红盲高原鳅(Triplophysa erythraea Liu&Huang,2019)是2019年发表的一种真洞穴鱼类,具有重要的洞穴生物学和进化生物学研究意义以及物种保护价值.2021年7月,在湖南省湘西土家族苗族自治州花垣县大龙洞采集到2尾样本.通过高通量测序技术对其中1尾的线粒体DNA序列进行分析,该线粒体DNA呈双链闭合环状结构,全长为16 585 bp,共含有37个基因,其中包括13个蛋白编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因,以及两段非编码区,即L链复制起始区OL和H链复制起始区OH,碱基组成为 A(31.2％)、G(15.8％)、C(26.0％)、T(27.0％),A+T 的含量为 58.2％.基于蛋白编码基因使用最大似然法和贝叶斯法构建高原鳅属系统进化树,确定了红盲高原鳅在进化树上的位置.本研究为高原鳅属鱼类的进化研究以及物种保护工作提供了基础数据.

目的:探索葛根素抑制膀胱癌(bladder cancer,BLCA)T24及5637细胞系的作用机制.方法:利用Cell Counting Kit-8(CCK-8)检测法证实葛根素抑制BLCA T24及5637细胞的能力.通过串联质谱标签(Tandem Mass Tags,TMT)技术获得差异表达蛋白列表,并进行功能富集分析.通过生物信息分析筛选关键蛋白并对其进行表达分析、生存分析和上游转录因子预测.分子对接及Western blotting实验用于上游转录因子的验证.结果:CCK-8检测结果显示葛根素对T24和5637细胞系的IC50分别为218 μmol·L-1和198 μmol·L-1.功能富集分析显示差异表达蛋白主要富集在细胞周期和DNA复制通路.筛选出的关键蛋白为CDK1、CCNB1和PLK1.CHEA3网站预测关键蛋白上游转录因子为着丝粒蛋A(centromere protein A,CENPA.分子对接显示葛根素与 CENPA 的结合能为-6.3 kcal·mol-1(1 cal=4.184 0 J),Western blotting显示葛根素可显著降低CENPA的表达.结论:葛根素可能通过抑制CENPA的表达来影响蛋白CCNB1和PLK1,从而调控BLCA细胞的细胞周期或DNA复制以抑制其增殖.

目的 基于定量蛋白质组学技术明确西黄丸抗乳腺增生(hyperplasia of mammary glands,HMG)中乳腺组织的差异蛋白并验证,探讨其作用机制.方法 将SD大鼠随机分为空白组、模型组和西黄丸组,每组10只.除空白组外,肌注雌孕激素建立HMG大鼠模型,为期30 d.给药西黄丸14 d后,观察各组大鼠表观形态变化,HE染色观察乳腺组织病理改变,定量蛋白质组学技术筛选各组差异表达蛋白(differen-tially expressed proteins,DEPs),并进行生物信息学分析和Western blot验证.结果 与模型组比较,西黄丸组表观病理形态明显改善,大鼠乳头高度直径明显降低(P＜0.01),组织病理程度明显缓解.定量蛋白质组学鉴定出乳腺组织4 299个DEPs,对西黄丸组与空白组相对模型组变化一致的14个DEPs进行生物信息学分析,发现与肌肉系统过程的调节、肌肉收缩调节、DNA复制和DNA复制启动前过程有关.Western blot结果表明,与模型组比较,西黄丸组大鼠乳腺组织ACLY与ALDOC蛋白表达水平明显降低,BIN1蛋白表达水平明显增加(P＜0.01).结论 西黄丸可能通过调控BIN1、ACLY及ALDOC蛋白水平,调控DNA复制、DNA复制启动前和肌肉系统过程的调节、肌肉收缩调节等途径发挥抗HMG作用.

