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RPS:一种为合成代谢途径推荐宿主生物和外源酶的软件工具
编辑人员丨5天前
为合成代谢途径选择宿主生物,并为合成代谢途径中的外源反应确定外源酶是合成生物学和代谢工程的两大挑战问题.自然界中存在成千上万种微生物和生物合成反应,仅通过生物实验来确定这些目标既昂贵又耗时.本文设计开发了一种名为RPS(recommend metabolic pathway's species)的新型生物推理软件系统,以辅助合成代谢途径的设计.RPS软件可根据竞争性内源反应的比例和途径末端代谢物的数量为合成代谢途径推荐合适的宿主生物,并通过酶的系统发育距离和反应动力学信息为宿主生物中的外源反应识别合适的外源酶.有别于已有的以宿主为中心的合成代谢途径设计工具,RPS软件以代谢途径为中心的特点可帮助研究人员以不同视角评估合成代谢途径设计.实验结果表明,RPS软件工具可准确识别合成代谢途径潜在的宿主生物,并为合成代谢途径中的外源反应发现合适的外源酶.用户可通过https://biolab.gxu.edu.cn/RPS在线使用RPS软件工具.
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编辑人员丨5天前
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糖尿病患者早期黄斑区微循环定量检测及其与视力的相关性
编辑人员丨5天前
目的:分析糖尿病患者早期黄斑区微循环变化及其与视力的相关性。方法:采用横断面研究方法,收集2019年12月至2020年9月于扬州大学附属苏北人民医院确诊的不合并糖尿病视网膜病变(NDR)患者75例75眼作为NDR组、非增生性糖尿病视网膜病变(NPDR)患者33例33眼作为NPDR组,另收集年龄匹配的健康体检者35人35眼作为对照组。采用RTVue XR光相干断层扫描血管仪扫描受检者黄斑区3 mm×3 mm的光相干断层扫描血管成像(OCTA)图像,采用Angio Vue软件系统对检测数据进行量化。分析并比较3个组患者黄斑中心凹无血管区(FAZ)面积及周长、非圆度指数(AI)、浅层和深层FAZ轮廓异常分级、浅层毛细血管网(SCP)和深层毛细血管网(DCP)血流密度和FAZ旁宽300 μm区的毛细血管(FD300)血流密度,并分析各指标与视力的相关性。结果:对照组、NDR组和NPDR组间黄斑区FAZ面积、FAZ周长、AI总体比较,差异均无统计学意义( F=1.948, P=0.146; F=2.632, P=0.075;H=5.582, P=0.061)。对照组、NDR组和NPDR组黄斑区浅层FAZ轮廓异常眼的比例分别为22.9%(8/35)、37.3%(28/75)和54.5%(18/33),深层FAZ轮廓异常眼的比例分别为42.9%(15/35),70.7%(53/75)和87.9%(29/33),其中NPDR组浅层及深层FAZ轮廓异常眼的比例明显高于对照组,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。且随着DR病情程度的加重,无论是浅层还是深层FAZ,轮廓异常眼的分级均呈现逐渐升高趋势( χ2=9.827、9.030,均 P<0.05)。对照组、NDR组和NPDR组旁中心凹DCP血流密度分别为[52.50(50.70,54.80)]%、[50.40(48.40,52.60)]%和[48.30(43.60,51.55)]%,DCP血流密度分别为[49.90(47.70,51.80)]%、[47.30(45.20,50.10)]%和[45.80(41.30,48.60)]%,总体比较差异均有统计学意义( H=21.719、21.652,均 P<0.001),组间两两比较差异均有统计学意义(均 P<0.05)。NPDR组中心凹SCP血流密度、中心凹DCP血流密度、FD300血流密度明显低于对照组,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。各组旁中心凹SCP血流密度、SCP血流密度总体比较,差异均无统计学意义( H=5.290、5.534,均 P>0.05)。糖尿病患者的旁中心凹SCP血流密度及SCP血流密度与LogMAR最佳矫正视力(BCVA)均呈负相关( rs=-0.305、-0.330,均 P<0.05),浅层FAZ轮廓分级与LogMAR BCVA呈正相关( rs=0.353, P<0.05)。 结论:糖尿病患者出现临床可见眼底病变前即可出现旁中心凹DCP血流密度、DCP血流密度及FAZ轮廓的异常,糖尿病患者旁中心凹SCP血流密度、SCP血流密度及浅层FAZ轮廓分级等微循环异常与视力存在相关性。OCTA在监测糖尿病患者视网膜病变进展和识别影响视功能的微循环参数方面有一定的作用。
