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人蜕膜间充质干细胞来源外泌体对高糖老化人真皮成纤维细胞功能的影响及其可能机制
编辑人员丨3天前
目的:建立人真皮成纤维细胞(HDF)高糖老化模型,探讨人蜕膜间充质干细胞(dMSC)来源外泌体对高糖老化HDF增殖、迁移、凋亡的影响及其可能机制。方法:采用实验研究方法。收集2021年1—3月解放军总医院第四医学中心收治的4例男性包茎患者(18~22岁)环切术后废弃包皮组织,分离培养获取原代HDF。取第6代HDF,按照随机数字表法分为低糖组和高糖组,分别采用低糖完全培养基和高糖完全培养基进行每72小时换液、不传代培养,10 d后取细胞,于接种后24 h,采用β-半乳糖苷酶试剂盒检测细胞衰老情况;于接种后48 h,采用蛋白质印迹法检测细胞衰老相关蛋白p16、p53表达情况;于接种后24、48、72 h,采用细胞计数试剂盒8(CCK-8)法检测细胞增殖情况;于接种后48 h,采用脱氧尿嘧啶核苷(EdU)染色法检测细胞增殖情况,采用流式细胞术检测细胞周期及凋亡情况;于接种后24 h,采用Transwell实验测定细胞迁移能力。取人dMSC培养48~72 h,采用差速高速离心法获取其外泌体,采用透射电子显微镜观察dMSC外泌体形态,采用纳米颗粒追踪分析法检测dMSC外泌体的粒径分布,采用蛋白质印迹法检测dMSC外泌体标志蛋白CD9、肿瘤易感基因101(TSG101)的表达。取dMSC外泌体及前述高糖完全培养基诱导老化的HDF共孵育24 h,采用PKH67试剂盒检测细胞摄取外泌体的情况。取前述高糖完全培养基诱导老化的HDF,同前分为单纯高糖组、高糖+低浓度外泌体组、高糖+高浓度外泌体组,分别于高糖完全培养基中加入等体积的磷酸盐缓冲液、终质量浓度为50 μg/mL dMSC外泌体、终质量浓度为100 μg/mL dMSC外泌体进行常规细胞培养。分组后同前于对应时间点采用CCK-8法和EdU染色法、流式细胞术、Transwell实验分别检测细胞增殖、细胞周期和凋亡及细胞迁移情况。根据前述结果,另取经高糖完全培养基诱导老化的HDF,分为单纯高糖组、高糖+高浓度外泌体组并同前处理。分组培养48 h,采用实时荧光定量反转录PCR法检测单纯高糖组和高糖+高浓度外泌体组细胞衰老相关的微小RNA-145-5p(miR-145-5p)、miR-498、miR-503-5p及其靶基因钙/钙调素依赖性蛋白激酶1D(CAMK1D)、人第10号染色体缺失的磷酸酶及张力蛋白同源的基因( PTEN基因)和细胞周期蛋白D1的mRNA表达情况。对数据行析因设计方差分析、单因素方差分析、LSD- t检验和独立样本 t检验。 结果:接种后24 h,高糖组HDF β-半乳糖苷酶阳性染色率为(38.4±4.2)%,明显高于低糖组的(16.5±2.2)%( t=4.65, P<0.01)。接种后48 h,高糖组HDF的衰老相关蛋白p16和p53的表达量均明显高于低糖组( t值分别为11.85、3.02, P<0.05或 P<0.01)。接种后24、48、72 h,高糖组HDF的增殖活性均明显低于低糖组( t值分别为4.13、9.90、15.12, P<0.01)。接种后48 h,高糖组HDF的EdU阳性染色率明显低于低糖组( t=3.83, P<0.05)。接种后48 h,高糖组HDF周期的G2/M+S亚群在3个亚群(G0/G1、S和G2/M)的占比明显低于低糖组( t=8.74, P<0.01)。接种后24 h,高糖组HDF穿过Transwell滤膜到达下室的细胞数量为(37±6)个,明显少于低糖组的(74±7)个( t=8.42, P<0.01)。接种后48 h,高糖组HDF凋亡率明显高于低糖组( t=8.48, P<0.01)。dMSC外泌体为边缘清晰、大小分布均匀的杯状或者圆形囊泡,粒径基本处于80~200 nm。dMSC外泌体标志性蛋白CD9、TSG101表达均呈阳性。共孵育24 h,外泌体被HDF摄入胞内,主要分布于细胞核周围。分组培养24、48、72 h,高糖+低浓度外泌体组和高糖+高浓度外泌体组HDF增殖活性均明显高于单纯高糖组( t值分别为6.36、6.10、7.76,8.92、12.17、10.74, P<0.01),高糖+高浓度外泌体组HDF增殖活性均明显高于高糖+低浓度外泌体组( t值分别为7.92、4.82、4.72, P<0.01)。