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基于加权基因共表达网络分析筛选儿童神经母细胞瘤中MYCN扩增相关基因
编辑人员丨6天前
目的:通过生物信息学分析探究儿童神经母细胞瘤中与MYCN(N-myc)基因相关的共表达基因。方法:下载TARGET数据库神经母细胞瘤表达数据共179例,WGCNA分析筛选MYCN扩增共表达基因模块;针对目标基因模块个基因行GO、KEGG富集分析筛选MYCN扩增相关基因可能参与生物过程及信号通路;以MYCN扩增状态将神经母细胞瘤表达数据分为扩增组65例、非扩增组114例,行差异表达基因分析;筛选的差异表达基因同MYCN扩增相关基因取交集后运用K-M法行生存分析(log-rank检验),筛选预后相关基因,Logistics回归探究MYCN扩增状态同预后基因的关系。结果:WGCNA分析提示MEgreenyellow模块同MYCN基因扩增状态相关性最强( R=0.46, P<0.05),为共表达基因,包含基因1 216个,富集分析提示MYCN扩增共表达基因多参与RNA相关通路(RNA的转运、剪切、修饰,RNA相关酶的活性等过程);差异表达基因分析显示,MYCN扩增组相较于非扩增组,基因表达上调47个,表达下调123个;WGCNA分析同差异表达基因取交集筛选出22个关键基因,行生存分析显示同预后相关的基因( P<0.05)有12个,其中DDX1与其他关键基因相关性相对较弱,或为神经母细胞瘤独立预后因素。 结论:LINC00839、ATP结合盒亚家族C4(ABCC4)、亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP +依赖)2(MTHFD2)、磷酸甘油酸脱氢酶(PHGDH)、序列相似性家族13 A(FAM11A)、磷酸丝氨酸转氨酶1 (PSAT1)、假尿苷酸合酶7(PUS7)、DEAD-box解旋酶1(DDX1)、溶质载体有机阴离子转运蛋白家族5A1(SLCO5A1)、Junctophilin 1(JPH1)、溶质载体家族16 1(SLC16A1)、MYCN Opposite Strand(MYCNOS)为神经母细胞瘤中MYCN扩增的共表达基因,与较差的预后相关,是神经母细胞瘤潜在的治疗靶点及预后指标。
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编辑人员丨6天前
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不同尿钙水平的Gitelman综合征患者临床特点比较
编辑人员丨6天前
目的:观察不同尿钙水平Gitelman综合征(GS)患者的临床特点,探讨尿钙在GS疾病临床分型中的价值。方法:收集2016—2018年来自中国国家罕见病注册系统(NRSC)、在北京协和医院行 SLC12A3基因检测诊断为GS患者的临床资料,分析其尿钙特点,比较不同尿钙水平患者的临床和实验室检查指标。氢氯噻嗪试验按照标准操作流程进行,测定患者基线和用药后3 h内氯离子排泄分数改变量的最大值(ΔFECl)。 结果:共有83例GS患者被纳入研究,其中低尿钙患者53例(63.86%)。低尿钙组尿钙/肌酐比明显低于非低尿钙组[(0.085±0.058)mmol/mmol比(0.471±0.284)mmol/mmol, t=7.349, P<0.001]。两组患者在年龄、性别、估算肾小球滤过率、血压、血尿电解质水平、代谢性碱中毒方面差异均无统计学意义。低尿钙组患者乏力( χ2=4.595, P=0.032)及多尿( χ2=5.778, P=0.016)发生比例低于非低尿钙组,两组患者在其他临床症状方面差异无统计学意义。低尿钙和非低尿钙组各有16例患者行氢氯噻嗪试验,中位ΔFECl结果分别为0.539%(0.430%,1.283%)和0.829%(0.119%,1.298%),均提示对氢氯噻嗪无反应,组间差异无统计学意义( U=130.000, P=0.956)。 结论:GS患者中低尿钙比例为63.86%,尿钙水平与疾病临床表型、NCC功能损伤严重程度之间均无明确相关性。
