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100例骨髓增生异常性肿瘤患者基因突变及其与临床特征间的关系
编辑人员丨1周前
目的:探讨骨髓增生异常性肿瘤(myelodysplastic syndrome,MDS)患者基因突变与临床特征、预后及急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)转化风险间的相关性.方法:回顾性分析100例连续的初治MDS患者的临床资料,采用第二代测序技术检测患者中34种MDS疾病相关突变基因,分析该队列中不同基因的突变发生率及分布情况,探讨高频基因突变(突变率≥10%)与患者临床特征、预后及转化为AML风险之间的关系.结果:100例MDS患者共检出32种基因突变,有84%患者出现至少1种基因突变,基因突变最多见于MDS伴多系病态造血(MDS with multilineage dysplasia,MDS-MLD)患者(39.3%);≥60岁老年患者中有82.8%(53/64)出现基因突变.基因突变中,ASXL1突变发生率最高(26.0%),其他突变率大于10%的基因(高频基因)还包括TET2、U2AF1、DNMT3A、RUNX1、TP53和SF3B1.ASXL1易与RUNX1共突变,与TP53突变共排斥.在基因突变与临床特征相关性分析中,ASXL1突变组骨髓原始细胞比例高于ASXL1未突变组;U2AF1突变组血小板计数少于U2AF1未突变组,老年患者中DNMT3A突变(85.7%)高于年轻患者(14.3%);RUNX1突变组白细胞计数高于RUNX1未突变组;TP53突变组中位国际预后评分系统-修订版(International Prognostic Scoring System-Revised,IPSS-R)评分(6.0分)高于TP53未突变组(4.5分),P=0.016;TP53突变组中位乳酸脱氢酶(lactate dehydrogenase,LDH)数值(420 U/L)高于TP53未突变组(222 U/L)(P=0.002).本研究中位随访时间为18.6个月,中位生存时间27.1个月,多因素分析表明,TP53突变是总体生存期(overall survival,OS)短的独立危险因素.随访期间,15例(15%)患者发生AML转化,而DNMT3A基因突变是MDS患者发生AML转化的独立危险因素(HR=3.73).结论:本研究中MDS患者的MDS相关基因突变率为84%,TP53突变与患者不良预后有关,DNMT3A突变与患者易于发生AML转化有关.
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编辑人员丨1周前
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较低危组与较高危组骨髓增生异常综合征患者常见基因突变分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨较低危组和较高危组骨髓增生异常综合征(MDS)患者基因突变及基因突变功能组的差异。方法:回顾性病例系列研究。回顾性分析2018年1月至2023年8月就诊于东南大学附属中大医院227例MDS患者的临床资料。根据修订版国际预后积分系统(IPSS-R),将MDS患者分为较低危组(IPSS-R评分≤3.5分)96例与较高危组(IPSS-R评分>3.5分)131例。采用二代测序检测骨髓标本中58个MDS常见基因突变,取基因突变结果中突变率较高的24个基因纳入研究,并根据基因功能将24个突变基因分为8类。比较较低危组与较高危组临床资料、基因突变及基因突变功能组的差异。结果:227例MDS患者中至少检测出1种基因突变的患者为177例(78.0%),其中突变率较高的5种基因依次为ASXL1[21.6%(49/227)]、TET2[18.5%(42/227)]、TP53[15.4%(35/227)]、DNMT3A[13.2%(30/227)]、U2AF1[10.1%(23/227)]。按基因功能分类,最常见突变组为甲基化相关基因[31.3%(71/227)],其次为剪接体相关基因[24.7%(56/227)]。较低危组血小板计数、中性粒细胞计数均高于较高危组,骨髓原始细胞比例、基因突变率及存在≥3种基因突变率均低于较高危组(均 P<0.05)。