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福建省首株黄热病毒株的分离鉴定和全基因组序列分析
编辑人员丨4天前
目的:从福建省2016年输入性黄热病病例标本中分离黄热病毒(YFV)并分析其生物学特征。方法:将16份黄热病毒核酸阳性血清、尿液、唾液样品分别接种C6/36细胞,YFV实时荧光RT-PCR法鉴定检测培养物中特异性病毒核酸,通过高通量测序获得病毒全基因序列并绘制系统进化树。结果:从1例患者发病后3天的血清样品分离到一株病毒,通过YFV实时荧光RT-PCR鉴定为YFV病毒;BLAST分析显示该毒株全基因序列与2016年我国首例输入性黄热病病例中分离得到的毒株CNYF01R/2016(KX268355)序列完全一致;系统进化树显示该毒株与1971年安哥拉流行株Angola71分属同一进化树分支,与疫苗株17D vaccine strain(X03700)存在明显的差异,表明本研究分离到的YFV毒株是属于安哥拉型YFV野毒株。结论:福建省成功从2016年输入性黄热病病例样品分离到一株安哥拉型YFV毒株。
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编辑人员丨4天前
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七种新型冠状病毒候选标准株的筛选和评价
编辑人员丨4天前
目的:制备新型冠状病毒野生株(WT)、Beta变异株、Delta变异株、Omicron变异株(BA.2、BA.5、BQ.1和XBB.1分支)等7株单克隆病毒株,用于申请国家标准株。方法:利用蚀斑纯化技术感染Vero细胞后筛选单克隆毒株,通过观察细胞病变特性与病毒形态学特征、病毒滴度与全基因组序列测定、支原体检测等方法,以评价单克隆毒株的基础生物学特征。结果:WT株、Beta变异株、Delta变异株、Omicron变异株(BA.2、BA.5、BQ.1和XBB.1)7株病毒感染细胞后,细胞病变表现为细胞圆缩脱落;蚀斑纯化后的病毒支原体检测均为阴性,2代至5代的病毒滴度在10 5~10 8 TCID 50/ml之间;电镜下病毒颗粒呈圆形或者椭圆形,直径在60~140 nm之间;全基因组测序与系统进化分析明确了7种毒株的变异株类别,证实了单克隆毒株连续传代5代基因组特征稳定。 结论:制备7种代表性新型冠状病毒变异株的克隆株,具有典型冠状病毒细胞病变效应、形态结构清晰、病毒活性良好、遗传稳定等特性,可作为候选毒株用于申请国家标准株。
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编辑人员丨4天前
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HIV-1 CRF07_BC病毒适应性的体外生长竞争试验的建立
编辑人员丨4天前
目的:通过突变的方式构建含有鼠 Thy1.1基因或鼠 Thy1.2基因的HIV-1 CRF07_BC感染性克隆,建立CRF07_BC亚型体外竞争试验。 方法:用鼠 Thy1.1基因和鼠 Thy1.2基因替换CRF07_BC亚型感染性克隆pXJDC6291-13 Nef区前218个碱基,构建成CRF07_BC感染性克隆BCEA1和BCEA2质粒。BCEA1和BCEA2进行293T细胞转染后获得病毒,测定病毒滴度,以等比例病毒含量共感染PM1细胞,在感染的第3、4、5、6天收集细胞并用 Thy1.1和 Thy1.2特异性抗体标记细胞,并进行流式细胞检测病毒适应性。通过"TFitness"程序(http://bis.urmc.rochester.edu/vFitness)计算病毒相对适应性。并观察耐药位点K103 N、多态性位点K166R相对于CRF07_BC亚型相对适应性的影响。 结果:CRF07_BC亚型BCEA1和BCEA2两病毒的相对适应性(1+s)结果为1.06±0.23693,无统计学差异,建立了CRF07_BC亚型体外生长竞争性试验。利用该体外生长竞争试验验证K103 N和K166R突变株与野生株的相对适应性,BCEA2-K103 N/BCEA1相对适应性是0.728282±0.16608、BCEA2-K166R/BCEA1是0.883385±0.19023、BCEA2-K103 N+K166R/BCEA1是0.804604±0.06164。K103耐药位点突变株与野生株相对适应性存在统计学差异。结论:建立HIV-1 CRF07_BC病毒适应性的体外生长竞争试验,基于该体外竞争试验,HIV-1 K103 N的耐药毒株的病毒适应性降低。
