-
应用PCR-HRM技术快速筛查 MMACHC基因热点致病变异c.609G>A
编辑人员丨6天前
目的:对2个钴胺素代谢障碍C型(Cobalamin C,cblC)家系进行基因变异分析,在明确变异的基础上建立针对 MMACHC基因热点致病变异c.609G>A的聚合酶链反应-高分辨熔解曲线(high-resolution melting, HRM)快速筛查方法。 方法:提取先证者及父母外周血基因组DNA;采用PCR-Sanger测序技术对cblC家系的 MMACHC基因进行变异分析;通过PCR-HRM技术筛查100名健康儿童 MMACHC基因变异c.609G>A。 结果:经Sanger测序确认先证者1 MMACHC基因存在c.394C>T和c.609G>A复合杂合变异,先证者2 MMACHC基因存在c.482G>A和c.609G>A复合杂合变异。先证者及100名健康儿童PCR-HRM分析结果与Sanger测序结果一致。 结论:c.609G>A是 MMACHC基因的热点致病变异,利用PCR-HRM技术对其进行筛查是cblC获得快速基因诊断有效方法。
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
-
APTR基因DNA甲基化及mRNA表达水平与HBV感染的相关性研究
编辑人员丨6天前
目的:探讨Alu介导的p21转录调节子(Alu-mediated p21 transcriptional regulator,APTR)基因的DNA甲基化及mRNA表达水平与HBV感染的相关性。方法:选择2019年1月至12月云南大学附属医院收治的100例HBV感染者为研究对象,其中慢性乙型肝炎(Chronic hepatitis B,CHB)组50例,乙型肝炎病毒无症状携带者(Asymptomatic carries of hepatitis B virus,ASC)组50例。另选同期体检者50名作为健康对照组。采用甲基化敏感的高分辨率熔解曲线(Methylation-sensitive high-resolution melting,MS-HRM)检测APTR基因的DNA甲基化程度;采用实时荧光定量聚合酶链反应(Real-time quantitative polymerase chain reaction, qRT-PCR)检测所有研究对象外周血白细胞内APTR基因的mRNA表达水平。相关性分析采用Pearson相关或Spearman秩相关。结果:CHB组、ASC组以及健康对照组的APTR基因甲基化水平分别为[12.02(9.30,23.32)]%、[10.02(8.46,17.44)]%和8.86[(7.82,11.57)]%,差异具有统计学意义( χ2=13.360, P<0.01),CHB组的APTR基因甲基化水平高于健康对照组( Z=31.480, P<0.01)。CHB组、ASC组以及健康对照组的APTR基因mRNA表达水平分别为(2.38±1.41)、(5.78±2.78)和(5.70±2.66),差异存在统计学意义( F=33.720, P<0.01),CHB组的APTR基因mRNA表达水平低于健康对照组和ASC组,差异有统计学意义( t=7.808和7.724, P值均<0.01)。相关性分析结果显示,所有研究对象中APTR基因的甲基化水平与mRNA表达量呈负相关( r=-0.305, P<0.01);HBV感染者中APTR基因的甲基化水平与HBsAg水平呈正相关( r=0.231, P<0.05),APTR基因mRNA表达量与HBsAg水平呈负相关( r=-0.245, P<0.05)。 结论:APTR基因DNA甲基化及mRNA表达水平在不同时期HBV感染者中存在差异,提示其可能参与了HBV感染的免疫调控。
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
-
相似序列高分辨熔解曲线技术在常见染色体三体产前诊断中的应用
编辑人员丨6天前