较低危组中突变率较高的5种基因依次为TET2[21.9%(21/96)]、DNMT3A[14.6%(14/96)]、ASXL1[13.5%(13/96)]、SF3B1[12.5%(12/96)]、U2AF1[8.3%(8/96)],较高危组中突变率较高的5种基因依次为ASXL1[27.5%(36/131)]、TP53[23.7%(31/131)]、TET2[16.0%(21/131)]、DNMT3A[12.2%(16/131)]、U2AF1[11.5%(15/131)],较低危组ASXL1、TP53、ETV6、NRAS基因突变率均低于较高危组(均 P<0.05)。较低危组及较高危组中甲基化相关基因突变比例均最高,但两组比较差异无统计学意义[32.3%(31/96)比30.5%(40/131), χ2=0.08, P>0.05];两组肿瘤因子抑制物相关基因突变、转录因子相关基因突变、染色质修饰相关基因与RAS途径相关基因突变比例比较,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。 结论:较高危组较较低危组MDS患者常见基因突变率高,且基因突变数量多。
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编辑人员丨1周前
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DNA甲基转移酶在脓毒症小鼠急性肺损伤中的作用
编辑人员丨1周前
目的:评价DNA甲基转移酶在脓毒症小鼠急性肺损伤中的作用。方法:健康雄性C57BL/6小鼠48只,6~8周龄,体重20~25 g,采用随机数字表法分为4组( n=12):假手术组(Sham组)、假手术+DNA甲基转移酶抑制剂组(Sham+5-Aza组)、脓毒症组(Sepsis组)和脓毒症+DNA甲基转移酶抑制剂组(Sepsis+5-Aza组)。采用盲肠结扎穿孔(CLP)法制备脓毒症小鼠急性肺损伤模型。于CLP后24 h时处死小鼠取肺组织,提取DNA利用比色法测定全基因组DNA甲基化水平,提取RNA采用实时荧光定量PCR法检测DNA甲基转移酶(DNMTl、DNMT3a、DNMT3b)的mRNA表达,确定肺湿重/干重比值,HE染色观察肺组织病理学结果,采用ELISA法测定IL-6、TNF-α、高迁移率族蛋白B1(HMGB1)、MDA含量、SOD和过氧化氢酶(CAT)活性。 结果:与Sham组比较,Sepsis组和Sepsis+5-Aza组小鼠CLP后24 h时肺组织全基因组甲基化水平升高,DNMT1和DNMT3a的mRNA表达上调,肺组织病理学损伤评分和肺湿重/干重比值升高,IL-6、TNF-α、HMGB1和MDA含量升高,SOD和CAT活性降低( P<0.05),Sham+5-Aza组上述各指标差异无统计学意义( P>0.05);与Sepsis组比较,Sepsis+5-Aza组小鼠肺组织全基因组甲基化水平降低,DNMT1和DNMT3a的mRNA表达下调,肺组织病理学损伤评分、肺湿重/干重比值、IL-6、TNF-α、HMGB1和MDA含量降低,SOD和CAT活性增加( P<0.05)。 结论:DNMT1和DNMT3a介导的DNA高甲基化参与了脓毒症小鼠急性肺损伤的过程。
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编辑人员丨1周前
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大鼠慢性低灌注脑白质损伤中腺苷A 2A受体的作用及其机制
编辑人员丨1周前
目的:探讨大鼠慢性低灌注脑白质损伤中腺苷A 2A受体(A 2AR)的作用及其机制。 方法:将180只成年雄性SD大鼠采用随机数字表法随机化分为假手术组(SG组, n=60)、慢性低灌注组(CG组, n=60)、慢性低灌注加A 2AR抑制剂组(IG组, n=30)和慢性低灌注加A 2AR激动剂组(AG组, n=30)4组,每组按取材时间不同随机分为2、4、8周3个亚组,其中SG和CG组每个亚组20只,IG组和AG组每个亚组10只。CG组、IG组、AG组通过双侧颈总动脉结扎法建立慢性低灌注模型,建模1 h后IG组和AG组分别用A 2AR抑制剂(2 mg/kg)和激动剂(0.5 mg/kg)腹腔注射,CG组和SG组予生理盐水(5 mL/kg)腹腔注射,每天1次,直到各组观察终点。4组大鼠分别在术后2、4、8周进行水迷宫实验,观察对比各组大鼠到达平台潜伏时间和穿越平台次数。