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新生儿缺血缺氧性脑病ceRNA调控网络构建分析
编辑人员丨4天前
目的 分析并构建新生儿缺血缺氧性脑病(hypoxic-ischemic encephalopathy,HIE)竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)的调控网络,筛选预测缺血缺氧性脑病诊治的潜在靶点.方法 通过TCGA和GEO数据库获取HIE的非编码RNA高通量测序数据,并进行差异基因分析.根据ceRNA理论构建出circRNA(circular RNA)-miRNA-mRNA网络,进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路和基因本体理论(Gene Ontology,GO)分享,探索和功能注释具有ceRNA潜在功能的circRNA.结果 对GSE121178数据集进行筛选,获得差异circRNAs165个,其中上调59个,下调106个;对GSE181127数据集进行筛选,获得差异miRNAs 63个,其中上调60个,下调3个.用miRecords、miRTarBase、TarBase数据库对获得差异miRNAs进行靶点mRNA预测,并对3个数据库预测结果取交集,共获得11个靶点mRNA(PIK3R1、BACE3、VEGFA、PPP2R2A、LATS2、WDR82、VEZT、TUBA1A、THBS1、SLC7A6、CDK6).经阈值筛选,筛选了10个共表达circRNAs、4个共表达miRNAs和11个共表达mRNAs,构建circRNA-miRNA-mRNA网络.KEGG富集分析显示:HIE涉及的20个交集蛋白在信号通路中,较为靠前的10条信号通路包括T细胞受体信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、FoxO信号通路、ErbB信号通路、胰岛素抵抗、酪氨酸激酶抑制作用、细胞衰老和细胞周期等靶点.说明这些信号通路或与HIE的发生有关.动物实验表明:模型组大鼠神经功能缺损评分高于空白组(P<0.001).模型组miR-31-5p的mRNA表达水平明显低于空白组(P<0.05),模型组中miR-520g-3p,miR-30a-5p,miR-29a-3p表达水平明显高于空白组(P<0.05);WB显示,模型组中CDK6、THBS1和TUBA1的表达水平明显高于空白组(P<0.05),模型组中VEZT和WDR82的表达水平明显低于空白组(P<0.05).结论 构建了HIE的circRNA-miRNA-mRNA调控网络,找到了疾病的潜在治疗靶点,为HIE的诊治提供了新方向.
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编辑人员丨4天前
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H综合征1例
编辑人员丨4天前
H综合征是一种极其罕见的常染色体隐性遗传疾病,累及多系统,并与其他多种疾病重叠,容易误诊漏诊。H综合征治疗的经验很少。有文献报道糖皮质激素对这类患者的治疗有部分有效,其他治疗药物包括非甾体抗炎药、环孢素、甲氨蝶呤、环磷酰胺、6-巯基嘌呤和阿达木单抗,通常治疗无效或部分有效。需要探索更安全有效的治疗方法。
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编辑人员丨4天前
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伴 SLC4A1罕见突变遗传性球形红细胞增多症1例的临床分析并文献复习
编辑人员丨4天前
目的:探讨遗传性球形红细胞增多症(HS)患者的临床特点、基因突变检查结果及诊疗方法,并且进行相关文献复习。方法:选择2021年10月24日重庆医科大学附属儿童医院血液肿瘤科收治的1例8岁3个月男性HS合并室间隔缺损患儿为研究对象。采用回顾性分析方法,收集患儿病史、家族史资料,以及实验室及影像学检查结果,对患儿的临床表现、基因突变与诊疗过程进行分析。对患儿的随访截至2022年4月30日。进一步采集患儿及其父母外周血样进行基因测序,对检出的 SLC4A1突变采用SIFT、PolyPhen-2、REVEL等遗传变异有害性预测工具评估蛋白结构功能的保守性。利用Swiss Model在线工具分析预测突变对于蛋白质结构的影响。以"遗传性球形红细胞增多症"" SLC4A1基因""hereditary spherocytosis"" SLC4A1"为中、英文关键词,在中国知网数据库、万方数据知识服务平台及PubMed数据库中检索HS相关文献,并对文献报道的HS患者进行分析和总结。文献检索时间设定为2019年1月1日至2022年4月29日。