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MassARRAY基因分型技术在新生儿遗传代谢病诊断中的应用
编辑人员丨1天前
目的:探讨MassARRAY基因分型技术应用于新生儿遗传代谢病诊断的准确性、时效性及可行性。方法:回顾性研究。收集2016年12月至2020年1月在浙江省新生儿筛查中心应用串联质谱筛查的疑似阳性患儿7 922例,采用MassARRAY技术进行27种遗传代谢病的常见变异位点检测,通过Sanger或二代测序验证并进一步寻找潜在变异。结果:共1 408份样本送检MassARRAY,307例确诊为遗传代谢病患儿,其中高苯丙氨酸血症检出率最高,其次为原发性肉碱缺乏症、短链酰基辅酶A脱氢酶缺乏症和甲基丙二酸血症。经Sanger测序验证100%(307/307)符合。287例检测为携带者,49.1%(141/287)经Sanger测序确认为携带者,以 SLC22A5、 MCCC1基因为主。50.8%(146/287)还检测到另一个等位基因变异,以 PAH、 PTS和 ACADS基因为主。814例未发现变异,对其中158例复查后串联质谱特征性指标持续阳性、尿有机酸及其他生化检测等异常的样本进行二代测序,38%(60/158)检测到2个等位基因变异。最终确诊513例遗传代谢病患者,MassARRAY的总检出率为59.8%(307/513)。 结论:MassARRAY技术可作为新生儿遗传代谢病的早期分子筛查方法,在高苯丙氨酸血症、原发性肉碱缺乏症等热点变异集中的疾病中检出率较高,后期需不断优化新的疾病基因和变异位点从而进一步提升其潜在应用价值。
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编辑人员丨1天前
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MassARRAY技术在希特林蛋白缺乏症二阶段分子筛查中的应用分析
编辑人员丨1天前
目的:探讨MassARRAY技术在希特林蛋白缺乏症二阶段分子筛查中的应用价值,了解两种筛查方法下新生儿希特林蛋白缺乏症的检出率、临床特征、基因突变特点及随访结果。方法:单独通过串联质技术对181 459例新生儿进行瓜氨酸(citrulline,Cit)浓度检测;通过串联质技术对33 156例新生儿检测瓜氨酸浓度,把瓜氨酸浓度截断值大于90百分位(Cit>20 μmol/L),且小于99.5百分位(Cit<43 μmol/L)2 506例进一步应用MassARRAY技术进行二阶段SLC25A13基因筛查,并对阳性患儿进行系统治疗随访。结果:确诊的4例患儿均来自同一地区,单独串联质谱方法确诊2例,串联质谱方法结合MassARRAY技术确诊2例。4例患者中3例检出SLC25A13基因复合杂合突变,1例只检测出一个SLC25A13基因突变;2 506例检出36例携带者,携带率1/70。单独通过串联质技术筛查检出率1/90 729,二阶段分子筛查检出率1/1 253。结论:淄博市希特林蛋白缺乏症总体发病率较高,MassARRAY技术可以提高串联质谱技术筛查产生假阴性聚集性地区的检出率,早诊断、早治疗,预后好。
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编辑人员丨1天前
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骨髓增生异常综合征GSTM5基因启动子区甲基化的状态及意义
编辑人员丨1天前
目的:探讨谷胱甘肽转移酶mu5(GSTM5)启动子区甲基化状态在骨髓增生异常综合征(MDS)发生发展中的作用,为MDS的早期诊断提供新的潜在分子标记物。方法:收集2018年10月至2021年6月在解放军总医院血液科初诊的40例MDS[MDS伴单系发育异常(MDS-SLD)5例,MDS伴多系发育异常(MDS-MLD)7例,MDS伴环形铁粒幼红细胞(MDS-RS)6例,MDS伴原始细胞增多Ⅰ型(RAEB1)13例,MDS伴原始细胞增多Ⅱ型(RAEB2)9例]患者、8例MDS转化为急性髓系白血病(sAML)患者和6例对照(4例缺铁性贫血、2例营养性巨幼细胞性贫血)患者的骨髓血标本。采用Agena MassARRAY核酸质谱技术对3组标本进行GSTM5基因启动子区甲基化的定量检测。