分组培养48 h,与单纯高糖组比较,高糖+低浓度外泌体组和高糖+高浓度外泌体组HDF EdU阳性染色率均明显升高( t值分别为5.32、9.88, P<0.01);与高糖+低浓度外泌体组比较,高糖+高浓度外泌体组HDF EdU阳性染色率显著升高( t=5.27, P<0.01)。分组培养48 h,与单纯高糖组比较,高糖+低浓度外泌体组和高糖+高浓度外泌体组HDF中的G0/G1期亚群占比均显著降低( t值分别为3.81、4.31, P<0.05),G2/M+S亚群占比均明显升高( t值分别为3.81、4.31, P<0.05)。分组培养24 h,与单纯高糖组相比,高糖+低浓度外泌体组和高糖+高浓度外泌体组HDF穿过滤膜的数量均明显增多( t值分别为10.14、13.39 ,P<0.01);与高糖+低浓度外泌体组相比,高糖+高浓度外泌体组HDF穿过滤膜的数量明显增多( t=6.27 ,P<0.01)。分组培养48 h,与单纯高糖组比较,高糖+低浓度外泌体组和高糖+高浓度外泌体组HDF凋亡率均明显降低( t值分别为3.72、5.53, P<0.05或 P<0.01)。分组培养48 h,与单纯高糖组相比,高糖+高浓度外泌体组HDF的miR-145-5p、miR-498 mRNA表达量均明显上升( t值分别为13.03、8.90, P<0.01),miR-503-5p mRNA表达量明显下降( t=3.85, P<0.05);高糖+高浓度外泌体组中HDF的CAMK1D、 PTEN基因mRNA表达量均明显低于单纯高糖组( t值分别为8.83、5.97, P<0.01),细胞周期蛋白D1 mRNA表达量明显高于单纯高糖组( t=4.03, P<0.05)。 结论:人dMSC来源外泌体可显著提高高糖老化HDF的增殖和迁移能力,抑制其凋亡。这可能与HDF内miR-145-5p和miR-498表达增高抑制了CAMK1D和 PTEN基因的表达及miR-503-5p表达下降促进了细胞周期蛋白D1的表达有关。
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编辑人员丨3天前
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系统性红斑狼疮患者长链非编码RNA表达变化及其与调节性T细胞相关性的研究
编辑人员丨3天前
目的:通过检测SLE患者长链非编码RNA(lncRNA)的表达变化,初步探索差异表达的lncRNA与调节性T细胞(Treg)数量间的联系,分析Treg相关lncRNA与SLE患者临床特征间的相关性,预测lncRNA调节Treg分化发育的机制,为SLE的治疗提供新思路。方法:收取9例活动期SLE患者外周血,提取PBMCs,用全转录组测序分析PBMCs的lncRNA表达谱,以9名健康人作为对照组,筛选差异表达的lncRNA,采用Pearson检验分析lncRNA与Treg数的相关性,以及Treg相关lncRNA与SLE患者SLEDAI评分、ESR、C3、C4之间的相关性,用miRcode和Targetscan数据库及共表达网络预测Treg相关lncRNA的靶向基因。结果:与健康对照组相比,SLE患者有240个差异表达lncRNA,包括134个高表达的lncRNA( P<0.05),106个低表达的lncRNA( P<0.05),其中ANKRD44-AS1( r=0.74, P=0.022)、LINC00200( r=0.70, P=0.037)、AP001363.2( r=0.78, P=0.014)、LINC02824( r=0.79, P=0.011)的表达量与外周血Treg数目呈正相关,AP000640.1( r=-0.72, P=0.028)、AC124248.1( r=-0.77, P=0.016)、LINC00482( r=-0.83, P=0.005)、MIR503HG( r=-0.96, P<0.001)的表达量与外周血Treg数目呈负相关,在这8种Treg相关lncRNA中,LINC00482( r=-0.73, P<0.05)、MIR503HG( r=-0.76, P<0.05)的表达量与C3呈负相关。