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基于GEO数据库呼吸机相关性肺损伤小鼠基因芯片数据的生物信息学分析及关键基因验证
编辑人员丨4天前
目的:利用生物信息学方法挖掘呼吸机相关性肺损伤(VILI)小鼠的差异表达基因(DEG),并通过构建VILI小鼠模型对关键基因进行验证。方法:①实验1(生物信息学分析):从基因表达数据库(GEO)下载VILI与自主呼吸对照组小鼠的肺组织基因芯片数据GSE9368和GSE11662,通过统计分析获得DEG,运用韦恩图获得两个数据的共同DEG,然后使用DAVID在线数据库对共同DEG进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科(KEGG)通路富集分析,最后利用基因与蛋白质相互作用检索在线数据库(STRING)对共同DEG进行基因编码蛋白相互作用(PPI)分析,并运用CytoScape软件、分子复合物检测分析插件(MCODE),以及CytoHubba插件中最大团中心性(MCC)、最大邻居连通度(MNC)与度(degree)算法进行拓扑分析,筛选出关键基因。②实验2(相关基因编码蛋白验证):构建C57BL/6小鼠大潮气量(20 mL/kg)VILI模型,并设自主呼吸对照组。取小鼠肺组织进行苏木素-伊红(HE)染色,观察肺组织病理学改变;并对实验1中筛选出的关键基因编码蛋白进行免疫组化验证。结果:①实验1结果:GSE9368数据中筛选出114个DEG,其中上调99个,下调15个;GSE11662数据中筛选出258个DEG,其中上调188个,下调70个;获得共同DEG 66个,其中上调61个,下调5个。GO功能注释结果表明,共同DEG参与炎症反应、免疫应答、白细胞及中性粒细胞趋化浸润等过程;KEGG通路富集分析提示共同DEG主要富集于细胞黏附、细胞因子-细胞因子受体相互作用及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。通过STRING及CytoScape构建差异基因PPI网络图和重要子模块,并获得拓扑分析MCC、MNC及degree算法得出的交集基因,分别为细胞因子信号转导抑制因子3(SOCS3)、白细胞介素-1β(IL-1β)、基质金属蛋白酶-9(MMP-9)、整合素Itgam、CXC型趋化因子配体2(CXCL2)、CXC型趋化因子受体2(CXCR2)、L-选择素Sell及CC型趋化因子受体1(CCR1)。②实验2结果:构建大潮气量VILI小鼠模型结果显示,与自主呼吸对照组相比,机械通气结束后0 h小鼠肺组织有所损伤;通气结束后6 h肺组织结构受损明显,肺泡腔可见不同程度出血和塌陷,肺泡壁明显增厚,肺泡腔及间质还可见炎症细胞浸润。对拓扑分析交集前3位基因IL-1β、SOCS3、MMP-9的编码蛋白进行免疫组化染色,结果显示,随通气时间延长,小鼠肺组织中IL-1β、SOCS3、MMP-9蛋白表达逐渐上调,6 h时与自主呼吸对照组比较差异均有统计学意义〔IL-1β(积分 A值):8.40±2.67比5.10±0.94,SOCS3(积分 A值):9.74±1.80比5.95±1.31,MMP-9(积分 A值):11.45±6.20比5.36±1.28,均 P<0.05〕。 结论:基于GSE9368和GSE11662数据的生物信息学分析发现,VILI与炎症损伤、细胞因子及免疫细胞浸润相关;IL-1β、SOCS3、MMP-9蛋白可能为VILI生物标志物。
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编辑人员丨4天前
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骨碎补总黄酮经JAK2/STAT3/SOCS3通路抑制幼兔激素性股骨头缺血坏死骨组织中促凋亡因子表达的实验研究
编辑人员丨4天前
目的:探讨骨碎补总黄酮(TFRD)对幼兔激素性股骨头缺血坏死病程及凋亡相关蛋白表达的影响及其可能机制。方法:动物实验研究。选用2月龄健康新西兰白兔110只,按随机数字表法分为对照组(10只)、模型组(50只)、TFRD组(50只)。模型组及TFRD组行双侧臀肌交替注射醋酸泼尼松龙注射液(7.5 mg/kg),每周2次,对照组同部位同频次注射等体积生理盐水(0.3 mL/kg);TFRD组于第1次注射醋酸泼尼松龙开始每天灌服TFRD溶液(35 mg/kg),对照组及模型组每日灌服等体积生理盐水6 mL,连续8周。根据是否发病将模型组分为模型发病组及模型未发病组;将TFRD组分为TFRD发病组及TFRD未发病组。