水迷宫实验结束后,SG和CG组10只大鼠处死后取胼胝体,另外10只大鼠和IG、AG组10只大鼠取脑组织制备成冠状面切片。采用Kluver-Barrera染色观察4组大鼠脑组织的病理变化。SG和CG组大鼠采用Western blot检测胼胝体中A 2AR、DNA甲基转移酶(DNMTs)蛋白的表达水平,实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)检测胼胝体中A 2AR、DNMTs mRNA的表达水平,重亚硫酸盐测序法PCR(BSP)检测A 2AR基因启动子区域甲基化水平。 结果:(1)水迷宫实验:SG组术后2、4、8周到达平台潜伏时间分别为(35.12±2.47)s、(37.64±1.59)s、(34.56±1.80)s,穿平台次数分别为(2.6±0.89)次、(2.6±0.54)次、(3.2±0.83)次;CG组术后2、4、8周到达平台潜伏时间分别为(39.58±0.82)s、(39.28±2.76)s、(42.44±2.84)s,穿平台次数分别为(1.4±0.54)次、(1.4±0.54)次、(1.6±0.55)次;IG组术后2、4、8周到达平台潜伏时间分别为(41.56±2.29)s、(44.26±1.60)s、(44.32±2.37)s,穿平台次数分别为(1.4±0.55)次、(1.0±0.71)次、(1.4±0.89)次;AG组术后2、4、8周到达平台潜伏时间分别为(37.64±2.41)s、(37.34±2.36)s、(39.24±1.73)s,穿平台次数分别为(1.8±0.45)次、(1.6±0.55)次、(1.8±0.83)次。SG、CG、IG组随低灌注时间延长到达平台潜伏时间呈上升趋势,差异均有统计学意义( P值均<0.05),AG组内不同时间点到达平台潜伏时间差异无统计学意义( P>0.05)。与SG组比较,CG组、IG组到达平台潜伏时间在术后2、4、8周时明显增加,AG组在术后2、8周时明显增加,差异均有统计学意义( P值均<0.05);与CG组比较,不同时间点IG组到达平台潜伏时间均明显增加,AG组均明显减少,差异均有统计学意义( P值均<0.05)。SG组内随时间延长大鼠穿越平台次数呈上升趋势,差异有统计学意义( P<0.05),CG、IG、AG组内不同时间点穿越平台次数差异均无统计学意义( P值均>0.05)。与SG组比较,CG组、IG组、AG组不同时间点穿越平台次数均减少,差异有统计学意义( P值均<0.05);CG组、IG组、AG组两两比较,不同时间点穿越平台次数差异均无统计学意义( P值均>0.05)。(2)大鼠脑组织Kluver-Barrera染色结果显示:SG组大鼠神经纤维排列整齐,无空泡形成,神经纤维髓鞘完整。与SG组相比,CG组、IG组、AG组大鼠神经纤维变得疏松,部分纤维排列紊乱,局部出现空泡,且随着慢灌注时间的增加,变化更加明显。与CG组相比,IG组神经纤维变得更加疏松,纤维排列紊乱,空泡增加;AG神经纤维变得紧密,紊乱程度有所降低,空泡减少。(3)Western blot检测胼胝体A 2AR和DNMTs蛋白相对表达量:组内比较,CG组A 2AR、DNMT3a、DNMT3b蛋白的相对表达量随时间延长均呈下降趋势,差异均有统计学意义( P值均<0.05);SG组各项指标和CG组DNMT1蛋白的相对表达量在不同时间点的差异均无统计学意义( P值均>0.05)。组间比较,CG组术后2、4、8周A 2AR蛋白的相对表达量均低于SG组,术后2、4、8周DNMT1、DNMT3a蛋白的相对表达量和术后2、4周DNMT3b蛋白的相对表达量均高于SG组,差异均有统计学意义( P值均<0.05)。(4)qPCR检测胼胝体DNMTs mRNA表达水平:组内比较,CG组术后2、4、8周DNMT3a、DNMT3b mRNA的相对表达量随时间延长均呈先上升再下降趋势,差异有统计学意义( P值均<0.05),A 2AR、DNMT1 mRNA相对表达量差异均无统计学意义( P值均>0.05);而SG组DNMT1 mRNA随时间延长呈下降趋势( P<0.05),A 2AR、DNMT3a、DNMT3b mRNA在不同时间点的相对表达量差异均无统计学意义( P值均>0.05)。组间比较,CG组术后2、4、8周A 2AR mRNA的相对表达量均低于SG组,DNMT1、DNMT3a、DNMT3b mRNA的相对表达量均高于SG组,差异均有统计学意义( P值均<0.05)。(5)BSP检测甲基化水平:CG组在CpG12位点出现明显G锋,而SG组则转化为A锋。CG组甲基化位点比例15.83%(19/120)明显高于SG组的4.17%(5/120),差异有统计学意义(χ 2=9.074, P<0.01)。 结论:A 2AR在慢性低灌注脑白质损伤中发挥保护效应,其表达水平下调参与介导脑白质损伤,A 2AR表达下调可能与A 2AR DNA启动子区域甲基化水平增强有关。