与Treg相关的LINC00200、ANKRD44-AS1、AP000640.1通过竞争性结合miRNA或反式调控机制调控信号传导及转录激活因子5(STAT5)、磷脂酶D1(PLD1)、单一顺式结构蛋白X(HOPX)、Runt相关转录因子3(RUNX3)的表达,进而调控Treg的分化发育。 结论:SLE患者lncRNA表达谱发生变化,差异表达的lncRNA与SLE患者Treg数量和功能异常有关,并且Treg相关lncRNA与SLE疾病活动相关,其可能通过竞争性结合miRNA或反式调控机制影响STAT5、PLD1、HOPX、RUNX3的表达,调节Treg功能,参与SLE的发病和疾病进展。
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编辑人员丨3天前
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LncRNA MIR503HG通过调控miR-224-5pCHSY1表达对结肠癌细胞放射敏感性的影响
编辑人员丨3天前
目的:探讨长链非编码RNA微小RNA-503宿主基因(LncRNA MIR503HG)通过调控miRNA-224-5p硫酸软骨素合酶1 (miR-224-5pCHSY1 )的表达对结肠癌细胞放射敏感性的影响。方法:选取2019年3月至2022年1月火箭军特色医学中心收治的48例结肠癌患者为组织样本获取对象,进行回顾性分析,其中男性28例、女性20例,年龄(57.43±5.28)岁。根据放疗后的病灶情况将患者分为放射抵抗组(23例)和放射敏感组(25例)。采用实时定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)检测2组患者结肠癌组织及各细胞株(CCD841、COLO320、SW480、RKO、HCT116)中LncRNA MIR503HG、miR-224-5pCHSY1的表达情况;构建放射抵抗的结肠癌细胞株HCT116R,将HCT116R细胞株分为过表达LncRNA MIR503HG(MIR503HG)组及其阴性对照组(mimiC-NC)、miR-224-5pCHSY1抑制组(anti-miR-224-5p)及其阴性对照组(anti-miR-NC)、过表达LncRNA MIR503HG+过表达miR-224-5pCHSY1组(MIR503HG+miR-224-5p)、过表达LncRNA MIR503HG+阴性对照组(MIR503HG+miR-NC);通过双荧光素酶报告验证LncRNA MIR503HG与miR-224-5pCHSY1的靶向作用;检测各组细胞的存活分数(SF)和凋亡率。两组间数据的比较使用 t检验。 结果:与放射敏感组相比,放射抵抗组结肠癌组织中LncRNA MIR503HG的相对表达量明显降低(1.40±0.36对0.72±0.17),miR-224-5pCHSY1的相对表达量明显升高(1.06±0.25对1.54±0.27 ),且差异均有统计学意义( t=8.247、6.529,均 P<0.05)。CCD841、COLO320、SW480、RKO、HCT116及HCT116R各细胞株LncRNA MIR503HG的相对表达量分别为2.38±0.06、1.03±0.05、0.87±0.03、0.86±0.02、0.77±0.04、0.54±0.09,miR-224-5pCHSY1的相对表达量分别为0.38±0.06、0.56±0.01、0.59±0.02、0.59±0.05、0.63±0.04、0.82± 0.06,与正常细胞株CCD841相比,结肠癌细胞株COLO320、SW480、RKO、HCT116的LncRNA MIR503HG相对表达量均明显降低( t=2.061、1.665、4.058、6.201,均 P<0.05),miR-224-5pCHSY1的相对表达量均明显增加( t=1.238、1.930、2.037、1.742,均 P<0.05 )。与HCT116细胞株相比,HCT116R的LncRNA MIR503HG相对表达量明显降低[(0.77±0.04)对(0.54±0.09)],miR-224-5pCHSY1的相对表达量明显增加[(0.63±0.04)对(0.82±0.06)],差异均有统计学意义( t=1.267、2.370,均 P<0.05 )。