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编辑人员丨6天前
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七个全基因组关联分析提示的易感位点与汉族人群年龄相关性黄斑变性的相关性分析
编辑人员丨6天前
目的:验证全基因组关联分析所发现的7个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs),包括rs13278062( TNFRSF10A)、rs3750846( ARMS2-HTRA1)、rs429358( APOE)、rs5817082( CEPT)、rs2043085( LIPC)、rs1626340( TGFBR1)以及rs8135665( SLC16A8)与四川汉族人群年龄相关性黄斑变性(age-related macular degeneration,AMD)的相关性。 方法:采用病例-对照研究,用飞行质谱对576例湿性AMD患者和572例健康对照进行SNPs分型并通过Sanger测序进行验证。在两组各SNP位点基因型分布均满足Hardy-Weinberg平衡的前提下,分析各位点的遗传模式,并比较其等位基因与基因型频率的分布。结果:TNFRSF10A rs13278062在杂合子模型( P=0.000, OR=1.529,95% CI=1.196-1.954)和显性模型( P=0.002, OR=1.459,95% CI=1.154-1.865)下在两组之间存在显著的差异。 结论:TNFRSF10A rs13278062在杂合或显性模式下与AMD相关,携带rs13278062GT和rs13278062TT+GT的个体更容易患AMD。
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编辑人员丨6天前
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葡萄糖转运体1缺陷综合征疾病特征及生酮饮食治疗多中心临床研究
编辑人员丨6天前
目的:探讨儿童葡萄糖转运体1缺陷综合征(GLUT1-DS)的临床特点及生酮饮食治疗的效果和安全性。方法:回顾性收集2015至2019年就诊于复旦大学附属儿科医院、天津市儿童医院、深圳市儿童医院、南京医科大学附属儿童医院和江西省儿童医院神经内科所有GLUT1-DS患儿共19例的临床资料,对其首发症状、主要临床表现、脑脊液特点、基因检测结果及生酮饮食治疗的效果和安全性进行分析。结果:19例患儿中男13例、女6例,首诊年龄为11.0(1.5~45.0)月龄,确诊年龄为54.0月龄(2.8月龄~11岁);13例以癫痫发作为首诊症状,不同形式的强直-阵挛发作是最常见的癫痫发作类型(全面性强直阵挛发作7例、局灶性强直或阵挛发作5例、全面性强直4例);4例患儿对抗癫痫药物有效;12例患儿有发作性运动障碍,发作性共济失调在12例患儿中普遍存在;19例患儿都存在不同程度精神运动发育落后。17例进行脑脊液检查,16例脑脊液糖水平低于2.2 mmol/L,脑脊液糖/血糖指数<0.45,仅1例正常(分别为2.3 mmol/L和0.47);16例有明确SLC2A1基因变异,错义、移码和无义变异是较多见的变异类型,分别为5、5和3例。19例患儿明确诊断后都给予生酮饮食治疗,18例癫痫发作有效控制,11例运动障碍有效改善,18例认知功能有效改善。生酮饮食治疗各期均未出现严重不良反应。结论:GLUT1-DS确诊时间晚,需提高临床医生对其早期识别,尽早进行脑脊液糖检测及基因检测。生酮饮食是GLUT1-DS有效及安全的治疗方法,少数患儿饮食治疗无效。
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编辑人员丨6天前
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原发性远端肾小管酸中毒患者的基因突变分析和临床表型研究
编辑人员丨6天前
