新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)是禽类最重要的疫病病原之一,其中基因Ⅵ型NDV在鸽群广泛流行,给养鸽业造成了严重的经济损失.为深入了解基因Ⅵ型NDV在世界不同地理区域和宿主间的传播动态,本研究通过病毒分离鉴定、高通量测序、完整F基因系统发育树构建和贝叶斯系统动力学等方法进行综合分析,结果获得4株广西NDV分离株,均为基因Ⅵ型.进一步的时空分析显示,基因Ⅵ型NDV最近的共同祖先时间为1972年(95％置信区间:1965～1978),估计进化速率为1.43×10-3 substitution/site/year(95％置信区间:1.27×10-3～1.59×10-3);意大利是欧洲基因Ⅵ型NDV早期的外溢传播中心,该病毒从欧洲传播至我国,随后华东和华南成为我国的主要传播中心;病毒存在从鸽(Columba livia)到野鸟和鸡(Gallus gallus)、从野鸟到鹌鹑(Coturnix coturnix)等的跨物种传播,但病毒传播最重要的宿主是鸽.分析结果表明基因Ⅵ型NDV正快速进化,有作为突变库的潜在威胁.基于"One Health"理念,应在全球范围内加强主动监测,改善家禽管理策略,避免不同家禽之间及不同家禽与野鸟之间的直接和间接接触.这些信息有助于了解基因Ⅵ型NDV的起源、传播与进化,为制定相应防控策略提供科学依据.

目的 探究胆总管结石合并胆道感染患者的胆汁病原菌分布和耐药性.方法 选取中国十九冶集团职工医院2019年6月至2023年1月收治的胆道感染的胆总管结石患者105例.根据结石的情况将患者分为初发组和复发组.收集受试者的一般资料,包括性别、年龄、临床表现、实验室检查结果及影像学检查结果等.使用VITEK 2 Compact全自动菌种分析仪分离鉴定胆汁中的菌株.使用纸片琼脂扩散法进行药物敏感试验.观察受试者的抗生素使用史,胆汁菌株培养的阳性率、分布情况,胆汁中细菌的耐药情况等.结果 结石初发组55例,复发组50例.与复发组相比,初发组的抗生素使用率更高(P＜0.05).初发组和复发组的胆汁培养阳性率分别为83.6％(46/55)和94.0％(47/50),差异有统计学意义(x2=-3.923,P=0.001).复发组革兰阴性菌为84.0％(36/50),大肠埃希菌为30.0％(15/50)高于初发组的63.6％(13/55)和23.6％(13/55),差异有统计学意义(P＜0.05).其他病原菌分布初发组和复发组差异无统计学意义(P＞0.05).与初发组相比,病原菌耐药率在复发组中明显增高,耐药性明显增强有大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌和铜绿假单胞菌(P＜0.05).结论 初发和复发胆总管结石合并胆道感染患者的病原菌分布相似,但复发组的病原菌耐药性高于初发组,临床医生用药应根据患者结石复发情况、耐药实验慎重选择抗生素.

目的:了解上海市疱疹性咽峡炎(herpangina, HA)病原学特征，为HA防控措施的制定提供科学依据。方法:收集2017—2019年上海市哨点医院上送的HA病例咽拭子标本，采用荧光定量PCR(Real-Time PCR)进行肠道病毒(enterovirus, EV)、EV-A71、柯萨奇病毒(coxsackievirus, CV)-A16、CV-A6和CV-A10核酸检测，并对非EV-A71、CV-A16、CV-A6、CV-A10的其他EV感染病例样本进行病毒分离、测序以鉴定EV的分型。用Excel和IBM SPSS Statistics 22.0进行统计学分析。结果:264例HA病例中，主要为0～1岁的婴儿，占比为32.95%(87/264)；EV阳性检出率为69.70%(184/264)，共检出EV-A71、CV-A16、CV-A6、CV-A10、CV-A4、CV-A2、CV-A5、CV-B5 8种EV，其中构成比占前3位的血清型分别为CV-A6(39.13%，72/184)、CV-A10(17.39%，32/184)和CV-A4(16.85%，31/184)。2017—2019年各个年份其他EV占比逐年增多，分别为19.23%(10/52)、41.10%(30/73)、47.46%(28/59)。结论:上海市2017—2019年HA中常见病原体为CV-A6、CV-A10和CV-A4，其他EV占比逐年增多。