目的 基于网络药理学初探表皮生长因子受体(EGFR)突变非小细胞肺癌(NSCLC)与酪氨酸激酶抑制剂(TKI)相关皮疹间的关联机制并预测潜在中药.方法 利用基因表达汇编数据库收集使用TKI厄洛替尼处理前后EGFR突变NSCLC细胞、正常成纤维细胞的基因芯片数据,用R 4.3.2软件limma包筛选差异表达基因,用venn包筛选交集靶基因,用ClusterProfiler包对差异表达基因及交集靶基因进行功能富集分析.通过CoreMine Medical数据库对交集靶基因进行潜在中药预测,统计性味归经,并利用分子对接方法进行验证.结果 筛选出 126个交集靶基因,基因本体、京都基因与基因组百科全书富集分析提示差异表达基因及交集靶基因均富集在染色体、纺锤体等区域,参与有丝分裂、DNA复制等生物学过程及DNA复制、溶酶体、细胞循环等相关信号通路.基因集富集分析显示厄洛替尼处理后,NSCLC细胞的趋化因子通路、核苷酸结合寡聚域样受体信号通路等被激活,成纤维细胞哺乳动物雷帕霉素靶蛋白信号通路、氨基酸代谢通路出现扰动.通过CoreMine Medical数据库预测了354种主要性属寒、温、平,味属苦、辛、甘,归胃、肺、肝经的中药.以黄芩为例筛选有实验支持的靶基因及对应活性成分并进行分子对接分析,发现靶基因与活性成分结合性能好.结论 EGFR突变NSCLC、TKI相关皮疹在发病机制上具有同源性,均涉及DNA复制、细胞循环等,可为EGFR突变NSCLC伴TKI相关皮疹患者的临证用药提供指导.

目的:探讨复制因子C5（RFC5）在子宫颈癌中的表达及其对预后、免疫调控的影响和相关机制。方法:2023年5月从癌症基因组图谱（TCGA）数据库下载280例子宫颈癌患者RFC5 mRNA表达数据及临床数据。比较子宫颈癌组织和癌旁正常组织中RFC5 mRNA表达水平差异，分析不同临床病理特征患者RFC5 mRNA表达水平；根据子宫颈癌组织RFC5 mRNA中位表达水平将280例患者分为高表达组和低表达组，采用Kaplan-Meier法对两组进行生存分析，比较采用log-rank检验；利用基因表达谱交互分析（GEPIA）2在线工具验证子宫颈癌RFC5基因表达情况及与预后的关系。采用单因素、多因素Cox比例风险模型分析TCGA数据库子宫颈癌患者总生存（OS）的影响因素。利用LinkedOmics数据库筛选子宫颈癌中RFC5相关的共同差异表达基因（DEG），基于DAVID数据库对RFC5相关DEG进行基因本体（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。基于肿瘤免疫评估资源（TIMER）数据库，通过Spearman法分析RFC5表达与子宫颈癌肿瘤浸润免疫细胞的关系；基于肿瘤免疫系统相互作用数据库（TISIDB）分析子宫颈癌RFC5表达与免疫调节因子的关系。基于人类蛋白图谱（HPA）数据库分析子宫颈癌组织中RFC5蛋白表达情况。基于GEPIA2在线工具分析RFC5在泛癌中的表达及其与OS的关系。结果:TCGA数据库中RFC5 mRNA在子宫颈癌组织（277例）中相对表达水平高于癌旁正常组织（3例），差异有统计学意义（ P<0.001）；不同年龄、病理类型、临床分期子宫颈癌患者间癌组织中RFC5 mRNA相对表达水平差异均无统计学意义（均 P>0.05）；RFC5高表达组（139例）子宫颈癌患者OS优于RFC5低表达患者（138例），差异有统计学意义（ P=0.027）。GEPIA工具验证RFC5在子宫颈癌中的表达及其与OS的关系，得到相同结果。GO和KEGG富集分析显示，RFC5相关基因主要参与DNA复制、细胞周期、范可尼贫血、错配修复、碱基切除修复、核苷酸切除修复等信号通路。多因素Cox回归分析显示，年龄≥65岁、临床分期Ⅳ期、RFC5表达低水平是子宫颈癌患者OS不良的独立危险因素（均 P<0.05）。TIMER数据库分析显示，RFC5的表达与肿瘤纯度呈正相关（ rho=0.198， P<0.001），而与B细胞（ rho=0.062， P=0.306）、CD8 + T细胞（ rho=0.168， P=0.005）、CD4 + T细胞（ rho=-0.049， P=0.418）、巨噬细胞（ rho=0.034， P=0.577）、中性粒细胞（ rho=0.169， P=0.005）、骨髓树突细胞（ rho=0.026， P=0.667）的浸润水平呈弱相关性或无相关性。对TISIDB数据分析显示，RFC5表达与免疫抑制因子和免疫刺激因子大多呈负相关性。HPA数据库分析显示，子宫颈癌组织RFC5蛋白的表达水平高于正常子宫颈组织。GEPIA在线工具分析显示，RFC5在多种恶性肿瘤中表达上调，RFC5高表达胸腺瘤患者OS优于其低表达患者，而RFC5高表达急性髓系白血病患者OS较其低表达患者差，差异均有统计学意义（均 P<0.05）。 结论:RFC5在子宫颈癌组织中高表达，且其水平与子宫颈癌患者预后相关。RFC5过表达可能抑制子宫颈癌免疫调节因子的表达，可能是通过DNA复制、细胞周期、错配修复、碱基切除修复等相关通路调控子宫颈癌的发生与发展的。