在照射剂量分别为4、6、8 Gy时,MIR503HG组的HCT116R细胞SF明显低于mimic-NC组[(7.25±1.11)%对(11.34±2.65)%、(2.85±0.58)%对(6.08±1.10)%、(0.58±0.05 )%对(3.08±0.84)%],且差异均有统计学意义( t=1.064、1.937、2.650,均 P<0.05 )。过表达LncRNA MIR503HG后,MIR503HG组HCT116R的放射增敏比(SER)为1.399。mimic-NC组、MIR503HG组、mimic-NC+4 Gy组、MIR503HG+4 Gy组的细胞凋亡率分别为(8.10± 0.23)%、(18.44±1.57)%、(17.33±2.35)%、(29.83±1.89)%,与mimic-NC组相比,MIR503HG组、mimic-NC+4 Gy组HCT116R细胞的凋亡率均明显升高,且差异均有统计学意义( t=2.003、1.475,均 P<0.05 )。与anti-miR-NC组相比,anti-miR-224-5p组MIR503HG-Wt的荧光素酶活性明显增加(1.02±0.20对1.60±0.25 ),且差异有统计学意义( t=5.366, P<0.05);miR-224-5pCHSY1与LncRNA MIR503HG结合位点突变后,与anti-miR-NC组相比,anti-miR-224-5p组MIR503HG-Mut的活性无明显变化(0.97±0.25对1.00±0.22),2组间的差异无统计学意义( t=0.291, P> 0.05 )。与mimic-NC组相比,MIR503HG组miR-224-5pCHSY1的表达水平明显降低(1.97±0.13对1.12±0.12),差异有统计学意义( t=3.915, P<0.05)。与anti-miR-NC组相比,anti-miR-224-5p组中miR-224-5pCHSY1的表达水平明显降低(1.99±0.19对0.92±0.18 ),差异有统计学意义( t=2.664 , P<0.05 )。在照射剂量分别为4、6、8 Gy时,anti-miR-224-5p组HCT116R细胞的SF均明显低于anti-miR-NC组[(0.59±0.08 )%对(0.79±0.12)%、(0.39±0.06 )%对(0.67±0.07)%、(0.19±0.04 )%对(0.52±0.04)%],且差异均有统计学意义( t=1.281、2.034、2.911,均 P<0.05)。抑制表达miR-224-5pCHSY1后,anti-miR-224-5p组HCT116R细胞的SER为1.403。anti-miR-NC组、anti-miR-224-5p组、anti-miR-NC+4 Gy组、anti-miR-224-5p+4 Gy组的细胞凋亡率分别为(5.08±0.78)%、(14.48±1.21)%、(13.89±1.36)%、(23.64±1.03)%,与anti-miR-NC组相比,anti-miR-224-5p组与anti-miR-NC+4 Gy组的细胞凋亡率均明显增加,且差异有统计学意义( t= 2.067、1.934,均 P<0.05 );与anti-miR-NC+4 Gy组相比,anti-miR-224-5p+4 Gy组的细胞凋亡率明显增加,差异均有统计学意义( t=4.026 , P<0.05 )。照射剂量为4 Gy时,mimic-NC组、MIR503HG组、MIR503HG+miR-NC组、MIR503HG+miR-224-5p组的SF分别为(0.82±0.17)%、(0.53±0.12)%、(0.54±0.11)%、(0.78±0.15)%,照射剂量为6 Gy时,分别为(0.66±0.13)%、(0.38±0.09)%、(0.35±0.08)%、(0.57±0.10)%,照射剂量为8 Gy时,分别为(0.49±0.10)%、(0.15±0.06)%、(0.13±0.05)%、(0.43±0.11)%,与mimic-NC组相比,照射剂量≥4 