本研究获得重庆医科大学附属儿童医院伦理委员会审批(批准文号:2021.457),并与患儿家属签署临床研究知情同意书。 结果:①本例患儿因"面色苍黄加重2个月 +"就诊。患儿面色苍黄,病程中间断出现茶色尿,中度贫血,肝、脾大合并先天性室间隔缺损(膜周融合型)。血常规检查结果示,白细胞计数为7.06×10 9/L,红细胞计数为2.41×10 12/L,血红蛋白(Hb)值为64 g/L,平均红细胞体积(MCV)为94.6 fL,平均血红蛋白浓度(MCHC)值为281 g/L,网织红细胞百分比为11.47%。外周血涂片检查结果示,患儿外周血球形红细胞比例为18.3%。生化全项检查结果示,总胆红素水平为53.1 μmol/L,直接胆红素水平为15.7 μmol/L,间接胆红素水平为37.4 μmol/L,乳酸脱氢酶水平为439 U/L。红细胞渗透脆性增加。基因测序结果示,患儿携带 SLC4A1基因12号外显子c.1387G>A(p.Gly463Ser)罕见杂合错义突变,该突变来源于其父,预测为有害致病基因突变。患儿父亲未表现出贫血、溶血相关症状,仅外周血涂片可见少量球形红细胞。Swiss Model在线工具分析预测结果示,突变型SLC4A1蛋白的三级结构未因氨基酸替换受到影响。②根据患儿临床表现及基因检查结果,本例患儿被诊断为HS。患儿接受红细胞成分血输注及脾切除术,治疗后患儿临床症状基本消失,处于部分缓解状态。截至随访结束,患儿一般情况良好,拟择期行后续心室间隔缺损手术。③根据本研究设定的文献检索策略,共检索出5篇HS文献,报道6例HS患者,加上本研究1例,共纳入7例HS患者。其中,1例患者临床表现为皮肤黄染并远端肾小管酸中毒(dRTA),无HS家族史, SLC4A1错义突变致病。1例患者伴反复低血钾,外周血细胞形态学检查结果可见大量球形红细胞,有HS家族史, SLC4A1错义突变致病。1例患者伴反复不明原因贫血,有HS家族史, SLC4A1缺失突变致病。2例患者面色苍白、黄疸, SLC4A1新发错义突变致病。1例伴黄疸、胆石症,有HS家族史, SLC4A1错义突变致病。本例患儿面色苍黄,有HS家族史, SLC4A1错义突变致病。 结论:本例HS患儿家系为 SLC4A1基因12号外显子c.1387G>A(p.Gly463Ser)罕见杂合错义突变致病。基因突变检查有助于HS的确诊。
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编辑人员丨4天前
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生物素-硫胺素反应性基底节病1例
编辑人员丨4天前
生物素-硫胺素反应性基底节病是一种罕见的、可治疗的常染色体隐性神经代谢性疾病,由编码硫胺素跨质膜转运蛋白的SLC19A3基因突变引起。文中报道1例以癫痫为首发症状,伴有运动功能减退、眼外肌麻痹及迟发性肌张力障碍为主要表现的29岁男性患者,头部影像学特征为双侧尾状核、豆状核对称性异常信号,基因检测确诊为生物素-硫胺素反应性基底节病,经予生物素+硫胺素治疗后症状缓解、病灶消退。
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编辑人员丨4天前
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基于网络药理学和高通量分子对接虚拟筛选参麦注射液治疗新型冠状病毒肺炎活性成分及作用机制
编辑人员丨4天前
目的:筛选参麦注射液治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性成分并探讨其作用机制。方法:基于网络药理学和高通量分子对接技术,从TCMSP、中药分子作用机制的网络药理学在线分析工具(BATMAN-TCM)及Targetnet数据库中检索参麦注射液的化合物和预测靶点,并构建成分-靶点网络;从在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)和GeneCards数据库中检索"coronavirus pneumonia"相关基因,与化合物作用靶点共有的部分构建靶基因间的蛋白相互作用网络;使用DAVID6.8进行基因功能、通路富集分析;通过PDB数据库获取蛋白质的晶体结构,采用AutoDock Vina和Python脚本进行高通量分子对接。结果:共获得27个化合物和224个靶基因,鉴定出干预冠状病毒的15个核心成分与15个核心靶点,分别为CASP3、NOS2、PARP1、CASP8、NOS3、BCL2、ADA、OPRM1、TGFB1、TLR9、ACHE、SLC29A1、BAX、ADK、PNP。核心靶点主要作用于肺结核、癌症通路、乙型肝炎、细胞凋亡等信号通路。虚拟筛选后得到与冠状病毒相关靶点对接较好的成分有薯蓣皂苷元、豆甾醇、β-谷甾醇、人参皂苷Rh1苷元。结论:本研究筛选出了参麦注射液干预冠状病毒的主要活性成分及作用靶点,为参麦注射液治疗COVID-19提供参考。