目的:构建针对大肠埃希菌的重组发光噬菌体（HT7），并评估其对大肠埃希菌的鉴定能力。方法:首先通过基因工程构建小向导RNA表达质粒pCRISPR-sg（1~10）和PFN-1000同源重组质粒菌株，并用双层平板筛选切割效率最高的小向导RNA（sgRNA）；采用同源重组与规律成簇的间隔短回文重复（CRISPR）系统联合介导的基因编辑技术，将Nanoluc萤光素酶基因整合入T7噬菌体10A基因下游的非编码区，并成功构建发光噬菌体HT7；通过噬菌斑实验和液体扩增实验评估HT7噬菌体与T7噬菌体生物特性差异；此外用2022年1月至2023年6月解放军总医院第一医学中心临床采集分离的51株大肠埃希菌、20株肺炎克雷伯菌、14株金黄色葡萄球菌、6株屎肠球菌、5株粪肠球菌、3株鲍曼不动杆菌和1株铜绿假单胞菌评估HT7噬菌体的检测专一性和检出限。结果:构建的10个CRISPR靶向切割系统中，sgRNA8靶标的切割效率最高，成斑效率为0.18；噬菌体经pCas9/pCRISPR/PFN-1000 3质粒系统3轮重组筛选后，PCR验证均为2 798 bp的重组噬菌体条带，说明成功构建了HT7噬菌体。重组噬菌体在裂解效率（ P<0.001）、一步生长曲线（ P=0.001）、感染复数（ P=0.031）的生物特性分析中，均有显著差异，裂解暴发点和对数生长节点均延长了10 min，最佳感染复数为0.1；临床样本测试，可识别裂解6株大肠埃希菌，其余菌株均不裂解，4.5 h内可检出低于10 CFU/ml的病原菌。 结论:成功开发了一种高效的噬菌体基因编辑系统，并成功构建发光噬菌体HT7，该噬菌体在4.5 h内能特异性检测出低于10 CFU/ml的大肠埃希菌，且对其他菌株无裂解作用，显示出良好的检测专一性和低检出限。

目的:了解我国食源性金黄色葡萄球菌（金葡菌）的种群结构。方法:通过全基因组测序方法对2006-2020年我国16个省份收集的763株食源性金葡菌进行多位点序列分型、葡萄球菌蛋白A编码基因（ spa）和葡萄球菌染色体 mec基因盒（SCC mec）分型，使用BioNumerics 7.5软件创建基于ST类型的最小生成树。国外进口食品分离到的金葡菌31株被纳入基因组系统发育树的构建。 结果:763株金葡菌共鉴定出90个ST型和160个 spa型别，其中20种为新ST型别。72个（72/90，80.0%）ST型属于22个克隆群，其中主要型别为CC7、CC1、CC5、CC398、CC188、CC59、CC6、CC88、CC15和CC25，占82.44%（629/763）。其中优势克隆群中ST型和 spa型别随着时间的变化呈多态性变化。耐甲氧西林金葡菌（MRSA）的阳性率为7.60%，共鉴定出7种SCC mec型别，以ST59-t437-Ⅳa（17.24%，10/58）、ST239-t030-Ⅲ（12.07%，7/58）、ST59-t437-Ⅴb（8.62%，5/58）、ST338-t437-Ⅴb（6.90%，4/58）和ST338-t441-Ⅴb（6.90%，4/58）为主。本研究分离株在系统发育树上被分为2个种群分支，命名为Clade1和Clade2，相同克隆群、ST型和 spa型别的菌株呈聚集分布。Clade1全部为CC7甲氧西林敏感菌株，Clade2中包括21种克隆群和所有MRSA菌株，MRSA菌株按照SCC mec和ST型呈聚集分布。CC398、CC7、CC30、CC12和CC188中的国外分离株与我国分离株进化关系较远。 结论:本研究中食源性菌株主要优势克隆群型别为CC7、CC1、CC5、CC398、CC188、CC59、CC6、CC88、CC15和CC25，与既往报道的我国医院、社区感染和食物中毒的克隆群存在重叠现象，这提示食品作为病原体社区传播和食物中毒的载体，需高度关注。