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编辑人员丨4天前
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HIV-1 CRF01_AE毒株整合酶抑制剂主要耐药突变的表型耐药性研究
编辑人员丨4天前
目的:分析整合酶(IN)区主要耐药突变对HIV-1 CRF01_AE毒株耐药的影响,并比较与B亚型毒株的差异。方法:根据美国斯坦福大学HIV耐药数据库选择7个IN区突变或联合突变(T66K、F121Y、Q148K、N155H、G118R、R263K、Q148K/N155H),通过无缝克隆同源重组及点突变的方法引入到HIV-1 B亚型感染性克隆pNL4-3和CRF01_AE感染性克隆pGX002的IN区,转染293T细胞包装病毒,在MT2细胞上扩大培养并测定感染性滴度。检测4种整合酶链转移抑制剂(INSTIs),拉替拉韦(RAL)、埃替拉韦(EVG)、多替拉韦(DTG)、比昔格韦(BIC)对14株突变病毒的半抑制浓度(IC 50)及其与野生型病毒相比提高的倍数。 结果:成功构建携带7个IN区突变或联合突变的B亚型和CRF01_AE质粒,包装获得14株重组病毒,感染性滴度为10 4~10 6半数组织细胞感染剂量(TCID 50)/ml,在MT2细胞高效复制,上清液中HIV-1 P24抗原浓度可达830~2 700 ng/ml。5个突变或突变组合(T66K、F121Y、Q148K、N155H、Q148K/N155H)均可导致CRF01_AE和B亚型毒株对RAL和EVG高度耐药,与野生病毒相比IC 50分别提高200倍和2 000倍以上,相同突变导致RAL和EVG对CRF01_AE的IC 50提高的倍数均显著低于B亚型( P<0.01)。Q148K/N155H突变导致B亚型和CRF01_AE对DTG和BIC高度耐药,IC 50提高50倍以上,其他突变对DTG和BIC的药物敏感性几乎无影响。 结论:构建了基于CRF01_AE和B亚型的14株携带不同INSTI耐药突变的HIV-1毒株,5个突变可导致对RAL和EVG的高水平交叉耐药,同一突变导致B亚型毒株耐药程度显著高于CRF01_AE毒株。Q148K和N155H突变组合可导致DTG和BIC的高度耐药,表明DTG和BIC耐药的遗传屏障高,可有效抑制携带INSTI耐药突变的毒株,且无明显的亚型耐药差异。
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编辑人员丨4天前
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四川省1株猪獾传播狂犬病病毒全基因组序列测定及分析
编辑人员丨4天前
目的:对四川省一例由野生动物(猪獾)咬伤发病的疑似狂犬病病例的唾液标本进行狂犬病病毒的全基因组序列测定,从分子水平对病毒进行遗传变异特征分析,了解四川省野生动物狂犬病病毒的流行和变异情况。方法:从疑似狂犬病病例的唾液标本中提取总病毒RNA,采用PCR的方法以特异性引物进行狂犬病病毒序列扩增,将获得的基因片段进行测序,并运用生物学软件将所得序列进行拼接从而得到狂犬病病毒株的全基因组序列。对全基因组进行遗传变异特征分析。结果:经测序获得1株猪獾源狂犬病病毒(以下简称SCR23-052)全基因组核苷酸序列,经NCBI在线BLAST及与多个参考序列比对表明,SCR23-052全基因组序列的组成和结构符合弹状病毒科狂犬病毒属特征;分别与宁夏毒株(J)、重庆毒株(CQ92、02050CHI)之间各个基因区域核苷酸与氨基酸序列相似性最高,SCR23-052基因组序列差异性在氨基酸水平明显低于核苷酸水平,说明蛋白质编码基因的核苷酸变异大多属于同义突变。