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紫苏AP2基因家族PfWRI1促进植物种子油脂积累
编辑人员丨1天前
AP2转录因子属于AP2/ERF超家族,参与调节植物生长发育的各种生物学过程,以及对生物和非生物胁迫的响应.然而,关于紫苏(Perilla frutescens)AP2转录因子家族的研究未见报道.在本研究中,从紫苏基因组中鉴定到18个AP2家族成员,使用生物信息学方法分析了基因结构、保守基序和顺式作用元件.WRINKLED 1(WRI1)是许多植物物种中脂质生物合成的关键调节因子,在油脂合成过程中发挥重要调控作用.通过序列比对发现其中1个成员与AtWRI1序列高度同源,含有2个保守的AP2结构域,命名为PfWRI1.结合转录物组数据分析了 PfAP2家族基因在紫苏不同组织和种子发育不同阶段的表达水平,结果表明,PfWRI1仅在紫苏种子中高表达,暗示Pf-WRI1 可能与种子的发育过程有关.进而构建植物过表达载体pCAMBIA1303-PfWRI1,通过农杆菌侵染技术转化野生型(Col)以及突变体(wri1-1)拟南芥,分别获得过表达和回补株系.结果表明,相比于Col,PfWRI1的表达导致拟南芥种子含油率提高了 8.90%~13.57%,并促进转基因拟南芥种子中油酸(C18:1)和亚油酸(18:2)的积累,减少棕榈酸(C16:0)、花生酸(C20:0)和花生一烯酸(C20:1)的积累.此外,外源PfWRI1基因的表达增加了糖酵解和脂肪酸生物合成相关基因At-PKP-α、AtPKP-β1、AtBCCP2、AtSUS2和AtLIP1的表达.综上所述,PfWRI1可能通过与上述基因互作,增加不饱和脂肪酸含量来促进油脂积累.
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编辑人员丨1天前
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白斑冲剂含药血清对H2O2诱导的正常人表皮黑色素细胞氧化应激和抗氧化基因表达的影响
编辑人员丨1天前
目的 研究白斑冲剂含药血清对过氧化氢(H2O2)诱导的正常人表皮黑色素细胞(PIG1)氧化应激(OS)和抗氧化基因表达的影响.方法 以适当浓度H2O2 处理PIG1,建立体外黑色素细胞OS模型.配制白斑冲剂中药复方含药血清.将对数生长期的PIG1 随机分为对照组(PIG1+正常大鼠血清)、模型组(PIG1+H2O2)和白斑冲剂组(PIG1+白斑冲剂含药血清+H2O2).流式细胞仪检测各组细胞内活性氧(ROS);硫代巴比妥酸(TBA)法检测各组细胞内丙二醛(MDA);实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测抗氧化基因核因子E2 相关转录因子 2(Nrf2)、血红素氧合酶 1(HO-1)、谷胱甘肽过氧化物酶(Gpx)、超氧化物歧化酶 2(SOD2)和醌氧化还原酶 1(NQO1)mRNA的表达.结果 与对照组比较,模型组细胞内ROS和MDA水平显著升高[ROS:(166.30±3.62)%比(100.00±3.20)%,P<0.01;MDA:(3.60±0.17)nmol/mg比(2.79±0.36)nmol/mg,P<0.01];与模型组比较,白斑冲剂组细胞内ROS和MDA水平显著下降[ROS:(137.10±13.38)%比(166.30±3.62)%,(P<0.05);MDA:(3.25±0.18)nmol/mg比(3.60±0.17)nmol/mg,P<0.01)];与对照组比较,模型组细胞中GPx和SOD2 mRNA的表达显著下降(GPx mRNA:0.26±0.01 比 1.00±0.12,P<0.01;SOD2 mRNA:0.25±0.02 比 1.00±0.09,P<0.01),Nrf2、HO-1 和NQO1 mRNA的表达差异无统计学意义(P>0.05);与模型组比较,白斑冲剂组细胞中GPx和SOD2 mRNA的表达显著升高(GPx mRNA:0.75±0.09 比 0.26±0.01,P<0.01;SOD2 mRNA:0.62±0.10 比 0.25±0.02,P<0.01),Nrf2 和HO-1 mRNA的表达也明显升高(Nrf2 mRNA:1.95±0.23 比 1.11±0.34,P<0.05;HO-1 mRNA:1.91±0.21 比 1.03±0.32,P<0.05),NQO1 mRNA的表达差异无统计学意义(P>0.05);与对照组比较,白斑冲剂组Nrf2 和HO-1 mRNA的表达明显升高(Nrf2 mRNA:1.95±0.23 比 1.00±0.07,P<0.01;HO-1 mRNA:1.91±0.21 比 1.00±0.23,P<0.01)].结论 白斑冲剂含药血清能明显降低OS下PIG1 内ROS和MDA的含量,有抗氧化损伤的作用.其作用机制可能是与激活Nrf2-ARE信号通路,提高下游抗氧化酶Gpx、SOD2 和HO-1 mRNA的表达有关.