采用Wilcoxon非参数检验比较不同组GSTM5基因甲基化水平。采用受试者工作特征(ROC)曲线评价试验的特异度、敏感度和准确度。结果:聚类分析结果显示,MDS组GSTM5甲基化率高于对照组[0.50(0.27,0.79)比0.29(0.10,0.45), P<0.05];sAML组GSTM5甲基化率明显高于MDS组[0.67(0.36,0.86)比0.50(0.27,0.79), P<0.05]。分析各CpG位点甲基化率的差异,在CpG_1、CpG_4,5、CpG_6,7,8、CpG_11、CpG_13,14、CpG_15、CpG_16、CpG_22和CpG_24位点,MDS组与对照组比较,差异有统计学意义( P<0.05)。ROC曲线分析结果显示,在CpG_6,7,8单位曲线下面积最大,AUC=0.861(95% CI 0.717~1.000, P<0.05),敏感度和特异度分别为85%和83%。分析GSTM5甲基化与MDS疾病发展的关系,在骨髓原始细胞较高组和高危亚组(RAEB)中GSTM5基因甲基化水平较高。 结论:GSTM5基因启动子区甲基化在MDS中较常见,并且在MDS发生发展过程中可能起重要作用,可作为诊断MDS的潜在肿瘤标志物。
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编辑人员丨1天前
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基于遗传和环境危险因素构建的风险评分在结直肠肿瘤分级筛查中的应用评价
编辑人员丨1天前
目的:评价利用遗传与环境危险因素构建的结直肠肿瘤风险评分的人群高危分层效果及其在分级筛查中的应用效果。方法:基于一项全国多中心结直肠癌筛查随机对照研究,纳入2 160例接受结肠镜检查的研究对象。采用MassARRAY技术检测20个结直肠癌相关的遗传易感位点并构建遗传风险评分。个体环境风险评分采用亚太结直肠筛查评分系统计算。使用logistic回归分别评估遗传风险单独和遗传联合环境风险与结直肠肿瘤之间的关联。构建基于遗传和/或环境风险评分的分级筛查方案(即高风险者接受单次结肠镜筛查,低风险者接受每年一次的定量粪便免疫化学检测,其结果阳性者接受结肠镜检查),并与全部接受结肠镜方案进行效果比较。结果:与低遗传风险评分组相比,高遗传风险评分组发生结直肠肿瘤的风险增加了26%( OR=1.26,95% CI:1.03~1.54, P=0.026)。遗传和环境风险评分均最高的研究对象患进展期肿瘤(包括结直肠癌、进展期腺瘤和进展期锯齿状息肉)的风险是两评分均最低研究对象的3.03倍(95% CI:1.87~4.90, P<0.001)。多轮筛查效果评价方面,当进行到第3轮筛查时,基于遗传联合环境风险评分构建的分级筛查方案,其进展期肿瘤累计检出率与全部接受结肠镜检查方案差异无统计学意义(8.79% vs. 10.46%, P=0.075),阳性预测值更高(14.11% vs. 10.46%, P<0.001),每检出1例进展期肿瘤所需的结肠镜检查数更低(7.1 vs. 9.6, P<0.001)。 结论:与基于结肠镜的传统筛查方法相比,联合遗传和环境风险评分的分级筛查方案有助于实现人群风险分层,取得较好的筛查效果。
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编辑人员丨1天前
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SIRT1、 FSHR基因多态性在蒙古族及汉族辅助生殖技术助孕女性中的分布研究
编辑人员丨1天前
目的:探究辅助生殖技术(assisted reproductive technology,ART)助孕女性 SIRT1和卵泡刺激素受体(follicle-stimulating hormone receptor,FSHR)基因多态性与卵巢功能的关系及在蒙古族及汉族间的差异性,为ART助孕个体化治疗提供依据。 方法:采用回顾性队列研究,收集2019年9月至2021年9月期间于内蒙古医科大学附属医院生殖中心就诊的204例ART助孕患者的临床资料,其中,蒙古族53例,汉族151例。