目的:探讨脓毒症相关性脑病（sepsis-associated encephalopathy, SAE）的相关差异表达基因（differentially expressed gene, DEG）和信号转导途径。方法:基于基因表达数据库（gene expression omnibus, GEO）的脓毒症患者脑组织的基因组数据，采用基因本体（gene ontology, GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG）富集分析，以及蛋白-蛋白相互作用网络（protein-protein interaction, PPI）分析，确定SAE的DEG。结果:DEG在免疫应答、炎症反应、凋亡过程的负调控、蛋白质水解等方面显著富集。通过PPI分析筛选出10个枢纽基因，包括固醇调节元件结合转录因子1（sterol regulatory element binding transcription factor 1, SREBF1）、细胞因子信号转导抑制因子-3（suppressor of cytokine signaling 3, SOCS3）、封闭蛋白5（claudin 5, CLDN5）、免疫球蛋白结构域蛋白4（V-set and immunoglobulin domain containing 4, VSIG4）、DNA损伤诱导蛋白45β（growth arrest and DNA damage inducible protein 45β, GADD45β）、细胞间黏附分子-1（intercellular adhesion molecule 1, ICAM1）、血管生成素-2基因（angiopoietin 2, ANGPT2）、CD14、CD163、血栓反应蛋白1（thrombospondin 1, THBS1）。结论:通过生物信息学方法挖掘出与SAE相关的10个枢纽基因，这些基因和机体的免疫炎症相关。

巨噬细胞表达的共刺激分子VSIG4(V set and Ig domain-containing 4)是一种B7家族相关蛋白，可作为T细胞活化的第二信号，调节T细胞的功能状态。同时，VSIG4也可作为补体受体，发挥识别病原体、调节补体旁路途径及抑制炎症反应的作用，在维持免疫耐受方面发挥着重要作用。本文回顾总结了VSIG4的表达及其在机体免疫中的作用。