目的:对原发性远端肾小管酸中毒(distal renal tubular acidosis,dRTA)患者进行基因突变分析和基因型-表型相关性研究,以提高对该病的认识和理解。方法:通过Sanger测序或全外显子组测序的方法对2010年4月至2020年9月青岛大学附属医院和青岛大学附属市立医院确诊的来自37个家系的44例原发性dRTA患者进行致病基因突变分析,根据2015年美国医学遗传学和基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics,ACMG)的分类标准和指南评估变异致病性。总结患者的临床特点,并进行基因型和表型的关联研究。结果:44例dRTA患者共确定 SLC4A1基因7个变异, ATP6V0A4基因17个变异, ATP6V1B1基因15个变异,其中新增11个新变异;根据ACMG指南,39个变异中致病性、可能致病性和良性变异分别为22、16和1个。9例患者是 SLC4A1基因突变导致的常染色体显性遗传dRTA,4例患者为 SLC4A1基因突变导致的常染色体隐性遗传dRTA合并东南亚卵圆形红细胞增多症并伴有贫血,14例和8例患者分别为 ATP6V0A4基因和 ATP6V1B1基因突变导致的常染色体隐性遗传dRTA,2例患者不符合常染色体隐性遗传模式仅携带1个 ATP6V1B1杂合突变,7例患者检测结果为阴性。43例患者均为完全性dRTA,1例患者为不完全性dRTA。 ATP6V0A4基因和 ATP6V1B1基因突变导致患者感音神经性耳聋的患病率分别为2/14和6/10。成人、儿童和婴幼儿慢性肾脏病的发生频率分别为4/4、2/4、1/36。经以枸橼酸钾钠合剂为基础的药物治疗后,大部分患儿的生长发育(28/40)和电解质紊乱(41/44)得到明显改善。 结论:本研究44例原发性dRTA共发现3个致病基因 SLC4A1、 ATP6V0A4、 ATP6V1B1的39个变异位点,其中11个为新变异。dRTA人群基因型和表型密切相关。经恰当的治疗后,大部分患者的病情获得改善。本研究丰富了人类基因突变数据库,将为dRTA人群的遗传咨询和诊治提供有益的借鉴。
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编辑人员丨6天前
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广州市原发性肉碱缺乏症新生儿筛查评估及SLC22A5基因变异谱特征
编辑人员丨6天前
目的:评估原发性肉碱缺乏症(PCD)新生儿筛查性能、优化筛查指标,并探讨广州地区PCD发病率及SLC22A5基因变异特点。方法:广州市新生儿筛查中心采用串联质谱法对辖区内2015至2019年出生的200 180名新生儿进行多种遗传代谢病筛查,以游离肉碱(C0)<10 μmol/L伴多种酰基肉碱降低为PCD筛查阳性,召回新生儿及其母亲复查,复查仍阳性者进行SLC22A5基因测序确诊。回顾性分析筛查结果,同时以丙酰基肉碱与棕榈酰基肉碱之和(C3+C16)作为多种酰基肉碱的辅助量化指标,并评估其效果。PCD新生儿及PCD母亲所生新生儿血酰基肉碱水平比较采用独立样本 t检验。以广州地区2 395名健康儿童外显子测序中SLC22A5基因结果计算人群致病变异携带率,推算PCD发病率。 结果:在200 180名新生儿中筛查阳性239例,阳性率0.12%,确诊PCD 37例,其中PCD新生儿15例,PCD母亲22例,新生儿PCD发病率为1/13 345,分娩母亲人群PCD发病率约为1/9 099,阳性预测值15.5%。初筛C0<10 μmol/L共810例,增加量化指标(C3+C16),以C0<8.5 μmol/L或C0 8.5~9.9 μmol/L伴(C3+C16)<2 μmol/L为阳性切值,则筛查阳性224例,确诊37例,不增加假阴性。PCD新生儿与PCD母亲所生新生儿两组间初筛C0及(C3+C16)水平差异均无统计学意义[分别为(6.2±2.4)比(5.0±1.8)μmol/L,(1.4±0.4)比(1.2±0.5)μmol/L, t=3.826、0.326, P=0.058、0.572]。