目的:这是一项观察性研究，纳入对象为2010年至2019年入住4级新生儿重症监护室(NICU)的早发型败血症(EOS)与晚发型败血症(LOS)血培养阳性患儿，研究其微生物学特征及对经验抗生素的敏感性。方法:研究数据来源于挪威奥斯陆大学医院例行提交于挪威新生儿网络数据库的患儿记录。这些数据包括临床资料、血液培养结果及抗生素敏感性。结果:共纳入重症监护室患儿5 249例，总入住NICU次数6 321次，从287例中鉴定出324例次阳性血培养，其中包括30例EOS和305例LOS。其中EOS的常见病原体为B族链球菌(33.3%)、大肠杆菌(20.0%)和金黄色葡萄球菌(16.7%)，EOS的所有患儿均对经验性用药氨苄西林和庆大霉素敏感。而LOS多由凝固酶阴性葡萄球菌(73.8%)、金黄色葡萄球菌(15.7%)和肠球菌(6.9%)引起。凝固酶阴性葡萄球菌、金黄色葡萄球菌、肠球菌、大肠埃希菌、克雷伯菌和肠杆菌占LOS的91.9%，LOS的患儿对万古霉素联合头孢噻肟治疗敏感度为96.1%、万古霉素联合庆大霉素治疗敏感度为97.0%，氯青霉素联合庆大霉素治疗敏感度为38.1%。结论:氨苄西林和庆大霉素经验性用药治疗EOS效果令人满意。联合使用万古霉素和庆大霉素可能是另一种可以更安全替代头孢噻肟治疗LOS的治疗方案，因为这减少了对广谱抗生素的暴露。

目的:观察青海省青藏高原喜马拉雅旱獭分离的布鲁氏菌的多位点可变数目串联重复序列分析（multiple locus variable-number tandem repeat analysis，MLVA）分型，探讨其与既往青海省布鲁氏菌分离菌株间的亲缘关系。方法:2019年3月至2020年10月，采集青海省青藏高原喜马拉雅旱獭全血样本，对虎红平板凝集试验（rose bengal test，RBT）布鲁氏菌抗体阳性样本进行病原体分离培养，采用传统生物学方法和分子生物学方法（BCSP31-PCR和AMOS-PCR方法）进行菌株鉴定。同时，应用MLVA方法对分离菌株进行基因分型，并结合既往青海省不同宿主分离的70株布鲁氏菌的基因型，应用聚类分析方法探讨菌株间的亲缘关系。结果:共采集青藏高原喜马拉雅旱獭全血样本1 466份，从其中64份RBT阳性样本中分离培养出2株布鲁氏菌，分别命名为QH2013054、QH2013062，经传统生物学和分子生物学方法鉴定为羊种布鲁氏菌生物Ⅲ型。MLVA分型结果显示，QH2013054与QH2013062菌株在Bru16位点有差异，为不同的MLVA基因型。聚类分析结果显示，QH2013054菌株与7株菌株具有相同的MLVA基因型，其中6株来自共和县同一个家庭的3名农民和3只羊，1株来自门源回族自治县农民；QH2013062菌株与4株菌株具有相同的MLVA基因型，其中3株来自门源回族自治县的3名农民，1株来自互助土族自治县农民。结论:从青海省青藏高原喜马拉雅旱獭中分离的布鲁氏菌与在本省人、羊中分离的部分布鲁氏菌具有相同的MLVA基因型，推测宿主人、羊、青藏高原喜马拉雅旱獭可能具有共同的传染源。

目的:分析2017—2018年重庆地区手足口病病原谱及其主要病原体的基因特征。方法:选择重庆市儿童医院作为研究对象，收集并整理该院区2017—2018年1 071例诊断为手足口病患者的核酸检测信息，其中810份已明确了肠道病毒血清型，剩余175份血清型待鉴定，另有86份肠道病毒为阴性。通过病毒分离、核酸浓缩及基因测序等方法对上述261份样本进行鉴定，获得该地区手足口病完整的病原谱。使用MEGA 7.0软件构建四种主要病原体的系统进化树，进行基因特征的研究。结果:通过改良的鉴定方法，261份标本中，除3份被鉴定为人副肠孤病毒（Human parechovirus，HPeV）外，其余258份样本均为肠道病毒阳性。其中CVA6（coxsackievirus A6）血清型占比最多，其次为EV-A71（enterovirus A71）另有CVA16（coxsackievirus A16）和CVA10（coxsackievirus A10）以及其他肠道病毒共计13种血清型。系统进化结果显示，重庆市CVA6血清型均为D3a基因亚型，EV-A71、CVA10和CVA16的优势基因亚型分别为C4a，C2b和B1b，这四种优势基因型与全国其他地区的基因型共同循环进化。结论:本研究通过优化鉴定方法，提高了肠道病毒的检出率，进一步明确了重庆地区手足口病病原谱构成，CVA6是该地区2017—2018年手足口病的主要病原体，其次是EV-A71，同时这两种血清型也是导致重庆地区重症手足口病主要的病原体。