造模结束后,取双侧股骨头行病理学检查;酶联免疫吸附实验(ELISA)测定各组股骨头组织中磷酸化蛋白酪氨酸激酶2(P-JAK2)、磷酸化信号转导与转录激活因子3(P-STAT3)、细胞因子信号传导抑制蛋白3(SOCS3)及凋亡相关因子表达情况;实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)检测蛋白酪氨酸激酶2(JAK2)、信号转导与转录激活因子3(STAT3)、SOCS3相对表达情况。结果:模型组坏死发生率22.86%(8/35);TFRD组坏死发生率15.79%(6/38)。微型计算机断层扫描技术示:与模型发病组比较,TFRD发病组骨体积分数和骨小梁厚度较高,骨小梁分离度较低,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。病理染色示:TFRD未发病组较其他实验组骨小梁形态更完整、骨小梁周围可见成骨细胞、空骨陷窝更少,病理变化得到明显改善。ELISA显示:与模型发病组比较,TFRD发病组P-JAK2、P-STAT3、B细胞淋巴瘤因子2(Bcl-2)相关X蛋白、半胱氨酸蛋白酶3表达均下降,Bcl-2表达增高,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。qPCR示:与模型发病组比较,TFRD发病组JAK2、STAT3、SOCS3表达下调,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。 结论:TFRD可以经JAK2/STAT3/SOCS3通路抑制幼兔激素性股骨头缺血坏死骨组织中促凋亡因子表达,减缓幼兔激素性股骨头缺血坏死病程。
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编辑人员丨4天前
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沉默miR-4320抑制胃癌细胞增殖和迁移的作用机制研究
编辑人员丨4天前
目的:探讨微小RNA(microRNA)-4320对胃癌MGC803细胞增殖、迁移的影响及机制。方法:分别采用实时定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)检测miR-4320在4种胃癌细胞株(MGC803、HS-746T、SGC7901、BGC823)中的表达情况。将携带miR-4320干扰片段的重组慢病毒和空白慢病毒感染MGC803细胞,设为si-miR-4320组和NC组。噻唑蓝比色法和Transwell小盒实验分别检测下调miR-4320后MGC803细胞增殖和迁移情况。生物信息学软件RNAhybrid预测miR-4320目的基因。通过双荧光素酶报告基因实验验证miR-4320与目的基因的靶向关系。分别采用qRT-PCR和Western blot检测miR-4320目的基因的表达。计量数据以均数±标准差( ± s)表示,组间比较应用 t检验或单因素方差分析。 结果:4种胃癌细胞株miR-4320的表达均显著高于正常胃黏膜上皮细胞( P<0.01)。NC组和si-miR-4320组MGC803细胞中miR-4320表达分别为8.19±1.00和1.09±0.31,miR-4320干扰片段显著降低miR-4320的表达( P<0.01)。si-miR-4320组MGC803细胞的吸光度明显低于NC组( P<0.05),迁移能力明显低于NC组( P<0.01)。细胞因子信号抑制因子( SOCSI)是miR-4320的目的基因( P<0.01)。与NC组相比,si-miR-4320组SOCS1基因表达明显上调( P<0.01)。 结论:miR-4320在胃癌细胞株中表达升高,下调miR-4320的表达能够通过诱导SOCS1基因表达,抑制胃癌MGC803细胞的增殖及迁移能力。
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编辑人员丨4天前
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脓毒症相关性脑病差异基因以及发病机制的数据分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨脓毒症相关性脑病(sepsis-associated encephalopathy, SAE)的相关差异表达基因(differentially expressed gene, DEG)和信号转导途径。方法:基于基因表达数据库(gene expression omnibus, GEO)的脓毒症患者脑组织的基因组数据,采用基因本体(gene ontology, GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析,以及蛋白-蛋白相互作用网络(protein-protein interaction, PPI)分析,确定SAE的DEG。