7例PCD母亲有不同程度的晨起头晕、疲劳,其中1例在妊娠期出现心肌病。SLC22A5基因分析显示,PCD新生儿常见3种变异为p.S467C、p.F17L、p.R254X;PCD母亲及健康儿童常见3种变异均为p.S467C、p.F17L及p.R399W,罕见重型变异p.R254X。健康儿童SLC22A5基因致病变异携带率为1/65,推算人群PCD发病率为1/16 500。 结论:PCD新生儿筛查可同时检出新生儿患者及母亲患者,增加多种酰基肉碱量化指标(C3+C16)<2 μmol/L可改善新生儿PCD筛查性能。重型变异p.R254X在PCD新生儿中常见,而在PCD母亲和健康儿童中罕见,提示低估了广州地区PCD患病率,可能漏检部分PCD新生儿。
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编辑人员丨6天前
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Allan-Herndon-Dudley综合征诊疗现状
编辑人员丨6天前
Allan-Herndon-Dudley综合征(AHDS)是因甲状腺激素(TH)转运体基因 SLC16A2突变,致其编码单羧酸转运蛋白8(MCT8)功能失活,不能介导TH进入靶细胞引起的内分泌罕见病。主要临床表现为脑甲状腺功能减退(甲减)所致的严重神经运动发育异常,TH分泌代谢异常所致血清学(高T 3、低T 4、正常或轻度升高的促甲状腺激素)改变及外周组织甲状腺毒症。基因检测证实 SLC16A2基因变异可确诊。有效的治疗应以改善脑甲减和外周甲状腺毒症以及恢复蛋白功能为目标。相比于激素替代治疗,T 3类似物三碘甲状腺乙酸可以不依赖MCT8进入细胞,激活TH受体而发挥TH样作用,在改善患者外周甲状腺功能亢进症状上疗效显著,对神经表型可能也有效,是目前治疗AHDS较好的方法;旨在恢复MCT8功能的基因替代和伴侣分子治疗仍处于研究阶段。
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编辑人员丨6天前
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机器学习识别肝母细胞瘤核心驱动基因及免疫细胞浸润分析
编辑人员丨6天前
目的:通过机器学习识别肝母细胞瘤(hepatoblastoma,HB)的核心驱动基因,并探讨HB免疫细胞浸润特征及与核心驱动基因关系。方法:从基因表达合成数据库(gene expression omnibus,GEO)中下载3套数据集(GSE75271、GSE131329和GSE81928),通过最小绝对收缩和选择操作符(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)和支持向量机(support vector machine,SVM)-回归特征消除(recursive feature elimination,RFE)算法识别核心驱动基因。在验证集中,对核心驱动基因进行表达和诊断验证。使用CIBERSORT算法评估HB组织的免疫细胞浸润特征,并评估免疫细胞浸润与核心驱动基因之间相关性。采用实时聚合酶链反应(real-time polymerase chain reaction,RTPCR)和蛋白免疫印迹对3对HB组织和肝正常组织样本进行核心驱动基因验证。结果:LASSO回归及SVM-RFE算法识别5个核心驱动基因:RDH16、EPCAM、CYP1A2、MGLL和SLC27A5。测试集中,HB组织样本RDH16、CYP1A2、MGLL和SLC27A5表达量低于肝正常组织样本( P<0.05),EPCAM高于肝正常组织样本( P<0.05),RDH16、EPCAM、CYP1A2、MGLL和SLC27A5在诊断HB的受试者工作特征曲线下面积分别为0.992,0.990,0.980,0.993,0.987。验证集中的结果与测试集结果一致。PCR结果显示,HB组织样本RDH16、CYP1A2、MGLL和SLC27A5表达量低于肝正常组织样本( P<0.05),EPCAM高于肝正常组织样本( P<0.05);蛋白免疫印迹结果与PCR结果一致。免疫细胞浸润分析显示5个核心驱动基因表达与活化肥大细胞、中性白细胞、T细胞CD8等免疫细胞绝对含量相关。 结论:RDH16、EPCAM、CYP1A2、MGLL和SLC27A5是HB核心驱动基因,免疫细胞浸润之间交互作用表明这些核心驱动基因可能成为未来治疗HB的一个潜在靶点。