Gy时,MIR503HG组HCT116R细胞的SF明显降低( t=1.609、1.533、1.927,均 P<0.05 ),MIR503HG+ miR-NC组HCT116R细胞的SF明显降低( t=1.294、1.490、1.825,均 P<0.05 );与MIR503HG+ miR-NC组相比,照射剂量≥4 Gy时,MIR503HG+miR-224-5p组HCT116R细胞的SF明显增加,且差异均有统计学意义( t=1.573、1.204、1.937,均 P<0.05 ),过表达miR-224-5pCHSY1后,MIR503HG+miR-224-5p组HCT116R细胞的SER为0.825,相比MIR503HG组明显降低。mimic-NC组、MIR503HG组、MIR503HG+miR-NC组、MIR503HG+miR-224-5p组的细胞凋亡率分别为(11.61±2.10)%、(24.97±0.91)%、(24.81±1.27)%、(16.15±1.10)%,与mimic-NC组比较,MIR503HG组和MIR503HG+miR-NC组HCT116R的细胞凋亡率明显增高,且差异有统计学意义( t=2.304、2.159,均 P<0.05 );与MIR503HG+miR-NC组比较,MIR503HG+miR-224-5p组HCT116R的细胞凋亡率明显降低,且差异有统计学意义( t=2.067, P<0.05)。 结论:过表达LncRNA MIR503HG可通过抑制miR-224-5pCHSY1表达增加结肠癌细胞的放射敏感性。
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编辑人员丨3天前
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不同细胞来源外泌体对眼表的作用研究进展
编辑人员丨3天前
外泌体是由细胞分泌的一种膜性囊泡,可广泛参与细胞间通讯、抗炎、免疫调节等。眼表相关的外泌体来源细胞有间充质干细胞(MSC)、调节性T细胞(Treg)、未成熟树突状细胞(imDC)和髓源性抑制细胞(MDSC)。不同细胞来源的外泌体通过递送不同的生物分子给受体细胞而发挥作用。MSC来源的外泌体通过抑制T细胞增生、转换巨噬细胞表型、调控辅助性T(Th)细胞分化、上调Treg表达等机制对眼表炎症与免疫相关疾病有积极作用,同时可减少新生血管和炎症反应,培育了一个可促进角膜损伤修复的微环境。Treg来源外泌体内含微小RNA(miRNA)(miR-503、miR-330和miR-9)和诱导型NO合成酶,可通过干扰细胞周期进程,诱导凋亡和其他T细胞分化为Treg表型,抑制T细胞的同种异体排斥反应从而诱导免疫耐受。imDC来源外泌体通过递送miR-682抑制角膜植片免疫排斥。MDSC来源外泌体在体内外促进Treg扩增,抑制活化T细胞的增生和细胞毒性反应,还表达miR-29a-3p和miR-93-5p,可抑制Th1和Th17细胞分化。鉴于上述外泌体的抗炎及免疫抑制作用,本文就其对眼表炎症与免疫相关疾病如角膜损伤、黏多糖贮积症、干眼、干燥综合征和眼部移植物抗宿主病等的研究进行综述。
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编辑人员丨3天前
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miR503宿主基因通过调控hsa-miR-503信号通路促进食管鳞癌细胞增殖侵袭和迁移
编辑人员丨3天前
目的:探讨miR503宿主基因(MIR503HG)在食管鳞癌细胞中的功能及机制。方法:从基因表达综合数据库(GEO)的3个食管鳞癌数据集GSE53622、GSE53624、GSE130078中分别提取60例、119例和23例食管鳞癌及其配对癌旁组织的MIR503HG表达资料,从癌症基因组图谱数据库与基因型-组织表达数据库的组合数据集(TCGA+GTEx)中提取81例食管鳞癌组织、271例非配对正常食管组织的MIR503HG表达资料。构建MIR503HG敲降质粒,包装成慢病毒,感染食管鳞癌细胞系KYSE30和KYSE510,筛选出稳定敲降MIR503HG的细胞系。对食管鳞癌细胞KYSE30瞬时转染miRNA的模拟物,以过表达hsa-miR-503-3p和hsa-miR-503-5p。