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编辑人员丨4天前
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MicroRNA-27a-3p靶向调控SLC7A11抑制结直肠癌细胞铁死亡
编辑人员丨2024/6/15
目的:探究微小RNA-27a-3p(microRNA-27a-3p,miR-27a-3p)对结直肠癌细胞系HT-29 和SW480 铁死亡的调控及作用机制.方法:分别用 0、2.5 和5 μmol/L Erastin处理结直肠癌细胞系HT-29 和SW480,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)法检测各组细胞溶质载体家族7 成员11(solute carrier family 7 member 11,SLC7A11)mRNA表达水平,筛选Erastin的合适浓度;将HT-29 和SW480 细胞各分为siControl组、siSLC7A11-1组和siSLC7A11-2 组,分别转染对照siRNA、siSLC7A11-1和siSLC7A11-2,与 5 μmol/L Erastin共培养 0、24、48、72 h,检测不同时间点细胞增殖活性,并检测细胞内丙二醛水平.另将HT-29 和SW480 细胞各分为miR-NC组、miR-27a-3p组和anti-miR-27a-3p组,分别转染miR-NC、miR-27a-3模拟物和miR-27a-3p抑制物,采用qRT-PCR法检测SLC7A11 mRNA表达水平,采用荧光素酶报告基因实验检测SLC7A11 3'UTR序列(SLC7A11-WT)及突变序列(SLC7A11-Mut)荧光素酶活力;与5 μmol/L Erastin共培养0、24、48、72 h,检测不同时间点细胞增殖活性,并检测细胞内丙二醛含量.结果:随Erastin浓度升高,结直肠癌HT-29 和SW480 细胞SLC7A11 mRNA表达水平显著升高(P均<0.01);在结直肠癌HT-29 和SW480 细胞中,与siControl 组相比,siSLC7A11-1 组和 siSLC7A11-2 组 48h 和 72h 细胞增殖活性显著增强(P<0.05),丙二醛含量显著下降(P<0.05);与miR-NC组相比,miR-27a-3p组细胞增殖活性显著增强(P<0.05),丙二醛水平和SLC7A11-WT荧光素酶活性显著下降(P<0.05 或P<0.01),SLC7A11-Mut荧光素酶活性没有显著变化(P>0.05),anti-miR-27a-3p组细胞活力显著下降(P<0.01),丙二醛含量和SLC7A11-WT荧光素酶活性显著升高(P均<0.01),SLC7A11-Mut荧光素酶活性没有显著变化(P>0.05).结论:miR-27a-3p可能通过靶向SLC7A11 mRNA 3'UTR,调控Erastin诱导的结直肠癌细胞铁死亡.
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编辑人员丨2024/6/15
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双胎妊娠合并Gitelman综合征孕妇的妊娠结局及文献复习
编辑人员丨2024/3/16
目的:探讨双胎妊娠合并Gitelman综合征(GS)孕妇的临床诊治及妊娠结局,并进行相关文献复习。方法:选取2021年9月27日,因孕龄为25+2孕周时产前检查发现低钾血症,于四川大学华西第二医院产科入院治疗的1例(患者1)双胎妊娠合并GS孕妇为研究对象。采取回顾性分析方法对患者1病史、入院相关检查结果、治疗方案与转归等临床资料进行分析。分别以"Gitelman综合征""妊娠""Gitelman syndrome""pregnancy"为中、英文关键词,在中国知网、万方数据知识服务平台、PubMed及Web of Science数据库中,检索妊娠合并GS相关研究文献。文献检索时间设定为2013年至2023年。总结患者1及GS相关研究文献涉及的GS孕妇临床表现、诊治方案及母儿预后。本研究遵循的程序符合2013年修订的《世界医学协会赫尔辛基宣言》要求。结果:①患者1病史、入院相关检查结果、治疗方案与转归:年龄36岁,G3P1+1,体外受精-胚胎移植术移植2枚囊胚,因常规产前检查发现其合并低钾血症(血K+浓度为2.60 mmol/L)及低镁血症(血Mg2+浓度为0.66 mmol/L),于孕龄为25+2孕周时入院。入院检查结果提示,碱中毒(血液pH值为7.530),肾性失K+(尿K+浓度为47.2 mmol/24 h),血压正常[102~125/60~77 mmHg(1 mmHg=0.133 kPa)],临床诊断为GS孕妇。对其采取静脉输注氯化钾(KCl)注射液、口服KCl口服液及门冬氨酸钾镁片治疗。