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编辑人员丨6天前
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Dynamin 3在胃癌中的作用机制及预后价值
编辑人员丨6天前
目的:探讨Dynamin 3(DNM3)在胃癌中的作用机制及预后价值。方法:采用生物信息分析、实验研究方法和回顾性队列研究方法。收集2013年1月至2018年7月福建医科大学附属协和医院收治的153例行根治性胃切除术胃癌患者的临床病理资料、新鲜胃癌及配对正常组织样本和石蜡切片,行实时荧光定量聚合酶链式反应检测、免疫印迹实验、流式细胞周期实验、免疫组织化学染色检测和预后分析。收集癌症基因组图谱(TCGA)数据库的胃腺癌(STAD)数据集进行生物信息分析。观察指标:(1)胃癌中DNM3基因在TCGA-STAD中的表达情况。(2)胃癌中DNM3的突变和拷贝数改变。(3)胃癌中DNM3的启动子甲基化水平。(4)胃癌中DNM3、p53的蛋白相对表达量。(5)胃癌中DNM3相关性和富集性分析。(6)流式细胞周期G0/G1期、S期、G2/M期的比例。(7)胃癌中免疫细胞浸润和DNM3之间的相关性。(8)免疫组织化学染色检测与临床特征之间的相关性。(9)影响胃癌患者5年总生存率的独立因素分析。正态分布的计量资料以 x± s表示,多组间比较采用方差分析,进一步两两比较采用LSD法;两组间比较采用 t检验;偏态分布的计量资料以 M( Q1, Q3)表示,组间比较采用Mann-Whitney U检验。计数资料以绝对数或百分比表示,组间比较采用 χ2检验或Fisher确切概率法。配对样本采用威尔科克森符号秩检验。等级资料采用秩和检验。运用Pearson相关系数或Spearman相关系数检验两组的相关性。单因素和多因素分析采用COX比例风险回归模型。采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线并计算生存率,采用Log-Rank检验进行生存情况分析。使用Benjamini-Hochberg错误发生率校正对 P值进行调整。 结果:(1)胃癌中DNM3基因在TCGA-STAD中的表达情况。TCGA-STAD数据库中DNM3基因在27个肿瘤组织和配对正常组织中的表达水平分别为0.775(0.605,1.161)和1.216(0.772,1.681),两者比较,差异有统计学意义( Z=-2.64, P<0.05)。DNM3基因在笔者中心48对胃癌组织和配对正常组织中mRNA表达水平分别为4.370(2.870,6.040)和2.520(0.850,4.170),两者比较,差异有统计学意义( Z=-4.39, P<0.05)。(2)胃癌中DNM3的突变和拷贝数改变。TCGA-STAD数据库中16例胃癌患者发生DNM3突变或体细胞拷贝数改变,其中6个错义突变,1个截断突变,8个拷贝数增加,1个拷贝数减少。TCGA-STAD数据库370例胃癌患者中DNM3突变前后的mRNA表达水平分别为6.13(5.40,7.08)和5.02(3.98,5.46),两者比较,差异有统计学意义(Log 2FC=-1.11, Z=-2.59, P<0.05)。(3)胃癌中DNM3的启动子甲基化水平。TCGA-STAD数据库中372例胃癌患者DNM3甲基化水平与DNM3 mRNA的检测结果显示:DNM3甲基化水平为0.198(-0.458,0.301),DNM3 mRNA表达水平为6.014(5.141,6.628),DNM3甲基化水平与DNM3 mRNA表达水平呈负相关( r=-0.38, P<0.05)。