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编辑人员丨1天前
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辣椒MADS-box转录因子CaRIN基因克隆、表达与功能分析
编辑人员丨1天前
[目的]探究MADS-box家族基因RIN的表达特征和功能,解析其对辣椒类胡萝卜素代谢的影响.[方法]基于辣椒果实发育转录组,通过RT-PCR克隆辣椒MADS-box转录因子CaRIN基因CDS全长,分析其生物信息学、表达模式、亚细胞定位、转录活性等,并探讨VIGS诱导CaRIN基因沉默对类胡萝卜素代谢的影响.[结果](1)CaRIN基因CDS全长732 bp,编码243个氨基酸,蛋白分子质量为27.95 kD,等电点(pI)为7.06,其编码蛋白具有典型的MEF2_like MADS结构域,属MICK型转录因子.(2)CaRIN基因主要在花和果实中表达,具有组织特异性;CaRIN定位在细胞核,并且具有转录激活活性.(3)CaRIN基因启动子具有ABRE等多个激素应答元件,外源脱落酸和乙烯利均能加速果实转红,诱导CaRIN及相关基因高表达.(4)VIGS诱导沉默CaRIN基因后,类胡萝卜素代谢途径基因PSY1、CCS、PDS、CRTZ、LCYB和NCED1表达水平降低为对照组的0.27~0.59倍,且果实总类胡萝卜素含量(0.379 mg/g)较对照(0.650 mg/g)显著降低.[结论]CaRIN是辣椒果实类胡萝卜素代谢过程的重要调控因子.
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编辑人员丨1天前
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谷子CPP基因家族鉴定及外源硒响应分析
编辑人员丨1天前
[目的]探究谷子CPP基因家族成员特征及在外源硒处理下的响应模式,为谷子富硒高叶酸新品种选育提供遗传材料.[方法]借助生物信息学工具鉴定谷子CPP家族成员,用qRT-PCR技术对CPP基因在不同组织及外源硒处理下的表达水平进行检测.[结果](1)谷子基因组中包含9个CPP基因,定位于6条染色体上,分别命名为SiCPP1-SiCPP9,所有成员均定位在细胞核,蛋白质二级结构中无规则卷曲占比最重.(2)谷子CPP蛋白可分为4个亚家族,相同亚家族之间保守基序和结构域的数目及分布相似.(3)启动子分析发现谷子CPP家族中存在大量光、生长发育、激素及胁迫响应元件.(4)谷子CPP家族成员在根、茎、叶和穗中差异表达,SiCPP5、SiCPP6、SiCPP7和SiCPP8对外源硒响应最强烈.[结论]谷子CPP家族成员具有组织表达特异性,且对外源硒存在不同程度响应.
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编辑人员丨1天前
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增强子调控哺乳动物口腔颅颌面发育的研究进展
编辑人员丨1天前
增强子是基因差异化表达的关键调控元件,通过调控靶基因的时空表达,促进细胞组织特异性分化,在口腔颅颌面发育过程中起重要作用。近年来,随着CRISPR技术的迅速发展和染色体构象捕获技术的不断进步,人们对增强子功能及其调控机制有了进一步认识。本文就增强子调控靶基因表达的机制及增强子在口腔颅颌面发育和畸形发生中的作用进行综述。
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编辑人员丨1天前
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弗氏枸橼酸杆菌中发现介导 blaKPC-2传播的新型质粒及比较基因组学分析
编辑人员丨1天前
目的:探讨来自弗氏枸橼酸杆菌的产碳青霉烯酶的新型不相容群组质粒pNY2385-KPC的耐药机制及基因结构特征。方法:从宁波市医疗中心李惠利医院急诊病房的发热患者尿液样本中获得1株多药耐药菌。采用16S rRNA基因扩增和平均核苷酸一致性(ANI)进行菌种鉴定;采用全自动细菌鉴定及药敏分析系统检测细菌MIC值;通过“三代”测序方法获得基因组序列,然后通过BLASTP/BLASTN、RefSeq、ConservedDomains、ResFinder、Isfinder等对基因功能进行详细注释及比较基因组学分析。结果:弗氏枸橼酸杆菌NY2385携带的质粒pNY2385-KPC为一种新型不相容群组质粒,包含 blaKPC-2,具有接合转移(Ⅳ型分泌系统)基因,可发生接合转移。