目的:探讨M?bius综合征(MBS)患者的临床特征及可能的遗传发病机制。方法:收集2013年3月至2024年4月首都医科大学附属北京同仁医院眼科中心的14例(28只眼)散发MBS患者的病例资料。其中，男性5例(10只眼)，女性9例(18只眼)；年龄1 ～ 9岁，平均年龄(4.0±0.7)岁。询问或检查并记录患者的性别、年龄、最佳矫正视力、眼球运动、眼前节和眼底、体格发育及颅神经眼眶磁共振成像(MRI)的情况。采集患者及核心家系成员外周静脉血、提取基因组脱氧核糖核酸(DNA)并在illumina平台行全外显子组测序。使用SAMtools和ANNOVAR软件对变异进行识别和注释，对频率数据库中频率低于1%的变异进行过滤。在此基础上，筛选新生突变基因以及≥2个以上患者共有的突变基因。使用R包的maftools和GenVisR软件包分别行共有基因突变特征分析并绘制景观图。年龄、最小分辨角对数(logMAR)视力以及每个样本携带的共有基因突变数量经Shapiro－Wilk检验符合正态分布，以±s表示。性别、单侧或双侧受累、全身发育异常、突变分类、突变类型、突变频谱及共有基因突变频率采用频数和百分比描述。使用R语言ClusterProfiler中的超几何检验进行基因本体(GO)富集分析，使用Benjamini－Hochberg方法进行多重假设检验校正并筛选显著富集的条目。结果:本研究9例(18只眼)患者的logMAR视力为0.56±0.12。双眼外转受限者有10例(20只眼)，占71.43%(10/14)；单眼外转受限者有4例(4只眼)，占28.57%(4/14)。双侧面瘫者有5例，占35.7%(5/14)；单侧面瘫者有9例，占64.3%(9/14)。伴其他全身发育异常的患者有9例，占64.29%(9/14)。双侧外展神经(CN6)发育不良者有11例，占78.57%(11/14)；单侧CN6发育不良者有3例，占21.43%(3/14)。双侧面神经(CN7)发育不良者有9例，占64.3%(9/14)，单侧CN7发育不良者有5例，占35.71%(5/14)。2例MBS患者发现致病候选基因丛状蛋白D1(PLXND1)新变异2个，分别为杂合错义变异c.C4207T、p.R1403W和剪切位点变异c.2937＋6 G>T。14例患者共筛选出新生突变基因8个，分别为肌联蛋白(TTN)、碳酸酐酶9(CA9)、中间丝相关蛋白(RPTN)、SET结合因子2(SBF2)、丝状肌动蛋白结合蛋白(AFDN)、突触囊泡糖蛋白2C(SV2C)、神经丝蛋白重链(NEFH)和膜金属内肽酶样蛋白1(MMEL1)。≥2个以上患者共有的突变基因总计796个，突变数量为1987个。最常见的突变分类是错义突变，数量为1382个，占69.55%；最多见的突变类型是单碱基替换变异，数量为1534个，占77.20%；最常见的突变频谱是胞嘧啶被替换为胸腺嘧啶，数量为804个，占52.41%。每个样本所携带共有基因突变数量为126～161个，平均(141.93±11.35)个。按照突变频率排名，前10位的共有基因分别为B黑色素瘤抗原家族成员2/3/4/5(BAGE2/3/4/5)、与内体分选复合物Ⅲ相关的钠耐受增加1(IST1)、TTN、高尔基体蛋白A6家族样蛋白2(GOLGA6L2)、NEFH、UBX结构域蛋白11(UBXN11)、二氢硫辛胺支链转酰基酶E2 (DBT)、羰基还原酶4(CBR4)、肌动蛋白相关蛋白3C(ACTR3C)和含V－Set免疫球蛋白域蛋白2(VSIG2)，频率分别为100%、93%、64%、64%、57%、50%、50%、50%、50%和43%。经GO数据库中的生物学过程数据库注释，在本研究全部MBS患者14例(28只眼)中发现的共有突变基因集的基因数量为701个，查询GO数据库获得背景基因集的基因数量为18 722个。比较不同通路的注释基因在此两个基因集中分布的差异，将其概率值按照升序排列，显著富集的通路依次为调控小谷氨酰胺转肽酶介导的信号转导、基于微管的运动、轴突发生、眼形态发生、通过质－膜粘附分子的细胞间粘附、肌动球蛋白结构组装、肌原纤维的组装及微管束的合成，其概率值依次为0.0002、0.004、0.004、0.004、0.004、0.004、0.011及0.011。结论:MBS患者的临床表型异质性较强，多数患者伴随有除面瘫和眼球外转受限以外的多发先天畸形。基于全外显子组测序的生物信息学分析结果提示参与神经发育和轴突生长过程的多个基因和生物学过程可能与MBS发病相关，进一步揭示了遗传因素在MBS发病中的作用。