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编辑人员丨1周前
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癫痫患者OCM相关酶SNPs位点基因型和抗癫痫发作药物对OCM代谢物水平的影响
编辑人员丨1周前
目的:分析抗癫痫发作药物、一碳单位代谢(OCM)相关酶单核苷酸多态性(SNPs)位点基因型对癫痫患者体内OCM代谢物水平的影响,筛选丙戊酸(VPA)致畸的易感基因。方法:选择中山大学附属第一医院神经内科和附属第七医院神经医学中心自2019年1月至2020年12月收治的372例癫痫患者,将服用VPA、左乙拉西坦(LEV)、拉莫三嗪(LTG)、奥卡西平(OXC)超过6个月且规律用药期间无发作的患者分别归为VPA组(95例)、LEV组(61例)、LTG组(57例)、OXC组(70例),将从未服用过抗癫痫发作药物或就诊前6个月未服用抗癫痫发作药物患者归为空白对照组(89例)。采用全自动化学发光免疫法测定各组患者血浆叶酸(FA)、维生素B 12(VitB 12)和同型半胱氨酸(Hcy)水平,采用Sequenom iPLEX法检测患者OCM相关酶SNPs位点的基因型。 结果:(1)与LEV组、空白对照组比较,VPA组患者的FA水平降低,Hcy水平增高,差异均有统计学意义( P<0.05)。(2)DNA甲基转移酶(DNMT)3a rs12987326(-178G>A)位点GA型患者的Hcy水平较GG型高,DNMT1 rs2288350(82G>C)位点GC型患者的Hcy水平较GG型高,DNMT1 rs75616428(55850G>C)位点GC型患者的VitB 12水平较GG型低,差异均有统计学意义( P<0.05)。DNMT1 rs1863771(128G>A)位点GA+AA型患者的FA水平较GG型高,叶酸受体蛋白2(FOLR2) rs2298444(59T>C)位点CT+CC型患者的Hcy水平较TT型高,5,10-亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR) rs1801131(1298A>C)位点CC+AC型患者的Hcy水平较AA型高,DNMT3a rs6722613(2327C>T)位点CT+TT型患者的VitB 12水平较CC型低,差异均有统计学意义( P<0.05)。 结论:服用VPA的癫痫患者FA水平降低、Hcy水平升高,此外OCM相关酶SNPs位点基因型亦影响癫痫患者体内OCM代谢物水平。建议妊娠期癫痫患者避免使用VPA,或用药前检测SNPs位点基因型,以降低胎儿畸形的发生率。
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编辑人员丨1周前
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维奈克拉联合阿扎胞苷治疗复发急性髓细胞白血病老年患者并文献复习
编辑人员丨1周前
目的:探讨复发急性髓细胞白血病(AML)老年患者的临床特征及诊治方法,并且进行相关文献复习。方法:选择2019年4月15日,中国人民解放军联勤保障部队第九四〇医院血液科收治的1例66岁女性复发AML患者为研究对象。根据患者血常规、外周血和骨髓细胞形态学、流式细胞术免疫分型、细胞遗传学,以及分子生物学等检查结果,对其进行诊断。患者经多种化疗方案治疗病情未获得缓解,遂采取维奈克拉(VEN)联合阿扎胞苷(AZA)方案治疗6个疗程。具体给药方案为VEN起始剂量为100 mg/d,每周加量100 mg,直至最大剂量为400 mg/d;AZA 75 mg/(m 2·d),d1~7;28 d为1个疗程。本研究对患者随访截至2020年11月24日。采用回顾性分析方法,对患者的临床表现与诊治过程进行分析。以"维奈克拉""阿扎胞苷""急性髓细胞白血病""急性髓系白血病""老年"为中、英文关键词,在中国知网数据库、万方数据服务知识平台、PubMed数据库中检索与本研究AML老年患者治疗方案相似的文献。文献检索时间为数据库建库至2020年11月20日。