32例患者随访结果显示:16例DNM3高甲基化组和16例DNM3低甲基化组患者3年总生存率分别为18.8%和41.3%,两者比较,差异有统计学意义(风险比=1.40, P<0.05)。免疫印迹实验结果显示:AGS细胞用0、0.5、1.0 μmol/L 5-azacytidin处理后的DNM3相对表达量分别为0.270±0.020、0.357±0.051、0.599±0.039,3组比较,差异有统计学意义( F=57.84, P<0.05)。HGC-27细胞用0、0.5、1.0 μmol/L 5-azacytidin处理后的DNM3相对表达量分别为0.316±0.038、0.770±0.031、0.877±0.052,3组比较,差异有统计学意义( F=156.30, P<0.05)。(4)胃癌中DNM3、p53的蛋白相对表达量。免疫印迹实验结果显示:转染DNM3质粒和对照质粒的AGS细胞中DNM3、p53的蛋白相对表达量分别为0.688±0.047、0.872±0.041和0.249±0.029、0.352±0.020;转染DNM3质粒和对照质粒的AGS细胞比较,上述蛋白相对表达量差异均有统计学意义( t=13.77,19.74, P<0.05)。转染DNM3质粒和对照质粒的HGC-27细胞中上述蛋白相对表达量分别为0.969±0.069、1.464±0.081和0.456±0.048、0.794±0.052,差异均有统计学意义( t=10.57,12.06, P<0.05)。(5)胃癌中DNM3相关性和富集性分析。相关性分析结果显示:DNM3与胃癌中RBMS3、CNTN4、PDE1A基因呈正相关( r=0.52,0.52,0.50, P<0.05),与SLC25A39、PAICS、GAPDH基因呈负相关( r=-0.41,-0.40,-0.40, P<0.05)。基因集富集分析结果显示:与核糖体和氧化磷酸化有关的基因集在DNM3低表达组中上调[富集分数(NES)=-3.30,-2.16, P<0.05],而淋巴细胞和非淋巴细胞之间的免疫调节相互作用在DNM3高表达组中上调(NES=1.67, P<0.05)。基因本体论分析结果显示:DNM3低表达与有丝分裂姐妹染色体分离(编号:0000070)、无义介导衰变的核转录mRNA分解过程、姐妹染色体分离(编号:0000819)、核转录mRNA分解代谢过程、氧化磷酸化的调控有关(NES=-2.29,-3.10,-2.33,-2.56,-2.68, P<0.05)。京都基因与基因组百科全书分析结果显示:DNM3低表达在核糖体和氧化磷酸化中存在上调和串联(NES=-3.34,-2.21, P<0.05)。(6)流式细胞周期G0/G1期、S期、G2/M期的比例。流式细胞周期实验结果显示:转染pCMV-DNM3质粒的AGS细胞G0/G1期、S期、G2/M期的比例分别为65.1%±3.0%、17.3%±3.0%、17.6%±1.0%,转染对照质粒的AGS细胞上述指标分别为53.4%±4.0%、26.3%±2.0%、20.3%±3.0%。转染DNM3质粒与转染对照质粒的AGS细胞比较,G0/G1期、S期差异均有统计学意义( t=4.05,4.32, P<0.05)。(7)胃癌中免疫细胞浸润和DNM3之间的相关性。免疫细胞浸润实验结果显示:DNM3 mRNA表达水平与肥大细胞,NK细胞,pDCs,B细胞,滤泡辅助T细胞,有效记忆T细胞,T细胞,中央记忆T细胞,CD8 T细胞,DC细胞,巨噬细胞,γ-δT细胞(Tgd),iDCs,嗜酸性粒细胞浸润水平呈正相关(Spearman相关系数分别为0.41,0.29,0.26,0.20,0.22,0.22,0.13,0.16,0.15,0.14,0.14,0.17,0.18,0.22, P<0.001,<0.001,<0.001,<0.001,<0.001,<0.001, P=0.015,0.002,0.004,0.005,0.005, P<0.001,<0.001,<0.001);与Th17细胞,Th2细胞,NK CD56dim细胞浸润水平呈负相关( r=-0.18,-0.23,-0.10, P<0.001, P=0.001和 P=0.046)。(8)免疫组织化学染色检测与临床特征之间的相关性。