目的 探讨尿半乳糖凝集素-3结合蛋白(galectin-3 binding protein,Gal-3BP)及V-set包含免疫球蛋白域4(V-set containing immunoglobulin domain 4,VSIG4)水平在系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus,SLE)患者尿液中的表达及其与疾病活动和肾损伤的关系.方法 选取儋州市人民医院收治的SLE患者105例(SLE组)和体检正常者50例(对照组)作为研究对象.105例SLE患者根据SLE疾病活动度指数(SLEDAI)评分分为轻度活动度组(SLEDAI评分≤9分,n=51)、中度活动度组(14分≥SLEDAI≥10分,n=29)和重度活动度组(SLEDAI评分≥15分,n=25).按肾功能受损程度分为肾功能正常组、肾功能轻度受损组和肾功能中重度受损组.采用酶联免疫吸附法检测尿液Gal-3BP,VSIG4表达水平,应用多元Logistic回归分析影响SLE患者发生肾损伤的危险因素,绘制ROC曲线分析尿Gal-3BP及VSIG4水平预测SLE患者发生肾损伤的价值.结果 SLE组尿Gal-3BP(251.38±46.75 ng/ml)及VSIG4(13.40±4.27 ng/ml)水平均明显高于对照组(117.50±18.24 ng/ml,2.73±0.85ng/ml),差异具有统计学意义(t=19.315,15.681,均P＜0.001).SLE患者活动度越高,尿Gal-3BP及VSIG4水平越高,重度活动度组＞中度活动度组＞轻度活动度组,差异具有统计学意义(F=23.416,17.380,均P＜0.001).肾功能中重度受损组和轻度受损组尿Gal-3BP及VSIG4水平明显高于肾功能正常组(t=24.580,18.163;20.864,15.947),且中重度受损组尿Gal-3BP及VSIG4水平明显高于轻度受损组(t=19.837,11.215),差异具有统计学意义(均P＜0.001).多元Logistic回归分析显示,尿 Gal-3BP(OR=3.472,95％CI:2.685～11.463)及 VSIG4(OR=2.376,95％CI:1.842～9.105)水平升高是影响SLE患者发生肾损伤的危险因素(均P＜0.05).ROC曲线分析显示,Gal-3BP及VSIG4二项联合预测SLE患者发生肾损伤的曲线下面积(95％置信区间)[AUC(95％CI)]最大[0.909(0.846～0.973)],其准确度为88.6％.相关分析显示,SLE 患者尿 Gal-3BP 与 VSIG4 水平呈正相关(r=0.813,P＜0.05),尿 Gal-3BP 及 VSIG4 水平与 SCr,BUN,24h 尿蛋白、抗dsDNA抗体及SLEDAI评分均呈正相关(r=0.358～0.702,均P＜0.05),而与血红蛋白、eGFR均呈负相关(r=-0.479～-0.670,均P＜0.05).结论 尿Gal-3BP及VSIG4水平在SLE患者中明显升高,其高表达与疾病活动和肾损伤有关,二项联合预测SLE患者发生肾损伤有较好的价值.

目的 根据mRNA组学数据筛选弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)预后相关基因并建立预后模型.方法 从TCGA数据库下载NCICCR-DLBCL数据集中 234 例DLBCL患者mRNA组学数据和预后数据作为训练集,从GEO数据库下载GSE87371 数据集中 223 例DLBCL患者相应数据作为验证集,通过Cox回归分析、Kaplan-Meier分析和LASSO分析建立预后模型,结合生存曲线和ROC曲线验证模型的准确性.采用免疫组化法验证117 例DLBCL 组织中CD70 蛋白的表达及其与预后的关系.结果 构建包含 14 个独立预后预测mRNA(ANO3、ZNF93、RAD9B、PROC、ZSCAN20、RBBP9、SLC18B1、CXorf21、MUC12、CYP2U1、VSIG4、CCDC178、CD70、GHRH)的预后模型.高风险组生存时间显著短于低风险组(P<0.000 1),ROC 1 年、3 年和 5 年生存率曲线下面积分别为0.92、0.90 和 0.91.CD70 阳性组与阴性组的 Kaplan-Meier 生存曲线差异有统计学意义(P=0.009 4),阳性组生存时间较短.结论 成功建立了基于mRNA表达的DLBCL预后预测模型,为mRNA转录组学在DLBCL预后预测中的实际应用提供了可行性方案,并在临床样本中证实CD70 高表达与DLBCL预后密切相关,可作为临床预后评价的指标之一.