MassARRAY SNP分型技术检测 SIRT1的rs2236319及 FSHR的rs6165、rs6166共3个位点, SIRT1分为3组:AA组(野生型)、AG组(杂合型)、GG组(突变型); FSHR rs6165分为TT组(野生型)、AT组(杂合型)、AA组(突变型); FSHR rs6166分为NN组(野生型)、NS组(杂合型)、SS组(突变型)3种基因型,对比各组基因型频率及ART助孕临床和实验室数据的差异性。 结果:① SIRT1 rs2236319、 FSHR rs6165、rs6166位点等位基因频率、基因型频率在蒙古族与汉族ART女性患者组间差异均无统计学意义(均 P>0.05)。蒙古族及汉族ART女性一般临床资料及基础性激素、卵巢储备功能方面差异均无统计学意义(均 P>0.05)。② SIRT1基因rs2236319位点突变型GG组的获卵数为18.5(13.0,32.8)个,AA组为13.0(7.0,20.0)个,AG组为10.0(5.0,21.0)个,3组间比较差异具有统计学意义( P=0.019)。③ FSHR基因 rs6165位点AA组的基础FSH水平为(7.45±2.73)U/L,TT组为(5.97±2.23)U/L,TA组为(6.70±2.04)U/L,3组间比较差异具有统计学意义( P=0.005)。AA组发生卵巢低反应的比例为29.6%(8/27),TT组为8.5%(8/94),TA组为13.3%(11/83),3组间比较差异具有统计学意义( P=0.017)。④ FSHR基因rs6166位点SS组的基础FSH水平为(7.48±2.78)U/L,NN组为(6.08±2.28)U/L,NS组为(6.61±1.99)U/L,3组间比较差异具有统计学意义( P=0.016)。SS组发生卵巢低反应的比例为37.0%(10/26),NN组为8.5%(8/99),NS组为10.8%(9/79),3组间比较差异具有统计学意义( P=0.001)。 结论:蒙古族与汉族女性一般临床资料、基础性激素、卵巢储备功能无差异性。 SIRT1基因rs2236319位点基因多态性与卵巢高反应性相关。 FSHR rs6165、rs6166位点基因多态性与卵巢低反应性相关。3个位点多态性与ART临床妊娠率无明显相关性。
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编辑人员丨1天前
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不同技术检测利福平耐药预测耐多药结核病的可靠性分析
编辑人员丨1个月前
目的:分析不同技术检测利福平耐药(RR)预测耐多药(MDR)结核病的可靠性.方法:采用回顾性研究方法,从河南省胸科医院"医院信息管理系统"中搜集2021年7月至2022年11月收治的130例开展过MassARRAY核酸质谱技术检测结核分枝杆菌耐药性项目,并获得结核分枝杆菌核酸阳性结果及药物敏感性试验(简称"药敏试验")数据的结核病患者实验室相关数据,追踪所有患者同期开展的GeneXpert MTB/RIF(简称"Xpert")和表型药敏试验(pDST)检测结果进行对比分析.结果:在130例MassARRAY检测阳性的结核病患者中,37例(28.46%)报告为RR;102例Xpert检测阳性患者中,38例(37.25%)诊断为RR;48例培养阳性后行pDST的患者中,22例(45.83%)检出RR.在MassARRAY检出RR患者中,MassARRAY和pDST诊断的MDR占比分别为83.78%(31/37)和90.48%(19/21);在Xpert检出RR患者中,MassARRAY和pDST诊断的MDR占比分别为73.68%(28/38)和76.00%(19/25);在pDST检出RR患者中,MassARRAY和pDST诊断的MDR占比分别为 90.91%(20/22)和 95.23%(20/21);在 MassARRAY 和 Xpert 同时诊断 RR 患者中,MassARRAY 和 pDST诊断的MDR占比分别为88.89%(24/27)和88.89%(16/18);在MassARRAY或Xpert任一检出 RR患者中,MassARRAY和pDST诊断的MDR占比分别为72.92%(35/48)和75.00%(21/28).结论:不同方法检出RR作为预测MDR的标志具有良好的可靠性,但可靠程度与RR诊断技术的准确性相关.