目的:为探讨相似序列高分辨熔解曲线(SD-HRM)技术在21三体、18三体和13三体产前诊断中的临床应用价值。方法:于2014年9月至2016年8月从南京市妇幼保健院、浙江大学附属妇产科医院、四川大学华西第二医院/华西妇产儿童医院和厦门市妇幼保健院共采集1 152例进行产前诊断孕妇的羊水细胞,同时采用SD-HRM技术和染色体核型分析技术进行平行检测,计算SD-HRM技术的敏感度、特异度,并分析两项技术检测结果的一致性,计算 Kappa值。 结果:1 152例孕妇经SD-HRM技术检测出21三体161例,18三体60例,13三体5例,敏感度和特异度均为100%,与染色体核型分析结果一致( Kappa=1)。 结论:在常见染色体三体的产前诊断中,SD-HRM技术与染色体核型分析的准确率相当,作为快速产前诊断的一种新方法具有较好的应用前景。
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
-
我国结核病定点医疗机构实验室检测能力调查分析
编辑人员丨1周前
目的:了解我国结核病定点医疗机构实验室检测技术的开展能力和质量.方法:本研究基于中国疾病预防控制中心结核病防治临床中心2023年开展的"全国结核病医疗机构防治体系和运行机制研究"收集的结核病医疗机构相关数据,通过与2015年结核病定点医疗机构调查数据进行比较,以分析结核病实验室检测技术开展的情况和趋势.两次调查同时覆盖单位共46家,包括综合性医院、传染病院、院所合一的结核病防治机构、公共卫生中心和结核病专科医院.结果:纳入的46家结核病定点医疗机构中包括省级机构19家(41.3%)和地市级机构27家(58.7%).调查机构2022年平均门诊人次为16 424例次,其中耐多药/利福平耐药结核病门诊185例次;平均收治结核病患者1460例,其中收治耐多药/利福平耐药结核病患者131例.在实验室检测开展方面,调查机构2022年实验室检测主要以涂片、培养和药物敏感性试验三大常规检测技术为主.从不同机构类型来看,三级甲等医疗机构在PCR检测(70.8%,17/24)、基因芯片检测(37.5%,9/24)、分子菌种鉴定(58.3%,14/24)的开展率方面明显高于其他等级医疗机构[分别为 27.3%(6/22)、4.5%(1/22)和 22.7%(5/22);x2=8.712、5.518 和 6.002,P=0.003、0.019和0.014],且在传统结核病实验室检测技术(痰涂片、痰培养、传统药物敏感性试验)开展的总体工作量[分别为19 825(11 253,38 363)、13 266(4164,24 213)和1264(534,2523)例次]均明显高于其他等级医疗机构[分别为 8072(2132,17 239)、2292(1076,10 075)和 323(101,1572)例次;Z=-2.452、2.702 和-2.225,P=0.014、0.007和0.026].从地区分布来看,仅高分辨率熔解曲线开展率检测东部地区(35.3%,6/17)略低于中部地区(76.5%,13/17),差异有统计学意义(x2=6.494,P=0.039).从历年变化来看,2022年GeneXpert MTB/RIF检测(93.5%,43/46)、基因芯片检测(21.7%,10/46)等简便、快速的诊断技术较2014年[开展比例分别为41.3%(19/46)和 8.7%(4/46)]应用更为广泛,且 GeneXpert MTB/RIF 检测[2014 年诊断 38(11,150)例次;2022 年诊断2485(856,8349)例次;Z=-3.724,P<0.001]、抗体检测[2014 年诊断 500(200,1010)例次;2022 年诊断 3401(1066,7275)例次;Z=-4.235,P<0.001]等技术的诊断工作量呈上升趋势.在实验室质控方面,培养技术的质量控制仍然是需要重点关注的领域,2022年仅有76.1%(35/46)的医疗机构被室间质控,且参与最多的为第三方机构质控[74.3%(26/35)].结论:2014年以来,我国结核病定点医疗机构的实验室检测能力有了不同程度的提升,特别是分子生物学检测能力有了显著的发展,在关注结核病实验室检测能力建设的基础上,实验室工作质量是未来重点关注领域.