孕龄为28+1孕周时,病情稳定出院。出院后由多学科团队对其进行门诊随访。孕龄为36+6孕周时,对其采取选择性剖宫产术分娩2例活婴,手术顺利,术后第4天孕妇及其分娩新生儿顺利出院。随访至2023年6月结果显示,母儿情况均良好。②文献复习结果:由于国内外双胎妊娠合并GS报道较少,所以将文献检索结果中的单胎妊娠合并GS病例纳入研究。根据本研究设定的文献检索策略,共计检索到有关GS孕妇研究的国内外相关文献共计33篇,涉及55例(患者2~56)妊娠合并GS孕妇,共计67次妊娠(69例胎儿),双胎妊娠为2次(患者30~31),其中发生死胎者为4例(患者2、34、46、49),胎儿生长受限者为3例(患者29、41、53),新生儿生后第7天死亡者为1例(患者32),其余单胎及双胎妊娠新生儿均预后良好。GS孕妇发生妊娠期糖尿病/糖耐量异常者为14例(患者3~4、7、11~12、26~27、33~34、36、39、42、52~53),羊水偏少/过少者为4例(患者8、28、34、41),妊娠期高血压疾病者为6例(患者27、34、41、43~44,患者41的2次妊娠均发生子痫前期)。在67次妊娠中,除1例(患者46)孕妇频发室颤及心脏骤停,预后不良外,其余均预后较好。结论:对妊娠合并GS孕妇,临床需进行多学科团队合作及个性化管理,采取严密监测及积极治疗措施后,多数GS孕妇母儿结局较为良好。虽未观察到双胎妊娠合并GS与单胎妊娠合并GS在症状严重程度、并发症发病率及妊娠结局方面的差异,但是仍应对双胎妊娠合并GS孕妇加强管理与监测。由于目前国内外文献报道的妊娠合并GS病例仍较少,特别是双胎妊娠,因此对双胎妊娠合并GS孕妇的临床特征、分娩方式及时机、治疗方式与目标等,仍需进一步探究。
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编辑人员丨2024/3/16
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大鼠海马组织circHDAC2/miR-3065/SLC30A3轴参与针刺调节脑缺血再灌注损伤的初步研究
编辑人员丨2024/1/20
目的:通过对脑缺血再灌注损伤(CIRI)大鼠海马组织环状RNA HDAC2(circHDAC2)表达的研究,探讨针刺抗CIRI的作用机制.方法:SD大鼠随机分为假手术组、模型组、针刺组,每组13只.采用线栓法复制大脑中动脉阻塞再灌注模型.针刺组针刺"大椎""水沟""百会",每次 30 min,每隔 12 h治疗 1次,共 7次.干预前后采用改良Garcia评分法评价大鼠神经功能,TTC染色法观察并计算脑梗死面积百分比,基因芯片技术筛选3组大鼠缺血侧海马组织差异表达的环状RNAs(circRNAs),并筛选模型组/假手术组、针刺组/模型组共同差异表达circRNAs(co-DE circRNAs),根据P值、差异倍数(FC)、基因本体(GO)条目富集数量筛选出其中的核心circRNAs,通过实时荧光定量PCR法验证其在缺血侧海马组织的表达水平,根据验证结果构建竞争性内源RNA(ceRNA)预测网络,利用实时荧光定量PCR法验证预测网络中节点中心度高的微小RNA(miRNA)和mRNA的表达水平.结果:干预前,与假手术组比较,各造模组大鼠改良Garcia神经功能评分降低(P<0.01).干预后,与假手术组比较,模型组改良Garcia神经功能评分降低、脑梗死面积百分比升高(P<0.01);与模型组比较,针刺组改良Garcia神经功能评分升高,脑梗死面积百分比降低(P<0.01).芯片结果显示:模型组下调和针刺组缺血侧海马组织中上调的co-DE circRNAs为16个,模型组上调和针刺组下调的co-DE circRNAs为 7个;根据P值、FC和GO条目富集数量筛选出核心基因circHDAC2 和circNTRK2.验证其表达量结果显示,与假手术组比较,模型组大鼠缺血侧海马组织circHDAC2、circNTRK2表达水平下调(P<0.01);与模型组比较,针刺组大鼠circHDAC2、circNTRK2表达水平均上调(P<0.01).对circHDAC2 构建相关 ceRNA调控网络,预测结果显示调控网络中包含miRNA 12个、mRNA 31个.对调控网络中节点中心度高的miRNA和与神经系统密切相关的mRNA的验证结果显示,与假手术组比较,模型组大鼠缺血侧海马组织 miR-29a、miR-29b、溶质载体家族 30成员 3(SLC30A3)mRNA表达水平下调(P<0.01),miR-3065、巯基丙酮酸硫转移酶(MPST)mRNA表达水平上调(P<0.01);与模型组比较,针刺组大鼠 miR-29a、miR-29b、SLC30A3 mRNA 表达水平上调(P<0.01,P<0.05),miR-3065表达水平下调(P<0.05).结论:针刺可提高CIRI大鼠的神经功能、降低脑梗死面积,可能与针刺调控海马circHDAC2/miR-3065/SLC30A3轴有关.