采用实时荧光定量聚合酶链反应检测MIR503HG、hsa-miR-503-3p和hsa-miR-503-5p的表达水平,细胞计数试剂盒8法和克隆形成实验检测细胞的增殖能力,Transwell实验检测细胞的侵袭、迁移能力,流式细胞术检测细胞周期。裸鼠皮下移植瘤实验检测MIR503HG对食管鳞癌增殖的影响。结果:GEO和TCGA+GTEx数据库资料显示,食管鳞癌组织中MIR503HG的表达高于癌旁组织和正常食管组织(均 P<0.01)。敲降MIR503HG后与shNC组比较,KYSE30和KYSE510细胞的增殖速率均明显受到抑制(均 P<0.001),克隆形成数均降低[shMIR503HG1组和shMIR503HG2组KYSE30细胞的克隆形成数分别为(2.00±1.41)个和(1.33±0.47)个,均 P=0.002;shMIR503HG1组和shMIR503HG2组KYSE510细胞的克隆形成数分别为(174.67±15.97)个和(80.33±6.34)个,均 P<0.001],使KYSE30细胞的侵袭细胞数减少[shMIR503HG1组和shMIR503HG2组侵袭细胞数分别为(75.33±6.02)个和(45.67±7.59)个,均 P<0.001],迁移细胞数减少[shMIR503HG1组和shMIR503HG2组细胞迁移数分别为(244.00±10.23)个和(210.67±13.52)个,均 P<0.001],细胞周期阻滞在G 0/G 1期。皮下移植瘤实验显示,shMIR503HG组小鼠皮下移植瘤明显小于shNC组,shMIR503HG组肿瘤重量为(0.097±0.026)g,低于shNC组[(0.166±0.021)g, P<0.001]。敲降MIR503HG后,shMIR503HG1组和shMIR503HG2组KYSE30细胞中hsa-miR-503-3p的相对表达水平分别为0.66±0.02和0.58±0.00,hsa-miR-503-5p的相对表达水平分别为0.64±0.00和0.68±0.03,均低于shNC组(均 P<0.01)。在敲降MIR503HG后,过表达hsa-miR-503-3p和hsa-miR-503-5p能减弱敲降MIR503HG对KYSE30细胞增殖(均 P<0.001)、侵袭(均 P<0.01)和迁移(均 P<0.001)的抑制作用。 结论:MIR503HG通过调控hsa-miR-503信号通路促进食管鳞癌细胞的增殖、侵袭和迁移,在食管鳞癌中发挥癌基因的功能,可以作为食管鳞癌靶向治疗的一个新的潜在靶点。
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编辑人员丨3天前
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基于微小核糖核酸筛选和竞争性内源核糖核酸网络构建的尿酸盐肾沉积机制研究
编辑人员丨1个月前
目的:构建竞争性内源核糖核酸(ceRNA)以揭示尿酸盐肾沉积分子调控机制.方法:复制尿酸盐肾沉积大鼠模型,采用高通量核糖核酸(RNA)测序技术分析尿酸盐肾沉积大鼠肾组织中微小核糖核酸(miRNA)的表达,并筛选出差异表达的 miRNA.利用 TargetScan、StarBase、miRDB、miRWalk 4 个数据库预测 miRNA 的靶基因,通过 DAVID 和 Metascape 数据库对靶基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析.运用Cytoscape构建主要信号通路的ceRNA调控网络.结果:测序共检测到14个差异miRNA(均为上调),该差异miRNA的靶基因主要富集在细胞衰老和癌症相关信号通路;构建获得的ceRNA调控网络含47个长链非编码RNA(lncRNA)节点、10个miRNA节点、27个信使RNA(mRNA)节点,该调控网络中 miR-155-5p、miR-132-3p、miR-503-5p、miR-146b-5p 和 miR-212-5p 为排名前 5 的 HUB 基因.结论:本研究通过筛选尿酸盐肾沉积差异miRNA,构建了尿酸盐肾沉积ceRNA网络,为尿酸盐肾沉积机制探讨提供了新思路.