NCBI中共检索到同型质粒15个,来源于弗氏枸橼酸杆菌、黏质沙雷菌、大肠埃希菌、阴沟肠杆菌、肺炎克雷伯菌和植生拉乌尔菌等细菌,为泛宿主质粒。通过对来自弗氏枸橼酸杆菌中6个该新型质粒进行序列比较分析,发现该新型质粒结构具有一定的保守性,具有携带 blaKPC-2的Tn 6296变体结构,而且质粒pCF1807-3同时具有 repApNY2385-KPC和 repAIncX8。 结论:弗氏枸橼酸杆菌中的pNY2385-KPC型质粒均携带 blaKPC-2耐药基因,分为 repApNY2385-KPC单复制子和 repApNY2385-KPC/ repAIncX8双复制子两种亚型,属于泛宿主质粒,作为可移动遗传元件促进了 blaKPC-2的传播。
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编辑人员丨1天前
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肝脏叉头状转录因子O3高表达对小鼠糖代谢的影响及机制研究
编辑人员丨1天前
目的:探讨叉头状转录因子O3(FOXO3)在小鼠肝脏糖代谢中的作用。方法:将雄性肝脏激活蛋白(LAP)启动子控制下且表达四环素调节的反式激活因子(tTA)的转基因小鼠(LAP-tTA小鼠)与雌性荧光素酶-tet操作元件(tetO)7-FOXO3的组成型活性等位基因小鼠[(tetO)7.FOXO3CA小鼠]杂交,获得FOXO3CA hep小鼠(tTA +/FOXO3CA +,肝脏FOXO3条件性高表达,7只)。以tTA -和(或)FOXO3CA -小鼠作为对照组(9只)。通过IVIS活体成像、实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)、Western blotting以及免疫组化检测各组小鼠肝脏FOXO3表达情况,RT-qPCR检测相关糖异生基因[葡萄糖6-磷酸酶( G6pc)、磷酸烯醇丙酮酸羧化激酶( Pepck)、丙酮酸脱氢酶激酶4( Pdk4)]的mRNA水平。监测小鼠血糖、血清胰岛素,并进行葡萄糖耐量实验以及胰岛素耐量实验。利用免疫组织化学染色评估胰腺胰岛增生、胰岛素以及胰高血糖素表达。组间比较采用 t检验。 结果:IVIS活体成像、RT-qPCR、Western blotting以及免疫组化证实FOXO3CA hep小鼠肝脏FOXO3高表达,且主要表达于肝细胞核内,FOXO3高表达导致肝细胞体积明显小于对照组肝细胞。与对照组相比,7周龄FOXO3CA hep小鼠的空腹血糖水平显著升高[分别为(165.7±24.1)和(87.4±12.1)mg/dl, P<0.001],糖异生基因 G6pc、 Pepck、 Pdk4的mRNA水平显著增加(均 P<0.001)。与对照组相比,9周龄FOXO3CA hep小鼠空腹血糖下降[分别为(55.6±6.1)和(82.8±17.2)mg/dl, P=0.001],胰岛素水平显著升高[分别为(10.01±1.56)和(1.50±0.82)ng/ml, P<0.001]。免疫组织化学染色结果提示,FOXO3CA hep小鼠较对照组胰岛细胞显著增生,胰岛细胞呈现胰岛素强阳性,胰岛素耐量实验提示存在胰岛素抵抗。 结论:FOXO3持续高表达可促进肝脏糖异生相关基因的上调、血糖紊乱和胰岛素水平升高、胰岛增生及胰岛素抵抗。
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编辑人员丨1天前
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环腺苷酸反应元件结合蛋白3样蛋白1在骨肉瘤组织的表达及其临床意义
编辑人员丨1天前
目的:分析环腺苷酸反应元件结合蛋白3样蛋白1(CREB3L1)在骨肉瘤中的表达,探究CREB3L1在骨肉瘤中的作用及临床意义。方法:收集2019年9月至2021年12月于郑州大学第一附属医院骨科住院并接受手术治疗的骨肉瘤患者组织5例,采用转录组测序分析差异表达基因;实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测CREB3L1在另外12对匹配的骨肉瘤和癌旁组织中的表达;IHC验证CREB3L1表达;采用Kaplan-Meier方法分析公共数据中骨肉瘤队列中CREB3L1和患者预后的关系。组间比较采用 t检验。 结果:对临床采集的5对匹配骨肉瘤和正常骨组织进行转录组测序分析。比较分析共发现1 809个差异表达基因(|FC|>1.5, P<0.01),其中有1 111个基因在骨肉瘤组织中表达升高,697个基因在骨肉瘤组织中表达下调;基因富集分析结果显示,差异表达的基因主要涉及细胞外基质组织、胶原蛋白分解代谢、细胞黏附等信号通路。