...不再出现此类内容
编辑人员丨1周前
-
基于高分辨率熔解曲线的GSTM1基因分型方法的建立与评价
编辑人员丨2024/6/1
目的:采用高分辨率熔解曲线(High Resolution Melting,HRM)法检测GSTM1基因多态性,并评价其准确性,以期为临床抗肿瘤药物与抗结核药物的临床个体化应用提供参考.方法:2019年3月-2019年10月就诊于四川省人民医院等3家医疗机构的94例患者的外周静脉血样本,纳入标准为:年龄为16-88周岁;签署知情同意书;留存血液样本的体检患者.采用离心柱法提取其全血基因组DNA,对提取后的DNA进行浓度及纯度检测,并采用HRM法对产物进行分析;同时使用Stata17软件采取随机种子从GSTM1 null和GSTM1 non-null共2种基因型样本中随机选取33例样本使用焦磷酸测序法进行准确性验证.结果:94例样本DNA浓度范围为10~60 ng·μL-1,纯度OD260/280位于1.6~2.0之间.所有样本扩增反应均正常,其中37例患者(39.36%)检测到GSTM1 non-null基因型,57例患者(60.64%)检测到GSTM1 null基因型.随机选取的33例样本使用焦磷酸测序进行验证,17例患者(51.52%)检测到GSTM1 non-null基因型,16例患者(48.48%)GSTM1 null基因型.与焦磷酸测序法结果进行比对,HRM法的结果与之完全相符.结论:该研究建立了 HRM方法检测GSTM1的实验体系和方法,用于检测GSTM1基因位点的2种不同基因型,准确性高,为临床肿瘤和结核等患者用药方案的优化提供了一种快速、准确的药物基因检测方法,对于抗肿瘤药物与抗结核药物的临床应用具有重要的指导意义.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2024/6/1
-
FSHR基因多态性、BMI及性激素与多囊卵巢综合征发病风险的相关性分析
编辑人员丨2024/3/16
目的 探讨体重指数(BMI)、性激素及卵泡刺激素受体(FSHR)基因rs2268361和rs2349415位点的单核苷酸多态性(SNP)与多囊卵巢综合征(PCOS)发病风险的相关性.方法 收集2021年3-8月山西医科大学第一医院生殖医学科门诊就诊的213例PCOS患者(PCOS组)与207名健康对照者(对照组)的外周血,随机收集PCOS组与对照组各32例卵泡液.计算PCOS组与对照组的BMI;采用免疫化学发光法检测两组外周血卵泡刺激素(FSH)、黄体生成素(LH)、雌二醇(E2)、睾酮(T)、孕酮(P)和泌乳素(PRL)水平;采用聚合酶链式反应(PCR)和高分辨熔解曲线(HRM)分析两组FSHR基因rs2268361和rs2349415位点多态性;采用实时定量PCR检测两组外周血及卵巢颗粒细胞FSHR mRNA表达水平.结果 LH与LH/FSH呈明显正相关(r=0.88,P<0.05);PCOS组BMI、E2、LH、LH/FSH、T水平明显高于对照组(P<0.05),FSH水平明显低于对照组(P<0.001);HRM分析显示,PCOS组rs2349415位点CC、CT、TT基因型频率分别为55.9%、34.3%和9.8%,对照组分别为68.6%、23.2%和8.2%,PCOS组C、T等位基因频率分别为73.0%、27.0%,对照组分别为80.2%、19.8%,两组基因型频率及等位基因频率比较差异均有统计学意义(P<0.05);PCOS组卵巢颗粒细胞中FSHR mRNA表达水平明显高于对照组(P=0.004),其中rs2349415 TT基因型FSHR mRNA表达水平高于CC(P=0.002)和CT基因型(P=0.035).结论 高水平的BMI、LH、E2及rs2349415位点T等位基因可增加PCOS的发病风险.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2024/3/16
-
Toll样受体和白细胞介素-17单核苷酸多态性与口腔扁平苔藓易感性的相关性研究
编辑人员丨2024/2/3
目的 探讨Toll样受体(TLR)和白细胞介素-17(IL-17)基因的遗传多态性及与口腔扁平苔藓(OLP)的相关性.方法 选取病例组(OLP组)患者与对照组(未患OLP人群)外周血提取的DNA为研究对象,选取TLR与IL-17上的7个单核苷酸多态性(SNP)位点,分别是TLR3中的rs5743312、TLR2中的rs121917864和IL-17A中的5个SNP位点(rs4711998、rs3819024、rs8193036、rs3748067和rs17878530).采用高分辨率熔解曲线分析法进行外周血细胞PCR产物基因多态性检测,并与DNA测序结果比对.统计分析SNP位点与OLP发生的相关性.结果 rs5743312(TLR3)、rs3819024(IL-17A)与OLP的发生相关,并有统计学意义(P<0.05).其余5个SNP位点未检测出与OLP相关.结论 rs5743312(TLR3)和rs3819024(IL-17A)可能与OLP的易感性相关.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2024/2/3
-
三种脊髓性肌萎缩症携带者筛查方法的性能评估
编辑人员丨2023/11/11