结果:DEG在免疫应答、炎症反应、凋亡过程的负调控、蛋白质水解等方面显著富集。通过PPI分析筛选出10个枢纽基因,包括固醇调节元件结合转录因子1(sterol regulatory element binding transcription factor 1, SREBF1)、细胞因子信号转导抑制因子-3(suppressor of cytokine signaling 3, SOCS3)、封闭蛋白5(claudin 5, CLDN5)、免疫球蛋白结构域蛋白4(V-set and immunoglobulin domain containing 4, VSIG4)、DNA损伤诱导蛋白45β(growth arrest and DNA damage inducible protein 45β, GADD45β)、细胞间黏附分子-1(intercellular adhesion molecule 1, ICAM1)、血管生成素-2基因(angiopoietin 2, ANGPT2)、CD14、CD163、血栓反应蛋白1(thrombospondin 1, THBS1)。结论:通过生物信息学方法挖掘出与SAE相关的10个枢纽基因,这些基因和机体的免疫炎症相关。
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编辑人员丨4天前
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基于国家药品不良反应监测系统数据库的琥珀酰明胶注射液不良反应报告分析
编辑人员丨4天前
目的:分析琥珀酰明胶注射液不良反应的一般规律及特点,为临床安全合理用药提供参考。方法:收集国家药品不良反应监测系统数据库2004年1月至2021年8月上报的琥珀酰明胶注射液不良反应报告,回顾性分析涉及患者的性别、年龄、原患疾病、用药原因、合并用药,用药后发生不良反应的时间、临床表现、严重程度和转归等信息,参考《国际医学用语词典》的系统器官分类(SOC)进行分类统计。结果:共纳入3 036例琥珀酰明胶注射液不良反应报告,其中严重不良反应710例(23.39%),涉及的SOC居前5位者依次为免疫系统疾病、全身性疾病及给药部位各种反应、皮肤及皮下组织类疾病、血管与淋巴管类疾病和呼吸系统/胸及纵隔疾病,主要症状为过敏性休克、类速发严重过敏反应、寒战、发热等速发型严重过敏反应的表现。3 036例患者中1 543例痊愈,1 480例好转,3例未好转,2例有后遗症,2例死亡,6例结果不详。说明书以外不良反应涉及的SOC包括眼器官疾病、各种肌肉骨骼及结缔组织疾病、代谢及营养类疾病和肾脏及泌尿系统疾病等。结论:琥珀酰明胶注射液ADR多与过敏反应有关,严重不良反应符合速发型严重过敏反应的特征,但可能存在说明书中未涉及的相关风险。
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编辑人员丨4天前
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整合照护模式对多发伤重症患者ICU转出后照顾者的迁移应激及心理一致感的影响分析
编辑人员丨4天前
目的:分析整合照护模式护理方案对于多发伤重症患者ICU转出后其照顾者的迁移应激程度以及心理一致感水平的影响。方法:选择2017年1月至2019年10月柳州市工人医院重症医学科收治的102例多发伤重症患者的照顾者,患者均具备ICU转出指征,应用随机数字表法将102名照顾者分成对照组及观察组,每组51名,对照组ICU转出过程给予常规护理方案,观察组ICU转出过程实施整合照护模式护理方案。ICU转出前后对2组照顾者的迁移应激、心理一致感程度分别应用照顾者迁应激量表(FRSS)、心理一致感量表(SOCS)进行评价。结果:观察组转出后FRSS中迁移准备维度评分(17.51 ± 3.46)分、迁移满意度维度评分(4.81 ± 0.48)分、照顾者压力维度评分(11.69 ± 1.82)分以及FRSS总评分(49.91 ± 4.51)分,高于对照组的(13.61 ± 2.83)、(3.32 ± 0.53)、(9.42 ± 2.17)、(39.25 ± 4.01)分,差异有统计学意义( t值为5.12 ~ 7.64,均 P<0.05)。观察组转出后SOCS中可控制感维度评分(29.58 ± 4.96)分、可理解感维度评分(24.07 ± 2.72)分、意义感维度评分(22.04 ± 3.64)分以及SOCS总评分(75.52 ± 6.80)分,高于对照组的(24.34 ± 4.13)、(20.50 ± 2.99)、(17.19 ± 3.96)、(64.80 ± 6.12)分,差异有统计学意义( t值为4.51 ~ 7.01,均 P<0.05)。 结论:针对多发伤重症患者ICU转出采用整合照护模式护理方案,能明显降低照顾者迁移应激程度并提高照顾者的心理一致感水平。