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编辑人员丨5天前
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基于物联网平台的传统病房智慧升级后的效果评价
编辑人员丨5天前
目的:通过物联网平台对传统病房进行智慧升级,实现病区智慧化、精细化管理,对升级后的效果进行评价。方法:于2020年6月,便利抽样法选取山东第一医科大学附属省立医院心内科2个病区作为试点单元,实施智慧化病房管理模式。以易改造、易施工、易维护为原则,在实现物联网全覆盖的基础上,接入硬件和软件系统,完成传统病房智慧升级,采用结构化观察、半结构式访谈法评估升级后工作效率以及患者的使用体验。结果:升级后生命体征采集与记录耗时、护理风险评估与耗时、标识牌制作与悬挂耗时分别为(4.24 ± 0.87)、(4.07 ± 0.86)、0 min与升级前的(6.50 ± 2.95)、(4.73 ± 1.62)、(1.13 ± 0.43)min相比均降低,差异均有统计学意义( t=8.04、3.99、28.96, P<0.01)。半结构式访谈结果显示,患者认为智慧病房智能化,节省人力和等待时间;操作简单,改善医护工作者和患者使用体验;系统更新不及时等问题。 结论:传统病房智慧升级有助于患者精细化管理,提高工作效率,改善医护工作者和患者使用体验,在未来发展中不断改进,可为同类病区的智慧升级提供实践路径借鉴。
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编辑人员丨5天前
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患者数据实时质量控制在实验室内血细胞分析仪比对中的应用
编辑人员丨5天前
目的:探讨基于患者数据的实时质量控制(PBRTQC)方法在实验室内不同血细胞分析仪间比对中的应用价值。方法:收集2020年4月1日至2021年3月31日河北省儿童医院检验科5台不同品牌和不同型号血细胞分析仪中患者白细胞计数及每日新鲜静脉血比对结果,首先应用PBRTQC专业智能软件系统进行参数设置、程序建立及性能验证,选择白细胞计数低浓度(2.5~4.5)×10 9/L、中浓度(6.0~8.0)×10 9/L、高浓度(12.0~14.0)×10 9/L为3个比对浓度范围,分别利用指数加权移动平均法(EWMA)和中位数法对白细胞计数进行计算和比较分析,并将EWMA和每日新鲜血比对法所得设备间偏差进行比较分析。以WS/T 406-2012《临床血液学检验常规项目分析质量要求》中白细胞可比性验证要求允许偏差±7.50%作为白细胞计数仪器间比对相对偏差标准。 结果:(1)在统计周期共纳入38 313个样本结果,基于本室白细胞计数患者数据建立的EWMA质控法,出现预警结果70个,预警率为0.183‰,误差检出概率为100%,假失控概率为0,EWMA质控效能符合质量目标。(2)以高浓度为例,5台血细胞分析仪结果可比性监测中,每周比对及每月比对时EWMA与中位数法结果符合率为100%(46/46),每日比对中,EWMA可以保持比较稳定的监测效能。(3)在所选自然月中,EWMA法与新鲜血比对法一致率为95.24%(20/21)。结论:PBRTQC法可作为室内质控的补充,对实验室内不同品牌和不同型号血细胞分析仪设备间检测结果的一致性进行连续有效的监测,以降低质量风险和实验室运行成本,提高实验室的管理效率。
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编辑人员丨5天前
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出生队列技术规范第3部分:成员信息系统(T/CPMA 015.3-2020)
编辑人员丨5天前