目的 探讨异甘草素对中性粒细胞性哮喘小鼠气道炎症的影响及其可能的作用机制.方法 用卵清蛋白建立中性粒细胞性哮喘小鼠模型.将Balb/c小鼠随机分为对照组(给予等量的0.9％NaCl处理)、模型组(卵清蛋白建模)、地塞米松组(腹腔注射4 mg·kg-1的地塞米松)、低剂量实验组(腹腔注射100 mg·kg-1的异甘草素)、高剂量实验组(腹腔注射200 mg·kg-1的异甘草素),每组11只.在最后1次雾化激发后的24 h内,检测各组小鼠气道阻力后处死小鼠取支气管肺泡灌洗液及肺组织.用细胞计数板进行总细胞计数;用瑞氏-吉姆萨染色法进行细胞分类计数;用酶联免疫吸附测定(ELISA)法检测支气管肺泡灌洗液炎性因子水平;用蛋白质印迹法检测肺组织蛋白表达水平.结果 对照组、模型组、地塞米松组、低剂量实验组、高剂量实验组的气道阻力值分别为(0.84±0.08)、(3.34±0.34)、(1.23±0.15)、(2.47±0.19)和(1.54±0.18)cmH2O·s-1,白细胞总数分别为(15.03±0.11)、(331.20±26.64)、(38.73±3.28)、(180.35±16.89)和(82.74±10.51)× 104·mL-1,白细胞介素17(IL-17)水平分别为(4.79±0.58)、(19.21±2.39)、(6.35±0.81)、(15.96±1.10)和(9.04±0.65)pg·mL-1,含V型集和免疫球蛋白结构域4(VSIG4)蛋白表达水平分别为0.67±0.04、0.24±0.04、0.59±0.06、0.37±0.04和0.53±0.05,NOD样受体家族热蛋白结构域相关蛋白3(NLRP3)蛋白表达水平分别为 0.24±0.02、0.74±0.07、0.35±0.04、0.65±0.08 和 0.44±0.03.模型组的上述指标与对照组比较,地塞米松组、低剂量实验组、高剂量实验组的上述指标与模型组比较,在统计学上差异均有统计学意义(均P＜0.05).结论 异甘草素可能通过调节VSIG4/NLRP3复合炎性通路,降低气道阻力、抑制炎性介质的释放改善中性粒细胞哮喘小鼠气道炎性.

目的 研究VSIG4在结直肠癌(CRC)中的表达及其对患者预后的影响,并探索VSIG4表达在CRC中与免疫细胞浸润的关系.方法 本研究对来源于多个公共数据库中的VSIG4 mRNA表达数据进行汇总分析.GO、KEGG和GSEA富集分析用于进一步探索VSIG4在CRC中的生物学作用和参与的信号通路.通过CIBERSORT算法分析VSIG4与免疫细胞浸润的关系,进一步探讨VSIG4的表达对CRC患者预后的影响.结果 基于3524例样本的汇总分析证实VSIG4在CRC中表达下调(SMD=-0.60).SROC曲线分析提示VSIG4可较好地区分CRC样本和非癌对照组样本(AUC=0.75).GO、KEGG和GSEA富集分析提示VSIG4主要通过调节信号受体的结合与活性从而调节肿瘤免疫反应.CIBERSORT分析表明VSIG4高/低表达两组CRC样本间免疫细胞浸润有显著性差异.基于970例CRC患者总生存期数据的汇总分析提示VSIG4的表达情况与CRC患者预后显著相关.结论 本研究证实VSIG4在CRC中表达下调,并通过调节免疫反应参与CRC的发展过程,从而影响患者预后.

[目的]探讨结肠癌患者癌组织中赖氨酸羟化酶2(PLOD2)、巨噬细胞表达共刺激分子VSIG4表达及意义.[方法]收集经病理确认的I～Ⅳ期结肠癌患者,应用免疫组化方法检测癌组织及其癌旁组织中的PLOD2、VSIG4表达,分析两者表达的相关性及与患者临床病理特征的关系.随访并探讨PLOD2、VSIG4表达与患者5年总生存率关系.Kaplan-Meier法绘制生存曲线,应用单因素及多因素Cox回归分析影响患者5年总生存率的因素.[结果]结肠癌癌组织及其癌旁组织中PLOD2表达阳性率分别为68.75％(66/96)、25.00％(24/96)(P＜0.05),VSIG4 表达阳性率分别为 56.25％(54/96)、18.75％(18/96)(P＜0.05).Spearman 相关性分析显示,结肠癌癌组织中PLOD2与VSIG4表达呈正相关(r=0.363,P=0.041).PLOD2表达与肿瘤分化程度、浸润深度、淋巴结转移、TNM分期相关(P＜0.05);VSIG4表达与肿瘤浸润深度、淋巴结转移、TNM分期相关(P＜0.05).PLOD2阳性表达者5年总生存率为18.03％,阴性表达者为42.67％(x2=6.969,P=0.008);VSIG4阳性表达者5年总生存率为17.85％,阴性表达者为41.42％(x2=9.308,P=0.002).单因素分析结果显示:TNM分期、浸润深度、分化程度、淋巴结转移、PLOD2表达、VSIG4表达是影响患者5年总生存率的因素(P均＜0.05);多因素生存分析显示:TNM分期、PLOD2表达是影响患者5年总生存率的独立影响因素(P＜0.05).[结论]结肠癌患者癌组织中PLOD2、VSIG4表达均升高,两者可作为判断病情及预测预后的因素.