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编辑人员丨4天前
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基于美国FDA不良事件报告系统数据库的GD2单抗不良事件风险信号挖掘
编辑人员丨4天前
目的:了解达妥昔单抗、达妥昔单抗β和那西妥单抗3种双唾液酸神经节苷脂(GD2)单克隆抗体(单抗)的不良事件(AE)风险信号,为临床安全用药提供参考。方法:收集美国FDA不良事件报告系统(FAERS)数据库中2015年至2023年第2季度以达妥昔单抗、达妥昔单抗β和那西妥单抗为首要怀疑和次要怀疑药物的AE报告。根据《国际医学用语词典》25.0版中的首选术语(PT)和系统器官分类(SOC)对AE进行标准化和分类,采用报告比值比(ROR)法和信息成分(IC)法进行AE风险信号挖掘。对3种GD2单抗的AE报告信息和AE风险信号进行描述性分析。结果:共收集到以3种GD2单抗为首要怀疑和次要怀疑药物的AE报告630例,包括达妥昔单抗465例、达妥昔单抗β 61例和那西妥单抗104例,涉及PT为341、24和125种,分别映射在19、2和12个SOC中。3种GD2单抗相关AE中,均有出现死亡、威胁生命、住院或住院时间延长不良结局的患者。采用ROR法和IC法进行信号挖掘,共检测出AE风险信号142、3和30个,其中未在相应药品说明书中记录的分别为73、0和6个。报告数居首位的PT,达妥昔单抗和达妥昔单抗β均为发热,那西妥单抗为低血压和疼痛;信号强度居首位的PT,达妥昔单抗、达妥昔单抗β和那西妥单抗分别为穿刺部位脓肿、器械相关的菌血症和喘鸣。3种药物重叠的AE风险信号为发热和疼痛,达妥昔单抗发热信号强度最强,那西妥单抗疼痛信号强度最强。在AE报告数前30位的PT中,那西妥单抗在呼吸系统、胸及纵隔疾病,皮肤及皮下组织类疾病,免疫系统疾病,血管与淋巴管类疾病的AE风险信号明显多于达妥昔单抗。那西妥单抗AE风险信号中,不同于达妥昔单抗且未在说明书中记录的PT为呼吸异常、发绀和代谢性酸中毒。结论:发热、疼痛和低血压为3种GD2单抗常见AE。那西妥单抗引起疼痛明显,呼吸异常、发绀和代谢性酸中毒为该药独有且未在说明书中记录的AE风险信号,临床应予警惕并及时干预。
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编辑人员丨4天前
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IgA肾病患者血清miR-155、SOCS-1水平与肾间质纤维化的相关性
编辑人员丨4天前
目的:探究IgA肾病患者血清微小核糖核酸-155(miR-155)、细胞因子信号转导抑制因子-1(SOCS-1)水平变化及其与肾间质纤维化的关系。方法:选取2009年1月至2018年6月济宁市第一人民医院收治的365例原发性IgA肾病患者作为研究对象,根据肾间质纤维化程度将入组患者分为T0组139例、T1组124例、T2组102例。另选取同期在本院体检的健康者361例作为健康对照组。采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术检测研究对象的血清miR-155表达水平,采用酶联免疫吸附(ELISA)法检测血清SOCS-1、转化生长因子-β1(TGF-β1)、单核细胞趋化蛋白1(MCP-1)表达水平。采用logistic回归模型分析IgA肾病患者肾间质纤维化发生的影响因素;采用Pearson法分析IgA肾病患者血清miR-155、SOCS-1水平与肾间质纤维化发生影响因素、TGF-β1、MCP-1相关性;采用受试者工作特征(ROC)曲线分析血清miR-155、SOCS-1水平对IgA肾病患者肾间质纤维化发生的预测价值。结果:健康对照组、T0组、T1组、T2组SBP、DBP、24 h尿蛋白定量、血肌酐、血尿酸水平及血清miR-155、TGF-β1、MCP-1、尿视黄醇结合蛋白(RBP)、乙酰βD氨基葡萄糖苷酶(NAG)水平依次显著升高,血红蛋白、eGFR、尿渗透压及血清SOCS-1水平依次显著降低(均 P<0.05)。高SBP、高DBP、低血红蛋白、高血肌酐、高尿酸、高24 h尿蛋白定量、低eGFR水平是影响IgA肾病患者肾间质纤维化发生的独立危险因素(均 P<0.05)。IgA肾病患者血清miR-155水平与TGF-β1、MCP-1、SBP、DBP、血肌酐、血尿酸水平及24 h尿蛋白定量呈正相关,与SOCS-1、血红蛋白、eGFR水平呈负相关(均 P<0.05)。血清SOCS-1水平与TGF-β1、MCP-1、SBP、DBP、血肌酐、血尿酸水平及24 h尿蛋白定量呈负相关,与血红蛋白、eGFR水平呈正相关(均 P<0.05)。血清miR-155、SOCS-1水平联合检测预测IgA肾病患者肾间质纤维化发生的曲线下面积为0.882,明显大于血清miR-155、SOCS-1水平单独检测(均 P<0.05)。 结论:IgA肾病患者血清miR-155表达上调、SOCS-1表达下调,可能作为预测因子,对肾间质纤维化发生具有一定评估价值。