本研究符合2013年修订的《世界医学协会赫尔辛基宣言》要求。 结果:①病史采集:本例患者因"受凉后乏力1周,原始粒细胞增高3 d"入院。②本次入院骨髓细胞形态学检查结果显示,原始粒细胞比例为80%,Auer小体较易见,原始单核细胞比例为7.6%,提示AML-M4骨髓象。免疫分型结果显示,表达CD117part,人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)-DR,CD36part,CD34,CD38,CD33,CD13;不表达CD19、CD10、CD16、CD20、CD4、CD56、CD11b、CD14和CD64,约64.7%的细胞为恶性原始幼稚髓系细胞,考虑为AML-M4型。对患者进行56种白血病相关基因筛查结果显示, WT1基因呈阳性、 AML1/ ETO和 CBFβ/ MYH11融合基因呈阴性。染色体核型检查结果为46,XX[20]。二代测序结果显示, IDH1和 DNMT3A基因突变比例分别为36.32%和42.97%。根据实验室检查结果,患者被诊断为AML-M4型,伴 WT1、 IDH1、 DNMT3A基因突变,高危组。③患者先后接受地西他滨(DAC)联合半量CAG(阿糖胞苷+阿柔比星+粒细胞集落刺激因子)方案化疗10次,TA(吡柔比星+阿糖胞苷)方案巩固治疗1次。2020年3月16日患者病情复发,遂予AZA联合IA(伊达比星+阿糖胞苷)方案、AZA联合CAG方案联合化疗,病情均未缓解。5月22日,患者接受VEN联合AZA方案化疗后,截至随访结束,患者骨髓细胞形态学结果提示患者呈持续缓解状态达6个月,病情稳定。患者对VEN联合AZA方案化疗的耐受良好,整个治疗过程中无不良反应发生。④根据本研究设定的文献检索及筛选策略,共计纳入4篇相关文献。其中,3篇英文文献报道241例年龄>65岁AML老年患者接受VEN联合AZA或DAC方案治疗后,其CR及CR伴血细胞计数不完全恢复(CRi)率为61%~76%,常见不良反应包括发热性中性粒细胞减少、白细胞减少、贫血、血小板减少、恶心、食欲减退、腹泻、肺炎、疲劳等。1篇中文文献报道2例年龄>75岁初治AML老年患者接受VEN联合AZA方案治疗后,均获得CR,并且耐受性良好。 结论:VEN联合AZA方案治疗复发AML老年患者的缓解率高,不良反应少。该方案为临床治疗复发AML老年患者的可供选择方案之一。
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编辑人员丨1周前
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利用CRISPR/Cas9技术对 VSX2绿色荧光报告基因人诱导多能干细胞系的构建
编辑人员丨1周前
目的:构建表达视觉系统同源框2( VSX2)增强绿色荧光蛋白(eGFP)报告基因的人诱导多能干细胞系(hiPSCs)。 方法:根据成簇规律间隔短回文重复序列及其相关蛋白9(CRISPR/Cas9)技术原理,设计 VSX2的小向导RNA(sgRNA),构建敲除质粒及包含左右同源臂的P2A-eGFP供体质粒;2个质粒经测序鉴定后电转野生BC1-hiPSCs细胞系,采用嘌呤霉素筛选获得单克隆,扩增培养并鉴定。采用PCR和Sanger测序鉴定基因型;采用核型分析法分析报告细胞系核型;采用STR法排除细胞交叉污染;采用免疫荧光法及逆转录PCR法检测报告细胞系的多能干细胞分子标志物的表达;通过体外三胚层形成实验鉴定报告细胞系向三胚层分化的能力;应用3D视网膜类器官诱导技术获得视网膜类器官,并采用免疫荧光染色法评价VSX2蛋白与eGFP的共定位情况。 结果:电转后通过PCR鉴定和Sanger测序成功筛选到1株含有 VSX2-eGFP报告基因的hiPSC系。核型分析结果显示该报告细胞系核型正常。STR鉴定结果表明,BC1- VSX2 eGFP-iPSCs无细胞系交叉污染。逆转录PCR检测和免疫荧光染色表明,BC1- VSX2 eGFP-iPSCs中iPSCs标志物基因和蛋白表达阳性,包括NANOG、OCT4、SOX2、DNMT3B和GDF3 mRNA以及NANOG、OCT4、SSEA4和TRA-1-60蛋白。免疫荧光染色表明,由BC1- VSX2 eGFP-iPSCs分化的三胚层组织中内胚层标志物甲胎蛋白(AFP)、中胚层标志物α-平滑肌肌动蛋白(α-SMA)和外胚层标志物神经细胞特异性微管蛋白(TUJ1)表达均为阳性;eGFP与VSX2共表达于视网膜类器官的神经视网膜。 结论:成功构建1株表达 VSX2-eGFP报告基因的hiPSCs,该细胞系可实时指示VSX2蛋白的时空表达变化,为视网膜发育、疾病机制研究及治疗方法评价提供有力工具。