目的:分析河北省保定市1起人间布鲁菌病（简称布病）聚集性疫情的流行病学和分离菌株遗传学特征，为布病疫情防控提供科学依据。方法:采用虎红平板凝集试验和试管凝集试验对2018年保定市1起人间布病疫情中的高危人群（ n=22）进行布鲁菌抗体检测；对布病患者（ n=3）血液进行培养，对分离出的菌株进行传统法鉴定，运用多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）和多位点序列分析（MLST）方法分析菌株的遗传学特征。 结果:高危人群血清布鲁菌抗体阳性率为4.55%（1/22）。3名患者血培养均检出布鲁菌可疑菌株（菌株编号：BDY-1、BDY-2、BDY-3），并鉴定为羊种生物3型布鲁菌。MLVA结果显示，BDY-1与BDY-2菌株是同一基因型，BDY-3菌株在Bruce04和Bruce16位点分别增加了2个串联重复序列，在Bruce30位点少了3个串联重复序列，3株菌株panel 1（MLVA-8）基因型为42，panel 1 + panel 2A（MLVA-11）基因型为116，均属于"东地中海组"，且与羊种生物3型布鲁菌聚类最近。MLST分析显示，3株菌株均为ST8型。结论:该起疫情的病原菌是羊种生物3型布鲁菌。今后保定市布病防控工作应加强高危人群的健康教育和行为干预。

目的:了解江苏省腹泻患者临床分离耶尔森菌的分布特点及分子特征。方法:2017-2021年，在小肠结肠炎耶尔森菌国家级主动监测点江苏省徐州市铜山区和盐城市东台市，采集腹泻患者粪便标本，进行耶尔森菌菌株分离；同时，收集全省哨点医院疑似耶尔森菌菌株。提取分离菌株DNA进行全基因组重测序，并上传至EnteroBase数据库进行耶尔森菌种型鉴定，原始数据经清洁和处理后进行16S核糖体RNA（16S rRNA）基因多态性分析；通过美国国家生物技术信息中心（NCBI）和病原菌毒力因子数据库（VFDB）扫描5种毒力基因（ail、ystA、ystB、yadA、virF）携带情况，同时构建K-mer树并进行基因组特征分析。结果:2017-2021年，共采集腹泻患者粪便标本2 058份，经分离鉴定，得到57株耶尔森菌；同时，通过哨点医院收集到2株耶尔森菌。经EnteroBase数据库比对，51株菌为小肠结肠炎耶尔森菌，4株菌为 Yersinia proxima，阿利克西奇耶尔森菌、马赛耶尔森菌、中间耶尔森菌及 Yersinia canariae各1株。16S rRNA基因多态性分析显示，全部菌株被聚类为3个大组，可区分小肠结肠炎耶尔森菌和其他耶尔森菌。51株小肠结肠炎耶尔森菌中，49株为毒力基因Ⅲ型（ail-、ystA-、ystB+、yadA-、virF-），2株为毒力基因Ⅱ型（ail+、ystA+、ystB-、yadA-、 virF-）；8株其他耶尔森菌均为毒力基因Ⅳ型（ail-、ystA-、ystB-、yadA-、virF-）。K-mer分析可区分小肠结肠炎耶尔森菌和其他耶尔森菌，JS-XZ-2020001菌株与其他小肠结肠炎耶尔森菌距离较远，血清型为O8的小肠结肠炎耶尔森菌分布较集中。 结论:江苏省腹泻患者临床分离耶尔森菌以小肠结肠炎耶尔森菌为主，其他耶尔森菌少量并存，同时发现了 Yersinia proxima和 Yersinia canariae两个耶尔森菌新种型。小肠结肠炎耶尔森菌的毒力基因携带以Ⅲ型为主。16S rRNA基因多态性分析和K-mer分析均可有效区分小肠结肠炎耶尔森菌和其他耶尔森菌。