的肠癌发病年龄［（47.0±7.4）比（57.2±12.1）岁， P=0.017］。 结论:BRD2基因可能是肺癌、肠癌的候选遗传易感基因，携带BRD2基因潜在致病性胚系罕见变异具有更高的肺癌、肠癌发病风险以及更早的肠癌发病年龄。

目的:通过多组学联合生物信息方式分析探索外泌体介导的多发性肌炎/皮肌炎（PM/DM）的潜在发生机制，为PM/DM提供诊断新靶标和治疗新思路。方法:收集2021年1月至2023年6月来自无锡市第二人民医院的PM/DM患者及健康体检者的血清外泌体样本，基于HiSeq高通量测序技术和同位素标记相对和绝对定量（iTRAQ）定量蛋白组学技术对PM/DM组与健康对照组血清外泌体中的微RNA（miRNA）和蛋白组分开展测序分析，并使用R语言进行limma差异分析，基因本体（GO）、京都基因和基因组百科全书（KEGG）、基因富集分析（GSEA）功能分析及免疫相关性分析，筛选核心基因并建立miRNA-靶基因-转录因子共表达分子网络。最后使用实时荧光定量聚合酶链反应（qRT-PCR）对核心基因进行实验验证。统计学方法以 t检验进行数据分析，并绘制受试者工作特征（ROC）曲线评价核心基因的检验效能。 结果:初步筛选出42个上调差异蛋白，61个下调差异蛋白，以及22个上调差异miRNA，19个下调miRNA，最终确定7个核心基因，13个关联差异miRNA以及4个转录因子。根据功能分析认为核心基因组织蛋白酶G（CTSG）、髓过氧化物酶（MPO）、组蛋白H1-5涉及的中性粒细胞胞外诱捕网的形成、NF-κB通路等炎症相关途径在外泌体介导的PM/DM发生机制中起重要作用。肥大细胞、未成熟树突状细胞、自然杀伤细胞、调节性T细胞、辅助性T细胞2等免疫细胞在疾病的血清外泌体中表达程度较高。健康对照和PM/DM组MPO[（1.08 ±0.47）和（2.05 ±0.62）， t=-3.50， P=0.004]、CTSG[（1.11 ±0.51）和（2.27 ±1.10）， t=-2.72， P=0.022]、H1-5[（1.03 ±0.25）和（1.81 ±0.73）， t=-2.89， P=0.019]相对表达量比较差异具有统计学意义，ROC曲线中，MPO[AUC（95% CI）=0.92（0.78，1）]、CTSG[AUC（95% CI）=0.81（0.59，1）、H1-5[AUC（95% CI）=0.84（0.64，1）]表明3个核心基因精度良好。 结论:本研究鉴定了PM/DM血清外泌体中的关键差异分子，并构建了miRNA-靶基因-转录因子的调控网络，确定了PM/DM通过血清外泌体介导的致病机制是经由中性粒细胞胞外诱捕网的形成、NF-κB通路这两大关键通路实现的，CTSG、MPO、H1-5为其通路中的核心基因，并明确了与其相关miRNA及转录因子，这些因子或可成为PM/DM诊断和治疗的潜在靶点和生物标志物。

目的:分析儿童遗传性球形红细胞增多症(HS)的临床表型及分子遗传学特点。方法:收集2014年6月至2018年6月郑州大学附属儿童医院HS患儿的临床病例资料，进行回顾性分析。采集20例患儿及其父母外周血样本，应用二代测序技术进行靶向捕获或全外显子组测序，对可疑突变位点应用Sanger测序进行验证。结果:共43例患儿纳入研究(男23例，女20例)，中位发病年龄1岁11个月(1个月～10岁)。面色苍白(27/43例，62.79%)是主要的发病症状，典型临床表现为贫血(36/43例，83.72%)、黄疸(35/43例，81.40%)、脾大(33/43例，76.74%)、肝大(27/43例，62.79%)。外周血及骨髓血涂片球形红细胞比例≥0.1的患儿分别为23例(23/43例，53.49%)、17例(17/43例，39.53%)，红细胞渗透脆性试验阳性20例(20/43例，46.51%)。29例患儿输血前后比较：输血后血红蛋白(Hb)[(88.69±11.22) g/L比(78.24±14.47) g/L]、平均红细胞体积(MCV)[(89.37±7.15) fL比(84.08±7.49) fL]、平均红细胞血红蛋白含量(MCH)[(29.12±2.70) pg比(27.36±1.95) pg]、平均血红蛋白浓度(MCHC)[(361.79±32.27) g/L比(356.31±31.43) g/L]均升高，总胆红素(TB)水平较输血前下降[(33.27±16.42) μmol/L比(41.58±15.40) μmol/L]，差异均有统计学意义( t＝－3.538、－5.187、－5.412、－7.404、2.527，均 P<0.05)。7例患儿行脾切除术：术后Hb[(116.00±5.54) g/L比(75.71±9.96) g/L]、MCH[(29.87±1.62) pg比(24.61±1.65) pg]、MCHC[(391.14±12.99) g/L比(315.14±51.99) g/L]均升高，差异均有统计学意义( t＝－9.234、－4.330、－4.031，均 P<0.05)。手术组患儿Hb较输血组升高明显，治疗效果更显著( t＝－9.247， P<0.05)。13例患儿在3种基因( ANK1、SPTB及 SPTA1)检出13种致病变异(11种是未报道的新变异)，8例为 ANK1变异，4例为 SPTB变异，1例为 SPTA1变异。13例变异中，除1例遗传自母亲外，余12例为新生变异(de novo)。 结论:儿童HS多以贫血、面色苍白为首发症状，输血可暂时改善贫血、黄疸症状，脾切除是有效的根本治疗手段。13例患儿获得基因诊断，为下一胎遗传咨询提供依据；在 ANK1、SPTB、SPTA1基因中共发现11种新变异，扩展了HS的基因突变谱。