目的:研究献血者和慢性乙肝患者(chronic hepatitis B，CHB)隐匿性乙型肝炎病毒感染(occult hepatitis B infection，OBI)血清学和分子生物学特征与差异。方法:收集19份献血者OBI样本与19份CHB患者OBI样本，分别设为A组和B组，采用化学发光方法进行乙肝五项检测，荧光定量PCR方法进行乙型肝炎病毒(hepatitis B virus，HBV)DNA定量，巢式PCR扩增HBV S基因并测序。结果:A组HBV DNA载量显著低于B组( P<0.05)，两组血清学结果无明显差异，B组S基因的"a"决定簇突变率明显高于A组( P<0.05)。 结论:与CHB患者相比，OBI献血者病毒复制水平更低、S基因突变几率更小，血液筛查过程中使用高灵敏度的核酸检测试剂和方法才能最大限度保障输血安全。

目的:通过生物信息学分析转录因子E2F1/2/7/8在前列腺癌(PCa)中的生物学作用。方法:在GEPIA数据库中，以50%为界值将E2F1/2/7/8基因表达水平分为低表达组和高表达组，分析E2F1/2/7/8表达差异与PCa患者无病生存率(DFS)的关系。TCGA数据库包含497例PCa和52例正常前列腺组织，UALCAN网站分析TCGA数据库中基因转录水平及其与Gleason评分的关系。分别获取E2F1/2/7/8的相关基因，将4组相关基因取交集绘制韦恩图获得最终相关基因，进一步行GO功能分析和KEGG通路富集分析。结果:E2F1/2/7/8表达水平越低，PCa患者DFS越高(均 P<0.05)。与正常前列腺组织比较，PCa组织中E2F1/2/7表达升高(均 P<0.05)。E2F1/2/7/8表达水平越高，PCa患者的Gleason评分越高(均 P<0.05)。126个最终相关基因的GO功能分析显示，相关基因在生物学过程(BP)方面主要富集于细胞分裂、有丝分裂、姐妹染色体结合、细胞增殖以及DNA复制等，在细胞成分(CC)方面主要富集于细胞核、细胞核质、细胞质以及细胞溶质等，在分子功能(MF)方面主要富集于蛋白结合、ATP及DNA结合等；KEGG富集于细胞周期、卵母细胞减数分裂、孕酮介导的卵母细胞成熟等信号通路。 结论:转录因子家族中E2F1/2/7/8可通过调节细胞周期，发挥致癌基因作用。

姐妹染色单体凝聚发生于DNA复制时期，由黏合素调节，并且依赖于细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)及黏合素的乙酰化。WAPL可以促进黏合素与DNA解离，CDCA5可以拮抗WAPL的作用，通过稳定黏合素与DNA的结合从而稳定姐妹染色单体凝聚。CDCA5 mRNA在多种肿瘤细胞株中具有较高的转录水平，提示CDCA5可能与肿瘤细胞较高的恶性增殖活性有关，并且已经在肝癌、肺癌等多种肿瘤中得到证实，CDCA5可能是肿瘤治疗的潜在靶向分子。