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编辑人员丨2024/1/20
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苏州地区新生儿听力与耳聋基因联合筛查结果分析
编辑人员丨2023/8/19
目的 分析苏州地区4284例新生儿听力和耳聋基因联合筛查结果,探讨新生儿听力和耳聋基因联合筛查的临床意义.方法 对2020年1月~2022年5月苏州科技城医院出生的4284例新生儿进行听力筛查,同时取足跟血对4个常见耳聋基因的21个突变位点进行测序,统计并分析筛查结果.结果 听力初筛通过3945例,通过率92.09%(3945/4284);未通过339例新生儿中有331例进行听力复筛,通过265例,复筛通过率80.06%(265/331);耳聋基因筛查突变阳性85例,阳性率1.98%(85/4284),4类常见耳聋基因GJ B2、SLC26A4、GJ B3和MT-RNR1突变筛查阳性率分别为0.68%(29/4284)、0.54%(23/4284)、0.30%(13/4284)、0.47%(20/4284);4210例通过听力筛查的新生儿耳聋基因突变筛查阳性83例,阳性率1.97%(83/4210);66例未通过听力筛查新生儿耳聋基因突变筛查阳性2例,阳性率3.03%(2/66);耳聋基因突变筛查阳性新生儿中,最终确诊听力损失2例,确诊率2.35%(2/85);耳聋基因突变筛查阴性新生儿中,最终确诊听力损失11例,确诊率0.26%(11/4199).结论 听力和耳聋基因联合筛查可以有效弥补单纯听力筛查的不足,通过建立和完善听力和耳聋基因联合筛查制度,有效提升新生儿听力缺陷防治水平,扩大听力障碍儿童的预防和干预范围,具有重要的临床和实践意义.
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编辑人员丨2023/8/19
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曲靖地区7 246例新生儿耳聋基因筛查结果分析
编辑人员丨2023/8/12
目的 分析曲靖地区新生儿常见耳聋基因突变类型、携带率及突变位点的分布特征,为耳聋出生缺陷防控提供依据.方法 采集2018年4月—2020年12月在曲靖市第一人民医院出生的7 246例新生儿的脐带血,提取DNA并采用PCR+导流杂交技术检测 4 种耳聋基因 13 个位点包括 GJB2 基因(c.35delG、c.176de116、c.235delC、c.299delAT、c.155delTCTG)、SLC26A4 基因(c.IVS7-2A>G、c.2168A>G、c.1229C>T)、线粒体 DNA(12SrRNA:m.1494C>T、m.1555A>G;tRNA:m.7445A>G、m.12201 C>T)、GJB3基因(c.538C>T).检出的耳聋基因纯合突变、均质突变及罕见突变采用Sangar测序再次进行验证.结果 在7 246例新生儿中,共检出耳聋基因突变267例,突变率为3.68%.耳聋基因在男婴中突变例数124例,突变率为3.24%(124/3 822),在女婴中的突变例数143例,突变率为4.18%(143/3 424),男婴、女婴的突变率比较,差异有统计学意义(x2=4.42,P<0.05).GJB2基因突变152例,突变率为2.10%,其中c.235delC位点突变124例(1.71%);SLC26A4基因突变58例,突变率为0.80%;线粒体DNA突变30例,突变率为0.41%;GJB3基因突变20例,突变率为0.28%;双基因突变有7例.在267例耳聋基因突变携带者中,29例新生儿听力初筛未通过,3个月后随访,听力复筛均通过.3例线粒体12SrRNA基因m.1555A>G均质突变患者存在家族遗传史,其中1例家族中有多个耳聋患者.结论 开展新生儿耳聋基因筛查有助于了解曲靖地区耳聋突变基因的携带情况,及早发现先天性耳聋患者,高度预警药物性耳聋和迟发性耳聋,对降低耳聋发生率具有重要作用.
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编辑人员丨2023/8/12