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编辑人员丨4天前
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基于美国FDA不良事件报告系统数据库的布格替尼风险信号挖掘
编辑人员丨4天前
目的:挖掘布格替尼不良事件(AE)风险信号,为该药临床安全使用提供参考。方法:检索FDA不良事件报告系统数据库,收集2017年4月1日至2022年3月31日以布格替尼为主要怀疑药物的AE报告。采用国际医学用语词典24.0版的首选术语(PT)和系统器官分类(SOC)对AE进行标准化和分类,采用报告比值比( ROR)法和比例报告比值比( PRR)法进行布格替尼AE风险信号挖掘,报告数≥3、 ROR≥2且 ROR的95%置信区间( CI)下限>1或报告数≥3、 PRR≥2且 χ2>4的AE定义为阳性信号,对得到的阳性PT信号进行描述性分析。 结果:纳入分析的AE报告为1 564例,涉及672个PT,采用 ROR法和 PRR法分析,获得52个阳性PT,涉及16个SOC。报告数排在前10位的PT为疲劳、腹泻、恶心、咳嗽、血肌酸磷酸激酶异常、呼吸困难、头痛、皮疹、呕吐和高血压,均为说明书中常见AE;信号强度排在前10位的PT是垂体梗死、放射性坏死、淀粉酶升高、食管静脉曲张、早饱、脂肪酶升高、血肌酸磷酸激酶异常、肺毒性、活化部分凝血活酶时间延长和光敏反应,其中排在第1、2、4、5、8、10位的PT在药品说明书中未见记载。肺炎和间质性肺疾病为布格替尼严重AE,报告数分别为31和8例。52个PT中共有28个在药品说明书中未收录,涉及12个SOC。 结论:布格替尼的主要不良事件为腹泻、恶心、咳嗽、血肌酸磷酸激酶异常等,其严重AE如肺炎、间质性肺疾病均有报告,与药品说明书记载的常见不良反应一致。此外,布格替尼还可能导致垂体梗死、放射性坏死、肺毒性、光敏反应等,临床应予警惕。
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编辑人员丨4天前
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黑素瘤相关DNA甲基化位点的初步筛查及异常甲基化谱的构建
编辑人员丨4天前
目的:运用基因芯片技术筛查与黑素瘤相关的DNA异常甲基化位点,初步构建黑素瘤特异性甲基化谱。方法:采用Illumina Human Methylation 450K全基因组甲基化芯片对6例黑素瘤组织及其瘤旁组织标本进行全基因组DNA检测,得出差异DNA甲基化位点。采用Gene Ontology(GO)富集分析及KEGG_Pathway分析了解基因功能。结果:基因芯片检测结果显示,黑素瘤组织与瘤旁组织存在差异甲基化位点,共27 779个,其中16 673个为高甲基化位点,11 106个低甲基化位点。提高筛选条件为 P < 0.01、︳Δβ︳> 0.2,过滤掉所有单核苷酸多态性相关探针、位于XY染色体上的探针以及交叉反应的探针,共筛选得到4 883个差异甲基化位点,其中1 459(30%)个位于启动子区(包括TSS1500、TSS200、5′UTR、1st Exon)。GO富集分析显示,差异甲基化基因参与的生物学过程主要包括细胞生长、分化、黏附、运动迁移、信号转导及转录调控等。KEGG_Pathway分析显示,差异甲基化基因主要参与黏着斑、癌症通路、转化生长因子β信号通路、磷脂酰肌醇信号通路、黑素生成、趋化因子信号通路、黏合连接、钙信号通路、细胞黏附分子、MAPK信号通路、Wnt信号通路、JAK-STAT信号通路。基于"启动子区高甲基化位点对应的前16个基因、出现甲基化频率最高(CpG位点≥ 7)的基因、具有一定的功能或参与某条信号通路"条件,选出8个基因( KAAG1、 DGKE、 SOCS2、 TFAP2A、 GNMT、 GALNT3、 ANK2、 HOXA9)作为黑素瘤候选生物标志物。 结论:黑素瘤组织存在较多高甲基化基因,8个差异甲基化基因有可能作为黑素瘤的生物标志物。
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编辑人员丨4天前