种系发生分析显示SCR23-052属于基因V型,其糖蛋白主要抗原位点未见明显突变,在线网址预测糖蛋白在第56和338位发生了氨基酸糖基化,SCR23-052与参考疫苗株CTN181的信号肽序列相比氨基酸差异最少。本研究病毒在核蛋白主要抗原位点与所有参考疫苗株均发生了相同的突变(332位A→T),在B细胞表位仅与参考疫苗株CTN181相比发生了379位L→V的突变,SCR23-052与基因Ⅴ型的参考毒株在核蛋白研究位点均一致。结论:获得了1株野生动物猪獾源基因V型狂犬病病毒株全基因组序列,不同于四川以往报道流行的犬源狂犬病病毒基因I型毒株。SCR23-052与各参考株基因组序列相比有不同程度差异,但主要毒力特征未改变。
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编辑人员丨4天前
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连续传代对鼠衣原体生长相关性状及其毒力影响的初步研究
编辑人员丨4天前
目的:探讨体外特殊条件下鼠衣原体( Chlamydia muridarum, Cm)连续传代培养后在感染性、生长发育以及致病性等生物学性状上的变化,为筛选减毒活疫苗,筛查毒力相关基因提供依据。 方法:将实验室 Cm野生株(G0)通过常规细胞培养,在辅助或不辅助培养条件下交替连续传代后,将亲本株G0与获得的传代株G28进行衣原体感染离心依赖性、细胞吸附能力、衣原体感染细胞生长曲线、衣原体形成的噬斑大小以及两种菌株在感染小鼠生殖道后所形成的输卵管病变情况进行检测。 结果:与亲本株G0相比,传代株G28对感染离心条件的依赖性显著下降( P<0.05);对感染细胞的吸附能力却明显上升( P<0.05);G0与G28在感染细胞32 h内的生长曲线差异并无统计学意义;在感染细胞中所形成的噬斑大小也无明显区别;但体内毒力试验中,G0感染小鼠后致输卵管病变率为87.5%,而G28的输卵管病变率仅为37.5%,两者形成差异有统计学意义。 结论:Cm传代株G28与亲本株G0相比,在感染能力显著增强的情况下,其致病性却显著降低,为后续鉴定毒力基因,进一步提取基因型单一的减毒株并应用于衣原体减毒活疫苗带来了希望。
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编辑人员丨4天前
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新型冠状病毒N亚基因组荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用
编辑人员丨4天前
目的:建立一种快速检测新型冠状病毒N亚基因组(SgN)的方法,探讨其在新型冠状病毒肺炎病例及环境样本中的应用价值。方法:根据全球共享流感数据库(GISAID)公布的新型冠状病毒全基因组序列设计SgN特异性引物和探针,优化退火温度、引物与探针浓度等反应条件,建立新型冠状病毒SgN荧光定量PCR检测方法,绘制标准曲线,评价该方法的灵敏性、重复性和特异性。采用建立的病毒SgN荧光定量PCR检测方法检测21份环境和351份临床样本,并选取25份SgN阳性样本进行病毒分离以评估该检测方法的应用效果。结果:SgN的引物和探针对新型冠状病毒具有良好特异性。初步建立的病毒SgN荧光定量PCR检测方法最低检测限为1.5×10 2copies/ml,变异系数小于1%。372份样本的gRNA阳性率为97.04%(361/372),gRNA阳性样本中阳性环境样本和阳性临床样本的SgN阳性率分别为36.84%(7/19)和49.42%(169/342)。其中野生型毒株样本的SgN阳性率及拷贝数均比德尔塔(Delta)毒株低。在25份SgN阳性样本中,采样时间在5 d内的12份样本均分离到病毒;13份采样时间在12 d以上的样本未发生细胞病变。 结论:成功建立了一种检测新型冠状病毒SgN的荧光定量PCR方法,该方法的灵敏度、特异性和重复性均较好。