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编辑人员丨1周前
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蓝斑核促肾上腺皮质激素释放激素系统对肠易激综合征大鼠内脏敏感性的影响
编辑人员丨1周前
目的:研究中枢蓝斑区促肾上腺皮质激素释放激素(CRH)系统在IBS中的作用,探索影响其改变的分子机制。方法:采用母婴分离联合出生后复合应激构建大鼠IBS模型,后采用脑核团微取样的方法获得大鼠蓝斑区的组织样本。应用实时荧光定量PCR技术检测对照组和IBS组大鼠蓝斑核内细胞癌基因 Fos( c- Fos),以及 CRH和其相应受体促肾上腺皮质激素释放激素受体( CRHR)1、 CRHR2的mRNA表达;同时检测DNA甲基转移酶( DNMT)1、 DNMT3a和 DNMT3b的mRNA表达;采用蛋白质印迹法检测组蛋白甲基转移酶——ASH2样蛋白(ASH2L),以及SET核癌基因和MYND域2蛋白(SMYD2)的表达。统计学分析采用 t检验。 结果:IBS组的直肠充气压低于对照组[(69.82±5.47) mmHg比(86.86±5.98) mmHg(1 mmHg=0.133 kPa)], c- Fos基因的mRNA水平较对照组升高(2.11±0.44比1.00±0.19), CRH的mRNA水平较对照组升高(1.99±0.35比1.00±0.13),SMYD2的蛋白表达水平较对照组上调(1.04±0.21比0.61±0.12),差异均有统计学意义( t=6.215、2.321、2.797、4.451, P均<0.05)。IBS组大鼠 CRHR1、 CRHR2、 DNMT1、 DNMT3a、 DNMT3b的mRNA水平以及ASH2L的表达与对照组比较(分别为0.96±0.13比1.00±0.26、1.35±0.63比1.00±0.43、1.40±0.61比1.00±0.19、1.39±0.58比1.00±0.21、1.45±0.71比1.00±0.39和0.80±0.19比1.05±0.26),差异均无统计学意义( P均>0.05)。 结论:母婴分离联合出生后复合应激通过影响蓝斑核内 Crh基因的转录进而造成CRH系统和去甲肾上腺能系统应激调控网络的激活,导致大鼠内脏敏感性增加。 Crh基因转录异常可能与SMYD2介导的组蛋白H3K36的甲基化有密切关系,而与DNA的甲基化修饰无关。
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编辑人员丨1周前
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启动子DNA超甲基化与先天性巨结肠患儿结肠组织中GFRα1低表达的关系研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨DNA甲基化在调控先天性巨结肠(Hirschsprung's disease,HSCR)患儿肠道组织中GFRα1基因表达及HSCR发病过程中的可能作用。方法:对2016年3月至2018年6月收治的24例HSCR患儿(HSCR组)及同期18例新生儿坏死性小肠结肠炎患儿(对照组)的手术样本进行对比分析。采用实时定量PCR及免疫印迹实验检测两组患儿结肠组织内GFRα1、DNMT1、DNMT3A和DNMT3B的表达水平。采用亚硫酸氢盐处理后测序检测两组患儿结肠组织内GFRα1启动子区DNA甲基化水平。结果:HSCR组GFRα1 mRNA及蛋白的相对表达量分别为0.38±0.17和0.55±0.13,均较对照组(0.97±0.36和0.99±0.16)显著降低,组间比较,差异有统计学意义( P<0.01)。HSCR组GFRα1启动子区DNA甲基化水平较对照组显著升高(0.67±0.23比0.34±0.18),组间比较,差异有统计学意义( P<0.01)。相关性分析显示,DNA甲基化水平与其mRNA表达水平呈明显负相关( r=-0.477, P<0.05)。HSCR组DNA甲基转移酶DNMT3B mRNA及蛋白的相对表达量分别为2.19±0.54和2.83±0.54,均较对照组(1.02±0.33和1.69±0.57)显著上升,组间比较,差异有统计学意义( P=0.003和0.021)。相关性分析显示,DNMT3B蛋白表达水平与GFRα1启动子区DNA甲基化水平显著正相关( r=0.408, P<0.05)。 结论:巨结肠患儿结肠组织中DNA甲基转移酶DNMT3B的过度表达可能引起GFRα1启动子区DNA超甲基化,导致GFRα1表达缺陷,这可能是HSCR发病的重要原因。