目的:比较3种分子遗传技术在脊髓性肌萎缩症基因携带者筛查检测中的检测性能.方法:采用微滴数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)、高分辨率熔解曲线(high-resolution melting,HRM)与多重竞争性PCR联合毛细管电泳(PCR-based capillary electrophoresis,PCR/CE)技术检测516例样本中SMN基因拷贝数,并通过多重连接依赖探针扩增(multiple ligation-dependent probe amplification,MLPA)方法作为金标准技术验证结果.结果:ddPCR、HRM和PCR/CE检测SMN1第7号外显子的拷贝数与MLPA分析结果一致,灵敏度和特异度均为100.0%.HRM检测SMN1基因第8号外显子单拷贝的灵敏度和特异度为100.0%和99.5%,双拷贝的灵敏度和特异度为99.4%和100.0%,而大于双拷贝的灵敏度和特异度为100.0%和100.0%.PCR/CE可以同时检测SMN1和SMN2基因的第7、8号外显子,检测结果与MLPA结果完全一致,灵敏度和特异度均为100.0%.结论:本研究比较了3种分子遗传技术在SMA携带者筛查检测中的效能,为建立大规模人群的脊肌萎缩症携带者筛查技术选择提供依据.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2023/11/11
-
SPARCL1基因多态性与动脉粥样硬化遗传易感相关性分析
编辑人员丨2023/8/19
目的 探讨富含半胱氨酸的酸性分泌蛋白类似蛋白1(SPARCL1)的单核苷酸多态性(SNP)位点 rs7695558、rs1049539 与动脉粥样硬化(AS)的遗传易感相关性.方法采用病例对照研究,选取 209 例AS患者作为病例组,年龄、性别相匹配的208 例健康体检者作为对照组.利用酶联免疫吸附试验(ELISA)测定血清SPARCL1 表达水平,使用线性和Logistic回归分析评估SPARCL1 水平和血管危险因素、生活方式、人口统计学变量之间的相关性.通过免疫组织化学实验评估发生粥样硬化病变的动脉组织和相对正常动脉组织中的SPARCL1 蛋白的表达水平及定位,随后用高分辨率熔解曲线法对 51 例 AS 患者和 50 例健康对照者DNA的SPARCL1 基因的两个 SNP 位点 rs7695558(A/G)、rs1049539(T/C)进行基因分型,使用Pearson x2 检验分别分析rs7695558、rs1049539 多态性与AS患者易感性之间的关系.结果 AS患者的SPARCL1 血清表达水平低于对照组(Z =-2.916,P =0.004).SPARCL1 水平与患者年龄(P = 0.027)、舒张压(P =0.008)有关,而与患者的性别及部分心血管危险因素无明显相关(P>0.05).冠状动脉组织中粥样硬化病变部位的SPARCL1 表达水平增高.rs7695558 和rs1049539 在病例组和对照组间的基因分布差异无统计学意义(P>0.05).rs7695558 的隐性遗传模型中,含A和不含A的基因分布有差异,不含A等位基因(GG)的患者比含A等位基因(AA+AG)的患者的AS发病风险低,OR值为0.417,95%CI:0.184~0.945,在 10%的置信水平上显著(P = 0.034).结论 首次在中国安徽人群中鉴定了位于人类SPARCL1 基因内含子内的与 AS 风险相关的新易感位点rs7695558,同时提示SPARCL1 可能作为血管保护因子发挥抗AS作用.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2023/8/19
-
高分辨率熔解曲线检测背景下结核分枝杆菌链霉素和乙胺丁醇耐药模式分析
编辑人员丨2023/8/19
目的 研究洛阳市和县区结核分枝杆菌链霉素与乙胺丁醇耐药模式,指导临床用药,补充当地耐药结核的流行病学数据.方法 该研究共纳入 2 941 例高分辨率熔解曲线(HRM)的阳性结果,评估与链霉素和乙胺丁醇耐药相关的危险因素.结果 在被纳入的 2 941 例 HRM 阳性病例中,18.4%对链霉素耐药,8.0%对乙胺丁醇耐药,男性对链霉素和乙胺丁醇耐药率均高于女性(19.0%vs 16.9%,P = 0.129;8.0%vs 7.9%,P = 0.987),城市群体高于乡村(21.3%vs 16.6%,P =0.002;9.8%vs 6.9%,P =0.004),复诊群体远高于初诊患者(25.8%vs 17.3%,P<0.001;12.1%vs 7.4%,P =0.002),年龄<51 岁群体链霉素耐药率高于年龄>50 岁的群体(21.1%vs 16.1%,P<0.001).按年龄分层,链霉素及乙胺丁醇最高耐药率,男性分别出现在31~35 岁和 56~60 岁,而女性则分别出现在 21~25 岁及56~60 岁.多变量模型中,在调整了涂片结果和年份检测后,既往治疗史、年龄<51 岁、城镇地区与链霉素和乙胺丁醇耐药性呈正相关.结论 该地区男性、既往治疗史、年龄<51 岁和城镇居住群体是链霉素与乙胺丁醇耐药结核的重点监测目标.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2023/8/19