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编辑人员丨1个月前
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多奈哌齐疗效及不良反应相关的药物基因组学研究
编辑人员丨2024/4/27
目的 分析多奈哌齐治疗阿尔茨海默病(AD)连续疾病谱患者的疗效及不良反应的药物基因组学研究.方法 连续募集2022年1月至2023年1月于解放军总医院就诊的分子病理初次诊断AD连续疾病谱时服用多奈哌齐治疗的患者72例.采取患者口腔颊黏膜细胞,应用MassARRAY核酸质谱技术检测细胞色素P450(CYP)2D6酶编码基因CYP2D6及乙酰胆碱转移酶编码基因CHAT基因型.随访9个月,通过神经功能量表、照料者评价及药物处方行为间接判断药物疗效,将其分为有效组28例和无效组22例;其中不良反应12例,无不良反应60例.采用多因素logistic回归分析多奈哌齐疗效与药物基因组学的相关性.结果 与无效组比较,有效组CHAT基因rs3793790 携带 G、rs2177370 携带 A 等位基因的频率显著升高(35.71%vs 9.09%,P=0.029;42.86%vs 9.09%,P=0.008).多因素logistic回归分析显示,CHAT基因rs3793790携带G和(或)rs2177370携带A较均不携带者应用多奈哌齐有效(95%CI:1.20~34.47,P=0.030).有、无不良反应患者CYP2D6基因调整后活性评分及是否携带*10比较差异无统计学意义(P>0.05).结论 在AD连续疾病谱患者中,多奈哌齐疗效与CHAT基因多态性相关,未发现多奈哌齐不良反应与CYP2D6基因型的相关性.
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编辑人员丨2024/4/27
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CRNKL1基因rs16981448多态性与中国汉族人缺血性脑卒中及其中医证候显著关联
编辑人员丨2024/4/27
目的 探讨CRNKL1 基因rs16981448 多态性与中国汉族人缺血性脑卒中(IS)及其中医证候的相关性.方法 纳入 774 例IS患者、793 例体检健康者为对照,使用《中风病辨证诊断标准》对IS患者进行中医证候评分,采用 Massarray基因分型技术进行基因分型,运用PLINK 软件进行遗传关联统计分析.结果 CRNKL1 基因rs16981448 多态性与IS发生风险显著相关(加性模型、显性模型),且与IS痰证(加性模型、显性模型)、血瘀证(加性模型、显性模型)及气虚证(加性模型、显性模型)发生风险显著相关(P<0.05,P<0.01).另外,rs16981448 多态性与IS患者尿酸(UA,显性模型)、同型半胱氨酸(Hcy,加性模型、显性模型)、极低密度脂蛋白(VLDL,加性模型、显性模型)和三酰甘油(TG,加性模型、显性模型)具有统计学关联.结论 CRNKL1 基因rs16981448 多态性可能通过影响IS常见危险因素(UA、Hcy及血脂代谢)而影响IS痰证、血瘀证和气虚证的形成.