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编辑人员丨1周前
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全基因组测序筛选非小细胞肺癌敏感甲基化位点的肺癌预警体系的构建
编辑人员丨1周前
目的:探讨全基因组测序筛选非小细胞肺癌(NSCLC)敏感甲基化位点的肺癌早期预警体系的构建。方法:本研究选择2014年3月至2016年11月在江南大学附属医院肿瘤科接受NSCLC手术切除的患者。实验分为两组:正常组织、非小细胞肺癌组织,通过实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)检测NSCLC细胞中切除修复交叉互补基因1(ERCC1)、β-微管蛋白Ⅲ(TUBB3)和核糖核苷还原酶调节因子1(RRM1) mRNA的表达;通过全基因组测序检测NSCLC细胞甲基化在基因上分布,使用测序数据进行胞嘧啶(C)-磷酸(p)-鸟嘌呤(G)甲基化图谱分析(CpG甲基化分析),组蛋白修饰数据分析组蛋白修饰和DNA甲基化之间的关系,通过蛋白质免疫检测正常组织和非小细胞肺癌组织中组蛋白甲基化蛋和甲基化相关酶的表达。 t检验(或Wilcoxon秩和检验)和 χ2检验(或Fisher精确检验)分别用于分析连续和分类变量。Pearson(或Spearman)的秩相关系数用于分析两个连续变量之间的相关性。使用R软件(版本3.1.1)进行统计分析。 结果:与对照细胞比较,NSCLC细胞中ERCC1[(0.78±0.14)比(0.12±0.04), χ2=6.370, P<0.05]、TUBB3[(0.48±0.11)比(0.08±0.02), χ2=1.240, P<0.05]和RRM1 mRNA[(0.52±0.07)比(0.05±0.01), χ2=5.360, P<0.05]的表达下调表达;NSCLC组甲基化水平在转录起始位点升高,在基因间区降低( χ2=3.140, P<0.05);NSCLC组发现9个CpG的甲基化敏感位点(RUNX3、MIR196A1、HOXA11、OTP、GATA4、PTPRU、SLC15A3、ZIC1和TFAP2B);NSCLC组与对照组比较,组蛋白乙酰化(H3K9ac[(43.57±8.84)比(10.64±4.35), χ2=8.730, P<0.05]和H3K27ac[ (40.52±8.64)比(9.67±3.58), χ2=5.470, P<0.05])和组蛋白甲基化(H2az[(42.56±9.74)比(12.47±6.05), χ2=7.420, P<0.05],H3K4me1[(37.47±6.42)比(15.46±7.34), χ2=5.380, P<0.05],H3K4me2[(50.37±10.24)比(9.47±6.54), χ2=9.270, P<0.05],H3K4me3[(52.37±6.49)比(10.58±5.88), χ2=1.690, P<0.05]和H3K79me2[(34.55±6.42)比(11.23±6.94), χ2=3.450, P<0.05])降低;NSCLC组DNMT1(1.88±0.24)比(0.12±0.01), χ2=5.430, P<0.05]、DNMT3a(1.75±0.36)比(0.49±0.11), χ2=7.890, P<0.05]、DNMT3b(0.88±0.14)比(0.13±0.05), χ2=1.360, P<0.05]、H3K4me3(2.53±0.35)比(0.35±0.08), χ2=5.440, P<0.05]和H3K9me2(0.55±0.07)比(0.05±0.01), χ2=3.270, P<0.05]下调表达( P<0.05)。 结论:组蛋白修饰和DNA甲基化密切相关,组蛋白甲基化和甲基化相关酶的表达也受到影响,甲基化敏感位点可以作为早期检测NSCLC的生物标志物。
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