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编辑人员丨1个月前
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右归丸对激素型肾阳虚证miRNA表达谱的影响及其靶基因功能分析
编辑人员丨2024/6/22
目的 探讨微小RNA(miRNA)在右归丸对激素型肾阳虚证肾组织与正常肾组织中的表达差异,并用生物信息学方法分析其意义,为右归丸干预肾阳虚证的进一步机制研究奠定基础.方法 15只SD大鼠随机分为正常组(5只)和造模组(10只),正常组注射2 mL生理盐水,造模组后肢肌注氢化可的松注射液.成模后将造模组随机分为模型组和右归丸组,每组5只.右归丸组给予右归丸汤剂灌胃,模型组和正常组给予生理盐水灌胃.麻醉处死后使用TRIzol法提取肾组织中RNA,使用NanoDrop ND-1000对总RNA进行质量检测,用标记后的RNA与Agilent Rat 8 ×60k miRNA芯片进行杂交.收集原始数据进行标准化处理,进行聚类分析和火山图分析.利用生物信息学方法,预测差异miRNA富集的基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路.结果 筛选出右归丸干预肾阳虚证相关差异表达miRNA 18 条(|log2FC|≥ 1.5,P≤0.05),其中包括 5 条上调 miRNA,分别是 rno-miR-149-3p、rno-miR-188-5p、rno-miR-221-5p、rno-miR-762、rno-miR-877;13 条下调 miRNA,分别是 rno-miR-101b-5p、rno-miR-125a-3p、rno-miR-125b-2-3p、rno-miR-3085、rno-miR-344a-5p、rno-miR-347、rno-miR-34b-3p、rno-miR-351-3p、rno-miR-3573-3、rno-miR-370-3p、rno-miR-409a-3p、rno-miR-448-3p、rno-miR-503-3p.GO分析显示差异表达miRNA主要参与DNA、RNA转录的正调控进程且与ATP的结合显著相关.KEGG分析显示差异表达miRNA显著富集于cAMP通路和FoxO信号通路,这两条通路与线粒体功能密切相关.结论 右归丸通过干预miRNA的表达,改善肾阳虚证大鼠线粒体功能,调节能量代谢异常,进一步为右归丸干预肾阳虚证的机制研究提供理论依据.
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编辑人员丨2024/6/22
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LncRNA MIR503HG靶向miR-32-5p调控ITGA6表达对非小细胞肺癌增殖与迁移的影响
编辑人员丨2024/4/27
目的 探讨长链非编码RNA(LncRNA)MIR503HG、微小RNA(miRNAs)-32-5p、整合素α(ITGA)6在非小细胞肺癌(NSCLC)中的表达及其对NSCLC细胞增殖和迁移的影响.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中提取273例NSCLC患者癌组织及其对应癌旁组织的LncRNA、miRNA及转录组mRNA的芯片数据,R软件中MAX STAT函数包统计分析LncRNA MIR503HG、miR-32-5p、ITGA6在NSCLC中的表达.实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测80例NSCLC患者癌组织标本和NSCLC细胞系中LncRNA MIR503HG、miR-32-5p、ITGA6 mRNA表达.双荧光素酶实验证明LncRNA MIR503HG、miR-32-5p、ITGA6 的关系.依次以 LncRNA MIR503HG-mimic-NC、LncRNA MIR503HG-mimic、miR-32-5p-agomir-NC、miR-32-5p-agomir、LncRNA MIR503HG-mimic+miR-32-5p-agomir、LncRNA MIR503HG-mimic+miR-32-5p-agomir+pcDNA3.1-ITGA6、miR-32-5p-agomir+pcDNA3.1-ITGA6 转染 H1299 细胞,另设定正常(Normal)组细胞.EDU 染色实验与 Transwell 小室实验检测各组细胞体外增殖与转移活性;裸鼠体内皮下种植肿瘤模型检测细胞体内生长与转移能力.Western印迹检测ITGA6、E-钙黏蛋白(cadherin)和波形蛋白(Vimentin)表达.结果 在线分析结果显示,与癌旁组织和BEAS-2B细胞相比,LncRNA MIR503HG、ITGA6 mRNA在NSCLC组织和NSCLC细胞表达升高,miR-32-5p mRNA下降,差异具有统计意义(均P<0.05).双荧光素酶实验证实LncRNA MIR503HG靶向miR-32-5p表达,miR-32-5p靶向ITGA6表达.过表达LncRNA MIR503HG可增强H1299细胞的体外增殖与转移及体内生长与转移能力,ITGA6和Vimentin表达升高,E-cadherin表达降低,miR-32-5p-agomir可部分逆转这一作用,而pcDNA3.1-ITGA6可部分修复这一逆转作用,差异均具有统计意义(P<0.05).结论 下调LncRNA MIR503HG表达能降低H1299细胞增殖与转移能力,发挥抑癌效应,其机制可能与靶向miR-32-5p调控ITGA6表达水平有关,为NSCLC的治疗提供靶点.