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编辑人员丨2024/4/27
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IL-10基因位点rs1554286(G/A)多态性与延边地区原发性肝癌的预后分析
编辑人员丨2024/3/16
目的:研究白细胞介素-10(IL-10)基因位点rs1554286(G/A)多态性与延边地区原发性肝癌(PHC)患者预后的相关性,为找寻可以预测PHC患者预后的生物标志物提供理论依据。方法:选取2003年11月~2015年11月在延边肿瘤医院和延边大学附属医院确诊为PHC的患者共191例。使用全血DNA提取试剂盒提取血液标本中的DNA样本。设计聚合酶链反应(PCR)引物,对含有单核苷酸多态性(SNP)位点的DNA模板进行扩增。采用核酸质谱分析系统(Massarray)SNP分型技术分析SNP位点的基因型。结果:(1)2组患者在年龄和性别构成方面差异无统计学意义(P>0.05)。(2)IL-10基因位点rs1554286有G和A两种等位基因,AA、GG、GA三种基因型。191例PHC患者的基因型分布频率符合哈迪-温伯格(H-W)遗传平衡定律差异无统计学意义(P>0.05)。(3)其中死亡组(154例),存活组(37例),2组患者之间是否有肝炎病史、是否手术2个因素具有统计学差异(P<0.05),年龄、性别、民族、饮酒、吸烟、肝癌分期6个因素差异无统计学意义(P>0.05)。(4)有肝炎病史、有手术史、低肝癌分期的PHC患者中位生存时间(MST)长差异具有统计学意义(P<0.05)。(5)显性模型显示:rs1554286 AA基因型PHC患者的MST比GG+GA基因型患者长差异具有统计学意义(P<0.05)。结论:(1)IL-10 rs1554286(G/A)SNP与延边地区PHC患者的预后相关,拥有rs1554286 A等位基因是延边地区PHC患者预后的保护性因素。(2)有肝炎病史的PHC患者比没有肝炎病史的预后好。
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编辑人员丨2024/3/16
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浙江省1200万例新生儿先天性甲状腺功能减退症、高苯丙氨酸血症筛查结果分析
编辑人员丨2024/2/3
目的:了解浙江省新生儿先天性甲状腺功能减退症(CH)及高苯丙氨酸血症(HPA)的筛查及发病情况.方法:收集1999年9月至2022年12月浙江省新生儿疾病筛查中心11 922 318名新生儿血促甲状腺素(TSH)及苯丙氨酸(Phe)检测的资料.其中,血TSH浓度采用荧光法检测,血Phe浓度采用荧光法或串联质谱法检测.TSH在9 μIU/mL及以上的新生儿为CH筛查阳性,血Phe浓度超过120 μmol/L和(或)血Phe与酪氨酸(Tyr)比值大于2.0为HPA筛查阳性,召回复查.采用高通量测序和MassARRAY技术检测基因变异.结果:1999-2022年共筛查新生儿11 922 318名,总筛查率为89.41%,筛查率由1999年6.46%提升至2022年的100.00%.检出CH患儿8924例,患病率为1/1336,检出HPA患儿563例,患病率为1/21 176,其中508例为经典型苯丙酮尿症(cPKU),55例为四氢生物蝶呤缺乏症(BH4D).97例CH患儿完善基因检测,检出9种CH相关基因,双氧化酶2(DUOX2)基因检出频率最高(69.0%),其中c.3329G>A(p.R1110Q)(18.2%)和c.1588A>T(p.K530X)(17.3%)为热点突变.250例cPKU患者中检出81种苯丙氨酸羟化酶(PAH)基因变异,其中c728G>A(p.R243Q)(24.4%)和c.721C>T(p.R241C)(15.0%)为热点突变,7种为新发变异:c.107C>A(p.S36*)、c.137G>T(p.G46V)、c.148A>G(p.K50E)、c.285C>T(p.I95I)、c.843-10delTTCC、exon4-7del和c.1066-2A>G.36例BH4D患者中检出12种6-丙酮酰四氢蝶呤合成酶(PTS)基因变异,热点突变为c.259C>T(p.P87S)(31.9%).结论:浙江省新生儿筛查率逐年升高,CH发病率明显增高,HPA发病率与全国平均水平接近.DUOX2基因变异为CH患儿最常见基因变异,c728G>A(p.R243Q)为cPKU患者的热点突变,c.259C>T(p.P87S)为BH4D患者的热点突变.
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编辑人员丨2024/2/3