参与胶原蛋白生物合成、修饰和降解,细胞外基质胶原纤维形成等多个通路的基因在骨肉瘤中显著富集,其中CREB3L1等在骨肉瘤中表达升高明显。RT-qPCR分析匹配的骨肉瘤及对应正常骨组织中CREB3L1的mRNA表达表明( n=12),大部分标本中(9/12)CREB3L1在骨肉瘤中的表达明显高于对应的正常骨组织(4.408±3.230比1.000±0.000, t=2.256, P<0.05);IHC表明,CREB3L1在骨肉瘤细胞核与细胞质的表达高于正常骨组织(细胞质:2.750±1.290比1.750±0.683, t=2.739, P<0.05;细胞核:2.125±0.806比1.250±0.775, t=3.130, P<0.01);Kaplan-Meier生存分析表明,CREB3L1的表达与骨肉瘤患者的总体生存率、无转移生存率负相关( P<0.01, P<0.001);通过比较有和无肺转移患者病例中CREB3L1细胞核IHC评分,CREB3L1在有肺部转移肿瘤细胞核内表达量高于非转移者(2.500±0.527比1.700±0.949, t=2.331, P<0.05)。 结论:CREB3L1在骨肉瘤中表达升高且与患者较差的生存预后密切相关。
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编辑人员丨1天前
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应用腺相关病毒-规律间隔成簇短回文重复序列及其相关核酸酶9系统基因治疗威尔森氏症的实验研究
编辑人员丨1天前
目的:应用腺相关病毒(AAV)-规律间隔成簇短回文重复序列及其相关核酸酶9(CRISPR/Cas9)系统体外实验研究基因治疗威尔森氏症(WD)。方法:选用2月龄雄性Toxic milk (TX)小鼠作WD模型,设计小向导RNA(sgRNA)并构建含有CRISPR元件的AAV载体质粒命名为pAAV-sgRNA1、2、3,制备AAV,病毒滴度达1~4×10 13 GC/ml;感染WD肝细胞,72 h后提取基因组DNA,聚合酶链反应(PCR)后测序检测基因编辑效率,筛选出其中活性最高者sgRNA1,构建相应的同源修复模板(HT)质粒命名为pAAV-HT,应用AAV-sgRNA1和AAV-HT共感染WD肝细胞,测序和T7E1酶切检测模板修复效率;用HT特异性引物行PCR,验证HT掺入。组间比较采用Student’s t检验。 结果:Sanger测序结果显示,sgRNA1在体外有最高的编辑效率[(20.2±2.3)%],与sgRNA2、3比较[(3.1±1.3)%、(14.6±2.0)%],差异有统计学意义( P<0.05)。进一步用HT进行基因修正,能检出特异性修正后的ATP7B基因;二代测序测序显示修复率为(7.9±2.7)%。 结论:AAV-CRISPR系统在体外可以达到较高编辑效率和修复效率。
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编辑人员丨1天前
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Rotor综合征患儿4例的临床特征及遗传学分析
编辑人员丨1天前
目的:探讨4例Rotor综合征患儿 SLCO1B1/ SLCO1B3基因的变异特点,为临床诊疗和遗传咨询提供依据。 方法:以2019年1月至2022年1月湖南省儿童医院肝病科收治的4例患儿作为研究对象,对其进行家系全外显子组测序分析,并用凝胶电泳法对长散布元件-1(LINE-1)插入变异进行验证。结果:4例患儿均表现为皮肤及巩膜黄染。基因检测提示其 SLCO1B1基因存在3处变异,分别为c.1738C>T(p.R580*)、c.757C>T(p.R253*)以及c.1622A>C(p.Q541P); SLCO1B3基因存在2处变异,分别为c.481+22insLINE-1及c.1747+1G>A。3例患儿携带 SLCO1B1/ SLCO1B3基因纯合变异,1例携带复合杂合变异。Sanger测序证实了上述变异的存在,凝胶电泳实验证实4例患儿均携带 SLCO1B3基因第6内含子约6 kb的LINE-1插入变异。 结论:4例Rotor综合征患儿均由 SLCO1B1/ SLCO1B3基因的变异所致。 SLCO1B3基因LINE-1插入变异可能是中国Rotor患者中常见的变异类型。
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编辑人员丨1天前