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编辑人员丨2024/4/27
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丹参-黄芪调节自噬防治糖尿病心肌病的lncRNA-miRNA-mRNA转录网络研究
编辑人员丨2023/11/25
目的 基于网络药理学与生物信息学技术探讨丹参-黄芪调节自噬防治糖尿病心肌病(DCM)的活性成分及构建长链非编码RNA(lncRNA)-微小RNA(miRNA)-信使RNA(mRNA)转录网络.方法 利用TCMSP数据库检索丹参-黄芪的化学成分及靶点;通过CTD、GeneCards数据库筛选获得DCM和自噬的相关靶点;STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络并进行网络拓扑分析;通过Cytoscape软件中的Hubba插件 5 种算法筛选核心靶点;通过Metascape数据库对靶点进行基因本体和京都基因与基因组百科全书富集分析;利用微生信平台构建中药核心成分-核心靶点-核心信号通路网络;用Discovery Studio Client 19.1.0 软件进行分子对接;用Target Scan Human、miRDB、miRTarBase数据库预测靶点mRNA上游调控的miRNAs并筛选核心miRNA;StarBase数据库预测miRNA竞争性结合的lncRNAs并筛选得到核心lncRNA,构建竞争性內源RNA网络.结果 丹参-黄芪中调节自噬防治DCM的活性成分为丹酚酸J、丹参酮ⅡB、丹参二醇A、黄芪异黄烷苷等;其核心靶点为原癌基因、生长因子受体结合蛋白2等;核心通路为磷酯酰肌醇3激酶/蛋白激酶B、叉头转录因子、晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体等;基于核心靶点mRNA预测的核心miRNA为miR-4731-5p、miR-503-5p等 12 个;核心lncRNA为NEAT1、XIST等 5 个.结论 丹参-黄芪可能通过调节自噬影响细胞凋亡、氧化应激、糖代谢等过程协同发挥作用,从而达到防治DCM的作用.
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编辑人员丨2023/11/25
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口腔鳞癌中预后相关miRNA的生物信息学分析及实验验证
编辑人员丨2023/9/16
目的:通过生物信息学筛选与口腔鳞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)预后显著相关的miRNA,并通过体外实验进行验证.方法:从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)下载OSCC患者数据.通过R分析差异表达的miRNA.使用回归分析建立风险模型.通过Kaplan-Meier生存分析预测OSCC患者预后.通过受试者操作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线及回归分析验证风险模型可靠性.使用GO和KEGG分析预测预后相关miRNA的生物学功能.通过qRT-PCR及Western blot对生物信息学结果进行体外验证.结果:20个miRNA在OSCC中差异表达;miR-204-5p及miR-503-3p与OSCC预后显著相关;本研究构建的风险模型能有效预测OSCC预后;GO分析显示miR-204-5p与细胞凋亡、增殖及迁徙相关,而miR-503-3p与细胞分化、细胞周期及GTP结合有关;KEGG分析显示miR-204-5p与PI3K/Akt/mTOR通路及自噬通路相关,而miR-503-3p与Ras通路及HIF-1通路相关;qRT-PCR显示OSCC细胞中miR-204-5p表达量下降(P<0.05),瞬时转染miR-204-5p mimic后OSCC细胞中miR-204-5p表达量明显升高(P<0.05);Western blot显示升高miR-204-5p后OSCC细胞中PIK3CB表达量明显下降(P<0.05).结论:miR-204-5p及miR-503-3p是OSCC中有效的预后生物标志物.miR-204-5p及miR-503-3p构建的风险模型能有效预测OSCC患者预后.miR-204-5p在OSCC细胞中低表达,升高miR-204-5p后OSCC细胞中PIK3CB的表达量下降.
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编辑人员丨2023/9/16