YRNA是40年前发现的一类高度保守的小分子非编码RNA，但它们的功能仍在调查中。新的研究表明，YRNA为人类细胞核中染色体DNA复制的重要因素。随着测序技术的发展，越来越多的研究提供更多关于YRNA的信息。本文综述了YRNA分子的类型、总结了YRNA分子的生物学功能，介绍了YRNA和YRNA衍生的小RNA(YRNA-derived small RNAs，YsRNAs)的研究现状，以及在包括肿瘤在内的若干疾病发生过程中的作用和潜在意义，并提出了未来研究的新视角，为YRNA的研究提供参考。

目的:利用生物信息学探索细胞分化周期蛋白45(cell differentiation cycle protein 45，CDC45)在甲状腺癌中的表达模式，并分析其潜在功能及涉及的信号通路，探索CDC45在甲状腺癌中的临床应用价值。方法:利用癌症基因组图谱计划(the cancer genome atlas，TCGA)数据库下载甲状腺癌的基因表达和临床生存数据；通过Timer，人类蛋白质图谱(the human protein atlas，HPA)和SPSS分析CDC45在甲状腺癌中的基因及蛋白表达模式；利用Kaplan-Meier曲线分析CDC45表达与预后之间的相关性；使用Cox回归对甲状腺癌预后影响因素进行分析，并利用R软件对结果进行可视化；使用String预测CDC45的蛋白互作网络，并利用基因本体数据库(gene ontology，GO)，东京基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes，KEGG)和GSEA软件进行功能和通路富集分析；分别通过R软件和Timer分析CDC45与免疫浸润以及各个免疫细胞之间的相关性。结果:与癌旁组织相比，甲状腺癌组织中CDC45基因水平显著上调，差异具有统计学意义[(－4.10±1.95)比(－2.04±1.24)， t＝11.28， P<0.001]。免疫组化染色结果显示，与癌旁组织相比，甲状腺癌中CDC45蛋白表达明显上升。TCGA数据库分析结果显示，CDC45的表达量与甲状腺癌患者年龄、性别以及M分期无关( P>0.05)；但N1分期甲状腺癌患者CDC45表达量显著高于N0分期患者，差异具有统计学意义[(－2.19±1.31)比(－1.82±1.09)， t＝－3.40， P<0.05]；甲状腺癌Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ期患者CDC45表达水平显著高于Ⅱ期患者，差异具有统计学意义[(－1.99±1.20)或(－1.94±1.20)或(－1.82±1.22)比(－2.56±1.28)， t＝3.09、3.02、3.05， P值均<0.001]。CDC45对甲状腺癌患者总体生存期(overall survival，OS)和疾病特异性生存期(disease free survival，DSS)无显著影响( P>0.05)，但高表达的CDC45显著减少了甲状腺癌患者无疾病间隔期(disease free interval，DFI)和无进展间隔期(progression free interval，PFI)，差异具有统计学意义( P＝6.2e －9、2.5e －5)。多因素Cox回归分析发现，CDC45、M分期和T分期都可以作为甲状腺癌患者DFI时间的独立影响因子；而CDC45、年龄和M分期可以作为PFI时间的独立影响因子。通过蛋白互作网络挑选相关性最高的40个基因进行富集分析，GO富集分析结果表明CDC45相关蛋白主要在核浆和染色体中参与DNA的复制、代谢与结合；KEGG富集分析结果表明CDC45相关蛋白主要参与DNA复制、细胞周期、核苷酸切除修复等；GSEA富集分析发现CDC45还富集在免疫相关的通路上。免疫浸润结果表明，CDC45与B细胞，CDC8 ＋T细胞，CD4 ＋T细胞，巨噬细胞，中性粒细胞以及髓样树突细胞之间呈显著正相关，差异有统计学意义( r＝0.35、0.25、0.14、0.16、0.27、0.39， P值均<0.05)。 结论:CDC45在甲状腺癌中显著高表达，可以独立预测甲状腺癌患者的DFI和PFI时间。