目的 探讨基于GEO数据库挖掘妊娠期高血压疾病患者胎盘潜在标志物及可能机制.方法 从GEO数据库中收集妊娠期疾病高血压疾病人群研究的胎盘mRNA基因芯片GSE98224,共计48例,并根据是否发生妊娠期高血压疾病将其分为两组,即妊娠期高血压疾病组和对照组.在GEO2R平台内进行两组间的差异mRNA分析,筛选出修正P值＜0.05的基因数据,将筛选出的差异基因导入String在线数据库,完成这些基因编码蛋白之间的相互作用,以及GO富集分析和KEGG通路富集分析.结果 从共计44 098个有效基因中,筛选出151个差异基因,其中丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)、硫氧蛋白还原酶1(TX-NRD1)以及V-set和免疫球蛋白结构域遏制蛋白4(VSIG4)是处于网络核心的蛋白.差异基因主要参与的生物学过程包括对缺氧的反应、形成细胞骨架组织、吞噬作用等;主要富集的细胞组分是质膜的整体成分、细胞质膜及细胞外基质等;主要发挥的分子功能包括蛋白绑定识别、转运活性及NAD绑定等;主要参与的信号通路包括癌症中错配调节信号通路、C转运蛋白信号通路、钙附着信号通路及花生四烯酸代谢信号通路.结论 妊娠期高血压的发生可能与MAPK8、TXNRD1以及VSIG4所参与的调节通路有关.

目的 采用生物信息学方法分析脑胶质瘤组织与正常脑组织间的差异表达基因,并筛选脑胶质瘤发生发展的关键调控基因.方法 选取GEO数据库中编号为GSE2223的脑胶质瘤表达谱芯片,利用R语言limma包筛选出芯片中脑胶质瘤与正常脑组织的差异表达基因.使用R语言的org.Hs.eg.db包对差异表达基因进行GO功能富集,利用DAVID 6.8(https://david.ncifcff.gov/)在线分析网站对差异表达基因进行KEGG信号通路分析.为筛选肿瘤发生发展关键调控基因,将差异表达基因导入STRING(https://string-db.org/)网站,构建差异表达基因编码的蛋白间相互作用(PPI)网络图,根据蛋白间临近相互作用对计数,选取前20个差异表达基因,即为可能参与脑胶质瘤发生发展的关键调控基因.结果 共筛选出107个差异表达基因,其中上调的基因48个、下调的基因59个.对差异表达基因的GO功能富集结果显示,差异表达基因在细胞组分上的改变主要表现在运输囊泡膜、神经远端轴突、神经轴突等结构上,分子功能变化主要集中在突触融合蛋白、钙调蛋白、磷脂酶结合蛋白等功能上;生物学过程体现在神经递质分泌、运输及释放、突触囊泡周期的调节等生物学过程上.KEGG信号通路分析结果显示,差异表达基因与肿瘤蛋白聚糖通路、催产素信号通路、胰岛素分泌通路等有关.PPI网络图中蛋白间相互作用对数前20的差异表达基因分别为CAMK2A、CPLX2、SYP、RAB3A、GABRA1、TYROBP、CAMK2B、NEFL、STXBP1、VSIG4、GAD2、RBFOX1、HPCAL4、NRGN、PNMAL2、CDK5R2、LGI3、ABCA1、COL4A2、ITPR1.结论 与正常脑组织相比,脑胶质瘤组织中有107个差异表达基因;差异表达基因与神经元活动相关,参与介导肿瘤蛋白聚糖、催产素信号等通路;CAMK2A、CPLX2、SYP、RAB3A等20个差异表达基因可能为脑胶质瘤发生发展的关键调控基因.