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编辑人员丨4天前
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假病毒技术的研究进展
编辑人员丨4天前
新冠病毒等高致病性病原体必须在生物安全三级(BSL-3)实验室进行研究,并且毒株获取困难,给科研和防治工作的开展带来了限制。假病毒是一种嵌合型病毒颗粒,结构与野生病毒相似,具有类似活病毒的生物特性,但没有活病毒的致病性,可以在BSL-2实验室进行研究,并且可通过插入报告基因,实现假病毒的定量和定性检测。假病毒技术已经被广泛应用于中和抗体检测和疫苗免疫效果评价、病毒受体研究、动物模型建立、抗病毒药物筛选和核酸诊断试剂的质控等研究。为了更好的开展新型冠状病毒等新发、突发、烈性传染病病原体中和抗体检测、疫苗的研发与评价和药物筛选等研究,本文就假病毒技术研究进展和应用进行综述。
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编辑人员丨4天前
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2019年南昌市生活污水中脊髓灰质炎病毒监测研究
编辑人员丨4天前
目的:持续监测2019年生活污水中的脊髓灰质炎病毒(poliovirus,PV),了解脊灰病毒在外环境中的流行变化趋势,为维持无脊灰状态提供实验室环境监测数据支持。方法:选择南昌市某区污水处理厂作为长期固定监测点,每月在污水处理厂入水口采集1 L污水作为样本。膜浓缩后在L20B、RD、Hep-2三种细胞上进行病毒分离培养,对阳性分离物进行VP1全长基因的测序分析。结果:共分离出脊灰病毒25株,分离率为91.67%(11/12),包括PV Ⅰ型3株,PV Ⅲ型22株,PVⅡ型0株。3株PVⅠ型毒株均为疫苗相似株,在全基因组的2749位点处均由腺嘌呤A突变为鸟嘌呤G,导致异亮氨酸突变成甲硫氨酸;2株PVⅢ(JX2019JHH037L、JX2019JHH042R)在2636位点处发生了由鸟嘌呤G突变为腺嘌呤A变异,导致了亲水氨基酸丙氨酸替代了疏水氨基酸苏氨酸。结论:在生活污水监测中分离到的脊灰病毒株均为疫苗株和疫苗相似株,未发现脊灰野毒株、脊灰疫苗衍生株及PVⅡ毒株。因此为维持无脊灰状态,需要持续对污水等外环境标本加强监测。
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编辑人员丨4天前
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HSV-1减毒株M3诱导的特异性免疫应答对HSV-2的交叉保护特征分析
编辑人员丨4天前
目的:本研究从血清学及临床保护角度探讨单纯疱疹病毒1型(herpes simplex virus type 1,HSV-1)和HSV-2免疫交叉反应的特征,以期为控制及预防这两种病毒引起的疾病提供数据资料。方法:HSV-1减毒株M3免疫小鼠,检测其诱导产生以中和抗体为指征的特异性免疫应答情况。免疫28 d后分别用HSV-1野毒株和HSV-2野毒株经不同途径对小鼠进行攻击感染,观察M3免疫小鼠抵御HSV-1/2病毒感染的情况。结果:HSV-1减毒株M3免疫小鼠不能诱导产生特异性的抗HSV-2中和抗体,免疫28 d后接受不同途径的HSV-2攻击,病毒载量显著增加,但未出现明显的异常临床表现,同时组织病理损伤也仅表现为较轻微的炎性反应。HSV-1减毒株M3免疫小鼠能够诱导产生特异性的抗HSV-1中和抗体,并且在HSV-1野毒攻击后表现出明显的保护效果。结论:HSV-1减毒株M3免疫小鼠后所诱导的免疫应答对HSV-1野毒株感染攻击表现出以中和抗体为特征的、可限制病毒在体内增殖的免疫保护作用,然而对HSV-2野毒株攻击则表现出不以抗体形式中和病毒而是以控制病毒的增长为主要模式的临床交叉免疫保护能力。
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编辑人员丨4天前