免疫组织化学分析结果显示:DNM3在105例胃癌组织和105例配对正常组织中的免疫组织化学染色评分分别为3(2,4)分和6(4,9)分,差异有统计学意义( Z=-7.35, P<0.05)。70例DNM3低表达与35例DNM3高表达胃癌患者性别、肿瘤部位、N分期比较,差异均有统计学意义( χ2 =4.29,7.67,6.86, P<0.05)。(9)影响胃癌患者5年总生存率的独立因素分析。多因素分析结果显示:病理学T分期为T3~4期和DNM3染色评分低是胃癌患者5年总生存率的独立危险因素(风险比=1.91,0.51,95%可信区间为1.06~3.43,0.26~0.98, P<0.05)。DNM3低表达组胃癌患者和高表达组胃癌患者的5年总生存率分别为44.3%和65.7%,两者比较,差异有统计学意义( χ2=5.02, P<0.05)。 结论:DNM3是一种肿瘤抑制因子,也是胃癌预后不良的独立预测因子,它可能通过甲基化调控胃癌的细胞周期和肿瘤微环境中的免疫抑制。
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编辑人员丨6天前
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850例耳聋基因筛查 SLC26A4单杂合突变新生儿的基因型及合并第二突变位点者表型分析
编辑人员丨6天前
目的:明确耳聋基因筛查 SLC26A4单杂合突变新生儿合并第二突变位点的情况,分析 SLC26A4突变基因型与听力表型的对应关系。 方法:研究对象为2015年4月至2019年12月在北京市出生、晶芯九项或十五项遗传性耳聋基因芯片筛查结果为 SLC26A4单杂合突变的新生儿个体,共850例,其中男468例、女382例。采用三步耳聋基因测序:第一步, SLC26A4基因全外显子及剪接位点测序;第二步, SLC26A4基因启动子、 FOXI1基因和 KCNJ10基因全外显子测序;第三步, SLC26A4基因拷贝数变异检测。对三步检测发现的所有合并第二突变位点者,采集新生儿听力筛查结果,并进行声导抗、听性脑干反应和听性稳态反应等听力学检查。对新发现或争议(意义不明)突变位点,检索DVD、ClinVar和Mutation Taster等国际耳聋基因数据库或软件,依据美国医学遗传学与基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics,ACMG)指南,对突变位点的致病性进行预测。整理 SLC26A4单杂合突变新生儿合并第二突变位点数据,分析 SLC26A4基因型及听力表型的对应关系。 结果:850例患儿确诊年龄中位数为4个月。第一步850例患儿测序,共检出第二突变位点32例(3.76%,32/850),包括明确致病突变位点18例(2.12%,8/850);第二步832例患儿测序,检出 KCNJ10基因错义突变8例,未检出 FOXI1基因错义突变及 SLC26A4基因启动子异常;第三步824例测序结果均为阴性。合并明确第二致病突变位点者18例,其中新生儿听力筛查未通过16例(16/18),双耳均通过筛查2例(2/18);听力损失程度:极重度听力损失18耳(18/36),重度听力损失13耳(13/36),中度听力损失5耳(5/36);听力曲线类型:高频下降型17耳(17/36),平坦型14耳(14/36),无法判别3耳(3/36),U型2耳(2/36)。其他基因型22例,包括合并争议(意义不明)或新发现可能良性突变位点者9例、合并 KCNJ10双基因杂合突变8例和同链双杂合突变5例,这22例患儿新生儿听力筛查均为双耳通过且听力诊断均为正常。 结论:本组新生儿耳聋基因筛查 SLC26A4单杂合突变个体合并明确第二致病突变位点的概率为2.12%,均为点突变或小片段缺失,均确诊为中度及以上感音神经性听力损失,该结果可为 SLC26A4突变的基因诊断和遗传咨询提供参考依据;合并 KCNJ10基因突变者,在婴幼儿期均未出现听力损失,提示需进一步随访。
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