出生队列成员信息系统(以下简称“系统”)是一类包含出生队列家庭成员基本信息登记、自动化管理、无纸化问卷调查、临床信息整合、数据可视化展示等多种功能的软件系统,可显著提升出生队列建设的质量和效率。本文件就出生队列成员信息系统建设过程中的系统开发、验证和部署、系统操作终端和使用场景、系统模块及其功能、数据导出及系统的安全性等主要工作制定规范。
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编辑人员丨5天前
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肝胆外科患者胆道感染的病原菌分布与耐药情况研究
编辑人员丨5天前
目的:研究肝胆外科患者胆道感染的病原菌分布与耐药情况。方法:前瞻性选取2020年5月至2022年10月于兰溪市人民医院肝胆外科治疗的胆道感染患者103例,留取其胆汁进行培养,筛查其病原菌分布与耐药性,数据经WHONET5.5软件系统处理。结果:103例胆道感染患者胆汁中培养出58份阳性标本,阳性率为56.31%。58株病原菌中革兰阴性菌共38株(65.52%),主要为大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌;革兰阳性菌共15株(25.86%),主要为粪肠球菌、金黄色葡萄球菌;真菌5株(8.62%)。大肠埃希菌与肺炎克雷伯菌对磺胺甲噁唑-甲氨苄啶、环丙沙星等抗菌药耐药率较高,对亚胺培南、美罗培南完全敏感。粪肠球菌主要对氨苄西林、青霉素G等耐药,对万古霉素、替考拉宁完全敏感;金黄色葡萄球菌对万古霉素、环丙沙星、头孢噻肟等药耐药。25株大肠埃希菌与7株肺炎克雷伯菌中分离出13株产超广谱β-内酰胺酶细菌,检出率40.63%。结论:胆道感染的病原菌主要为革兰阴性菌,分布广泛且耐药严重,临床应根据患者胆汁药敏试验结果合理选择抗菌药物治疗。
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编辑人员丨5天前
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显微神经外科运用3D-Slicer自主构建脑干纤维束的相关研究
编辑人员丨5天前
目的:探究在显微神经外科术前计划中神经外科专科医生通过3D-Slicer软件自主构建脑干纤维束的方法与应用价值。方法:收集2018年6月至2019年5月重庆医科大学附属第一医院神经外科31例脑干区域病变住院患者DCIOM格式影像学资料并导入3D-Slicer软件系统由神经外科专科医生自主构建纤维束,分别生成二维部分各向异性(FA)图、方向编码彩色(DEC)图及三维纤维束示踪图,构建术前虚拟病理解剖影像系统,了解肿瘤与脑干纤维束的三维病理解剖关系,制定精确的手术入路,术前模拟手术步骤。结果:全部病例均由神经外科专科医生自主重建脑干纤维束,利用自主构建的的三维虚拟影像进行手术计划的制定,尽量避开脑干纤维束操作,在显微神经外科技术及神经内镜辅助下顺利完成所有手术,31例病例均在避免损伤纤维束的前提下达到全切或者次全切肿瘤,术后新发脑干纤维束损伤症状轻微,术后3个月随访31例患者未见明显脑干纤维束损害症状,术后6个月随访31例患者亦未见明显脑干纤维束损害症状。结论:由神经外科专科医生自主构建脑干纤维束可精确地、有的放矢地重建脑干纤维束的走形,可更加精确地了解肿瘤与脑干纤维束的三维病理解剖关系,更加合理地制定手术计划,确定"相对安全区"位置,选择最优手术入路,以最大限度避免损伤脑干纤维束达到肿瘤次全或全切除。
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编辑人员丨5天前
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儿童血液肿瘤患者舒缓治疗认知现状调查
编辑人员丨5天前
目的:探讨儿童血液肿瘤患者的医生、护士、社工及家长对患儿疼痛管理、舒缓治疗的认知程度。方法:设计5个关于儿童血液肿瘤患者营养、生长发育、疼痛管理及舒缓治疗与疗效关系的问题,应用问卷星软件系统发布问卷,于2019年1月至6月随机对上海市儿童医院血液肿瘤科诊治患儿相关的158名医生、护士、社工及家长进行调查,并分析调查结果。结果:158份问卷中157份为有效问卷。91.72%(144/157)认为营养与儿童血液肿瘤的疗效关系非常密切或较密切;95.54%(150/157)认为儿童血液肿瘤的治疗必然或可能会影响患儿生长发育。56.05%(88/157)不知道或未听说过儿童舒缓治疗,16.56%(26/157)不知道疼痛管理与舒缓治疗的关系,仅3.18%(5/157)非常了解儿童舒缓治疗。结论:大多数儿童血液肿瘤患者的医生、护士、社工及家长对患儿营养和生长发育即躯体方面关注较多,而对患儿疼痛管理及舒缓治疗的关注较少。有必要开展舒缓治疗的系统化培训,以提高血液肿瘤患儿的生命质量。
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编辑人员丨5天前
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血栓与止血筛查试验全自动流水线的应用与优化
编辑人员丨5天前
全自动凝血流水线的应用,极大地发展了血栓与止血实验室的智能化管理。本实验室全自动凝血流水线硬件系统由西门子Aptio流水线系统和Sysmex CS-5100全自动凝血分析仪组成,软件系统包括流水线数据管理系统、Centralink中间体软件和实验室信息系统(LIS)。根据实验室实际工作情况和血栓与止血检测的质量管理要求,实验室对LIS系统、流水线检测程序和纯水供应系统进行了多次优化,提高了工作效率和检测质量,为未来血栓与止血筛查试验复检规则和自动审核规则的制定,智能化实验室的实现打下了坚实的基础。
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编辑人员丨5天前
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基于计算机3D-Slicer软件系统实施微创穿刺置管术治疗高血压脑出血的临床效果探讨
编辑人员丨5天前
目的:探讨基于计算机3D-Slicer软件系统实施微创穿刺置管术治疗高血压脑出血(HICH)的临床效果。方法:选取2019年6月至2020年6月兰陵县人民医院收治的350例HICH患者作为研究对象,根据手术方法分为3D-Slicer组(175)和CT组(175例),分别采用3D-Slicer软件系统辅助下微创穿刺置管术及CT定位下血肿微创软通道穿刺引流术,比较两组手术一般情况、血肿清除率、实验室指标、氧化应激指标及预后。结果:3D-Slicer组术中出血量、住院时间少于CT组[(81.42 ± 12.33)ml比(101.54 ± 11.71)ml、(15.67 ± 3.71)d比(17.22 ± 3.52)d],一次性成功穿刺至预设位置成功率高于CT组[100.00%(175/175)比81.14%(142/175)],差异有统计学意义( χ 2 = 34.26, P<0.05)。3D-Slicer组术后1、3、7 d的血肿清除率均高于CT组[(87.93 ± 8.54)%比(66.43 ± 7.99)%、(92.48 ± 10.31)%比(89.52 ± 11.74)%、(96.37 ± 10.22)%比(94.30 ± 9.25)%],差异有统计学意义( P<0.05)。术后7 d,3D-Slicer组谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px)、超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)水平高于CT组[(121.36 ± 10.59)U/L比(109.14 ± 9.05)U/L、(92.80 ± 8.63)μg/L比(81.45 ± 9.11)μg/L、(24.64 ± 5.43)U/L比(20.84 ± 3.47)U/L],MDA水平低于CT组[(4.42 ± 0.57)μmol/L比(5.19 ± 0.51)μmol/L],差异有统计学意义( P<0.05)。术后3个月,3D-Slicer组预后良好率高于CT组[73.71%(129/175)比62.29%(199/175)],差异有统计学意义( χ 2 = 5.25, P<0.05)。 结论:采用基于计算机3D-Slicer软件系统实施微创穿刺置管术治疗HICH,能够在提高临床疗效的同时,缩短患者住院时间,减少术中出血量,改善预后。
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编辑人员丨5天前
